Eugênio Luís Müller (Itajaí, — Rio de Janeiro, ) foi um político brasileiro. Irmão de Lauro Müller.
Primeiro prefeito de Itajaí, eleito em 30 de agosto de 1891, não assumiu o cargo devido à Revolução Federalista.
Foi deputado à Assembleia Legislativa de Santa Catarina na 6ª legislatura (1907 — 1909) e na 7ª legislatura (1910 — 1912).Eugênio Luís Müller, Memória Política de Santa Catarina, em memoriapolitica.alesc.sc.gov.br
Foi vice-governador de Santa Catarina, de 29 de setembro de 1910 a 28 de setembro de 1914, no governo de Vidal Ramos.
Bibliografia Piazza, Walter: Dicionário Político Catarinense. Florianópolis : Assembleia Legislativa do Estado de Santa Catarina, 1985.
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