O processo que tem sido descrito como o genocídio dos povos indígenas no Brasil teve início com a colonização portuguesa das Américas, quando da implementação do cultivo da cana-de-açúcar na costa brasileira. Esse processo ocasionou a redução das populações indígenas no Brasil, por causa do tratamento violento e de doenças por colonos europeus.

Estima-se que dos 2,5 milhões de povos indígenas que viviam na região que hoje compreende o Brasil na época da chegada de Cabral, menos de 10% sobreviveram até os anos 1600. A principal razão para o despovoamento foram doenças como a varíola, que avançaram muito trazidas involuntariamente pelos europeus. O genocídio persiste na era moderna com a contínua destruição de povos indígenas da região amazônica.

Mais de 80 povos indígenas foram destruídos entre 1900 e 1957, e a população indígena em geral diminuiu mais de oitenta por cento, de mais de 1,2 milhão. A Constituição Brasileira de 1988 reconhece o direito dos povos indígenas a seguir seus modos de vida tradicionais e a posse permanente e exclusiva de suas "terras tradicionais", que são demarcadas como Territórios Indígenas.Constituição Federal do Brasil. Capítulo VII Artigo 231 . Na prática, no entanto, os povos indígenas do Brasil ainda enfrentam uma série de ameaças externas e desafios à sua existência continuada e herança cultural. O processo de demarcação é lento - muitas vezes envolvendo batalhas jurídicas prolongadas - e a Funai não possui recursos suficientes para garantir a proteção legal em terras indígenas.

Desde os anos 1980, houve um boom na exploração da floresta amazônica para mineração, extração de madeira e pecuária, o que representa uma grave ameaça para a população indígena da região. Os colonos ilegalmente invadindo terras indígenas continuam a destruir o meio ambiente necessário para os modos tradicionais de vida dos povos indígenas, provocam confrontos violentos e disseminam doenças. Povos como os acuntsus e kanoês foram levados à beira da extinção nas últimas três décadas.

Em 13 de novembro de 2012, a Articulação dos Povos Indígenas do Brasil (APIB) submeteu às Nações Unidas um documento de direitos humanos com reclamações sobre novas propostas de leis no Brasil que minariam ainda mais seus direitos se fossem aprovadas. Várias organizações não-governamentais (ONGs) foram formadas devido à contínua perseguição dos povos indígenas no Brasil, e a pressão internacional foi exercida sobre o Estado após a divulgação em 1967 do Relatório Figueiredo, que documentou violações maciças dos direitos humanos. Os abusos foram descritos como genocídio, etnocídio e genocídio cultural. As violências e pressões contrárias aos seus interesses nunca cessaram,"O genocídio dos povos indígenas. A luta contra a invisibilidade, a indiferença e o aniquilamento". Revista do Instituto Humanitas — Unisinos, 2015 (478) — EditorialMachado, Almires Martins. "Movimento indígena ou indígenas em movimento". In: MovimentAção — Revista do Programa de Pós-Graduação em Sociologia da Universidade Federal da Grande Dourados, 2017; 4 (6): 165-177CIMI, CNBB, CMP, CPT, CAPOIB, GMTE, Studio R & CONEN. "Resistência Indígena, Negra e Popular". In: Projeto História — Revista do Programa de Estudos Pós-Graduados de História da PUC-SP, 2000 (20)Santos, Gilberto Vieira dos & Thomaz Junior, Antônio. "O Movimento indígena contemporâneo e os conflitos territoriais". In: Geografia: Ambiente, Educação e Sociedades, 2020; 3 (1): 12–37 e novas denúncias de genocídio foram levadas em 2019 e 2020 ao Tribunal Penal Internacional e ao Supremo Tribunal Federal.

História O convívio dos povos indígenas com o restante da sociedade brasileira tem sido problemático desde o Descobrimento, mesmo com seus lados positivos, e não parece que as tensões vão se resolver tão cedo. Para uns o caminho inevitável é a progressiva assimilação à sociedade ocidental, para outros, o isolamento se revela a única maneira de preservar a identidade cultural das tribos, que se dissolve ou perde grande parte de suas características singulares invariavelmente em todos os casos de contato próximo e continuado com a civilização. Entre os extremos, explodem continuamente novos conflitos e disputas que causam mortes e outros tipos de violência, chegando as denúncias a fóruns internacionais como a ONU, a OEA e a OIT, sem que até agora houvesse solução satisfatória."Cimi pede intervenção da ONU para resolução de problemas indígenas no Brasil". Assessoria de Comunicação do CIMI, 04/04/2012.Coelho, Luciana. "OEA cancela audiência sobre Belo Monte após Brasil se negar a ir". Folha de S.Paulo, 26/10/2011

Colonização portuguesa

thumb|esquerda|Theodor de Bry: ''Ataque de portugueses e tupiniquins às aldeias tupinambás, c. 1592 thumb|esquerda|Debret: Carga de cavalaria guaicuru, 1822

Durante a colonização portuguesa das Américas, Cabral desembarcou da costa atlântica. Na década seguinte, os indígenas tupis, tapuias e outras tribos que viviam ao longo da costa sofreram grande despovoamento devido a doenças e violência. Um processo de miscigenação entre colonos portugueses e mulheres indígenas também ocorreu.Darcy Ribeiro - O Povo Brasileiro, vol. 07, 1997 (1997), pp. 28 a 33; 72 a 75 e 95 a 101. Estima-se que dos 2,5 milhões de povos indígenas que viviam na região que hoje compreende o Brasil, menos de 10% sobreviveram até os anos 1600. A principal razão para o despovoamento foram doenças como a varíola, que avançaram muito além do movimento dos colonos europeus.

