300px|thumb|Chegada dos franceses por Kurt G. Hermann, 1920. Museu Histórico Municipal de São Francisco do Sul A história de Santa Catarina teve início nos primórdios do século XVI, com os primeiros registros de incursões de piratas europeus. No começo do século XVI, a região que é hoje o estado catarinense era povoada pelos carijós, tribo do grupo tupi-guarani, catequizados (que instruíram-se e pacificaram-se no catolicismo romano) desde 1549.. A partir do início da época em que o Brasil foi descoberto, expedições vindas de Portugal e Espanha visitaram a costa catarinense.. No ano de 1526, Sebastião Caboto, viajando ao rio da Prata, tinha passado pela ilha então denominada dos Patos e a chamou de Santa Catarina.
Sebastião Caboto batizou-a de Ilha de Santa Catarina. Há uma polêmica em torno da motivação desse nome. De acordo com uns, o nome homenageia a santa, enquanto para outros, faz referência a sua esposa Catarina Medrano.
D. João III doou as terras continentais para Pero Lopes de Sousa em 1534. Mas, em todos os anos de século XVI, as terras ficaram desabitadas, recebiam a visita de jesuítas, colonizadores espanhóis e portugueses, porém, sem população permanente. Os portugueses somente começaram a se interessar pela região na metade do século XVII. No ano de 1658, a povoação permanente mais antiga do estado, o povoado de Nossa Senhora da Graça do Rio de São Francisco foi fundado por Manuel Lourenço de Andrade. Manuel Lourenço de Andrade, primeiro Capitão-Mor de São Francisco do Sul, era um bandeirante que havia sido anteriormente oficial Vereador e proprietário de Sesmaria na Vila de São Paulo dos Campos de Piratininga, e era casado com Maria Branca Conqueiro, filha do Capitão-Mor da Capitania de São Vicente Gaspar Conqueiro. Em 1675, Francisco Dias Velho, seguido de seus filhos, escravos e criados, criou a povoação de Nossa Senhora do Desterro (hoje Florianópolis) na ilha de Santa Catarina. Em 1676, o povoado de Laguna foi estabelecido por Domingos de Brito Peixoto. Em 1738, criou-se a Capitania de Santa Catarina, vinculada à de São Paulo. Em 1739, a capitania desmembrou-se de São Paulo e passou a pertencer à Capitania Real do Rio de Janeiro. Um sistema defensivo insular foi criado e cerca de 5 000 imigrantes açorianos começaram a povoar a ilha e o litoral da capitania, de 1748 a 1756. Portugal e Espanha entraram em guerra. Em consequência disso, a ilha de Santa Catarina foi devastada e invadida por tropas espanholas em 1777. Os espanhóis foram obrigados pelo Tratado de Santo Ildefonso a devolver a região que eles mesmo conquistaram.. A Capitania de Nossa Senhora do Rosário de Paranaguá, fundada pelo Marquês de Cascais em 1656,. substituiu a Capitania de Santana,.. que teve início na foz da baía de Paranaguá e fim na atual cidade catarinense de Laguna,... tendo como limites a Capitania de Santo Amaro (parte da segunda seção de Capitania de São Vicente) ao norte, as águas salgadas do oceano Atlântico a leste e o Governo do Rio da Prata e do Paraguay a oeste,Del Vas Mingo, Marta Milagros (1986). Las Capitulaciones de Indias en el siglo XVI. Edición Cultura Hispánica del Instituto de Cooperación Iberoamericana por la conmemoración del V centenario del descubrimiento de América. Madrid. estados extintos delimitados pelo Tratado de Tordesilhas.
