Pokémon: Lucario e o Mistério de Mew é o terceiro filme de Pocket Monsters Advanced Generation e o oitavo da série inteira.
História A introdução mostra a todos o Mundo Pokémon e as criaturas fantásticas que nele vivem, podendo ser boas ou inimigas. Ela também mostra Ash Ketchum da cidade de Pallet, que em sua jornada Pokémon visa em ser um mestre das "criaturas de bolso". Ele já passou por quatro continentes deste mundo e agora tenta vencer os treinadores da Battle Frontier, ao lado de Brock, May e Max.
Há um tempo atrás, numa terra distante e sombria, um Ho-oh aparece voando e logo o misterioso Lucario aparece correndo, indo em direção a terra de Rotha. Ele fecha os olhos, coloca uma mão em seu peito e através da energia das ondas do mundo ele localiza um exército de vestes vermelhas, tanto Pokémons quanto humanos. Fazendo a mesma coisa em outra direção, ele observa um exército de vestes verdes. Ele vê o Ho-oh e foge quando três Houndooms aparecem, pulando em algumas pedras e encostando em alguns cristais, chamando pelo seu mestre Aaron. O treinador de Lucario, que estava no castelo ao lado da rainha Lynn, encosta em um cristal e ouve o que Lucario tem a dizer: há um grande exército lá fora e o castelo não aguentaria.
Lucario é atacado pelos três Houndooms de armadura vermelha mas vence usando o raio da energia das ondas. Aaron, ainda no castelo, levanta seu cajado com um cristal e seu grande Pidgeot aparece. Ele monta no Pokémon e vai até Lucario, sendo atacado por três Skarmorys do exército verde no caminho. Aaron diz para Lucario que iria ao castelo e nunca mais voltaria. Ele joga seu cajado e de alguma forma aprisiona Lucario dentro do cristal. No castelo, a rainha Lynn fala que a "Árvore do Gênesis" chora, e enquanto os exércitos estão quase se encontrando, em uma grande árvore, o Ho-oh se transforma no pequeno Mew,o Pidgeot de Aaron entrega o cajado de seu treinador à rainha Lynn
De repente a árvore começa a brilhar e os cristais que se espalham pela cidade de Rotha se transformam em feixes de luz, fazendo os dois exércitos ficarem paralisados. Isso na verdade é uma história que uma mãe conta a sua filha, dizendo que depois daquilo os Pokémons voltaram a suas vidas normais e a paz reinou naquele lugar. Ash e companhia caminham ao longo da ponte do castelo de Rotha, onde estará acontecendo uma festa em homenagem do "Herói de Hadou", Aaron. Ali também haverá batalhas em que o vencedor será nomeado o "Herói de Hadou do Ano". Enquanto eles trocam de roupa para o festival, um Taillow aparece em uma parte mais alta do castelo e pousa no telhado, se transformando em Pichu e passando por uma janela. Enquanto os treinadores se vestem, Pikachu vê um Pichu atrás da cortina, e quando se aproxima, vê que o Pokémon se transforma em Treecko, que sai pela janela, andando pelo parapeito do castelo. Todos saem e a Equipe Rocket aparece, planejando roubar Pokémons enquanto todos estiverem ocupados.
A rainha do castelo, Eileen, muito parecida com Lynn, junto com sua empregada doméstica Jenny e seu Pokémon Mime Jr. dão início ao torneio. A primeira luta é de Ash contra um treinador de um Breloom. Ash usa o Pikachu e acaba com a batalha rapidamente. Enquanto as batalhas continuam, Treecko aparece no camarote da rainha e se transforma em Mime Jr. Quando Jenny percebe isso, vê que o segundo Mime Jr. se transforma em um saltitante Aipom. A última batalha do torneio é de Ash contra um treinador vestindo uma armadura de cavaleiro, usando um Weavile. Pikachu ganha a batalha com um ataque elétrico. Ash corre até Pikachu para comemorar mas quem chega primeiro é o Aipom do camarote da rainha.
