A história de Santos ocorre paralelamente à história do Brasil, ao longo de aproximadamente anos de sua existência contra os mais de quinhentos anos do país.
Período colonial Antecedentes Verificam-se relatos a respeito da Ilha de São Vicente apenas dois anos após a descoberta do Brasil, em 1502, quando uma expedição portuguesa comandada por Gaspar de Lemos chegou à ilha em 22 de janeiro de 1502, dando-lhe o nome de São Vicente. Até então, o local era conhecido pelos nativos como Ilha de Gohayó ou Ingaguaçu. A região de São Vicente era alvo de muitas expedições geográficas e comerciais, onde portugueses e espanhóis procuravam metais e pedras preciosas, extraíam pau-brasil e se lançavam no comércio de escravos e animais silvestres. A maioria das expedições abandonou degredados, desertores e náufragos em território brasileiro. Durante os 32 anos entre a viagem de Cabral e a fundação da Capitania de São Vicente, muitos desses homens se estabeleceram no território e moldaram um povoado próprio. O povoado fazia parte da área controlada por Cosme Fernandes, conhecido como Bacharel de Cananéia. Ao chegar na ilha, Martim Afonso expulsou Cosme Fernandes das terras e ocupou o povoado de São Vicente. Logo em seguida, concedeu o foral de vila oficial ao local e distribuiu sesmarias por toda a região, incluindo um local conhecido como Enguaguaçu, localizado a nordeste da ilha, onde se encontravam terras adequadas ao plantio. Aí se estabelecem colonizadores portugueses, tais como Luís de Góis (e sua esposa Catarina de Andrade), Domingos Pires, Pascoal Fernandes, Francisco Pinto, Rui Pinto e os irmãos José e Francisco Adorno, que construíram um engenho perto do atual Morro de São Bento. A vida do novo povoado, entre 1530 e 1543, passou a girar em torno do engenho e do plantio.
Fundação thumb|direita|Fundação de Santos, por Benedito Calixto. Em 1543, com o término da construção de uma capela num outeiro em homenagem a Santa Catarina por Luís de Góis, Brás Cubas conseguiu a transferência do Porto para o sítio do Enguaguaçu, que era mais seguro e o apoio do povoado era necessário para as embarcações que aportavam e para o fornecimento das mercadorias a exportar. O fidalgo português também levou a cabo a instalação de um hospital, nos moldes da Santa Casa de Lisboa, acelerando o desenvolvimento do local. O hospital foi denominado Santa Casa de Misericórdia de Todos os Santos, e é o primeiro hospital das Américas. O novo povoado de Enguaguaçu passou então a ser conhecido como o povoado de Todos os Santos. Uma outra hipótese sobre o nome Santos viria do porto de Santos que havia em Lisboa, semelhante ao local do novo povoado. Daí, então a região próxima ao Outeiro era conhecida como "Vila do Porto de Santos", e depois, apenas "Santos".
Dessa forma, o povoado cresce em importância: é elevado à condição de vila por Brás Cubas em 1546, vivendo os seus primeiros anos de ocupação por imigrantes portugueses e espanhóis. A capela de Santa Catarina se tornou a Igreja Matriz da vila. Ainda hoje comenta-se o fato de Santos ser uma das poucas cidades que conhece exatamente o seu local de nascimento: o Outeiro de Santa Catarina, que ainda existe hoje.
Desenvolvimento A segunda metade do século XVI foi significativa para Santos: criaram-se a Alfândega de Santos em 1550 — o mesmo ano da chegada dos padres jesuítas para a catequização dos índios tupis que ali moravam em núcleo, o arsenal de defesa em 1552, e instalou-se a ordem dos carmelitas em 1589. Mas também foi uma época em que Santos sofreu com a invasão e com os saques dos corsários, por ser um porto relativamente próspero.