A superioridade militar, administrativa e tecnológica dos portugueses logo se impôs, e até mesmo a sua arte foi usada em seu favor. Entendendo o índio como um ser bruto, quase um animal, que deveria ser domesticado ou derrotado, os portugueses não viam mal no processo colonizador, e de fato muitos acreditavam que a colonização iria salvar o indígena de terríveis erros morais e de sua "pobreza" cultural e material. Mas, na prática, mesmo que a Igreja Católica desde o tivesse reconhecido neles a condição de seres humanos, o europeu muitas vezes nem acreditava que possuíssem alma ou intelecto, não exigindo a consideração devida aos homens. Na sua lógica não havia justificativa para que os índios não aceitassem o jugo imposto, pois era para seu próprio bem. Os que não o fizessem espontaneamente, então nada os poderia salvar, pois como eram "apenas bestas", "peças" que podiam ser postas em mercado, estavam entregues à cobiça dos bandeirantes e capitães-do-mato caçadores de índios. Esta mentalidade, predominando, autorizou o massacre que se seguiu, numa época em que a conquista de outros mundos e a subjugação a ferro e fogo de outros povos eram coisa normal e tanto fonte de glória e honra como de lucro e poder. Algumas tribos aceitaram facilmente a dominação portuguesa, mas muitas outras resistiram, passando a ser perseguidas e exterminadas em massa, ou acabavam virando escravas.Araújo, A. V. (org). Povos Indígenas e a lei dos "brancos": o direito à diferença. Série Via dos Saberes n. 3. Edições MEC/Unesco, 2006, pp. 23-79Oliveira, Paulo Celso de. "O direito ao meio ambiente ecologicamente equilibrado e os direitos indígenas". In: Araújo, A. V. (org). Povos Indígenas e a lei dos "brancos": o direito à diferença. Série Via dos Saberes n. 3. Edições MEC/Unesco, 2006, pp. 102-121Paiva, José Maria de. "A Doutrina Feita aos Índios: Brasil, ". In: IX Simpósio Internacional Processo Civilizador: Tecnologia e Civilização. Ponta Grossa, 24-26/11/2005Lima, Luciana Alves de. Direito Socioambiental - Proteção da diversidade biológica e cultural dos povos Indígenas . Faculdade de Direito de Curitiba, 2009.

Porém, nas últimas décadas, as novas produções históricas têm dado visibilidade a uma outra análise da questão indígena. Sem negar a violência com que muitos europeus os trataram, elas têm passado a ver no índio não apenas uma vítima passiva da colonização europeia, mas também um agente que interferiu e teve papel fundamental no processo de construção da sociedade brasileira moderna. Sem a ajuda dos índios, a própria colonização teria sido impraticável. Índios amistosos comercializavam com os colonos portugueses, fornecendo-lhes víveres e produtos naturais valiosos como madeira, condimentos e substâncias medicinais, e contribuíram mesmo para escravizar e exterminar outros índios, participando das entradas e bandeiras, expedições portuguesas que visavam a escravização indígena.Fernandes, João Azevedo. ["POMPA, Cristina. 2003. Religião como tradução: missionários, Tupi e Tapuia no Brasil colonial. Bauru, SP: EDUSC/ANPOCS. 444 pp."]. Resenha. In: Mana, 2004; 10 (1)Cunha, Manuela Carneiro da. "O futuro da questão indígena". In: Estudos Avançados, 1994; 8 (20).Barreto, Cristiana. "Entre mistérios e malogros: os primeiros contatos com ameríndios da Amazônia". In: Scatamacchia, Maria Cristina M.; Solano, Francisco E. (org.). América, Contacto y Independência. Instituto Panamericano de Geografía y Historia, 2008, pp. 110-121

Início do século XX Na década de 1940, o Estado e o Serviço de Proteção ao Índio (SPI) deslocaram à força as tribos aicanãs, kanôcs, kwazás e salamáis para trabalhar nas plantações de seringueiras. Durante a viagem muitos dos povos indígenas morreram de fome, os que sobreviveram à viagem foram colocados em um assentamento do SPI chamado Posto Ricardo Franco. Essas ações resultaram na quase extinção da tribo Kanôc. O etnocídio dos Yanomami tem sido bem documentado, estima-se que existam nove mil pessoas atualmente no Brasil na bacia do Alto Orinoco e outras quinze mil na Venezuela. A ONG Survival International informou que durante os anos 80 até 40 mil garimpeiros entraram em território Yanomami trazendo doenças às quais os Yanomami não tinham imunidade, os garimpeiros atiraram e destruíram aldeias inteiras, e a Survival International estima que até 20% das pessoas morreram em dentro de sete anos. thumb|Homens se preparando para cortar ao meio uma mulher da etnia cintas-largas, em um território indígena, na região entre o Mato Grosso e Rondônia, em 1963, episódio conhecido como Massacre do Paralelo 11.

Em 1952, o Brasil ratificou a convenção de genocídio e incorporou em seu artigo II de leis penais da convenção. Enquanto o estatuto estava sendo elaborado, o Brasil argumentou contra a inclusão do genocídio cultural, alegando que alguns grupos minoritários podem usá-lo para se opor à assimilação normal que ocorre em um novo país. De acordo com o professor de direito da Universidade Vanderbilt Larry May, o argumento apresentado pelo Brasil foi significativo, mas o genocídio cultural não deve ser descartado, e esse tipo de genocídio deve ser incluído na definição de genocídio.

Ditadura militar