O treinador vai até Ash agradecendo a batalha que teve. Ele retira o capacete e, para a surpresa de Ash e May, revela que é uma garota chamada Kid. Brock tenta se apresentar, mas Max aparece puxando sua orelha. Dentro do castelo, Eileen oferece o cetro de Aaron para Ash. O treinador ouve uma voz falando "por quê?" e observa a sua volta, sendo imitado por Mime Jr. Sentada em seu trono, Eileen observa o começo do baile e os casais dançando. May dança com um convidado chamado Freddy e Brock toma coragem para convidar Kid. Até Pikachu e Aipom dançam, enquanto Max come. Ash, sentado em um trono à esquerda da rainha, libera seus Pokémons, e May faz o mesmo. Ash tenta levantar para se divertir, mas Jenny diz que o herói deve permanecer sentado. No meio do salão, acontece uma troca de casais e May passa a dançar com James e Jessie dança com Freddy. Meowth permanece embaixo de uma mesa, comendo.
Meowth vê os Pokémons dos heróis e os segue, mas uma porta bate em seu rosto e ele vai parar em uma lareira apagada. Brock vai pegar algumas bebidas enquanto Kid aparece na sala que Meowth está. Kid, através de um microfone, conversa com um homem chamado Banks, que está longe dali, dentro de um prédio. Kid pede mapas da região e troca de roupa, antes de fugir pela janela. Max vê Munchlax pegando algumas frutas e o segue. Os Pokémons dos heróis são guiados por Aipom até o sótão do castelo, onde se divertem com brinquedos, alguns com formas e desenhos de Pokémons lendários. Quando estão se equilibrando emcima de bolas, o Aipom se transforma em Pikachu. O baile continua e Kid aparece no topo do castelo, usando um gancho para ir até outra torre. Ela é seguida por Meowth, que se desequilibra e entra no castelo, quebrando uma janela. Kid aparece no telhado observando os Pokémons dos heróis em torno do Meowth desmaiado. O recém-Pikachu se transforma em Mew e Kid revela seus dois Weaviles. Ela lança um dispositivo para seus Pokémons, dizendo que capturará Mew.
Os Weaviles atacam Mew. Desviando de um ataque, Munchlax acaba sendo congelado. Mew é agarrado por um dos Weaviles e quase é capturado, mas Pikachu aparece usando um ataque elétrico. Mew se transforma em Meowth e dança com o Pokémon da Equipe Rocket. Os Weaviles e Pikachu trocam ataques, que causa uma explosão. Pikachu cai nos braços do Meowth original e Max aparece, observando o recém-Meowth se transformando em Mew. Os Weaviles voltam a atacar mas todos são teletransportados para uma das torres do castelo. Com o peso de Pikachu, Meowth escorrega da torre mas Mew se transforma em Pidgeot e os leva para longe. Max consegue abrir a porta que estava congelada e observa Munchlax e os demais, sem Pikachu. Enquanto isso, Ash tenta observar o retrato de Aaron mas Jenny chama sua atenção. Ele ouve novamente a voz falando "por quê?".
Eileen encerra o baile e Ash faz uma pose de herói, imitando o retrato de Aaron. Fogos de artifícios estouram fora do castelo e Ash ouve a voz novamente, segurando o cetro que começa a se descontrolar, brilhando. Há um forte disparo vindo do cetro e Lucario aparece. "Vendo" através de ondas, Lucario se aproxima de Ash pensando que o treinador é seu mestre. Ele abre seus olhos e percebe que não é Aaron, e sai correndo do castelo. Lembrando do passado, quando chegou ao castelo acompanhando Aaron, que planejava treinar Lucario ensinando sobre Hadou, Lucario começa a percorrer o castelo e observa como ele está diferente. Eileen encontra Lucario e diz que é ancestral da rainha Lynn, dizendo que Lucario esteve dormindo há muito tempo. Ash conversa com Lucario e diz que foi confundido com Aaron por causa da roupa, mas Lucario diz que é por causa do Hadou. Max entra no salão dizendo que Mew apareceu e que sumiu junto com Pikachu e Meowth.
