thumb|370x370px|Mapa dos locais relacionados ao genocídio Isaaq

O genocídio dos Isaaq (, ), ou holocausto de Hargeisa foi o massacre sistemático e patrocinado pelo Estado de civis Isaaq entre 1987 e 1989 pela República Democrática da Somália sob a ditadura de Siad Barre. O número de mortes de civis neste massacre é estimado entre 50.000-100.000 de acordo com várias fontes, enquanto os relatórios locais estimam o total de mortes de civis em mais de 200.000 civis Isaaq. Este genocídio também incluiu o arrasamento e destruição completa da segunda e terceira maiores cidades da República da Somália, Hargeisa (que foi 90 por cento destruída) e Burao (70 por cento destruída), respectivamente, e fez com que 500.000 somalis (principalmente do clã Isaaq) fugissem de suas terras e cruzassem a fronteira para Hartasheikh na Etiópia como refugiados, no que foi descrito como "um dos maiores e mais rápidos movimentos forçados de pessoas registrados na África", e resultou na criação do maior campo de refugiados do mundo (1988), com outros 400.000 deslocados. A escala de destruição levou Hargeisa a ser conhecida como 'Dresden da África'.

Na zona rural, a perseguição de Isaaq incluiu a criação de uma seção mecanizada das Forças Armadas da Somália chamada Dabar Goynta Isaaka (Os Exterminadores de Isaaq) consistindo inteiramente de não-Isaaqs (principalmente do clã ogaden), esta unidade conduziu um "padrão sistemático de ataques contra aldeias civis desarmadas, pontos de abastecimento de água e áreas de pastagem do norte da Somália [Somalilândia], matando muitos de seus residentes e forçando os sobreviventes a fugir para áreas remotas em busca de segurança", o que resultou no despovoamento de aldeias inteiras e cidades sendo pilhadas. O estupro também foi usado como arma contra os Isaaqs. A Human Rights Watch afirma que esta unidade, juntamente com outros ramos das forças armadas, foram responsáveis por aterrorizar nômades Isaaq no campo.Somalia: A Government at War with its Own People. Human Rights Watch, 1990, p.89. Dabar Goynta Isaaka mais tarde se transformaria em um sistema de governança onde as autoridades locais colocariam as políticas mais linha-dura em vigor contra a população Isaaq local.Somalia: A Government at War with its Own People. Human Rights Watch, 1990, p.115

O governo da Somália também plantou um milhão de minas terrestres dentro do território Isaaq.

Em 2001, as Nações Unidas encomendaram uma investigação sobre as violações anteriores dos direitos humanos na Somália, especificamente para descobrir se "crimes de jurisdição internacional (ou seja, crimes de guerra, crimes contra a humanidade ou genocídio) foram perpetrados durante a guerra civil do país". A investigação foi encomendada conjuntamente pela Unidade de Coordenação das Nações Unidas (UNCU) e pelo Escritório do Alto-comissário das Nações Unidas para os Direitos Humanos. A investigação foi concluída com um relatório confirmando o crime de genocídio cometido contra os Isaaqs na Somália. O investigador das Nações Unidas, Chris Mburu, afirmou:Com base na totalidade das evidências coletadas na Somalilândia e em outros lugares, tanto durante quanto após sua missão, o consultor acredita firmemente que o crime de genocídio foi concebido, planejado e perpetrado pelo governo da Somália contra o povo Isaaq do norte da Somália entre 1987 e 1989.

Plano de fundo

Era pós-colonial O primeiro estado somali a obter independência das potências coloniais foi a Somalilândia , um antigo protetorado britânico que conquistou a independência em 26 de junho de 1960. O resto do que veio a ser conhecido como República da Somali estava sob domínio italiano sob o título de Território Fiduciário da Somalilândia ( também conhecida como Somália Italiana ). Pouco depois de a Somalilândia ter conquistado a independência, formaria uma união precipitada com o seu vizinho do sul para criar a República da Somália. Doravante, a Somalilândia Britânica foi referida como a região norte (ou noroeste) da República da Somália, enquanto o antigo estado colonial italiano foi referido como o sul.

Na Somalilândia Britânica, os Isaaq constituíam o grupo majoritário dentro do protetorado com os grupos Dir e Harti também tendo populações consideráveis ​​a oeste e leste de Isaaq, respectivamente.

