Para algumas regiões da cidade do Rio de Janeiro, a realização dos Jogos Olímpicos trouxe certos impactos negativos. Estas denúncias foram feitas por parte da Relatoria Especial do Conselho de Direitos Humanos da ONU para o Direito à Moradia Adequada. Segundo estas denúncias, nestas áreas estão acontecendo despejos forçados, especialmente na Zona Oeste da cidade, como por exemplo nas Vilas Recreio II Harmonia e Restinga, localizadas no Recreio dos Bandeirantes, que será o epicentro dos Jogos Olímpicos. Olimpíadas Truculentas – artigo de Raquel Rolnik, Relatora da ONU para o Direito à Moradia Adequada
Segundo reportagem da ESPN Brasil, desde 1981, que é desde quando o Banco Mundial compila em seu site oficial o crescimento do PIB de todas as nações do mundo, todas as nações-sede dos Jogos Olímpicos tiveram um crescimento de seu PIB tanto no ano anterior quanto no ano de disputa de seus Jogos.espn.uol.com.br/ Em 32 anos, Brasil será primeiro país a fazer Olimpíada ficando mais pobre Assim, com a retração da economia brasileira em 2016, o Brasil é o primeiro país a receber os Jogos Olímpicos e Paralímpicos ficando mais pobre.
Uma pesquisa realizada pelo Datafolha, em junho de 2013, mostrava que dos brasileiros acreditavam que os Jogos seriam prejudiciais ao país. Em julho de 2016, o percentual havia pulado para . Entre cariocas, essa proporção foi para . A taxa de brasileiros que se diziam "muito interessados" pelo evento caiu de , em 2013, para , em 2016.
Antes do Jogos Instabilidade política
Em 2014, a Operação Lava Jato, uma investigação da Polícia Federal do Brasil, descobriu a lavagem de dinheiro sem precedentes e de corrupção na empresa estatal de petróleo Petrobras. No início de 2015, uma série de protestos contra a suposta corrupção por parte do governo da presidente Dilma Rousseff começou no Brasil, desencadeado por revelações de que numerosos políticos estavam envolvidos no caso Petrobras. No início de 2016, o escândalo se transformou em uma crise política full-blown que afecta não só a presidente Dilma Rousseff, mas também ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva, resultando em manifestações massivas em todo o país, envolvendo milhões de manifestantes, tanto anti e pró-Rousseff.
A imprensa noticiou, durante a realização dos Jogos, que alguns torcedores foram retirados da arquibancada por estarem fazendo manifestações políticas ou religiosas.agenciabrasil.ebc.com.br/ No Rio, torcedor é retirado de arquibancada por protesto contra Temer Isto acabou gerando várias criticas, tanto da imprensa, quanto dos próprios torcedores. Segundo Mark Adams, porta-voz do COI, essa é uma regra que não foi criada para a Rio 2016. No dia 08 de agosto, o juiz federal João Augusto Carneiro Araújo concedeu uma liminar proibindo que os protestos sejam reprimidos, por entender que as repressões violam a liberdade de expressão.espn.uol.com.br/ Juiz federal concede liminar liberando manifestações políticas pacíficas na Olimpíada
Crise econômica
310px|thumb|Alteração percentual do Produto Interno Bruto (PIB) real do Brasil, até o ano dos jogos.
Nota: os valores para 2015 e 2016 foram posteriormente revisados para 3,5 e 3,3%, respectivamente|alt=Gráfico que mostra a alteração percentual do PIB do Brasil de 2010 a 2016.) Ao mesmo tempo, o Brasil enfrenta sua pior recessão econômica desde a década de 1990, levantando questões sobre se o país está adequadamente preparado para os Jogos de encontro a um contexto político e econômico volátil. De acordo com um porta-voz da OCDE a recessão brasileira duraria até 2018 e só poderia ser resolvida por novas eleições. Em 12 de maio, devido à crise econômica e política, a presidente Dilma Rousseff foi destituída de seus poderes e deveres por 180 dias, após uma votação de impeachment no Senado Federal, portanto, o vice-presidente Michel Temer foi presidente interino durante os Jogos., Globo.com, 12 de maio de 2016. Acessado em 30 de abril de 2016.
