A história da cidade de Manaus ocorre paralelamente à história do Brasil, ao longo de 355 anos de existência, contra os mais de quinhentos anos do país. O processo de ocupação europeia começa em 1540, por ocasião da chegada do explorador Francisco de Orellana, vindo do Peru, que pretendia ir à Espanha.
Primeiros povos e colonização europeia
thumb|esquerda|Mapa de 1562 da região do Rio Amazonas.
A região onde atualmente se encontra o estado do Amazonas era parte integrante da Espanha de acordo com o Tratado de Tordesilhas. Em 3 de junho de 1542, o explorador e corregedor espanhol Francisco de Orellana chegou a um rio largo da região, o qual batizou de rio Negro.
Posteriormente, entre os anos de 1580 e 1640, ocorreu a União Ibérica, época em que Portugal e Espanha permaneceram sob uma só coroa. Com isso, não houve desrespeito oficial aos interesses espanhóis por parte dos portugueses quando estes começaram a penetrar e colonizar a região amazônica. Contudo, a ocupação definitiva do lugar onde se encontra hoje Manaus foi demorada devido aos interesses comerciais portugueses, que não viam na região a facilidade em obter grandes lucros a curto prazo, pois era de difícil acesso e era desconhecida a existência de riquezas minerais como ouro e prata.
As atividades de catequese e colonização portuguesa na foz do rio Negro tiveram início em meados do século XVII. Em 1657, o cabo Vital Maciel Parente chefiou a primeira tropa de resgate oficial ao rio Negro, acompanhado pelos padres jesuítas Francisco Veloso e Manuel Pires.Santos, Francisco Jorge dos (2012). Nos confins ocidentais da Amazônia portuguesa: mando metropolitano e prática do poder régio na Capitania do Rio Negro no século XVIII (Tese de Doutorado). Manaus: Universidade Federal do Amazonas. Nessa expedição, os missionários estabeleceram contato com os tarumãs, resultando no descimento e na distribuição de cerca de 600 indígenas.
Santa Cruz de Tarumãs Nesse contexto, foi fundada a Missão dos Tarumãs (ou Santa Cruz de Tarumãs, também grafada como São José de Tarumãs), situada logo acima da barra do rio Negro, considerada o marco inicial do povoamento colonial da localidade. Esse estabelecimento representou a primeira ocupação primordial e duradoura da Coroa portuguesa no rio Negro, embora a missão original tenha sido temporariamente abandonada em 1661 em decorrência da expulsão dos jesuítas do Estado do Maranhão e Grão-Pará. O início da ocupação carmelita no território é registrado logo em seguida, por ocasião da chegada de seus missionários em 1659.
Em 1668, uma nova expedição liderada pelo capitão Pedro da Costa Favela e pelo missionário mercedário frei Teodósio da Veiga adentrou o rio Negro. Com o apoio dos indígenas Aruakis, a tropa localizou os Tarumãs e reestabeleceu o aldeamento missionário de forma mais permanente, inicialmente nas imediações do rio Aiurim e, posteriormente, transferido para a foz do rio Jaú.
A Fundação
Diante de relatos sobre a presença de armamentos e comércio de indígenas com holandeses da Guiana, o governador do Maranhão e Grão-Pará, Antônio de Albuquerque Coelho de Carvalho, ordenou a fortificação da foz do rio Negro. Em 1669, o capitão de artilharia Francisco da Mota Falcão iniciou a construção da Fortaleza de São José da Barra do Rio Negro, erguida sobre um outeiro a três léguas da confluência com o rio Solimões, com o auxílio de seu filho Manuel da Mota Siqueira.
A região do entorno da fortificação foi habitada primeiramente pelas tribos Manaós, barés, banibas e passés, as quais ajudaram na construção do forte e passaram a morar em palhoças nas proximidades do núcleo urbano na margem esquerda do rio. A população do Lugar da Barra cresceu de tal forma que, para auxiliar no catecismo, em 1695 os missionários carmelitas, jesuítas e franciscanos ergueram uma capela próxima ao forte dedicada a Nossa Senhora da Conceição, a padroeira da cidade.
