A Universidade de Alcalá, Universidade Complutense, Universidade Cisneriana (, ) foi uma universidade que situava-se no município espanhol de Alcalá de Henares, que atualmente pertence à Comunidade de Madrid. Fundada em 1499 por Francisco Jiménez de Cisneros, durante os séculos XVI e XVII, tornou-se um grande centro de excelência académica.Casado Arboniés M, Díez Torre AR, Ruiz Rodríguez JI. La Universidad de Alcalá hacia la ciudad del saber. Una experiencia académica secular. Alcalá de Henares: Universidad de Alcalá, Servicio de Publicaciones; 2013. ISBN 978-84-15834-02-1 Em 1777 foi separada física e organicamente do Colégio Maior de Santo Ildefonso, e passou a ser denominada como Real Universidade de Alcalá (), tendo a sua sede no antigo edifício do Colégio Máximo dos Jesuítas de Alcalá de Henares. Em 1836 a universidade foi integrada juntamente com os ensinamentos dos Reais Estudos de Santo Isidoro e o Real Museu de Ciências Naturais de Madrid numa única instituição, criando assim a Universidade Central de Madrid, atualmente designada por Universidade Complutense de Madrid.

Entre os seus alunos e professores encontram-se: Antonio de Nebrija, Tomás de Vilanova, Juan Ginés de Sepúlveda, Inácio de Loyola, Domingo de Soto, Ambrosio de Morales, Benito Arias Montano, Francisco Suárez, Juan de Mariana, Francisco Vallés de Covarrubias, Antonio Pérez, João da Cruz, Mateo Alemán, Félix Lope de Vega, Francisco de Quevedo, Calderón de la Barca, Gaspar Melchor de Jovellanos, Andrés Manuel del Río, frei Diego Morcillo, Blas Ortiz, etc.

História Studium Generale (1293-1499) A 20 de maio de 1293, o rei Sancho IV de Leão e Castela concedeu a licença ao arcebispo de Toledo, Gonzalo García Gudiel, para criar um Studium Generale (Estudo Geral, como eram referidos os estudos universitários) em Alcalá de Henares, "com as mesmas franquezas para os professores e académicos, que eram concedidas ao Estudo Geral de Valhadolide".Privilegio de Sancho IV creando los Estudios Generales en la villa de Alcalá de Henares. Real carta al arzobispo Gonzalo García de Gudiel. Valladolid: 20/05/1293. Original en el Archivo Histórico Nacional, sección Universidades, carpeta 1, Documento s/n. Esses estudos sobreviveram ao longo do tempo até a sua integração com a refundação cisneriana. A 17 de julho de 1459, o papa Pio II entregou uma bula, pedida pelo arcebispo Alfonso Carrillo de Acuña, "para a construção de três Cátedras de Artes e Gramática neste estudo de Alcalá".Alonso Carrillo, arzobispo de Toledo, adjudica y dota las tres primeras cátedras de los Estudios de Alcalá de Henares. Alcalá de Henares: 17/09/1473. Original en el Archivo Histórico Nacional, Universidades, 1097 F, fols. 27v.-28v.Pio II. Bula dotando las tres cátedras creadas en Alcalá por el arzobispo Alonso Carrillo de Acuña. Bula Cum aliarum verum distributio. Mantua: 17/07/1459. Original en el Archivo Histórico Nacional, sección Universidades, libro 1095-F, pp. 9v-11r. Estas últimas cátedras, subsistentes daquele Estudo Geral do , foram integradas por Cisneros na "nova" universidade.La herencia de la universidad medieval. Biblioteca Histórica Marqués de Valdecilla. Exposiciones. 500 años de la Bula Cisneriana. 13 de junio de 1999.

Complutensis Universitas (1499-1836) miniatura|direita|O cardeal Francisco Jiménez de Cisneros. miniatura|A bula pontifícia do papa Alexandre VI que autorizou a fundação da Universidade de Alcalá (1499). miniatura|As constituições originais em latim do Colégio Maior de Santo Ildefonso (Francisco Jiménez de Cisneros, 22-01-1510). miniatura|direita|As constituições da Universidade de Alcalá, edição de 1627 em latim.