A união dos dois estados revelou-se problemática desde o início, quando num referendo realizado em 20 de Junho de 1961 para aprovar a constituição provisória que governaria os dois ex-territórios coloniais foi rejeitada por metade da população do Estado da Somalilândia (noroeste da nascente República da Somália), as principais cidades do antigo protetorado britânico votaram contra a ratificação da constituição – Hargeisa (72%), Berbera (69%), Lasanod (67), Burao (65), (Erigavo (69%) , Borama (87%), - todos retornaram votos negativos  Isso contrastou com o sul (ex-colônia italiana), que retornou um forte apoio à constituição (e quatro vezes o número de votos esperado no sul, indicando fraude eleitoral, um exemplo disso é uma pequena vila no sul chamada Wanla Weyn que registrou um voto sim superior aos 100.000 votos contados em todo o norte),   este foi um sinal importante de descontentamento vindo do Norte apenas um ano após a formação do sindicato. Outro exemplo do descontentamento latente no norte foi uma tentativa de golpe por parte de oficiais do norte que foi frustrada em 1961.

Marginalização social, política e econômica A insatisfação do Norte com a constituição e os termos da unificação foi um assunto que os sucessivos governos civis continuaram a ignorar. Os nortistas, especialmente a maioria Isaaq e Harti, acreditavam que o estado unificado seria dividido federalmente (norte e sul) e que receberiam uma parcela justa da representação após a unificação. O sul passou a dominar todos os cargos importantes do novo estado, incluindo os cargos de Presidente, Primeiro Ministro, Ministro da Defesa, Ministro do Interior e Ministro dos Negócios Estrangeiros, todos atribuídos a políticos vindos do sul. A marginalização política que a maioria dos nortistas sentia foi ainda mais exacerbada pela privação econômica, o norte recebeu pouco menos de 7 por cento da ajuda ao desenvolvimento desembolsada nacionalmente no final da década de 1970,  já que mais de 95% de todos os projetos de desenvolvimento e bolsas de estudo foram distribuído no sul. Um exemplo é citado por Hassan Megag Samater, o ex-diretor responsável pelo Ministério da Educação na Somalilândia, ele afirma que entregou seu cargo em 1966 com a região norte tendo "várias centenas de escolas em tudo níveis, desde escolas primárias até faculdades. No último ano do regime de Barre, não havia uma única escola funcionando com força total."

Golpe de 1969 Em Outubro de 1969, os militares tomaram o poder através de um golpe de Estado na sequência do assassinato do Presidente Abdirashid Ali Shermarke e do debate político-parlamentar que se seguiu sobre a sucessão, que terminou num impasse. O exército proibiu os partidos políticos, suspendeu a constituição e fechou a Assembleia Nacional, o general Siad Barre foi escolhido como chefe de estado e presidiu o Conselho Revolucionário Supremo. O novo regime proibiu a dissidência política e empregou uma abordagem pesada na gestão do Estado. O Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento afirmou que “o regime de 21 anos de Siyad Barre teve um dos piores registos de direitos humanos em África”.  ​​O novo regime tornou-se um estado cliente da União Soviética e no primeiro aniversário do golpe adotou oficialmente o socialismo científico como a sua ideologia central.

Preludio

Guerra Etio-Somali Sucessivos governos somalis apoiaram continuamente a causa do irredentismo somali e o conceito de “Grande Somália”, um sentimento poderoso que muitos somalis carregavam, como um objectivo central do Estado. Isto teve particularmente um forte apoio do clã Isaaq, que enviou muitos voluntários, especialmente em 1976, quando se juntaram às insurgências de guerrilha do WSLF e enviaram muitos voluntários um ano antes do início da guerra. Outro factor por detrás do forte apoio dos Isaaq foi o facto de a fronteira traçada entre a Etiópia e a Somália cortar áreas de pastagem importantes para os membros da tribo Isaaq. Barre, juntamente com o Conselho Revolucionário Supremo , para consolidar o seu governo e numa tentativa de recuperar a região somali da Etiópia , lançou uma guerra contra a Etiópia em 1977, esta guerra foi referida na Somália como 'A Guerra pela Somália Ocidental'.  A União Soviética, que na época era aliada da Somália e da Etiópia, voltou-se contra Barre,  e (com seus aliados) forneceu apoio suficiente ao exército etíope para derrotar as forças somalis e forçar uma retirada da Somália região da Etiópia.

Deslocamento de Isaac e armamento de refugiados Toda a Somália sentiu o impacto da derrota na Guerra de Ogaden, no entanto, a região norte (onde vivem os Isaaqs) sofreu a maior parte da destruição física e humana devido à sua proximidade geográfica com os combates.  A derrota da Somália na Guerra Etio-Somali causou um influxo de refugiados etíopes (principalmente somalis étnicos e alguns Oromo )  através da fronteira com a Somália. Em 1979, os números oficiais reportavam 1,3 milhões de refugiados na Somália, mais de metade dos quais estavam assentados em terras Isaaq, no norte.  Isso causou um grande fardo tanto para os Isaaqs locais quanto para o aparato estatal, especialmente após uma guerra custosa com a Etiópia. O estudioso de estudos somalis IM Lewis observou que "permanecia o fato evidente de que a economia do país simplesmente não possuía os recursos para absorver tantas pessoas desenraizadas."