A Sé Catedral de Faro, também conhecida por Igreja da Sé ou Igreja de Santa Maria, é um dos edifícios históricos mais importantes de Faro, no Algarve, em Portugal. Situa-se no Largo da Sé da cidade, em pleno centro histórico, e está classificada como Imóvel de Interesse Público. É a sede da Diocese do Algarve.
História Antecedentes e construção De acordo com os vestígios arqueológicos, sensivelmente no local do Largo da Sé encontrava-se um templo romano, provavelmente utilizado entre os séculos I a IV d.C., podendo ter sido o centro da cidade romana de Ossónoba. Terá sido igualmente neste local que foram depois construídos os santuários muçulmanos e cristãos que foram o antecessor da Sé Catedral de Faro. Com efeito, durante o período visigótico este local poderá ter sido ocupado por um templo cristão, que por seu turno terá sido substituído por uma mesquita após a cidade ter sido tomada pelos mouros. A presença islâmica é testemunhada pelos vestígios de um bairro na Horta da Misericórdia, na área posterior da Sé, onde foram encontrados materiais cerâmicos que indicam que foi ocupada continuamente durante todo do domínio muçulmano da região, entre os séculos VIII e XIII. O próprio edifício da Catedral pode ter criada a partir da conversão da mesquita ou então poderá ter sido construída em cima do templo islâmico, transformação que foi em ambos os casos motivada pela Reconquista de Faro por D. Afonso III, A torre sineira poderá ter sido construída na sequência da reconquista de Faro, quando D. Afonso III procurou reforçar as defesas da cidade contra as incursões islâmicas. O investigador José António Pinheiro e Rosa avançou igualmente com a teoria de que a torre, em conjunto com os transeptos, terão constituído a estrutura original da igreja. A partir destes elementos, fez uma reconstituição do santuário original, alvitrando que teria já as três naves, uma ábside e absidíolos, formando sensivelmente uma cruz latina, sendo a haste maior composta pela torre e pela nave central, prolongada pela ábside, enquanto que a haste menor seria constituída pelas duas capelas nos extremos do transepto. A nave teria provavelmente três tramos até ao transepto, sendo os seus limites demarcados no exterior por contrafortes. A nave central estaria separada das laterais por arcos quebrados, sustentados por colunas ligadas a pilastras. Segundo Pinheiro e Rosa, a configuração original do corpo superior da torre sineira poderá ter sido composta por duas sineiras ovais em cada face e rematada por uma varanda com ameias, uma vez que, devido à sua altitude e posição no interior da cidade, poderá ter tido funções defensivas, além de religiosas. Alvitrou que o acesso original aos andares superiores da torre sineira, e do coro alto no interior da igreja, poderá ter sido feito por uma escada em caracol partindo do piso térreo.
De acordo com a tradição, não apoiada por evidência arqueológica, a Igreja de Santa Maria de Faro foi erguida sobre as fundações de uma basílica paleocristã e uma mesquita.
O edifício actual foi começado em 1251, dois anos após a Reconquista cristã do povoado, por ordem do Arcebispo de Braga D. João Viegas. Em 1271 esse templo foi entregue à Ordem de São Tiago, em recompensa pelos serviços prestados na tomada da povoação aos mouros.Sé de Faro na base de dados do (SIPA/DGPC) Este primeiro templo era provavelmente muito pequeno e foi ampliado a partir de 1321, no reinado de D. Dinis (1279-1325). Originalmente era dedicada a Santa Maria da Ordem de Santiago.
Séculos XV a XIX Durante o século XV foi novamente reformulado, datando dessa época os elementos medievais da igreja que subsistem, como a torre da fachada, o portal principal e as capelas do transepto.
Em 1577, quando o bispo do Algarve era D. Jerónimo Osório, a Igreja de Santa Maria foi ascendida a sede episcopal da Diocese do Algarve, substituindo assim a Silves.História no sítio da Diocese do Algarve Alguns anos depois (1596), a cidade e a Sé foram saqueadas e incendiadas pelas tropas inglesas de Robert Devereux, 2º Conde de Essex. Apenas as capelas da cabeceira, a torre da fachada e as paredes da nave teriam ficado de pé, enquanto que altares e os tectos de madeira foram destruídos. Segundo José António Pinheiro e Rosa, além do incêndio de 1596, o monumento poderá ter sido atingido por sismos no século XVI, que teriam gravemente danificado o corpo superior da torre sineira. Com efeito, nas descrições do século XVII já surge composto apenas por muros de suporte para os sinos. Também no século XVII foi adicionada uma escada exterior para acesso à torre sineira.
thumb|left|Órgão da Sé de Faro
A Sé foi reconstruída com ajuda do rei D. Filipe I, quando a arcarias góticas da nave foram substituídas por colunas toscanas em estilo chão. As capelas antigas foram inicialmente mantidas, mas a capela-mor foi reconstruída por volta de 1640 pelo bispo D. Francisco Barreto I, cujo brasão pode ser visto no arco triunfal da capela. O retábulo desta capela, em estilo maneirista e decorado com pinturas, foi construído entre 1642 e 1643. As duas capelas da cabeceira que flaqueiam a capela-mor também foram reconstruídas no século XVII. Apenas as capelas dos braços do transepto permaneceram góticas até os dias actuais. Outros bispos que fizeram obras na Sé de Faro foram D. José de Meneses, D. Simão da Gama, e D. António Pereira da Silva, tal como os cónegos Domingos Pereira da Silva e Gaspar da Mota e o arcediago José da Gama, tendo os seus brasões de armas sido colocados nos arcos das capelas cuja construções ordenaram.