A rainha Eileen mostra a "Árvore do Gênesis" aos heróis. Ela diz que esse é o lar de Mew e que o Pokémon pode se transformar em outros Pokémons, e que ele só podia ser revelado por Lucario, que pode ver as auras dos Pokémons. Eileen diz para Lucario ajudar Ash na busca por Pikachu, e Kid aparece também para ajudá-los. Brock a reconhece como a super mulher que já bateu muitos recordes. No dia seguinte, Ash e os demais partem no carro de Kid até a "Árvore do Gênesis". Jessie e James aparecem no porta-malas do carro. Kid explica que Aaron era um guiador de Hadous, aquele que podia ver auras de outros seres. Meowth aparece em uma parte mais funda da floresta, vendo alguns brinquedos de Mew. Pikachu está dormindo em uma cesta, observado por Mew. Os heróis param para um lanche e Bonsly aparece roubando o prato de Kid. O Pokémon chora e Max diz que Bonsly sempre finge chorar. O Pokémon foge com a comida e Lucario aparece, pegando a comida de volta e entregando uma fruta para Bonsly.
Pikachu acorda e brinca com Mew, observados por Meowth. Ele se apoia em uma árvore e acaba dentro dela. Mew e Pikachu o seguem e vêem, dentro da árvore, várias esferas indo para o alto. Os dois sobem nas esferas e todos vão parar em um penhasco onde podem observar uma linda paisagem do lugar. Enquanto isso, Bonsly aparece no topo do carro dos heróis. Eles param em uma passagem por causa de alguns geisers. May vê uma fonte térmica ao lado e todos vão até ela, inclusive os Pokémons. Bonsly acaba caindo de cima do carro na cabeça de May. Ela pretende ir até a fonte com Bonsly mas Max diz que ele é um Pokémon de pedra e odeia água. Lucario observa tudo de longe, e se lembra que ele e Aaron já estiverem nessa fonte. Ash e Max falam para Lucario entrar na fonte também, mas o Pokémon se aborrece e se distancia. May chama Ash para perguntar se o que havia no alto de algumas pedras era uma flor.
Ash sobe até lá e pega uma espécie de flor. Ele se desequilibra e cai na água. May pega a flor e é observada por Lucario, que lembra que Aaron disse que aquela flor era a Flor do Tempo, que armazenava auras e os milagres do tempo. Eles planejam plantar a flor novamente, e quando Ash encosta nela, ele libera uma luz da flor que mostra o momento em que o treinador pegou a flor no alto da fonte térmica, momentos antes. Kid explica o que era a flor e que Ash só conseguiu fazer isso pois possuía a mesma aura de Aaron. De noite, parando em torno de uma fogueira, Ash conta como ficou amigo de Pikachu, depois de ambos serem atacados por um bando de Spearows. Lucario tem outra lembrança do treinamento que teve com Aaron, de como conseguiu desviar de vários troncos com os olhos vendados. Lucario pergunta o que é confiança, e diz que humanos não são confiáveis.
Ash fica aborrecido quando Lucario diz que Pikachu só fugiu por causa da estupidez de seu treinador. Eles começam a brigar e caem em um rio próximo. Lucario arremessa Ash e foge. Max se aproxima de Lucario, que está sozinho encostado em uma árvore. Ele oferece um pedaço de chocolate a Lucario. Enquanto isso, Meowth e Pikachu relaxam ao som de uma caixa de música em forma de Lapras. Meowth planeja voltar mas Mew deseja apenas brincar, pegando uma corneta em forma de Shuckle e um pião em forma de Hitmontop. Pikachu parece triste e isso acaba despertando Ash, que está longe. De manhã eles continuam e chegam até onde Lucario foi selado no cetro por Aaron. Ele se ajoelha se perguntando por que seu treinador fez isso, e acaba "acionando" uma Flor do Tempo. Ela mostra o momento em que Lucario foi preso no cajado e quando Aaron foi embora em seu Pidgeot. Um dos exércitos também passam por eles mas apenas os atravessam, já que é apenas uma memória.