HYPHY é um pacote de software de filogenia computacional, livre, multiplataforma (Mac, Windows e UNIX) criado para realizar análises de máxima verossimilhança de dados de sequência genética e está equipado com ferramentas para testar várias hipóteses estatísticas. O nome HYPHY é uma abreviação para "HYpothesis testing using PHYlogenies". Em janeiro de 2009, cerca de 250 artigos revistas científicas peer-reviewed citavam HYPHY.
HYPHY é desenvolvido por Sergei Kosakovsky Pond e Poon Art da UC San Diego, Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge.
Principais características
HYPHY suporta a análise de proteínas, nucleotídeos e sequências de códon, utilizando modelos padrão predefinidos ou modelos de evolução definidos pelo usuário. O pacote suporta a interação através de uma interface gráfica de usuário, bem como uma linguagem em batch para configurar análises grandes e complicadas e processar os resultados.
Hyphy inclui um conjunto versátil de métodos para detectar a evolução adaptativaem sítios de amino-ácidos individuais e/ou linhagens, incluindo generalizações de Nielsen-Yang PAML e abordagens Suzuki-Gojobori e muitos outros.
História
O desenvolvimento de Hyphy começou em 1997, com a primeira versão pública em 2000 A versão mais recente, a partir de janeiro 2009, é a 0.99+ beta, compilada em 8 de maio de 2008.
Software/Disponibilidade de código e licença
HYPHY é distribuído como software do código aberto com código-fonte liberado sob a licença GPL. Binários compilados para Mac OS (9 e X) e Windows estão disponíveis para download. O código fonte está disponível para que os usuários possam compilar o aplicativo Hyphy em sistemas Unix-like.
Um subconjunto de métodos de HYPHY para a detecção de evolução adaptativa também são disponibilizados pela equipe HYPHY na UC San Diego no cluster DataMonkey.
Ver também PHYLIP PAUP MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis Clustal Filogenética computacional Árvore filogenética Filogenética
Ligações externas Página oficial do HYPHY O servidor DataMonkey, que suporta uma variedade de ferramentas HYPHY (sem custo) fóruns de suporte HYPHY/DataMonkey
Categoria:Softwares de bioinformática Categoria:Filogenética computacional