A Igreja Católica no Sudão é parte da Igreja Católica universal, em comunhão com a liderança espiritual do Papa, em Roma, e da Santa Sé. Este é um país majoritariamente muçulmano, já que 90,7% de sua população professa a fé islâmica. Neste contexto, não apenas os católicos, mas os cristãos em geral, têm um cenário desfavorável no país, além de serem considerados "cidadãos de segunda classe". A apostasia do islã e a conversão para religiões não islâmicas costuma ser tratada como questão judicial no Sudão, e pode ser punida com a morte. O governo tem laços fortes com grupos jihadistas salafitas ligados à Al-Qaeda e ao Estado Islâmico, os quais têm liberdade de ação e acesso sem restrições à comunicação social. As comunidades cristãs costumam ter receios de conversas sobre a fé com os muçulmanos sudaneses, por medo de isso ser interpretado como um "ato que encoraja a apostasia contra o islã". O nível de perseguição que convertidos e africanos étnicos enfrentam é enorme. Para as escolas disponibilizarem instrução religiosa cristã, O Ministério da Educação requer um mínimo de 15 estudantes matriculados, número raramente alcançado desde a independência do Sudão do Sul. Os cristãos têm de recorrer a aulas extracurriculares de religião disponibilizadas pelas suas próprias igrejas.
História Da Antiguidade à colonização A região que hoje corresponde ao Sudão começou a ser colonizada pelo Antigo Egito em 2700 a.C. A influência romana levou o cristianismo a Dongola e Cartum no século IV, tornando-o muito influente na região, e criando "ilhas cristãs" que sobreviveram a sucessivas invasões de beduínos muçulmanos da Arábia, que chegaram à região vindos do Egito a partir do século VII. Ainda assim, durante quase um milênio, a maioria da população da região era cristã. Os abássidas, o Reino de Funje e outros estados muçulmanos governaram a área em sucessão, foram aos poucos islamizando o norte durante o século XV, resultando no fato de que o cristianismo já havia desaparecido por completo em 1600. Depois disso todo o norte sudanês aderiu ao islã, ainda que as crenças animistas persistissem. Alguns missionários jesuítas austríacos tentaram em vão evangelizar o local em 1846; Os esforços franciscanos em 1861 também não obtiveram sucesso.
Os recém-criados Padres de Verona conseguiram estabelecer uma missão em 1872, mas o regime de Maomé Amade arruinou o trabalho. Em 1881, uma revolta maciça eclodiu contra o governo de Ahmed, derrubando-o. Os Padres de Verona imediatamente renovaram seu trabalho no Sudão com 250 católicos. Após os britânicos derrotarem o autoproclamado Estado Madista, em 1898, os católicos puderam novamente entrar definitivamente no país. Em 1931, a população católica havia aumentado para 39.416. Em 1933, os missionários de São José de Mill Hill se juntaram aos Padres de Verona, no sul, onde a Igreja trabalhava entre as tribos nativas.
Os colonizadores tentaram evitar tensões religiosas entre muçulmanos e missionários cristãos e para isso, desviaram os esforços missionários cristãos para o sul — habitado por negros seguidores de religiões tribais. Acredita-se que até mesmo o túmulo do padre Daniel Comboni, hoje proclamado santo, tenha sido destruído para evitar que se transformasse em local de peregrinação.
Pós-independência Com a independência conquistada em 1956, conflitos entre facções do norte e do sul se iniciaram quase que instantaneamente. A guerra civil entre os sudaneses do norte e do sul levou o governo britânico a fechar temporariamente as 161 escolas missionárias no sul em 1955. A nova República do Sudão permitiu que elas reabrissem em 1956, mas expulsou vários missionários sob acusação de cumplicidade na revolta no sul. Em 1957, todas as escolas foram nacionalizadas como parte de uma política nacional de unificação que visava a progressiva islamização do sul. Um golpe militar liderado pelo general Ibrahim Abboud assumiu o controle do governo em 1958, continuando a política de islamização e impondo lei marcial. Em 1962, a Lei das Sociedades Missionárias (MSA) restringiu severamente a liberdade religiosa, tendo como principal alvo as igrejas cristãs do sul. A construção de igrejas foi proibida e a liberdade de opinião e expressão foi reduzida. A lei, aplicada rigidamente apenas no sul, resultou na expulsão de missionários estrangeiros. No final de 1964, quando mais de 200 padres e irmãs combonianos foram deportados indiscriminadamente, todos os missionários cristãos, com exceção de alguns sudaneses, foram expulsos do sul e todas as escolas missionárias foram fechadas. No norte, onde o proselitismo cristão não era realizado, os missionários continuaram se engajando no trabalho educacional e ministrando a pequenas comunidades de expatriados. Em 1965, foi instituído o Conselho de Igrejas do Sudão, uma organização que se envolveria em grandes trabalhos de assistência e reconstrução no sul durante as próximas décadas.
Em 1974, a hierarquia católica foi estabelecida e formou-se a Conferência dos Bispos Católicos do Sudão, a qual se tornou a primeira conferência episcopal nacional na história moderna da igreja a ser composta unicamente por bispos nascidos na África, após a aposentadoria do arcebispo de Cartum, Agostino Baroni, em 1981. Embora o Tratado de Adis Abeba do presidente Nimeiry tenha criado uma frágil paz entre o norte e o sul entre 1972 e 1983, suas políticas econômicas falharam, resultando em crescente inquietação. Em 1983, a guerra civil recomeçou sob a liderança do Exército Popular de Libertação do Sudão (SPLA), um grupo não-muçulmano sediado no sul. Os missionários que haviam retornado após o Tratado de Adis Abeba agora estavam sob o ataque do SPLA e do governo. Missões foram abandonadas e padres e irmãs foram mantidos reféns por meses pelo SPLA. Mais tarde, o grupo abandonou sua ideologia e permitiu que as igrejas trabalhassem.
Golpe de Estado A agitação política culminou em um golpe militar em 1985. Partidos políticos foram banidos, o islã se tornou a religião do Estado no norte, enquanto os códigos penais para todo o país tornaram-se de raiz islâmica em 1984. A situação de guerra e a crise de refugiados que tudo isso provocou marcaram profundamente a vida das comunidades cristãs e causaram o fracasso de muitas iniciativas pastorais. Em uma carta ao novo governo, chamada A Verdade Vos Fará Livres, em 1986, os bispos sudaneses pediram que o MSA fosse revogado, afirmando que "os cristãos sudaneses nunca gozarão de liberdade de profissão e prática religiosa, nem pública nem privada, enquanto existir o MSA de 1962". Não houve resposta do governo. Por ocasião da visita do Papa João Paulo II a Cartum, em fevereiro de 1993, o presidente do Sudão Omar al-Bashir prometeu revogar a MSA, mas isso não ocorreu. A curta viagem foi considerada um evento histórico em apoio aos esforços da Igreja. Em seu sermão, o Pontífice falou do longo sofrimento do povo sudanês e da experiência do sul como "um calvário vivo".
A partir de 1989, a presença da Igreja Católica nas áreas mantidas pelos rebeldes cresceu perceptivelmente, e o trabalho de evangelização, reabilitação e assistência humanitária era realizado sob a liderança de dois bispos e um administrador apostólico. Sua atividade incluiu o apoio em todos os níveis. Em fevereiro de 1990, os católicos se uniram às outras igrejas cristãs do Sudão na formação do Novo Conselho de Igrejas do Sudão para unificar os esforços humanitários em andamento para ajudar as vítimas da guerra civil. Além de ajudar os residentes em áreas militarizadas, a Igreja se dedicou a trabalhar entre os refugiados e os deslocados, tornando as missões católicas um símbolo de salvação para milhares de pessoas que de outra forma viveriam sem um teto e privadas de alimentação na região atingida pela fome.
