Muitos fatores contribuem para ameaçar o grupo de decápodes ao longo de sua distribuição, como declínio da qualidade de seu habitat, contaminação da água pelo uso de pesticidas ou por esgoto humano, silvicultura, construção de usinas elétricas, entre outros. A ordem Decapoda é a mais diversificada dentre o subfilo Crustacea (classe Malacostraca) apresentando espécies de grande interesse econômico como camarões, lagostas e caranguejos.
Dentre os grupos que se encontram com considerações em listas vermelhas Malacostraca possui 3016 espécies listadas (em 2019), sendo que Decápodes contabilizam mais de 95% de representatividade nos índices de conservação dessa classe, apresentando 2892 espécies listadas. Além disso, 1130 espécies da ordem mencionada estão sob o rótulo de Dados Insuficientes, ou seja, a situação de conservação de boa parte de Decápodes encontra-se ainda sob difícil determinação.
O Brasil assumiu um compromisso internacional com a conservação de sua fauna, flora e de seus ecossistemas ao assinar o termo de Convenção sobre diversidade biológica. Na Constituição Brasileira está previsto o plano de recuperação e o plano de gestão para espécies ameaçadas de extinção.
Segundo a União Internacional para Conservação da Natureza, as espécies ameaçadas podem ser categorizadas como:
Vulnerável: espécies que correm alto risco de extinção a médio prazo. Em perigo: corre risco muito alto de extinção em futuro próximo. Criticamente em perigo: Risco extremamente alto de extinção em um futuro imediato.
Outras categorias de espécies não ameaçadas:
Quase ameaçada: Não atinge o estado de ameaçado, mas está bem próximo de vulnerável, ou seja, se não protegido pode tornar-se espécie ameaçada. Menos preocupante: As informações existentes não justificam sua inclusão em espécies ameaçadas. Dados insuficientes: Os dados não permitem saber se está ou não ameaçado. É necessário maiores pesquisas para descobrir o estado de conservação da espécie.
Além desses critérios, a espécie pode ser classificada como Não avaliada, Extinto ou Extinto na natureza.
Infraordem Caridea No Brasil ocorrem três famílias de Caridea em águas continentais: Atyidae, Sergestidae e Palaemonidae (Sampaio et al, 2009). Caridea é uma infraordem de Decápodes, representada pelos populares camarões, estando distribuídos em 47 gêneros, muito diversos e sua morfologia corporal lembra uma lagosta.
A família Alpheidae, conhecido popularmente como camarão-estalo, ocorre em margem continental e ilhas oceânicas, sendo distribuída no Brasil em 81 espécies em 10 gêneros, onde nove espécies estão no Livro Vermelho da Fauna Brasileira de 2018, mas com avaliação “menos preocupante”, são elas: Alpheus cristulifrons; Alpheus peasei; Alpheus simus; Alpheus formosus; Synalpheus hemphillis; Synalpheus longicarpus; Synalpheus minus; Synalpheus sanctithomae; Synalpheus townsendi.
Muitas espécies, como as três primeiras, são encontradas em recifes de corais, sendo a ação antrópica a causa mais preocupante para a conservação dessas espécies.
Na família Palaemonídeos, somente para M. carcinus são conhecidas ações de conservação, sendo considerados vulneráveis nos estados do Rio de Janeiro, Pará e Espírito Santo. Além disso, a espécie está ameaçada de extinção nos estados: Pará, Piauí, Ceará, Pernambuco a São Paulo, Santa Catarina e Rio Grande do Sul.Andrade, K.S No Brasil várias espécies nativas de Macrobrachium possuem elevada importância econômica, onde na região do Vale do Ribeira as espécies M. carcinus e M. acanthurus são destaques para consumo humano. Esta região é considerada a mais importante reserva de água doce do estado (SP) e um dos melhores bancos genéticos do país, sendo importante local de conservação, visto que é um hotspot, tendo 40% do bioma Mata Atlântica.TELLES, A. 1997. A evolução geológica quaternária e a influência do Valo Grande na dinâmica sedimentar da área de Iguape, São Paulo. São Paulo. 98p. Dissertação de Mestrado. Universidade de São Paulo
Infraordem Brachyura miniaturadaimagem|168x168px|Chasmagnathus granulatus, Família Varunidae, (Decapoda, Malacostraca)
Família Varunidae Chasmagnathus granulatus No Brasil ocorre do Rio de Janeiro até o Rio Grande do Sul. São organismos semiterrestres, que vivem em tocas mas podem ficar expostos por horas. A espécie C. granulatus encontra-se ameaçada de extinção no Rio Grande do Sul.
Família Gecarcinidae A família Gecarcinidae possui duas espécies no Livro Vermelho da Fauna Brasileira de 2018:
Cardisoma guanhumi miniaturadaimagem|Cardisoma guanhumi, mais conhecido como guaiamu, Família Gecarcinidae, (Decapoda, Malacostraca). Criticamente em perigo No início era considerado um recurso pesqueiro importante na geração de renda de comunidades que ocupam áreas próximas à manguezais devido seu tamanho médio quando adulto, porém, com a degradação de seu habitat pela exploração imobiliária, monocultura (principalmente da cana-de-açúcar no Nordeste) e pela carcinicultura, tem levado a uma mudança na população com a redução do número de indivíduos adultos. Assim, se tornou cada vez menos explorado comercialmente, visto que indivíduos adultos e de grande porte são de maior valor comercial.
No Brasil, a espécie têm distribuição desde o Ceará à Santa Catarina. Sua coloração varia conforme a idade, sendo que na fase juvenil têm carapaça marrom, as laterais roxo claro e pernas marrons. Em sua fase de transição, o animal apresenta coloração roxa escura, enquanto a fase adulta apresenta cor azul lavanda.
Johngarthia lagostoma miniaturadaimagem|199x199px|Johngarthia lagostoma, também conhecido como caranguejo-amarelo, Família Gecarcinidae (Decapoda, Malacostraca) Em perigo. Apesar de serem popularmente conhecidos como “caranguejo-amarelo”, possuem representantes de colorações diversas como roxo e vermelho, além da cor que lhe dá o nome comum (por ser a mais abundante entre os indivíduos encontrados). Seu status encontra-se nesta categoria principalmente por ações antrópicas, como a influência do crescente turismo nas áreas em que se encontram, a agricultura e o aumento na urbanização, sendo esta última responsável pela diminuição da área de ocupação desta espécie.
Todavia, outros motivos influenciam sua existência, como a predação de espécies invasoras nos locais em que vivem. Este ambiente é o de ilhas, sendo essa espécie endêmica de Ilhas Oceânicas, com presença registrada em locais de território brasileiro: Arquipélagos de Fernando de Noronha, Atol das Rocas e Trindade e Martim Vaz.
As atividades que visam a conservação desta espécie é realizada por unidades de conservação, sendo essas encontradas em Atol das Rocas e Fernando de Noronha, nas unidades de preservação REBIO Atol da Rocas, PARNA Marinho de Fernando de Noronha, respectivamente.
Infraordem Anomura Família Aeglidae O gênero Aegla pertencente à família Aeglidae. Os organismos são exclusivamente de ambientes de água doce, ocupando rios, lagos, córregos bem oxigenados e com correnteza, e algumas espécies habitam cavernas de calcário com distribuição nas regiões temperadas e subtropicais do continente sul-americano. São animais de hábito bentônicos e territorialistas que vivem embaixo de rochas e folhiço. Em relação ao seu papel ecológico, são detritívoros que atuam na fragmentação de matéria orgânica, facilitando o transporte e decomposição desses componentes, são predadores de larvas aquáticas e importante fonte de alimento para peixes, rãs e aves. Os eglídeos constituem um importante componente da comunidade em sistemas límnicos, além de sua alimentação baseada em pequenos crustáceos, moluscos, algas e insetos, estes organismos têm papel essencial na ciclagem de nutrientes, fragmentando a biomassa de folhas que caem nos corpos d’água.
Em 2014, foi catalogado que até 36,5% das espécies de eglídeos, das 63 espécies conhecidas, poderiam encontrar-se ameaçadas ou em perigo. Além disso, das 42 espécies exclusivas de água doce brasileiras, 61% encontram-se ameaçadas, nas quais 8 espécies estão “criticamente em perigo”, 12 espécies estão “em perigo”, e 6 espécies estão “vulnerável”. Dentre os fatores que mais contribuem para este estado, incluem-se o alto grau de endemismo e a degradação de habitats, principalmente os de água doce.