João IX (em latim: Ioannes IX); (Roma, 845 - Roma, 5 de janeiro de 900) foi o 116.º Papa da Igreja Católica de 18 de janeiro de 898 até a data de sua morte, foi eleito com o apoio de Lamberto de Spoleto. Era monge beneditino. Reconheceu a validade da eleição do Papa Formoso e convocou vários sínodos para restaurar a paz na Igreja. Pôs fim às pilhagens que ocorriam nos palácios dos bispos e do Papa após sua morte. Restabeleceu a supremacia da Igreja sobre todos os territórios, sobre Roma e pretendeu afirmar a autoridade directa da Santa Sé sobre os países eslavos.
Para evitar novas lutas, repôs a intervenção imperial sobre a consagração dos pontífices. Morreu em janeiro de 900.
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