O saque do pirata Thomas Cavendish, em 1591, deu origem em Santos à lenda do milagre de Nossa Senhora do Monte Serrat, padroeira da cidade. Conta a lenda que a população santista se refugiou num dos morros da cidade, o morro de São Jerônimo, para escapar aos piratas. Neste morro havia uma capela à qual um fidalgo espanhol trouxera uma imagem de Nossa Senhora de Montserrat (daí o nome dado ao morro, Monte Serrat). A população orava na capela de Montserrat quando os piratas começaram a subir para atacá-los e um deslizamento de terra, atribuído à Santa, os fez fugir. Desde então Nossa Senhora do Monte Serrat é celebrada como padroeira da cidade, e seu dia é comemorado no dia 8 de setembro. Cavendish também destruiu o Outeiro de Santa Catarina e o Engenho dos Erasmos, sendo um dos responsáveis pelo declínio da incipiente economia canavieira da Capitania de São Vicente.
No século XVII, seguindo uma tendência de toda a Capitania de São Vicente, a vila de Santos entra em um longo e lento processo de estagnação e posterior decadência. Muitos habitantes da vila, na tentativa de buscar uma atividade econômica, se juntavam aos habitantes da vila de São Paulo de Piratininga e partiam nas expedições conhecidas como bandeiras.
No fim do século XVIII, a vila retoma o desenvolvimento e sua população começa a crescer. A construção da Calçada do Lorena - estrada de ligação de Santos com São Paulo, o desenvolvimento na infra-estrutura (iluminação pública, melhoramentos no porto) e a posterior abertura dos portos brasileiros com a vinda da família real portuguesa reativaram o dinamismo econômico da vila.
Cabe destacar que vários episódios relacionados à independência do Brasil ocorreram em Santos, tais como a rebelião militar dos Quartéis de Santos liderada de Chaguinhas contra a tentativa das Cortes Constitucionais de Lisboa de fazer retroceder o Brasil à condição de colônia, e a passagem de D. Pedro I por Santos justo antes do célebre Grito da Independência. Aliás, note-se que o imperador nunca escondeu sua simpatia pela região, chegando a conferir à sua amante o título de Marquesa de Santos.
Elevação à categoria de cidade thumb|esquerda|Café sendo embarcado no porto de Santos em 1880, por Marc Ferrez.
Santos foi elevada à categoria de cidade em 26 de janeiro de 1839 quando a Assembleia Provincial (que hoje equivale a Assembleia Legislativa Estadual) resolveu aprovar uma Lei que elevou a Vila de Santos à condição de Cidade, assinada por Venâncio José Lisboa, presidente da Assembleia. Logo, comemora-se a cada dia 26 de janeiro o aniversário da cidade - não apenas o de sua elevação à categoria de Cidade, mas também o da sua fundação por Brás Cubas.
Abaixo segue transcrita a lei de elevação. Era curiosa a metodologia da escrita na forma de fazer e sancionar as leis na época: existia um cabeçalho realmente grande, além do fato de a Lei ser específica (e não como ocorre atualmente, com nuances):
"O Dr. Venâncio José Lisboa, presidente da Província de São Paulo (Nota: Esse cargo equivale ao atual Governador), etc. Faço saber a todos os seu habitantes que a Assembleia Legislativa Provincial decretou e eu sancionei, a lei seguinte:
Artigo único – Fica elevada à categoria de Cidade de Santos, a Villa do mesmo nome, pátria do conselheiro José Bonifácio de Andrada e Silva, revogadas para isso as disposições em contrário (Nota: Já existia o hábito de escrever "Revoga-se …", pois é mais fácil do que pesquisar o intrincado arquivo legislativo adotado até essa época). Mando, portanto a todas as autoridades a quem o conhecimento e execução da referida lei pertencer, que a cumpram e façam cumprir tão inteiramente como nella se contém. O Secretário desta Província a faça imprimir, publicar e correr. Dada no Palácio do Governo de São Paulo, aos 26 dias do mês de janeiro de 1.839. (a) Venâncio José Lisboa".página da Prefeitura de Santos - com notas e observações não atinentes ao texto original''
Economia do café thumb|direita|Bolsa do Café em Santos.