Segundo José António Pinheiro e Rosa, nos princípios do século XVII existem registos da existência de frestas no corpo central da torre sineira, e da sua substituição pelas janelas. Data também dessa centúria uma gravura da Sé, publicada posteriormente no jornal O Panorama, e que apesar de conter várias incongruências com as descrições existentes dessa época, ainda assim foi considerada por José António Pinheiro e Rosa como um valioso testemunho de como era o edifício. No desenho, o santuário surge já com o corpo dividido em três naves, sendo a central mais alta, com cobertura em telhado de duas águas rasgado por janelas, enquanto que as laterais apresentavam telhado de uma só água, sem aberturas e com contrafortes. No ponto sobre o cruzeiro erguia-se uma torre lanterna, sensivelmente com a mesma altura da torre sineira, e que tinha uma cobertura plana, e duas janelas ogivais em cada face. A torre lanterna provavelmente teria uma abóbada de nervuras. Logo após esta torre encontrava-se a cobertura da ábside, em telhado de duas águas, e que é rasgada por três janelas laterais, e junto à parede estava o telhado do absídolo. Também no século XVII foi adicionada a sacristia na face meridional da igreja, levando à remoção de um dos quatro contrafortes naquele lado. Segundo o investigador, a combinação da torre lanterna e das janelas na cobertura permitiria uma boa iluminação da nave central, enquanto que as laterais, cujos telhados não tinham quaisquer aberturas, ficariam na escuridão. Provavelmente as naves não seriam cobertas por uma abóbada de nervuras, devido à relativa rapidez com o que o edifício foi erguido, talvez em menos de vinte anos, o que não permitiria a instalação de abóbadas em toda a igreja. Devido à configuração das capelas laterais do transepto, Pinheiro e Rosa supôs que os elementos originais da ábside e dos absidíolos seria relativamente semelhante, com a primeira a ter um fundo poligonal cujos ângulos eram marcados no exterior por contrafortes, e rasgado por três ou cinco janelas. Seria mais elevada do que as capelas laterais, e contaria com uma abóbada de nervuras. Quanto aos absidíolos, existiram talvez um ou dois de cada lado da ábside, tendo o investigador encontrado uma das colunas do arco por detrás da talha dourada da capela de São Francisco de Paula. Pinheiro e Rosa considerou que a configuração da igreja original seria talvez muito semelhante à do Convento de Santa Clara, em Santarém, salvo pelo elemento da torre sineira em frente à fachada.
A Sé foi enriquecida ao longo dos séculos XVII e XVIII com vários trabalhos de talha dourada e painéis de azulejos, com destaque para o órgão construído por volta de 1715. Este instrumento, atribuído tradicionalmente ao fabricante alemão Arp Schnitger, foi construído em Lisboa pelo também alemão Johann Heinrich Hulenkampf (João Fernandes Hulencampo), discípulo de Schnitger radicado em Portugal desde 1701João Pedro D'Alvarenga. O Órgão da Sé de Faro. O instrumento foi decorado com pinturas em chinoiserie em 1751 por um artista de Tavira, Francisco Correia da Silva. Um órgão gêmeo ao da Sé de Faro foi enviado à Sé de Mariana, no Brasil colonial, por ordem de D. João V, por volta de 1750.
Os terramotos de 1722 e 1755 afectaram o edifício e motivaram contudo ainda outras obras. Desde essa época a Sé sofreu poucas modificações. De acordo com Pinheiro e Rosa, o portal entre o interior da igreja e o corpo central da torre sineira foi destruído pelo sismo de 1722. Grande parte da catedral foi destruída pelo sismo de 1755, tendo um dos poucos elementos sobreviventes sido a imponente torre sineira. Ainda assim, o sismo deverá ter provocado a destruição da abóbada de nervuras no interior dos primeiro e segundo corpos, tendo este último sido igualmente muito atingido no exterior, que foi depois reparado. Durante o mandato de D. Francisco Gomes do Avelar como Bispo do Algarve, iniciado nos finais do século XVIII, dá-se a reorganização do largo em redor da Sé Catedral, que passou a estar parcialmente rodeado por edifícios religiosos, como o Seminário de São José. Esta intervenção inseriu-se num programa de D. Francisco para a reurbanização da cidade de Faro, devastada pelo sismo de 1755, e que também incluiu a instalação do Arco da Vila. No século XIX, foi rebaixado o solo do Largo da Sé. Nos finais da centúria, o monsenhor Joaquim Pereira Botto ordenou que fossem feitas obras na janela da capela setentrional do transepto, com a remoção de um retábulo que a tinha obstruído.
Séculos XX e XXI Em 1939 foram feitas escavações no Largo da Sé, durante as quais foram encontrados vestígios antigos, tendo os arqueólogos Abel Viana e Mário Lyster Franco avançado a hipótese que pertenceriam a um templo romano do fórum de Ossónoba.
Em 1955, o monumento foi classificado como Imóvel de Interesse Público. Entre 1996 e 1997 foi alvo de obras de restauro, e em 1998 foram feitos trabalhos de recuperação na área envolvente.FERNANDES e JANEIRO, 2005:41