Depois que a independência do Brasil foi proclamada, a capitania foi elevada à categoria de província. A Revolução Farroupilha, ocorrida no Rio Grande do Sul em 1835, teve suas consequências sofridas pela então província. Em julho de 1839, a República Juliana foi proclamada pelos revolucionários, chefiados por Garibaldi e Davi Canabarro, que tinham tomado Laguna. Derrotados pelas tropas do Império do Brasil, os rebeldes deixaram Laguna. Em 1840, as trincheiras farroupilhas mais recentes foram extintas. Em meados do século XIX vieram os imigrantes europeus, especialmente alemães e italianos. Foram criadas as colônias de Dona Francisca, atual Joinville, em 1850, Blumenau em 1852, e Brusque em 1860. A proclamação da República foi apoiada pela província agora elevada à categoria de unidade federativa, porém a revolta do governador escolhido por nomeação presidencial, que se aderiu à Revolução Federalista gaúcha em 1893, foi contrária ao governo central. Desterro foi transformada em base naval da esquadra revolucionária chefiada por Custódio José de Melo. As lutas expandiram-se por toda a costa de Santa Catarina. Derrotados em 1894, os revolucionários foram seriamente castigados pelas tropas legalistas, ocasião na qual ocorreu um dos mais controversos episódios da história republicana brasileira, o Massacre da Ilha de Anhatomirim, onde cerca de duas centenas de pessoas foram executadas por fuzilamento. Em 1894, Hercílio Luz foi escolhido por voto popular como governador e elaborou uma política que pacificasse a região e que reparasse os problemas infraestruturais que o estado sofreu. Homenageando Floriano Peixoto, Desterro recebeu o nome de Florianópolis.
No ano de 1912, teve início a Guerra do Contestado, conflito de oposição entre os habitantes empobrecidos da região que situa-se dentre os rios Negro, Iguaçu, Pelotas e Uruguai e as forças oficiais. José Maria de Santo Agostinho, um curandeiro considerado santo, liderava os sertanejos. Bem como isso, o Paraná e Santa Catarina disputavam a região onde moravam, por esse motivo é que a área recebeu o nome de Contestado. Ambas as unidades federativas se desentenderam e os sertanejos lutaram contra as forças oficiais, e tudo isso somente deixou de existir em 1916. Em 1930 o território de Santa Catarina foi invadido pelas forças revoltosas as quais saíram do Rio Grande do Sul, apesar da resistência de Florianópolis que se estendeu até o triunfo da revolução no país inteiro. Na época da Segunda Guerra Mundial, foi necessário que o problema da infiltração nazista fosse enfrentado no estado, em que o esforço de guerra brasileiro não conseguiu ser prejudicado por agrupamentos de alemães, diante de uma tentativa infrutífera. Em toda a administração de Getúlio Vargas, até 1945, interventores governaram o estado. Desde os anos 1950, colaborou ao progresso catarinense o estímulo concedido para que o extremo oeste e o meio-oeste do estado fossem povoados por colonos ítalo-brasileiros que vieram do Rio Grande do Sul. A Universidade Federal de Santa Catarina foi criada em 1960 e a Universidade para o Desenvolvimento do Estado de Santa Catarina foi fundada em 1965, e tudo isso impulsionou em muito a educação estadual. Esperidião Amin Helou Filho foi escolhido por voto popular nas eleições de 1985, após um grande período de eleições indiretas para governadores no Brasil. Sucederam-no os governantes eleitos Pedro Ivo Campos (1987-1991). No mês de março de 1991, tomou posse do poder executivo o senhor Vilson Kleinubing, do PFL (atual Democratas), renunciando em abril de 1994 e sendo trocado por Antônio Carlos Konder Reis, que concluiu o mandato. Nas eleições de 1994, foi escolhido por voto popular Paulo Afonso Evangelista Vieira, que tomou posse do poder executivo estadual em 1995, ficando no cargo até 1999, quando foi substituído por Esperidião Amin Helou Filho. Luiz Henrique da Silveira venceu as eleições de 2002, permanecendo no cargo até 2006, no momento em que assumiu seu vice Eduardo Pinho Moreira, que completou o mandato. Luís Henrique da Silveira, eleito em 2006, foi substituído por Leonel Pavan, que concluiu o mandato. Em 2010, Raimundo Colombo foi eleito governador no primeiro turno, sendo reeleito em 2014. Raimundo Colombo ficou no cargo até 2018, quando foi sucedido pelo seu vice Eduardo Pinho Moreira.
