Consumidores, agricultores, empresas de biotecnologia, órgãos reguladores governamentais, organizações não governamentais e cientistas têm estado envolvidos em controvérsias a respeito de alimentos e outros produtos derivados de culturas agrícolas geneticamente modificadas em vez de culturas convencionais, bem como sobre outros usos da engenharia genética na produção de alimentos. As principais áreas de controvérsia relacionadas aos alimentos geneticamente modificados (alimentos transgênicos ou OGMs) incluem: se esses alimentos deveriam ser rotulados; o papel dos órgãos reguladores governamentais; a objetividade da pesquisa e das publicações científicas; o efeito das culturas geneticamente modificadas sobre a saúde e o meio ambiente; o impacto sobre a resistência a pesticidas; o impacto dessas culturas para os agricultores; e o papel delas na alimentação da população mundial. Além disso, produtos derivados de organismos OGM desempenham um papel na produção de combustível etanol e de produtos farmacêuticos.

Preocupações específicas incluem a mistura de produtos geneticamente modificados e não geneticamente modificados no abastecimento alimentar, os efeitos dos OGMs sobre o meio ambiente, o rigor do processo regulatório e a consolidação do controle do abastecimento alimentar por empresas que produzem e vendem OGMs. Grupos de defesa, como o Instituto de Defesa de Consumidores (Idec), , a , a Union of Concerned Scientists e o Greenpeace, afirmam que os riscos não foram adequadamente identificados e gerenciados, e têm questionado a objetividade das autoridades regulatórias.

A avaliação de segurança de produtos alimentícios geneticamente modificados por órgãos reguladores começa com uma análise de se o alimento é ou não substancialmente equivalente aos seus equivalentes não geneticamente modificados que já são considerados adequados para o consumo humano. Não há relatos documentados de efeitos adversos na população humana decorrentes de alimentos geneticamente modificados.Instituto de Medicina e Conselho Nacional de Pesquisa dos Estados Unidos da América (2004). «Safety of Genetically Engineered Foods: Approaches to Assessing Unintended Health Effects». National Academies Press. Texto completo gratuito (em inglês). National Academies Press. pp R9-10: "Em contraste com os efeitos adversos à saúde que têm sido associados a alguns métodos tradicionais de produção de alimentos, efeitos graves semelhantes à saúde não foram identificados como resultado das técnicas de engenharia genética utilizadas na produção de alimentos. Isso pode ocorrer porque os desenvolvedores de organismos bioengenheirados realizam extensas análises de composição para determinar se cada fenótipo é desejável e para garantir que não tenham ocorrido alterações não intencionais em componentes-chave dos alimentos."

