História da cidade de São Paulo ocorre paralelamente à história do Brasil, ao longo de aproximadamente anos de sua existência, contra os mais de quinhentos anos do país. Todavia tenha sido marcada por uma relativa inexpressividade, seja do ponto de vista político ou econômico, durante os primeiros três séculos desde sua fundação, São Paulo destacou-se em diversos momentos como cenário de variados e importantes momentos de ruptura na história do país.
São Paulo surgiu como missão jesuítica, em 25 de janeiro de 1554, realizada pelo padres Manuel da Nóbrega e José de Anchieta, reunindo em seus primeiros territórios habitantes de origem tanto europeia quanto indígena. Com o tempo, o povoado acabou caracterizando-se como entreposto comercial e de serviços de relativa importância regional. Esta característica de cidade comercial e de composição heterogênea vai acompanhar a cidade em toda a sua história, e atingirá o seu ápice após o espetacular crescimento demográfico e econômico advindo do ciclo do café e da industrialização, que elevariam São Paulo ao posto de maior cidade do país.
Período Pré-Colonial As datações por carbono-14 mais antigas obtidas até o momento sugerem que os primeiros grupos humanos se estabeleceram no atual estado de São Paulo nos milênios iniciais do Holoceno, há entre 11 e 9 mil anos. Essa ocupação inicial se deu por populações indígenas nômades que viviam em pequenos acampamentos, possuíam uma economia caçadora que necessitava de uma diversidade de artefatos líticos produzidos pela técnica de lascamento, bem como instrumentos confeccionados a partir de matéria prima orgânica (como osso e madeira). Entre os artefatos líticos produzidos podem ser destacados os raspadores unifaciais de grandes dimensões, bastante utilizados para atividades de descarne de animais, assim como pontas de projéteis e percutores. A princípio, como forma de facilitar o entendimento dos processos de ocupação da região, pesquisas arqueológicas voltadas para o contexto do território paulista associaram essas populações a duas tradições arqueológicas distintas: Umbu e Humaitá.
Por sua vez, os registros arqueológicos mais antigos já descobertos no município de São Paulo foram coletados no sítio Morumbi, apresentando uma datação estimada de 5 500 anos Antes do Presente. Encontrado por acaso em 1964, no sítio Morumbi foram identificadas mais de 200 000 peças líticas ao longo de quatro etapas de escavações, o que reforçaria a hipótese de que se tratava de uma área para obtenção de matéria-prima para produção de ferramentas de pedra. Em 2002, durante as obras do Rodoanel, foi encontrado um outro sítio arqueológico com grande número de fragmentos de pedras lascadas, o qual foi denominado Jaraguá 2.
Os registros arqueológicos referentes às populações horticultoras e ceramistas são logicamente mais recentes em São Paulo e arredores, provavelmente remontando aos primeiros séculos da era cristã. Dominando a agricultura de cultivares ricos em carboidratos como o milho e a mandioca, tais grupos apresentavam uma densidade demográfica maior, sendo estes os antepassados das populações falantes de línguas filiadas aos troncos Macro- Jê e Tupi. Apesar de também produzirem ferramentas a partir de rochas e outros materiais, os vestígios arqueológicos pelos quais são mais conhecidos são as cerâmicas. É o caso dos sítios Jaraguá 1, sítios arqueológicos Jardim Princesa I e II e Penha, locais onde a cerâmica encontrada foi associada à Tradição Tupiguarani. Outros sítios arqueológicos onde material cerâmico indígena foi encontrado, porém sem associação com tradições arqueológicas conhecidas são: Olaria II, Jaraguá Clube e Paulistão. Há também evidências abundantes da presença de populações ceramistas Jê, geralmente associados pela literatura arqueológica à Tradição Itararé-Taquara.
