A história do Santos Futebol Clube começou em 1912, após três esportistas da cidade resolverem criar um clube de futebol. A primeira denominação criada para o clube foi Santos Foot-Ball Club.
Primeiros anos 250px|thumb|right|Convocação da assembleia para a criação do Santos FC. Foi no início do século XX que a cidade de Santos começou a realmente ser de grande importância para o Brasil. O porto despontava como um dos maiores do mundo. Por ele, passava a maior parte do café, produto forte na época, exportado pelo país. A vida social do município crescia rápido movida ao dinheiro dos barões do café e de seus negócios milionários com o porto. Em 1912, Santos já era a principal cidade exportadora de café do mundo. Os negócios iam bem e a cidade atraía cada vez mais o dinheiro dos fazendeiros do interior.
Apesar de na época os esportes aquáticos tais como o remo serem os mais praticados pelos jovens, já havia equipes da cidade fortes o bastante para disputarem com destaque o Campeonato Paulista de Futebol (criado em 1902): o Sport Clube Americano, fundado em 1903 e o Clube Atlético Internacional, fundado em 1902. O Internacional foi extinto em 1910 e o Americano mudou sua sede para São Paulo, deixando alguns praticantes descontentes e que decidiram então criar o seu próprio clube na cidade.
A fundação do Santos Futebol Clube ocorreu num domingo, dia 14 de abril de 1912, por iniciativa de Raymundo Marques, Mário Ferraz de Campos e Argemiro de Souza Júnior, três esportistas da cidade, que convocaram uma assembleia, por volta das 14 horas, na sede do Clube Concórdia (localizado na Rua do Rosário - atual Avenida João Pessoa), para a criação de um time de futebol. Durante a reunião, foi discutido o nome para a agremiação, dentre as sugestões estavam: Concórdia, Euterpe e Brasil Atlético, mas os participantes da reunião, por unanimidade, aceitaram a proposta de Edmundo Jorge Araújo: a denominação Santos Foot-Ball Clube. A primeira diretoria foi composta por: Sizino Patusca (presidente), George Cox (vice-presidente), José G. Martins (primeiro secretário), Raul Dantas (segundo secretário), Leonel Silva (primeiro tesoureiro), Dario Frota (segundo tesoureiro) e os diretores Augusto Bulle, João Carlos de Mello, Henrique Cross, Francisco Raymundo Marques, Cícero F. da Silva e Jomas de C. Pacheco.
Na mesma reunião foram decididas as cores do clube. O uniforme oficial escolhido era constituído por uma camisa com listras verticais azuis e brancas, separadas por um fio dourado, em homenagem ao Clube Concórdia, local daquela reunião.
thumb|left|230px|Time de 1913, já com as cores preto e branco.O primeiro jogo-treino foi realizado no dia 23 de junho, contra um combinado chamado Thereza Team. O Alvinegro, até então tricolor, venceu por 2 a 1, com gols marcados por Anacleto Ferramenta e Geraule Moreira Ribeiro. O primeiro jogo oficial ocorreu apenas em 15 de setembro daquele ano. O Santos venceu na estreia o Santos Athletic Club por 3 a 2. O primeiro gol oficial da história do clube foi marcado por Arnaldo Silveira.
Em 1913 o Santos disputou o Campeonato Santista e se sagrou campeão invicto, confirmando ser a equipe de futebol mais forte da cidade. Com isso credenciou-se a disputar o Campeonato Paulista de Futebol no mesmo ano, mas as dificuldades com as viagens constantes e os resultados ruins nos jogos forçaram a equipe a abandonar a competição. A única vitória foi justamente contra o time que no futuro se tornaria o principal rival e que também estreava no campeonato naquele ano: o Corinthians, vitória santista na capital por 6 a 3. Em 1915, o Santos voltou a disputar o Campeonato Santista, conseguindo o segundo título embora tenha usado o nome de União FC devido a APEA, liga a qual permaneceu afiliado, não o ter permitido participar com o nome oficial. Em 1916, o time das praias retomaria a disputa do Campeonato Paulista para ocupar de vez o lugar de uma das grandes equipes do estado e tornar-se um dos maiores vencedores da competição ao longo da história.