Cisneros, ex-aluno do Estudo Geral, criou a partir deste a Complutensis UniversitasÉ assim designada, como local de edição da primeira das suas grandes publicações, que também estabeleceu um marco importante na história da imprensa, a parte do Novo Testamento (1514) da Bíblia Poliglota Complutense: «In hac praeclarissima Complutensi Universitate, de mandato & sumptibus... Francisci Ximenez de Cisneros...industria & solertia... Arnaldi Guilielmi de Brocario, 1514 mensis ianuarij». (Universidade Complutense, de Alcalá ou Cisneriana) através das três bulas pontifícias concedidas pelo papa Alexandre VI a 13 de abril de 1499.Cardenal Cisneros. Súplica para que Alejandro VI expida una bula en la que se autorice la fundación del Colegio de San Ildefonso de Alcalá. Roma: 22/12/1498. Original en el Archivo Histórico Nacional, Universidades, carpeta 1, documento 1.Alejandro VI. Carta bulada que autoriza la fundación de un Colegio en Alcalá. Roma: 13/04/1499. Original en el Archivo Histórico Nacional, Universidades, carpeta 1, documento 3.Alejandro VI. Bula que regula el Régimen Académico del nuevo Colegio de Alcalá. Roma: 13/04/1499. Original en el Archivo Histórico Nacional, Universidades, carpeta 4, documento 2.Alejandro VI. Carta bulada que crea los Jueces Conservadores del nuevo Colegio de Alcalá. Roma: 13/04/1499. Original en el Archivo Histórico Nacional, Universidades, carpeta 3, documento 12.

Graças a esta bula, o cardeal fundou a instituição, dotando-a de todos os bens materiais e económicos necessários e oficializou os títulos emitidos por esta. Antes da entrega da bula pontifícia, Cisneros havia iniciado um amplo trabalho de compra de terrenos e construção: a futura Civitas Dei, Cidade de Deus, sob um esquema inovador (o primeiro câmpus universitário ex-novo do mundo) que seria exportado a diferentes universidades.

A primeira pedra do edifício foi lançada a 14 de março de 1501. O primeiro grupo de estudantes não começou os seus estudos até 18 de outubro de 1508, durante a festa de São Lucas. Entre os alunos deste grupo encontra-se Tomás García Martínez, futuro arcebispo de Valência, conhecido como Tomás de Vilanova.González Navarro R. Fundación del Colegio Mayor de San Ildefonso y Universidad de Alcalá de Henares. En: Aulas y saberes: VI Congreso Internacional de Historia de las Universidades Hispánicas (volumen I). Valencia: Universidad de Valencia; 1999. p.479-96.

Entre e 1509 e 1510 já funcionavam cinco faculdades: Artes e Filosofia, Teologia, Direito Canónico, Letras e Medicina.Reseña histórica. Universidad Complutense de Madrid. La fundación cisneriana: el Colegio Mayor de San Ildefonso. Biblioteca Histórica Marqués de Valdecilla. Exposiciones. 500 años de la Bula Cisneriana. 13 de junio de 1999. A 22 de janeiro de 1510, Cisneros dotou à fundação as «Constituições do Colégio Maior de Santo Ildefonso», reguladora normativa de todos os assuntos da comunidade universitária, onde eram especificados os direitos e deveres dos seus membros.González Navarro R. Constituciones originales del Colegio de San Ildefonso y Universidad de Alcalá de Henares. 1510. Original en el Archivo Histórico Nacional, Universidades, libro 1085.Cabañas González MD. Constituciones de la Universidad de Alcalá, 1510. Alcalá de Henares: Centro Internacional de Estudios Históricos Cisnerianos; 2010.

Cisneros adaptou a universidade para o novo período (a Idade Moderna), incentivando a sua participação ativa na sociedade e nas estruturas de poder, sem ser apenas um centro exclusivo para o cultivo erudito do conhecimento, como tinha sido confinado dentro dos muros dos conventos medievais. A universidade foi criada com três objetivos:La antigua Universidad de Alcalá. Conoceréis la Verdad. 11 de diciembre de 2011. religioso: instituição de ensino para formar eclesiásticos que recuperassem os valores da espiritualidade antiga perdidos durante a Idade Média; político: a formação de capacitados letrados e bispos nas estruturas de governo, capazes de dirigir os assuntos complexos da Monarquia Católica; cultural: a adequação da teologia aos princípios da Antiguidade Clássica.