Conflitos, Consolidação e Alterações Políticas thumb|Prospecto da Fortaleza do Rio Negro, desenhado pelo engenheiro alemão João André Schwebel, em 7 de dezembro de 1754, quando Francisco Xavier de Mendonça Furtado e sua comitiva passavam pelo Lugar da Barra, rumo à Mariuá.
A tribo dos Manaós, considerada orgulhosa pelos colonizadores, negava-se a ser dominada e servir de mão de obra escrava, entrando em frequentes confrontos com os militares do forte. A resistência indígena culminou na Guerra de Ajuricaba (1723–1727), liderada pelo indígena Ajuricaba, forte opositor da colonização portuguesa que mantinha alianças comerciais com os holandeses. Após severas batalhas, Ajuricaba foi capturado para ser enviado ao Pará, vindo a falecer no percurso da viagem sob circunstâncias misteriosas. Com a derrota militar dos Manaós, as hostilidades na região diminuíram à medida que os colonizadores começaram a casar-se com as filhas dos tuxauas, impulsionando uma intensa miscigenação que deu origem aos caboclos da região.
A Carta Régia de 3 de março de 1755 instituiu a Capitania de São José do Rio Negro, fixando inicialmente a sua sede na vila de Mariuá (atual Barcelos). Ao longo desse período, o perfil demográfico local alterou-se profundamente. Os Tarumãs, que constituíam a maioria dos 800 homens de armas aldeados na foz do rio Negro em 1755, sofreram um severo declínio populacional decorrente de epidemias e do recrutamento forçado. Em 1768, o Vigário Geral José Monteiro de Noronha registrou em seu Roteiro que os Tarumãs já haviam praticamente desaparecido da localidade original.
Em 1791, o governador Lobo D'Almada, buscando uma posição estratégica na confluência dos rios Negro e Solimões para prevenir eventuais invasões espanholas, transferiu a sede da capitania para o Lugar da Barra. Contudo, dom Francisco de Souza Coutinho, capitão-geral do Grão-Pará, iniciou uma forte campanha política contra a mudança de sede. O ato de Lobo D'Almada foi desfeito pela Carta Régia de 22 de agosto de 1798 e, em maio de 1799, a administração retornou formalmente a Barcelos, imergindo o Lugar da Barra em um período de decadência administrativa.
A situação reverteu-se no século XIX. Em outubro de 1807, o governador da Capitania, José Joaquim Victório da Costa, deixou Barcelos e transferiu a administração da Capitania definitivamente de volta ao Lugar da Barra. A consolidação final dessa mudança ocorreu a partir de 29 de março de 1808, quando o Lugar da Barra restabeleceu de direito o seu status de sede da Capitania de São José do Rio Negro, após proposta de dom Marcos de Noronha Brito aceita pelo governador José Joaquim Victório da Costa.
Devido ao subsequente avanço da urbanização sob a ótica colonial, foi efetuado um processo de apagamento histórico das obras e traços dos povos indígenas originários. Exemplo notável disso ocorreu décadas mais tarde, quando o governador Eduardo Gonçalves Ribeiro (1892–1896) remodelou a Praça Dom Pedro e nivelou as ruas adjacentes; as obras destruíram um antigo cemitério indígena arqueológico, onde um grande número de igaçabas (urnas funerárias) foi desenterrado, sem que nenhum marco preservasse a memória de sua existência no local onde hoje se encontram a praça e o Palácio Rio Branco. Período imperial
thumb|esquerda|A Catedral Metropolitana de Manaus, datada de 1858, remonta a antiga capela de 1695, construída pelos missionários carmelitas. Na foto, a Catedral de Manaus na década de 1890.
