A fronteira entre Indonésia e Malásia é uma linha com cerca de 1782 km de extensão, separando a Malásia e a Indonésia na ilha de Bornéu e com um pequeno segmento na ilha próxima de Sebatik. Existe também uma fronteira marítima entre os dois estados ao longo do estreito de Malaca, no mar da China Meridional e no mar de Celebes.
As questões relativas à fronteira terrestre foram definitivamente resolvidas em 1928 Indonesia – Malaysia Boundary , in : International Boundary Study, volume 45, 15 de março de 1965., embora ainda existam divergências sobre o traçado da fronteira marítima, principalmente a leste, no mar de Celebes. Ambos os países anteriormente reivindicaram soberania sobre as ilhas Ligitan e Sipadan. Já a disputa pelo bloco Ambalat do fundo do mar do Mar de Celebes, que se acredita ser rico em recursos minerais, continua.Indonesia and Malaysia: Border Disputes and Emerging Trends, Stratfor [11 de março de 2005]Here's How Malaysia and Indonesia Plan to Resolve Their Territorial Disputes, The Diplomat. [10 de fevereiro de 2015]