Segurança Violência urbana
thumb|Caça F-5EM Tiger II da Força Aérea Brasileira durante um treinamento de interceptação aérea para os Jogos
Desde a concessão das Olimpíadas de 2016 ao Rio de Janeiro, os problemas de criminalidade da cidade têm recebido mais atenção. Um helicóptero da polícia foi abatido em uma favela carioca durante uma das muitas guerras contra o narcotráfico na cidade e o piloto foi morto no incidente. O prefeito do Rio admitiu que existem "grandes problemas" enfrentados pela cidade, mas garantiu a segurança do evento. No entanto, ele também disse que tais preocupações e questões foram apresentados ao COI durante todo o processo de licitação. O governador do estado do Rio de Janeiro também destacou o fato de que Londres também enfrentou graves problemas de segurança, como um ataque terrorista que ocorreu no dia após a sessão do COI que escolheu a cidade como anfitriã dos Jogos Olímpicos de Verão de 2012, além de uma série de tumultos e saques poucos meses antes do evento.
O COI, no entanto, expressou otimismo quanto à capacidade da cidade e do Brasil de responder a estas preocupações, ao afirmar que sete anos é tempo suficiente para o Rio de Janeiro resolver o seu problema de criminalidade. O porta-voz do COI, Mark Adams, disse à Associated Press: "Temos confiança na sua capacidade de entregar os Jogos seguros em sete anos. A segurança é, naturalmente, um aspecto muito importante para quaisquer Jogos Olímpicos, não importa onde ele está no mundo. Isto é responsabilidade, naturalmente e inteiramente, das autoridades nacionais, regionais e municipais." Luiz Inácio Lula da Silva, ex-presidente do Brasil, observou que a cidade já sediou outros eventos de alto nível, sem grandes incidentes, como, por exemplo, os Jogos Panamericanos de 2007. thumb|Operação integrada de segurança para os Jogos Rio 2016 thumb|Segurança para cerimônia de abertura dos Jogos Olímpicos de Verão de 2016 no Estádio do Maracanã
O Rio de Janeiro iniciou um programa para controlar os níveis de criminalidade nas favelas locais. Unidades de Polícia Pacificadora (UPP) estão a ser usadas e construídas para reerguer a confiança das comunidades através do uso de patrulhas de rua e do trabalho cívico. Além disso, o Instituto de Segurança Pública do Rio de Janeiro informou que a taxa de homicídios do Rio de Janeiro nos primeiros cinco meses de 2012 foi a mais baixa nos últimos 21 anos, com 10,9 assassinatos para cada 100 mil habitantes. No entanto, apesar da queda no número de homicídios e de violações dos direitos humanos, a Human Rights Watch pediu que o Brasil a investigue os assassinatos extrajudiciais. A estimativa é de que cinco mil homens da Força Nacional de Segurança Pública e 22 mil oficiais das Forças Armadas (14,8 mil do Exército, 5,9 mil da Marinha e 1,3 mil da Aeronáutica), além do contingente fixo do Rio de Janeiro, atuem durante os Jogos Olímpicos.
Apesar das promessas para aumentar a segurança, ainda existem preocupações de segurança na cidade, com 2.036 mortes de janeiro a abril de 2016. Em 21 de maio de 2016, três membros da delegação espanhola foram assaltados à mão armada no bairro de Santa Teresa, por cinco jovens, dos quais dois estavam armados com pistolas. Em junho de 2016, um dos guarda-costas do prefeito foi assaltado e morto enquanto estava fora de serviço; um médico foi morto enquanto em uma via expressa; e a equipe paraolímpica da Austrália foi roubada à mão armada. Imagens também surgiram de um atirador apontando uma arma para carros na via expressa Linha Vermelha, a principal estrada para os locais de competição dos Jogos Olímpicos de Verão de 2016. Tiroteios durante confrontos entre gangues na Linha vermelha são relativamente comuns e já tiraram muitas vidas, incluindo a de uma menina de 17 anos em maio de 2016. O assassinato da menina e de outros incidentes levaram alguns países a considerar a possibilidade de trazer forças de segurança privadas para os Jogos Olímpicos.