Existe um consenso científicoMas também veja:Domingo, José L.; Giné Bordonaba, Jordi (1 de maio de 2011). «A literature review on the safety assessment of genetically modified plants». Environment International 37 (4): 734–742. Bibcode:2011EnInt..37..734D. ISSN 0160-4120. doi:10.1016/j.envint.2011.01.003. PMID 21296423. Consultado em 21 de agosto de 2025 "Apesar disso, o número de estudos especificamente focados na avaliação de segurança de plantas GM ainda é limitado. No entanto, é importante observar que, pela primeira vez, foi observado um certo equilíbrio no número de grupos de pesquisa que sugerem, com base em seus estudos, que diversas variedades de produtos GM (principalmente milho e soja) são tão seguras e nutritivas quanto as respectivas plantas convencionais não-GM, e aqueles que ainda levantam sérias preocupações. Além disso, vale mencionar que a maioria dos estudos que demonstram que os alimentos GM são tão nutritivos e seguros quanto aqueles obtidos por melhoramento convencional foram realizados por empresas de biotecnologia ou associadas, que também são responsáveis pela comercialização dessas plantas GM. De qualquer forma, isso representa um avanço notável em comparação com a falta de estudos publicados nos últimos anos em periódicos científicos por essas empresas."Krimsky, Sheldon (1 de novembro de 2015). «An Illusory Consensus behind GMO Health Assessment». Science, Technology, & Human Values (em inglês) 40 (6): 883–914. ISSN 0162-2439. doi:10.1177/0162243915598381. S2CID 40855100. Consultado em 22 de agosto de 2025 "Comecei este artigo com depoimentos de cientistas respeitados de que não há literalmente nenhuma controvérsia científica sobre os efeitos dos OGMs na saúde. Minha investigação na literatura científica conta outra história."Hilbeck, Angelika; Binimelis, Rosa; Defarge, Nicolas; Steinbrecher, Ricarda; Székács, András; Wickson, Fern; Antoniou, Michael; Bereano, Philip L; Clark, Ethel Ann (dezembro de 2015). «No scientific consensus on GMO safety». Environmental Sciences Europe (em inglês) 27 (4). ISSN 2190-4707. doi:10.1186/s12302-014-0034-1. Consultado em 22 de agosto de 2025 "Na declaração conjunta a seguir, o consenso alegado é demonstrado como uma construção artificial que tem sido falsamente perpetuada por diversos fóruns. Independentemente das evidências contraditórias na literatura arbitrada, conforme documentado abaixo, a alegação de que agora existe um consenso sobre a segurança dos OGM continua a ser amplamente e frequentemente divulgada de forma acrítica." E contraste: Panchin, Alexander Y.; Tuzhikov, Alexander I. (17 de fevereiro de 2017). «Published GMO studies find no evidence of harm when corrected for multiple comparisons». Critical Reviews in Biotechnology 37 (2): 213–217. ISSN 0738-8551. PMID 26767435. doi:10.3109/07388551.2015.1130684. S2CID 11786594. Consultado em 22 de agosto de 2025 "Aqui, demonstramos que diversos artigos, alguns dos quais influenciaram forte e negativamente a opinião pública sobre os cultivos transgênicos e até mesmo provocaram ações políticas, como o embargo aos transgênicos, compartilham falhas comuns na avaliação estatística dos dados. Considerando essas falhas, concluímos que os dados apresentados nesses artigos não fornecem nenhuma evidência substancial de danos causados pelos transgênicos. Os artigos apresentados, sugerindo possíveis danos causados pelos transgênicos, receberam grande atenção pública. No entanto, apesar de suas alegações, eles, na verdade, enfraquecem as evidências dos danos e a falta de equivalência substancial dos transgênicos estudados. Ressaltamos que, com mais de 1.783 artigos publicados sobre transgênicos nos últimos 10 anos, espera-se que alguns deles tenham relatado diferenças indesejadas entre transgênicos e cultivos convencionais, mesmo que tais diferenças não existam na realidade." Yang, Y. Tony; Chen, Brian (abril de 2016). «Governing GMOs in the USA: science, law and public health». Journal of the Science of Food and Agriculture (em inglês) 96 (6): 1851–1855. Bibcode:2016JSFA...96.1851Y. ISSN 0022-5142. doi:10.1002/jsfa.7523. PMID 26536836. Consultado em 22 de agosto de 2025 "Portanto, não é surpreendente que os esforços para exigir rotulagem e proibir OGMs tenham sido uma questão política crescente nos EUA (citando Domingo e Bordonaba, 2011). De modo geral, um amplo consenso científico sustenta que os alimentos transgênicos atualmente comercializados não apresentam riscos maiores do que os alimentos convencionais... As principais associações científicas e médicas nacionais e internacionais declararam que nenhum efeito adverso à saúde humana relacionado a alimentos transgênicos foi relatado ou comprovado na literatura revisada por pares até o momento. Apesar de várias preocupações, hoje, a Associação Americana para o Avanço da Ciência, a Organização Mundial da Saúde e muitas organizações científicas internacionais independentes concordam que os OGMs são tão seguros quanto outros alimentos. Comparada às técnicas convencionais de melhoramento genético, a engenharia genética é muito mais precisa e, na maioria dos casos, menos propensa a gerar um resultado inesperado." de que os alimentos atualmente disponíveis derivados de culturas geneticamente modificadas não representam um risco maior para a saúde humana do que os alimentos convencionais, mas que cada alimento geneticamente modificado precisa ser testado caso a caso antes da introdução.Algumas organizações médicas, incluindo a Associação Médica Britânica, defendem maior cautela com base no princípio da precaução: "Em nossa visão, o potencial de que alimentos transgênicos causem efeitos nocivos à saúde é muito pequeno, e muitas das preocupações expressas se aplicam com igual força aos alimentos obtidos por meios convencionais. No entanto, preocupações com segurança não podem, até o momento, ser completamente descartadas com base nas informações atualmente disponíveis. Ao buscar otimizar o equilíbrio entre benefícios e riscos, é prudente adotar uma postura cautelosa e, acima de tudo, aprender com o conhecimento e a experiência acumulados. Qualquer nova tecnologia, como a modificação genética, deve ser examinada quanto a possíveis benefícios e riscos para a saúde humana e o meio ambiente. Como ocorre com todos os alimentos novos, as avaliações de segurança relacionadas a alimentos transgênicos devem ser feitas caso a caso. Os membros do projeto GM jury foram informados sobre vários aspectos da modificação genética por um grupo diverso de especialistas reconhecidos nos respectivos temas. O júri sobre transgênicos concluiu que a venda dos alimentos transgênicos atualmente disponíveis deve ser interrompida e que o moratório sobre o cultivo comercial de plantas transgênicas deve ser mantido. Essas conclusões basearam-se no princípio da precaução e na ausência de evidências de qualquer benefício. O júri expressou preocupação com o impacto das culturas transgênicas na agricultura, no meio ambiente, na segurança alimentar e em outros potenciais efeitos sobre a saúde. A revisão da Royal Society (2002) concluiu que os riscos à saúde humana associados ao uso de sequências específicas de DNA viral em plantas transgênicas são insignificantes e, embora tenha recomendado cautela na introdução de potenciais alérgenos em culturas alimentares, destacou a ausência de evidências de que alimentos transgênicos comercialmente disponíveis causem manifestações clínicas de alergia. A BMA compartilha a visão de que não há evidências robustas de que alimentos transgênicos sejam inseguros, mas apoia o apelo por mais pesquisas e monitoramento para fornecer evidências convincentes de segurança e benefício." No entanto, os membros do público são muito menos propensos do que os cientistas a perceber os alimentos geneticamente modificados como seguros. O status legal e regulatório dos alimentos geneticamente modificados varia de país para país, com algumas nações proibindo-os ou restringindo-os, e outras permitindo-os com graus de regulamentação amplamente diferentes, que variam devido a fatores geográficos, religiosos, sociais e outros.

Percepção pública As preocupações dos consumidores com a qualidade dos alimentos surgiram muito antes do advento dos alimentos geneticamente modificados (GM) na década de 1990. O romance The Jungle, de Upton Sinclair, levou à promulgação do de 1906, a primeira grande legislação dos Estados Unidos sobre o tema. Isso deu início a uma preocupação duradoura com a pureza e, posteriormente, com a "naturalidade" dos alimentos, que evoluiu de um foco exclusivo na higiene para incluir também questões como ingredientes adicionados (conservantes, aromatizantes e adoçantes), resíduos como pesticidas, o surgimento dos alimentos orgânicos como categoria e, por fim, as preocupações em relação aos alimentos GM. Alguns consumidores, incluindo muitos nos Estados Unidos, passaram a ver os alimentos GM como "não naturais", associando-os a diversas conotações e temores negativos (um efeito halo reverso).