thumb|283px|Estruturação filogenética dos Fungi
Holomycota é um clado monofilético que inclui os grupos-irmãos, Fungi e Cristidiscoidea. O clado é baseado em análise de DNA mitocondrial e nuclear, que confirmaram a relação entre os dois grupos. Outros estudos já haviam demonstrado essa relação próxima.
Filogenia A árvore filogenética que se segue estabelece a relação do reino Fungi e sua estreita relação com outros organismos, com base no trabalho de Philippe Silar e na obra The Mycota: A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research. The holomycota tree is following Tedersoo et al. A estrutura filogenética do clado Holomycota é a seguinte:
Categoria:Eucariontes Categoria:Táxons de opistocontes