Através do decreto de 13 de novembro de 1832, o Lugar da Barra passou à categoria de vila, já com a denominação de Vila de Manaus, nome que manteria até o dia 24 de outubro de 1848, quando foi elevada à categoria de cidade. Com a Lei nº 145, da Assembleia Provincial Paraense, adquiriu o nome de Cidade da Barra do Rio Negro. Em vista de a vila ter assumido foros de cidade, passou a ser chamada de Cidade de Nossa Senhora da Conceição da Barra do Rio Negro. A 5 de setembro de 1850, foi criada a Província do Amazonas pela Lei Imperial nº 1.592, tornando-se a Vila da Barra do Rio Negro. Seu primeiro presidente foi João Batista de Figueiredo Tenreiro Aranha, nomeado em 27 de julho de 1851, que instalou oficialmente a nova unidade provincial a 1 de janeiro de 1852, com o que sua situação de atraso melhorou bastante. Foi criada a Biblioteca Pública e o primeiro jornal foi fundado em 5 de setembro, chamando-se A Província do Amazonas."Mais de 180 anos de imprensa na Amazônia", Paulo Roberto Ferreira pp 2-10 Outro periódico de destaque na cidade foi o Estrela do Amazonas, de propriedade do cidadão Manuel da Silva Ramos. Tornaram-se, ambos, as bases do desenvolvimento da cultura local, junto ao teatro e escolas profissionais. Em 4 de setembro de 1856, pela Lei 68, já no decurso do segundo governo de Herculano Ferreira Pena, a Assembleia Provincial Amazonense deu-lhe o nome de Cidade de Manaus, em homenagem à nação indígena Manaós.
A Cabanagem foi um movimento político e um conflito social ocorrido entre 1835 e 1840 no Pará, envolvendo homens livres e pobres, sobretudo indígenas e mestiços que se insurgiram contra a elite política local e tomaram o poder. A entrada da Comarca do Alto Amazonas (hoje Manaus, a qual foi o berço do manifesto na Amazônia Ocidental) na Cabanagem foi fundamental para o nascimento do atual estado do Amazonas. Durante o período da revolução, os cabanos da Comarca do Alto Amazonas desbravaram todo o espaço do estado onde houvesse um povoado, para assim conseguir um número maior de adeptos ao movimento, ocorrendo com isso uma integração das populações circunvizinhas e formando assim o estado.Reis, Gustavo Morais Rego, A Cabanagem. Manaus, Edições Governo do Estado do Amazonas, 1965
Período áureo da borracha
No Rio de Janeiro, a República Federativa do Brasil foi proclamada em 15 de novembro de 1889, extinguindo-se o Império. A província do Amazonas passou a ser o estado do Amazonas, tendo como capital a Cidade de Manaós. A borracha, matéria-prima das indústrias mundiais, era cada vez mais requisitada, e o Amazonas, como um dos principais produtores mundiais, orientou sua economia para atender à crescente demanda. Intensificou-se o processo de migração para Manaus de brasileiros de outras regiões, sobretudo nordestinos. De acordo com o censo de 1872, estrangeiros imigraram para o Amazonas, atraídos pela produção da borracha, sendo que a maioria destes passou a viver em Manaus. Os imigrantes eram, principalmente, portugueses, ingleses, franceses, italianos e de outras regiões da América, gerando um crescimento demográfico que obrigou a cidade a passar por mudanças significativas.
Naquela época, o Nordeste brasileiro foi atingido pela Grande Seca (1877-1878), que causou mais de um milhão de mortes, além de uma grande epidemia de cólera. Muitos nordestinos vieram para Manaus fugidos deste fenômeno, chegando ao local em grandes massas. Apesar do declínio da borracha no início do , a cidade continuou a receber um notável número de imigrantes. O censo de 1920 registrou habitantes estrangeiros no Amazonas, com a maior parte destes vivendo em Manaus. Japoneses, turcos e alemães foram registrados neste censo.
Em 1892, iniciou-se o governo de Eduardo Ribeiro, que teve um papel importante na transformação da cidade, através da elaboração e execução de um plano para coordenar o seu crescimento. Esse período (1890-1910) é conhecido como fase áurea da borracha. A cidade ganhou o serviço de transporte coletivo de bondes elétricos, telefonia, energia elétrica (segunda rede elétrica do Brasil datada de 1895) e água encanada, além de um porto flutuante, que passou a receber navios dos mais variados calados e de diversas bandeiras. A metrópole da borracha iniciou os anos de 1900 com uma população acima de 50 mil habitantes, com ruas retas e longas, calçadas com granito e pedras de lioz importadas de Portugal, praças e jardins bem cuidados, belas fontes e monumentos, um teatro suntuoso, hotéis, estabelecimentos bancários, palácios e todos os requintes de uma cidade moderna.