A economia do café no Brasil representou um impulso sem precedentes de crescimento para Santos. A inauguração da ferrovia São Paulo Railway ligando Santos às lavouras cafeeiras de Jundiaí em 1867 foi uma fonte de progresso inestimável, principalmente para o porto. A cidade aumentou sua população sobremaneira, ocupando toda a área entre o porto e o Monte Serrat, e as áreas conhecidas como Paquetá e Macuco. A cidade também fervilhava de ideias: foi um dos centros do movimento abolicionista, com a figura de Quintino de Lacerda e seu famoso quilombo no bairro do Jabaquara. O Teatro Guarany, primeiro grande teatro da cidade e palco de manifestações pela abolição, foi inaugurado em 1888.
Com a abolição da escravatura e a vinda de mão-de-obra italiana para substituir o trabalho dos negros, na agricultura, Santos se caracterizou como a porta de entrada do Brasil para os esperançosos imigrantes italianos e japoneses. Muitos deles acabaram se fixando na própria cidade ao invés de seguirem o destino até então traçado para eles.
O aumento populacional também acarretou problemas: uma grande epidemia de febre amarela em 1889 dizimou setecentas pessoas. Santos sofria constantemente com as doenças, com os alagamentos. A falta de saneamento básico era um problema, as doenças e os cortiços também. O Porto de Santos era temido, considerado o "porto da morte". Para sanar tais problemas, duas obras foram fundamentais: o Porto Organizado, inaugurado em 1892 pelos empresários Cândido Gaffrée e Eduardo Guinle, e o Saneamento de Santos, que é o responsável pelo fim definitivo das doenças e pela salubridade de Santos. A genialidade do projeto do engenheiro Saturnino de Brito teve o triplo mérito de drenar as planícies alagadas com os canais de drenagem - hoje marcos da paisagem urbana santista - de preservar a memória histórica do Centro e de ordenar a ocupação urbana da Ilha de São Vicente com um plano de ruas.
Século XX thumb|direita|Santos em 1910, por Benedito Calixto. Movimento operário No final do século XIX Santos teve um papel importante na formação do movimento operário brasileiro, resultado das transformações advindas da dinamização das atividades portuárias, da vinda de imigrantes, do processo de urbanização e do saneamento da cidade. O médico abolicionista e republicano Silvério Fontes lançou, em 1892, o primeiro jornal socialista do Brasil, chamado "A Ação Social". Em 1895, ao lado de Sóter de Araújo e Carlos de Escobar, também fundou o Centro Socialista. Em 1877, os carregadores de café organizaram uma das primeiras greves operárias do país, onde exigiam aumento de salário. A primeira paralisação geral em âmbito local no país, ocorrida em 1891, foi de grande importância para a experiência da formação da classe operária santista.
Em 1904, um grupo de trabalhadores da construção civil fundou a Sociedade Primeiro de Maio. Naquele mesmo ano, outro grupo constituido majoritariamente por trabalhadores em café organizou a Sociedade Internacional União dos Operários. Ao contrário da Primeiro de Maio, a Internacional tinha por objetivo agrupar todos os trabalhadores de Santos e não apenas uma categoria profissional. O ano de 1906 foi marcante para o movimento operário no Brasil devido às greves ocorridas nas principais cidades do país e à realização do Primeiro Congresso Operário, no Rio de Janeiro, quando foi fundada a Confederação Operária Brasileira (COB). Em Santos, a luta pela jornada de oito horas de trabalho (resolução do Congresso) teve início em 1907. As greves começaram pelos operários da construção acompanhados pelos trabalhadores da Companhia Docas de Santos. Em julho de 1907, foi criada a Federação Operária Local de Santos (FOLS), que reunia vários sindicatos da cidade. Em 1909, o anarcossindicalismo conquistou todos os grupos de operários organizados, unidos sob a liderança da FOLS.