As espécies endémicas de Portugal incluem animais e plantas cuja área de distribuição está completamente contida dentro do território de Portugal Continental e os arquipélagos dos Açores e Madeira. Não estão incluídas espécies autóctones cuja área de distribuição se estende para outros países, como por exemplo outros endemismos ibéricos. Aracnídeos Anapistula ataecina, Aranha - Grutas da Arrábida Araneus hortensis, Aranha-de-teia-radial-das-hortas - Arquipélago da Madeira Dysdera alentejana, Aranha - Alentejo interior Harpactea algarvensis, Aranha - Serra do Caldeirão Harpactea stalitoides, Aranha cavernícola das grutas do Algarve Hogna ingens, Tarântula-das-desertas - Ilha Deserta Grande Hogna insularum, Aranha - Arquipélago-da-madeira Lusoblothrus aenigmaticus, Pseudoescorpião cavernícola do Algarve Nesticus lusitanicus, Aranha das grutas das Serras de Aire e Candeeiros Roncocreagris blothroides, Pseudoescorpião cavernícola da Serra de Sicó Roncocreagris borgesi, Pseudoescorpião cavernícola da Serra de Sicó Roncocreagris cavernicola, Pseudoescorpião cavernícola da Serra de Sicó Roncocreagris gepesi, Pseudoescorpião cavernícola da Serra de Sicó Roncocreagris occidentalis, Pseudoescorpião cavernícola da Serra de Montejunto e Planalto das Cesaredas Titanobochica magna, Pseudoescorpião-gigante cavernícola do Algarve
Miriápodes Boreviulisoma barrocalense, Milpés cavernícola do Algarve Acipes bifilum, Milpés cavernícola do Algarve Acipes machadoi, Milpés cavernícola do Algarve Scutogona minor, Milpés cavernícola da Serra de Sicó Sireuma nobile, Milpés cavernícola do Alentejo
Crustáceos Porcellio cavernicolus, Bicho de conta cavernícola do centro de Portugal Trichoniscoides broteroi, Bicho de conta cavernícola da Serra de Sicó Trichoniscoides sicoensis, Bicho de conta cavernícola da Serra de Sicó Trichoniscoides meridionalis, Bicho de conta cavernícola das Serras de Aire e Candeeiros Trichoniscoides ouremensis, Bicho de conta cavernícola das Serras de Ourém Trichoniscoides subterraneus, Bicho de conta cavernícola do Algarve Troglarmadillium machadoi, Bicho de conta cavernícola do Algarve
Insectos Ariasella lusitanica, Mosca - Gilmonde Canace ophiusae, Mosca - Parede, Lisboa Chrysolina fragariae, Escaravelho - Arquipélago da Madeira Cryptocephalus crenatus, Escaravelho - Arquipélago da Madeira Cyrtonus elegans, Escaravelho - Sul de Portugal Cyrtonus versicolor, Escaravelho - Portugal Continental Domene lusitanica, Escaravelho cavernícola da Serra de Sicó Halictus frontalis, Abelha - Arquipélago da Madeira Hipparchia azorina, Borboleta - Arquipélago dos Açores Litocampa mendesi, Dipluro cavernícola do Algarve Psylliodes azoricus, Escaravelho - Ilha do Faial Squamatinia algharbica, peixinho-de-prata-gigante cavernícola do Algarve Tethina lusitanica, Mosca - Norte de Portugal Timarcha lusitanica, Escaravelho - Portugal Continental Trechus gamae, Escaravelho cavernícola do Planalto de Santo António Trechus lunai, Escaravelho cavernícola da Serra d'Aire Trechus tatai, Escaravelho cavernícola do Montejunto
Plantas thumb|Arméria-das-berlengas Armeria berlengensis, Arméria-das-berlengas - Arquipélago das Berlengas Armeria maderensis, Arméria-da-madeira - Ilha da Madeira Armeria pseudarmeria, Cravo-romano - Região de Sintra e Lisboa Chaerophyllum azoricum, nas açorianas ilhas de São Miguel, São Jorge, Pico e ilha das Flores Musschia wollastonii, Tangerão-bravo - - Ilha da Madeira
Mamíferos thumb|Exemplar adulto de morcego-dos-açores|alt=Exemplar adulto de morcego-dos-açores Nyctalus azoreum, Morcego-dos-açores - Arquipélago dos Açores
Aves thumb|Pombo-da-madeira thumb|Freira-da-madeira thumb|Priolo Columba trocaz, Pombo-da-madeira - Ilha da Madeira Pterodroma madeira, Freira-da-madeira - Ilha da Madeira Pyrrhula murina, Priôlo - Ilha de São Miguel Regulus regulus sanctae-mariae, Estrelinha-de-santa-maria - Ilha de Santa Maria Regulus madeirensis, Bis-bis - Ilha da Madeira
Répteis thumb|Lagartixa-da-madeira Teira dugesii, Lagartixa-da-madeira - Arquipélagos da Madeira e Açores Tarentola bischoffi, Osga-das-selvagens - Ilhas Selvagens
Peixes Achondrostoma occidentale, Ruivaco-do-oeste - Distrito de Lisboa Achondrostoma oligolepis, Ruivaca - Oeste e Norte de Portugal Hydrolagus lusitanicus, Quimera-lusitana - Algarve Iberochondrostoma lusitanicum, Boga-portuguesa - sudoeste de Portugal
Espécies endémicas de Portugal, Naturdata - Biodiversidade online. Página acedida em 20 de Agosto de 2012.
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