Ary Patusca, filho do primeiro presidente do clube, Sizino Patusca, foi o primeiro brasileiro a jogar em um clube estrangeiro. Como era costume naquele tempo, Ary Patusca havia sido mandado por seu pai para estudar na Suíça. Lá, entrou para o Brühl St. Gallen e foi campeão suíço de futebol, chegando até a jogar na seleção helvética. Depois de quatro anos na Europa, retornou ao Santos. Foi o artilheiro do time em 1915, com 19 gols.
O ataque dos 100 gols thumb|240px|left|Araken Patusca, um dos primeiros grandes ídolos do Santos.De 1921 a 1926, o Santos fez campanhas fracas no Campeonato Paulista, mas foi o período necessário para o surgimento da primeira geração do que se tornaria uma tradição no Alvinegro: descoberta e criação de jovens talentos.
A equipe de jovens garotos que formaria o ataque dos 100 gols, consagrando o Santos no cenário nacional, começou a ser gerada em 1923 com a chegada do jovem Araken Patusca, então com 16 anos. Na mesma época entraram para a equipe outros atletas de baixa idade.
Quatro anos após a chegada desses jovens, e com a inclusão de alguns nomes como o do extraordinário artilheiro Feitiço, o Santos estreava no Campeonato Paulista aplicando uma goleada, o que se repetiria por diversas vezes na competição. A vítima foi a equipe do Ypiranga, o jogo ficou em 12 a 1, com 7 gols de Araken. Foi o recorde de gols em uma única partida, só sendo superado 37 anos depois por Pelé.
Durante toda a disputa estadual o clube venceu por placares elásticos, o que resultou em 100 gols pró, média de 6.25 gols por partida. Mas a excelente campanha não foi coroada. No último jogo, quando o Peixe precisava de apenas um empate, foi derrotado pelo Palestra Itália, por 3 a 2, em partida muito conturbada. O Santos seria ainda vice-campeão em 1928 e 1929, sempre fazendo muitos gols. Em 1931 foi novamente vice-campeão, mas Araken não estava mais no clube (retornaria em 1935).
O ataque que entrou para a história como a famosa "linha dos 100 gols" era formado por Osmar, Camarão, Feitiço, Araken e Evangelista. Essa escalação foi ouvida por décadas, repetidas como um verso popular pelos torcedores de futebol de várias partes do país.
O marco histórico do ataque dos 100 gols foi resultado de um trabalho de características que, mais tarde, valeriam um trecho do hino oficial do clube: "Técnica e Disciplina".
Os lendários substantivos surgiram após dois confrontos amistosos contra a equipe do Vasco da Gama, onde o Peixe venceu os dois jogos, e foi chamado por jornalistas de o "Campeão da Técnica e da Disciplina".
Primeiro título Paulista (1935)
O Santos, que vinha batendo na trave quando o assunto era ganhar o Campeonato Paulista, finalmente superou seus rivais e começou, no dia 17 de novembro de 1935, a escrever uma história vitoriosa. O adversário naquele dia era o Corinthians e o Santos (que tinha somado 18 pontos), em seu último jogo na competição, precisava de apenas um empate para assegurar o seu primeiro título paulista. Ambos os alvinegros, e ainda o Palestra Itália, tinham chances de título, e as duas últimas partidas do campeonato eram verdadeiros confrontos diretos.
No primeiro turno da competição, o Corinthians havia vencido todos os jogos, mas depois, o time paulistano amargou 3 jogos sem vencer. Melhor para o Santos, que vinha logo atrás e aproveitou a chance de tomar a liderança e a manter até o final do campeonato.
No estádio de Parque São Jorge, o Corinthians era visto com certo favoritismo, por ter um time tradicional e forte que ainda jogaria em casa, mas nada que assustasse os jogadores santistas. A equipe entrou em campo com: Cyro, Neves e Agostinho; Ferreira, Marteletti e Jango; Saci, Mário Pereira, Raul Cabral Guedes, Araken Patusca e Junqueirinha, tendo como treinador Bilu. Os gols da partida foram marcados por Raul Cabral Guedes, aos 35 minutos do primeiro tempo, e Araken Patusca, aos 17 minutos do segundo tempo. O Santos venceu a partida por 2 a 0 e terminou o campeonato como o melhor ataque, com 32 gols. Assim, o Santos conquistava o seu primeiro título paulista.