Em 30 de junho de 2016, a polícia encontrou encontraram um pé e outras partes do corpo sobre a areia perto da Arena Copacabana, possivelmente de "uma mulher jovem ou adulta" que havia sido morta. Os oficiais disseram que as partes do corpo foram lavadas no mar, provocando possíveis preocupações adicionais sobre a violência no Rio.
No dia 31 de Julho, um funcionário contratado para supervisionar a segurança dos Jogos foi preso em flagrante, acusado de estupro de vulnerável.oglobo.globo.com/ Segurança é preso em flagrante por estupro de vulnerável no Parque Olímpico
Violência policial
A Anistia Internacional aponta ainda que no Rio, em 2015, um em cada cinco assassinatos foi cometido pela polícia, sendo que as vítimas são, em sua maioria, jovens negros moradores de favelas e periferias. Segundo a Anistia, o número de mortes causadas pela polícia aumentou nos meses que antecedem o evento, tendência que também foi registrada pela organização em São Paulo, cidade-sede da Copa do Mundo FIFA de 2014 e do torneio de futebol das Olimpíadas de 2016.
Ameaças terroristas Devido aos recentes atentados realizados em outros países, casos da França e da Bélgica, e ao maior número de adesões de brasileiros à ideologia do Estado Islâmico, em abril de 2016 a Agência Brasileira de Inteligência (ABIN) elevou o grau de risco de ataque do EI durante as Olimpíadas. Na época, o diretor do Departamento de Contraterrorismo (DCT), Luiz Alberto Sallaberry, informou que diversas medidas estavam sendo tomadas para evitar os possíveis ataques terroristas.
No início de julho de 2016 foi noticiado que militantes extremistas islâmicos usaram a rede social Telegram para divulgar uma compilação de 17 recomendações para a execução de atentados terroristas durante os Jogos Olímpicos no Rio de Janeiro. No dia 18, um grupo extremista no Brasil declarou lealdade ao Estado Islâmico e criou um canal chamado "Ansar al-Khilafah Brazil" no Telegram. A informação foi divulgada pela especialista norte-americana em monitoramento de atividades terroristas na web Rita Katz, do SITE. Um dia depois desta notícia, a ABIN divulgou uma nota oficial garantindo que "todas as ameaças relacionadas aos Jogos do Rio 2016 estão sendo minuciosamente apuradas, em particular as relacionadas ao terrorismo".
No dia 21 de julho de 2016, a Departamento de Polícia Federal deflagrou a Operação Hashtag onde foram presas 12 pessoas, supostamente militantes de uma célula do Estado Islâmico no Brasil. Esse grupo vinha sendo monitorado em redes sociais, sobretudo via Facebook e Twitter, e por aplicativos de troca de mensagens, e foram presos acusados de planejar um atentado terrorista durante a Olimpíada.
Infraestrutura Em 9 de maio de 2014, o tabloide britânico London Evening Standard reportou que o vice-presidente do COI, John Coates, alegou que a preparação do Brasil seria a "pior que ele havia experimentado" e reclamou que os projetos de construção e de infraestrutura estavam severamente atrasados. Segundo o jornal, "o COI formou uma força especial para acelerar e auxiliar a organização dos Jogos, mas a situação continuava crítica" e concluiu que uma intervenção em uma cidade-sede "nunca havia acontecido". As críticas do dirigente repercutiram na mídia do mundo inteiro. Em 2016, porém, Coates, que também é presidente do Comitê Olímpico Australiano, numa segunda visita ao Rio meses antes do início dos Jogos declarou estar realmente bem impressionado com os avanços realizados pelo Comitê Organizador, acreditando que os Jogos seriam entregues com propriedade. thumb|Vila Olímpica do Rio de Janeiro 2016 thumb|Ciclovia Tim Maia