Os dois principais cargos da universidade eram o de reitor, que era eleito entre os alunos do Colégio Maior de Santo Ildefonso, sendo a pessoa com a máxima autoridade académica, executiva, económica e jurisdicional; e o cancelário, que era nomeado de forma vitalícia pelo abade da Igreja Magistral dos Santos Justo e Pastor, que atribuía os graus académicos universitários pela autoridade apostólica que ostentava. Os cargos com numerosos confrontos ao longo da história da instituição.Delgado Calvo F. Abades Complutenses (que ocuparon el oficio de Canciller universitario) 1508-1832. Alcalá de Henares: Institución de Estudios Complutenses; 1986. ISBN 84-398-6610-0

O plano de estudos da Universidade de Alcalá transformou-a na bandeira do humanismo cristão. A teologia foi o eixo central da formação, sendo as disciplinas subsidiárias: Direito canónico, Filosofia, Medicina, Gramática, Retórica e as línguas bíblicas. A Faculdade de Teologia organizou as suas três cátedras principais, atendendo as três escolas mais importantes de ensino teológico do europeu: escutismo, nominalismo e tomismo. O seu magistério foi dado em igualdade de condições, dotando os alunos da possibilidade privilegiada, em terras hispânicas, de receber uma formação teologicamente ampla, sincrética e contrastada, sobre a base da própria multiplicidade dos postulados defendidos.Laura Fernando García. Nuevos tiempos para lo clásico: la recepción de la tradición cultural de la Antigüedad en la Universidad Complutense cisneriana. Res Pública Litterarum. Suplemento monográfico “Tradición Clásica y Universidad”. 2008.

A fundação cisneriana do Colégio Maior de Santo Ildefonso foi acompanhada com as dos outros colégios denominados «menores». Cisneros decidiu criar em 1513 seis novos colégios, em geral, de ordem independente, diferentemente de outros fundados posteriormente ligados às ordens religiosas, embora com uma certa dependência do Maior, já que às vezes os primeiros anos foram estudados neles. Os colégios menores criados pelo cardeal Cisneros foram: o Colégio de São Pedro e São Paulo, o único vinculado a uma ordem religiosa, a franciscana, que era o fundador;Nicolás Aniceto Alcolea. Colegio mayor de ss. Pedro y Pablo. Madrid: Imp. Manuel Martín; 1777. o Colégio da Mãe de Deus (conhecido como Colégio dos Teólogos) para estudar teologia, embora a medicina também tenha se destacado nele; o Colégio de Santa Catarina (conhecido como dos Artistas —bacharel em Artes— ou dos Físicos) para estudar a física de Aristóteles; o Colégio de Santa Balbina (conhecido como dos Lógicos) porque nele era cursada esta e outras disciplinas filosóficas e teológicas, correspondentes aos primeiros cursos de Artes; os Colégios de Santo Eugénio e de Santo Isidoro (dos Gramáticos, tanto latinos, como gregos) que no se fundiram, chamando-se Santo Ambrósio; miniatura|Manifesto de 1814 da Câmara Municipal de Alcalá de Henares que contraria a extinção e mudança da Universidade de Alcalá.Manifiesto del Ayuntamiento constitucional de Alcalá de Henares sobre los obtáculos que se ofrecen a la extinción o traslación de su Real Universidad. Alcalá de Henares: Oficina de Manuel Amigo, Impresor de la Real Universidad; 1814.

Após a morte de Cisneros durante o , os colégios menores começaram a se proliferar das ordens religiosas (agostinhos, o Colégio-Convento de São Basílio dos basílios, carmelitas calçados e descalços, cistercienses, clérigos regulares menores, dominicanos, franciscanos, jesuítas, mercedários calçados e descalços, e trinitários calçados e descalços), das ordens militares, de dioceses (como o Colégio Menor de São Clemente Mártir ou dos Manchegos), da fundação real (por Filipe II de Espanha, como de São Filipe e Santiago, chamado «do Rei»), e fundação privada (como de Santiago ou dos Cavaleiros Manriques, de Santa Catarina Mártir ou dos Verdes, de São Ciríaco e Santa Paula ou de Málaga, o Colégio Menor de São Jorge ou dos Irlandeses), tendo expandido a cidade universitária com vários colégios menores.