Durante o século XIX, diversas pesquisas históricas concluíram, com base em documentos do período colonial, que as terras do Planalto de Piratininga eram habitadas pelos Guaianás (também conhecidos como Guaianazes). Embora hoje saiba-se que estes grupos eram relacionados ao tronco linguístico Macro-Jê, possivelmente ancestrais dos atuais Kaingang, foram frequentemente associados aos povos de língua tupi-guarani pela historiografia paulista oitocentista. De acordo com Monteiro:
“...a ‘tradição histórica’ teria se originado com Gabriel Soares de Sousa ainda no século XVI, que de forma bastante vaga atribuía aos Guaianá um território que se estendia de Angra dos Reis a Cananeia, tradição essa vulgarizada por Pedro Taques, Frei Gaspar, Machado de Oliveira, Varnhagen, Azevedo Marques e Couto de Magalhães, entre outros, que confundiam os Guaianá de Soares de Sousa com os Tupi de outras fontes coêvas (Ribeiro, 1908, 183). Nessas alturas, porém, Teodoro Sampaio já havia matado a charada: a partir de um criterioso estudo dos escritores quinhentistas, concluiu o tupinólogo baiano que os Guaianá eram, de fato, um grupo não-tupi mas não eram os principais habitantes das áreas posteriormente colonizados pelos portugueses (Sampaio, 1897 e 1903)”.Por outro lado, dados e informações arqueológicas e historiográficas dos séculos XVII e XVIII demonstraram que os Guaianá eram bastante numerosos na vila de São Paulo nessa época, visto que eram capturados pelas expedições bandeirantes para servirem como escravos nas lavouras. O termo “Guaianá”, contudo, não descreve necessariamente um povo em específico, mas diversas populações não-Guaranis, não sendo um termo usado pelos próprios indígenas. De acordo com os relatos deixados pelos jesuítas no século XVI, o chamado planalto de Piratininga era habitado predominantemente por grupos tupis quando da chegada dos europeus, sendo frequentemente citados os tupiniquins.
Piratininga é termo do tupi antigo que significa "peixe seco". Conforme o historiador Varnhagen, a motivação do nome é a piracema que ocorre no rio homônimo, na região. Ao baixarem as águas, os peixes ficam na areia, mortos, donde o nome.
Período colonial Antecedentes Em 1532, Martim Afonso de Sousa fundou no litoral de São Paulo a primeira vila brasileira, de São Vicente. Onde ocorreu o primeiro conflito entre europeus na América Sul, a Guerra de Iguape. Donatário da capitania de São Vicente, Martim Afonso incentivava a ocupação da região e outras vilas são criadas no litoral (Itanhaém, 1532; Santos, 1546). Poucos anos depois, vencida a barreira representada pela serra do Mar, os colonizadores portugueses avançam pelo planalto Paulista, estabelecendo novos povoados. Em 1553, João Ramalho, que vivia no planalto desde antes da criação de São Vicente, funda a vila de Santo André da Borda do Campo, situada no caminho do mar (atual região do ABC paulista). Explorador português, João Ramalho era casado com a índia Bartira. Esta, por sua vez, era filha do cacique Tibiriçá, chefe da tribo dos tupiniquins.BUENO, E. Capitães do Brasil: a saga dos primeiros colonizadores. Rio de Janeiro. Objetiva. 1999. p. 61. João Ramalho encontrava-se, dessa forma, apto a exercer a função de intermediário dos interesses portugueses junto aos indígenas.
Fundação right|thumb|Fundação de São Paulo, 1913. Pintura de Antônio Parreiras.