Ao longo dos anos 90, a situação do Sudão continuava a se deteriorar, com o SPLM travando uma guerra contra o governo muçulmano. Em 1990, os missionários foram expulsos da província de Cordofão do Sul e em 1992 de Juba, hoje a capital do Sudão do Sul. No norte, os missionários que estavam envolvidos principalmente no trabalho educacional e no ministério de comunidades de estrangeiros foram autorizados a permanecer. A Igreja estabeleceu Centros Multiuso (MPC) em casas alugadas ou construídas nos campos de posseiros com lama e palha. Dirigidos por catequistas ou líderes leigos auxiliados por um comitê, os MPCs ofereciam programas educacionais e religiosos: jardim de infância para crianças, educação de mulheres, programas de leitura, um catecumenato organizado e reuniões de oração aos domingos. Em 1998, foi relatado que a Igreja estava comprando crianças órfãs para livrá-las de seus captores.
Em 1995, o Papa São João Paulo II afirmou em sua Exortação Apostólica Ecclesia in Africa:
A nova constituição promulgada em 1999 fez pouco para promover a tolerância religiosa, proclamando a sharia e o costume islâmico como a fonte de toda a legislação. Os líderes católicos reagiram com uma atitude de abertura e expressaram o desejo de diálogo como meio de promover esforços de paz, dignidade humana e respeito mútuo, mas rejeitaram a imposição de um estado islâmico. Como o cristianismo se tornou um símbolo de resistência à imposição desse estado, os padres católicos continuaram sendo o foco de assédio por parte da polícia e, às vezes, eram sujeitos a detenções falsas. Em 1998, dois padres foram acusados de uma tentativa de bombardeio em Cartum, mas depois foram libertados.
Atualmente thumb|right|250px|Interior da Catedral de São Mateus, em Cartum. Em 2000, a comunidade católica continuou a residir no sul do Sudão e era formada em quatro ritos: armênio, caldeu, maronita e romano. Havia nesse ano um total de 104 paróquias, atendidas por 188 padres diocesanos e 123 religiosos. Outros religiosos, que ajudaram nos esforços humanitários e operavam as 206 escolas primárias e 22 secundárias do país. Há a suspeita de que o governo sudanês explora as divisões internas ou as tendências dissidentes nos grupos religiosos minoritários para enfraquecer igrejas e outras congregações, sobretudo no caso de conflitos relacionados com bens imóveis propriedade da Igreja. Financeiramente, a Igreja Católica sudanesa é completamente dependente do apoio da internacional, o clero encontra-se espiritualmente esgotado e há o peso grande das rivalidades tribais, que são muitas vezes mais importantes do que a noção de comunidade.
Sendo a sede do governo, Cartum é o foco de ação anticristã, arrasando igrejas, escolas e outras estruturas da Igreja, confiscando suas propriedades e recusando licenças para novas construções. Em 2000, um esquadrão policial armado entrou na residência dos padres da escola secundária do Colégio Comboni para procurar imigrantes ilegais. Outra preocupação era a tomada de escravos — geralmente cristãos ou praticantes de crenças indígenas — na zona de guerra do sul e seu transporte para o norte do Sudão. Neste mesmo ano, o governo iniciou um desmantelamento dos campos de refugiados, e obrigando seus moradores a viver no meio do deserto. A Igreja também atuou nos campos de refugiados sudaneses existentes no Zaire, Uganda e Quênia.
No dia 8 de fevereiro de 2000, uma escola dirigida pela Igreja Católica foi atacada por um avião do governo, que lançou quatro bombas durante uma aula de inglês que acontecia fora da sala, com os alunos sentados sob uma árvore. A maioria das 14 vítimas mortas era de estudantes do ensino fundamental, além da professora, de 22 anos. Outras 17 crianças ficaram feridas. Um jornalista que testemunhou o ataque, Stephen Amin, relatou o avião despejou as quatro bombas no local e depois mais oito perto de outras duas escolas de vilas próximas. Um vídeo amador feito poucos minutos depois mostra uma criança correndo com a mão estraçalhada e a diretora do colégio tentando segurar os intestinos de outro garoto atingido pelos estilhaços na barriga. O segundo menino morreu logo em seguida.