O Campeonato Paulista de Futebol de 2006 - Série A3 foi a 53.ª edição do campeonato disputado no estado de São Paulo entre 20 equipes, onde os oito primeiros colocados tentariam quatro vagas na Série A2 de 2007 e os quatro últimos seriam rebaixados para a Série B de 2007. O Botafogo conquistou o título da edição após vencer a decisão do campeonato.
Participantes Barretos (Barretos) Botafogo (Ribeirão Preto) ECO (Osasco) Ferroviária (Araraquara) Flamengo (Guarulhos) Francana (Franca) Independente (Limeira) Itararé (Itararé) Matonense (Matão) Mauaense (Mauá) Monte Azul (Monte Azul Paulista) Osvaldo Cruz (Osvaldo Cruz) Primavera (Indaiatuba) Santacruzense (Santa Cruz do Rio Pardo) São Bernardo (São Bernardo do Campo) São Carlos (São Carlos) São José (São José dos Campos) São Vicente (São Vicente) SEV/Hortolândia (Hortolândia) XV de Jaú (Jaú)
Classificação da 1ª fase
<font color=#ffffff>Grupo 1<font color="B8860B">Time<font color="B8860B">Pts<font color="B8860B">J<font color="B8860B">V<font color="B8860B">E<font color="B8860B">D<font color="B8860B">GP<font color="B8860B">GC<font color="B8860B">SG1Ferroviária351810533514212Botafogo351810533423113Osvaldo Cruz341810442812164XV de Jaú32189543524115Monte Azul2818846252146São Carlos2418738333217Francana23185852021-18SEV/Hortolândia20185582223-19Barretos141835102029-910 Matonense21802161063-53<small>Pts – Pontos ganhos; J – Jogos; V - Vitórias; E - Empates; D - Derrotas; GP – Gols pró; GC – Gols contra; SG – Saldo de gols
<small>Zona de classificação à segunda fase<small>Zona de rebaixamento à Segunda Divisão de 2007
<font color=#ffffff>Grupo 2<font color="B8860B">Time<font color="B8860B">Pts<font color="B8860B">J<font color="B8860B">V<font color="B8860B">E<font color="B8860B">D<font color="B8860B">GP<font color="B8860B">GC<font color="B8860B">SG1São Bernardo36181134251782Santacruzense331810353926133São José31189453120114ECO2918855221935Independente2818846221936Flamengo23187292934-57Mauaense19185492635-98Primavera181853102530-59Itararé18184681723-610São Vicente15183692437-13<small>Pts – Pontos ganhos; J – Jogos; V - Vitórias; E - Empates; D - Derrotas; GP – Gols pró; GC – Gols contra; SG – Saldo de gols
Classificação da 2ª fase
<font color=#ffffff>Grupo 3<font color="B8860B">Time<font color="B8860B">Pts<font color="B8860B">J<font color="B8860B">V<font color="B8860B">E<font color="B8860B">D<font color="B8860B">GP<font color="B8860B">GC<font color="B8860B">SG<font color="B8860B">%1 São José11632195461,12 XV de Jaú96231109150,03 Ferroviária6613257-233,34 Santacruzense5612347-327,8<small>Pts – Pontos ganhos; J – Jogos; V - Vitórias; E - Empates; D - Derrotas; <small>GP – Gols pró; GC – Gols contra; SG – Saldo de gols
<font color=#ffffff>Grupo 4<font color="B8860B">Time<font color="B8860B">Pts<font color="B8860B">J<font color="B8860B">V<font color="B8860B">E<font color="B8860B">D<font color="B8860B">GP<font color="B8860B">GC<font color="B8860B">SG<font color="B8860B">%1 Botafogo126330147766,62 Osvaldo Cruz10631288055,63 ECO6613266033,34 São Bernardo46114613-722,2<small>Pts – Pontos ganhos; J – Jogos; V - Vitórias; E - Empates; D - Derrotas; <small>GP – Gols pró; GC – Gols contra; SG – Saldo de gols
Promovidos à Série A2 de 2007 e classificados à finalPromovidos à Série A2 de 2007Eliminados na segunda fase
Final
Premiação Campeonato Paulista de 2006 - Série A3100px|Bandeira de Ribeirão PretoBotafogoCampeão(1º título)
2006 Categoria:Futebol de 2006 no Brasil