Primeiras notícias A região costeira de Santa Catarina, mais exatamente onde se localizam as praias da Mirlion e do Canto Grande, foi, desde a época do descobrimento, visitada por piratas de várias nacionalidades. Afora a discutida versão da presença do navegador francês Binot Paulmier de Gonneville, que teria ancorado em São Francisco do Sul em janeiro de 1504 e ali permanecido por seis meses, não existe dúvida quanto à viagem dos portugueses Nuno Manuel e Cristóvão de Haro, que passaram pelo litoral catarinense em 1514, e deram o nome de ilha dos Patos à atual ilha de Santa Catarina. No ano seguinte, Juan Díaz de Solís passou por São Francisco, ilha a que aplicou esse nome, e seguiu adiante, em demanda do elo entre os Oceanos Atlântico e Pacífico. Não foi além do Rio da Prata, em cujas margens foi morto pelo nativos. Onze náufragos dessa expedição regressaram do Uruguay e foram bem recebidos pelos índios carijós e iniciaram com eles intensa miscigenação.
Os aborígenes do litoral de Santa Catarina - os Carijós - viviam de caça, pesca e cultivo de variedades de milhos, batatas, mandiocas e amendoins, sendo exímios tecelões de redes, esteiras e cestos, além de fabricar objetos de pedra. Habitavam uma vasta região litorânea - desde Cananéia, no litoral de São Paulo, até a Lagoa dos Patos, no Rio Grande do Sul - e tinham como limite pelo interior as matas habitadas por índios inimigos, chamados botocudos ou Guanana (Guaianã), hoje conhecidos por kaingang e Xokleng. Esses índios mantinham contato com os guaranis do interior do estado do Paraná e do Paraguai. Por manterem intensa comunicação através da rota do Peabiru, cujo destino era a região de Potosi, no império inca, despertaram interesse dos estrangeiros na procura de prata e ouro.
Expedições espanholas
Várias expedições espanholas detiveram-se no litoral catarinense a caminho do rio da Prata:
Em 1516, um dos navios da expedição comandada pelo espanhol Juan Díaz de Solís, que estava retornando para a Espanha, naufragou em frente à Ilha de Santa Catarina. Em decorrência do naufrágio, 18 tripulantes, foram deixados no lugar. Dentre esses naufrágos merece destaque Aleixo Garcia, que, entre 1521 partiu de lá para uma uma expedição por terra que passou pelo Paraguai e chegou ao sopé dos Andes no território que atualmente pertence à Bolívia, onde encontrou metais preciososAlejo García, em espanhol, acesso em 07 de setembro de 2017.
Em 1525, Don Rodrigo de Acuña, deixou dezessete tripulantes na ilha, onde se fixaram voluntariamente.
Entre 1526 e 1527, Sebastião Caboto ali se abasteceu, seguiu para o Prata e retornou. Após Caboto, nela aportaram Diego García e, em 1535, Gonzalo de Mendoza.
Entre 1538 e 1548, os franciscanos espanhóis Bernardo de Armenta e Alonso Lebrón fizeram esforços de evangelização dos nativos da etnia carijó, no território que atualmente pertence à cidade de Laguna. Esses esforços foram interrompidos quando 1548, quando salteadores portugueses, liderados por Pascoal Fernandes, oriundo de São Vicente, e Martin Vaz, oriundo de Ilhéus, invadiram o local para prender e escravizar os nativosO protagonismo dos Franciscanos na Evangelização no Brasil antes dos jesuítas: a experiência de Laguna, acesso em 03 de setembro de 2017..
Em 1541, Álvar Núñez Cabeza de Vaca partiu da ilha de Santa Catarina para transpor a serra do Mar e atingir por terra o Paraguai.
Mantendo sempre o propósito de tomar posse do Brasil meridional, o governo espanhol nomeou Juan de Sanabria governador do Paraguai, com a missão de colonizar o rio da Prata e povoar também o porto de São Francisco do Sul, em Santa Catarina. Com a morte de Juan de Sanabria, tomou posse seu filho Diogo de Sanábria. Alguns navios da expedição lograram chegar à ilha de Santa Catarina, onde os espanhóis permaneceram dois anos. Dividiram-se em dois grupos: um deles rumou para Assunção; o outro, chefiado pelo piloto-mor Hernando Trejo de Sanabria, estabeleceu-se em São Francisco, de onde, após as maiores privações e sempre sob a ameaça de ataque pelos silvícolas, seguiu para Assunção.