Excursão ao Norte/Nordeste Nos anos 40, o Santos não conquistou nenhum título estadual, mas a partir da segunda metade da década, quando a presidência foi assumida pelo ex-goleiro Athiê Jorge Coury, passou a dar mostras do sucesso que o Santos teria anos mais tarde. O clube foi vice-campeão paulista em 1948 e revelou jogadores como o ponta-direita Cláudio Christovam de Pinho, titular na conquista da Seleção Brasileira no Campeonato Sul-Americano de 1949, e o meia Antoninho Fernandes, um dos maiores ídolos da história do clube.
A maior façanha nesse período foi a excursão ao Norte/Nordeste do país, de 29 de novembro de 1946 a 2 de fevereiro de 1947. Até ali nenhum time brasileiro tinha feito excursão tão longa àquela região sem perder. O Santos passou pelas capitais dos estados de Pernambuco, Rio Grande do Norte, Ceará, Maranhão e Pará, participando de 15 jogos, obtendo 12 vitórias e 3 empates.
Era Pelé thumb|194px|left|Pelé com a delegação do Santos durante uma excursão do clube na Holanda em 1962. Na foto, Pelé desembarca no aeroporto Schiphol, em Amsterdã. O prenúncio da grande fase do Santos começou em 1955, quando depois de 20 anos, voltou a ser campeão paulista, tendo o atacante Emmanuele Del Vecchio, artilheiro da competição com 23 gols.
Em 1956, chegaria à Vila Belmiro, trazido pelas mãos de Waldemar de Brito, o menino Pelé, de 15 anos, que deu de novo impulso à história do Santos, levando a conquistas que enalteceram o futebol brasileiro no planeta. O time do Santos vinha de grandes campanhas, sendo bicampeão paulista em 1955-1956, apresentando os craques Pepe e Zito, dentro outros. Com Pelé, o time se tornaria um dos maiores da história.
Pelé marcou seu primeiro gol com a camisa do Santos num amistoso com o Corinthians de Santo André, jogo em que o time da Vila Belmiro venceu por 7 a 1. Em 1958, ganhou seu primeiro Campeonato Paulista, estabelecendo como artilheiro o recorde de 58 gols que permanece até hoje. Neste Campeonato Paulista, o Santos marcou 143 gols.
O Santos com Pelé continuou nos anos seguintes a ganhar todas as principais competições que disputava. Em 1959, a conquista do primeiro Torneio Rio-São Paulo e o vice-campeonato brasileiro. Em 1960, mais um paulista. De 1961 até 1965 a hegemonia do futebol brasileiro com cinco títulos brasileiros (Taças Brasil), e foi em 1961, num jogo válido pelo torneio Torneio Rio-São Paulo contra o Fluminense, que Pelé marcou o famoso Gol de Placa, que foi homenageado pelo jornalista Joelmir Beting com uma placa. Em 1962 e 1963, o bicampeonato sul-americano da Copa Libertadores da América e o bicampeonato intercontinental. Só não ganhou todos os Campeonatos Paulistas de 1955 até 1969 pois o Palmeiras, time conhecido na época por "Academia", conseguiu interromper a sequência de tempos em tempos. Em 1967 o Santos daria início ao seu segundo tricampeonato paulista. Em 1968, o time com grandes revelações como Clodoaldo, Edu, Abel e Toninho Guerreiro, além de Pelé, voltaria a conquistar outra série de títulos nacionais e internacionais, como a Supercopa Sul-Americana e a Recopa dos Campeões Intercontinentais de 1968, além de mais um Campeonato Paulista e um Campeonato Brasileiro. Nessa década (1960-1969), foram 23 títulos oficiais conquistados.
No ano de 1969, as conquistas e a fama do Santos eram tão grandes que após uma excursão pela África, o clube ficou conhecido como "o time que parou a guerra", fato que ocorreu graças a jogos do time no Congo e na Nigéria. Nessa época havia um conflito entre República do Congo e República Democrática do Congo, enquanto o time esteve no local, esse conflito foi paralisado para que as pessoas pudessem ver o Santos jogar, outra guerra civil que existia no continente, era a Guerra de Biafra, na Nigéria, que também foi interrompida enquanto o Santos esteve presente na cidade de Benin, sul do país.