Interessado em estabelecer um local onde pudesse catequizar os indígenas longe da influência dos homens brancos,VASCONCELOS, Simão de, padre. Crônica da Companhia de Jesus. Citado em Teodoro Sampaio, pág. 233. o padre Manuel da Nóbrega, superior da Companhia de Jesus no Brasil, observou que uma região próxima, localizada sobre um planalto, seria o ponto ideal, então chamado de Piratininga. Em 29 de agosto de 1553, padre Nóbrega fez 50 catecúmenos entre os nativos, o que fez aumentar a vontade de fundar um colégio jesuíta no Brasil.'KEHL, Luiz Augusto. Simbolismo e Doutrina na Fundação de São Paulo. in: BUENO, Eduardo (org.). Os Nascimentos de São Paulo. Rio de Janeiro: Ediouro, 2004. pág. 93-93.</big>
Embora a busca da catequese sem a influência do homem branco fosse um objetivo, o que precipitou a mudança para o planalto foi a necessidade de resolver o problema de alimentação dos indígenas que estavam sendo doutrinados, como afirma o padre Anchieta:ANCHIETA, Padre José de (1534-1597) (2004). Carta do quadrimestre de maio a setembro de 1554, dirigida por Anchieta ao Santo Ignácio de Loyola, Roma. (Certidão de Nascimento de São Paulo). p. 140-158. In: Minhas Cartas por José de Anchieta. 158 p. São Paulo, Associação Comercial de São Paulo. Os textos das cartas de Anchieta e as notas de rodapé foram extraídas do livro "Cartas, correspondência ativa e passiva" do padre Hélio Abranches Viotti, S. J., Edições Loyola, SP, 1984.Em janeiro de 1554, um grupo de jesuítas, comandado pelo padre Manuel da Nóbrega e auxiliado pelo igualmente jesuíta José de Anchieta, chega ao planalto, auxiliado por João Ramalho. Com o objetivo de catequizar os indígenas que viviam na região, os jesuítas erguem um barracão de taipa de pilão, em uma colina alta e plana, localizada entre os rios Tietê, Anhangabaú e Tamanduateí, com a anuência dos chefes indígenas locais, como o cacique Tibiriçá, que comandava uma aldeia de tupiniquins nas proximidades, e o chefe Tamandiba.<ref>NAVARRO, E. A. Dicionário de Tupi Antigo: a Língua Indígena Clássica do Brasil. São Paulo. Global. 2013. p. 515.</ref> Em 25 de janeiro daquele ano, dia em que se comemora a conversão do apóstolo Paulo, o padre Manuel de Paiva celebra a primeira missa na colina. A celebração marcou o início da instalação dos jesuítas no local, e entrou para a história como o nascimento da cidade de São Paulo. Dois anos depois, os padres erguem uma igreja – a primeira edificação duradoura do povoado. Em seguida, ergueram o colégio e o pavilhão com os aposentos. Destas construções originais, resta apenas uma parede de taipa, onde hoje encontra-se o Pátio do Colégio.
Ao redor do colégio, formou-se uma pequena povoação de indígenas convertidos, jesuítas e colonizadores portugueses. Em 1560, a população do povoado seria expressivamente ampliada, quando, por ordem de Mem de Sá, governador-geral da colônia, os habitantes da vila de Santo André da Borda do Campo são transferidos para os arredores do colégio. A vila de Santo André é extinta, e o povoado é elevado a esta categoria, com o nome de "Vila de São Paulo de Piratininga". Por ato régio, é criada, no mesmo, ano, sua Câmara Municipal, então chamada "Casa do Conselho". É provavelmente nesse mesmo ano de 1560 que é criada a "Confraria da Misericórdia de São Paulo" (atual Santa Casa de Misericórdia).
Em 1562, incomodados com a aliança entre tupiniquins e portugueses, os tupinambás, unidos na Confederação dos Tamoios, lançam uma série de ataques contra a vila em 9 de julho, ANCHIETA, José de. Minhas Cartas. São Paulo: Editora Melhoramentos, pág. 93. no episódio conhecido como Cerco de Piratininga. A defesa organizada por Tibiriçá e João Ramalho impede que os tupinambás entrem em São Paulo, e os obriga a recuar, em 10 de julho do mesmo ano. miniaturadaimagem|250x250px|Pátio do Colégio, em São Paulo, fundado por Nóbrega, Anchieta, Paiva e Brás em 1554. Fotografia de Militão Augusto de Azevedo, em 1862. Ponto de origem da expansão territorial e da colonização do interior do país, e hoje a maior cidade do Hemisfério Sul e a quinta maior cidade do mundo. Ainda em 1590, com a iminência de um novo ataque a cidade novamente se prepara com obras de defesa, e é claro que nesse ambiente cheio de incertezas a prosperidade se torna impossível. Mas na virada do século XVII a situação se acalma e se consolida o povoamento, nas palavras de Alcântara Machado: