Nas fases finais, as equipes classificadas jogam em partidas eliminatórias de ida e volta, exceto no jogo final.
Sorteio e calendário
FaseData e hora do sorteioIdaVoltaDezesseis-avos-de final20 de dezembro de 201213:00 (UTC+1)14 de fevereiro de 201321 de fevereiro de 2013Oitavas-de-final7 de março de 201314 de março de 2013Quartas-de-finalA definir4 de abril de 201311 de abril de 2013Semifinais25 de abril de 20132 de maio de 2013Final15 de maio de 2013 na Amsterdam Arena, Amesterdão
Equipes classificadas Chave de coresCabeças de série para a fase de 16-avos de finalNão cabeças de série a fase de 16-avos de final
Fase de grupos da Liga Europa GrupoVencedoresVicesA AnzhiB Viktoria Plzeň Atlético de MadridC FenerbahçeD Bordeaux NewcastleE Steaua Bucureşti StuttgartF Dnipro NapoliG Genk BaselH Rubin Kazan InternazionaleI Lyon Sparta PrahaJ Lazio TottenhamK Metalist Kharkiv Bayer LeverkusenL Hannover Levante
Fase de grupos da Liga dos Campeões
GrupoEquipaE1063121610+6H Cluj106312108+2B96303990G86222550C 7621369–3F 66204915–6A56123610–4D 46114816–8
16-avos de final Jogos de ida
Jogos de volta
Rubin Kazan venceu por 2–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Newcastle venceu por 1–0 no agregado e avançou a próxima fase.
Stuttgart venceu por 3–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Internazionale venceu por 5–0 no agregado e avançou a próxima fase.
Basel venceu por 3–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Lazio venceu por 5–3 no agregado e avançou a próxima fase.
Tottenham venceu por 3–2 no agregado e avançou a próxima fase.
Viktoria Plzeň venceu por 5–0 no agregado e avançou a próxima fase.
Anzhi venceu por 4–2 no agregado e avançou a próxima fase.
Chelsea venceu por 2–1 no agregado e avançou a fase.
Fenerbahçe venceu por 1–0 no agregado e avançou a próxima fase.
Levante venceu por 4–0 no agregado e avançou a próxima fase.
3–3 no placar agregado. Zenit avança a próxima fase pela Regra do gol fora de casa.
Bordeaux venceu por 2–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Benfica venceu por 3–1 no agregado e avançou a próxima fase.
2–2 no placar agregado. Steaua Bucureşti venceu por 4–2 na Disputa por pênaltis.
Notas Nota 1: A partida entre Fenerbahçe x BATE Borisov foi disputada com portões fechados seguindo uma punição da UEFA devido aos incidentes ocorridos na partida valida pela fase de grupos contra o Borussia Mönchengladbach em 6 de dezembro de 2012.
Oitavas de final Jogos de ida
Jogos de volta
Rubin Kazan venceu por 2–0 no agregado e avançou a próxima fase.
Basel venceu por 2–1 no agregado e avançou a próxima fase.
4–4 no agregado. Tottenham avança a próxima fase pela regra do gol fora de casa.
Fenerbahçe venceu por 2–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Benfica venceu por 4–2 no agregado e avançou a próxima fase.
Newcastle venceu por 1–0 no agregado e avançou a próxima fase.
Lazio venceu por 5–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Chelsea venceu por 3–2 no agregado e avançou a próxima fase.
Notas <div id="Nota 2">Nota 2: A partida entre Fenerbahçe x Viktoria Plzeň foi disputada com portões fechados seguindo uma punição da UEFA ao Fenerbahçe devido a incidentes ocorridos na partida contra o BATE Borisov na fase de 16-avos de final.
<div id="Nota 3">Nota 3: A partida entre Lazio x Stuttgart foi disputada com portões fechados seguindo uma punição da UEFA à Lazio devido a incidentes ocorridos na partida contra o Borussia Mönchengladbach na fase 16-avos de final.
Quartas de final Jogos de ida
Jogos de volta
Chelsea venceu por 5–4 no agregado e avançou a próxima fase.
4–4 no agregado. Basel venceu por 4–1 a Disputa por pênaltis e avançou a próxima fase.
Fenerbahçe venceu por 3–1 no agregado e avançou a próxima fase.
Benfica venceu por 4–2 no agregado e avançou a próxima fase.
Semifinal Jogos de ida
Jogos de volta
Benfica venceu por 3–2 no agregado e avançou a final.
Chelsea venceu por 5–2 no agregado e avançou a final.
Final
Categoria:Liga Europa da UEFA de 2012–13