A história do Club Universitario de Deportes começa em agosto de 1924, quando o clube de futebol foi fundado por um grupo de jovens estudantes da Universidade Nacional Maior de São Marcos.
Fundação (1924) miniaturadaimagem|Fachada da Faculdade de Medicina da Universidade Nacional Maior de São Marcos, onde estudaram alguns dos fundadores e primeiros jogadores de futebol do clube O Universitario foi fundado em 7 de agosto de 1924 e seu primeiro título foi conquistado em 1929.
José Rubio Galindo (aluno da Faculdade de Letras) e Luis Málaga Arenas (aluno da Faculdade de Medicina) foram os sonhadores que dedicaram seu tempo livre a trocar ideias com o propósito de formar uma grande instituição. A eles se juntou mais tarde Plácido Galindo, Eduardo Astengo, Rafael Quirós, Mario de las Casas, Alberto Denegri, Luis de Souza Ferreira (que marcou o primeiro gol peruano em uma Copa do Mundo), Andrés Rotta, Carlos Galindo, Francisco Sabroso, Jorge Góngora, Pablo Pacheco, Carlos Cillóniz , entre outros.
Assim, em 7 de agosto de 1924, estudantes universitários reuniram-se na sede da Federação de Estudantes do Peru, na cidade de Lima, dando origem à Federação Universitária de Futebol; como uma associação das equipes representativas das Faculdades da Universidade de San Marcos e das Escolas Especiais de Engenharia, Agronomia e Central Normal.
Primeiros títulos Após participar de diferentes torneios interuniversitários e amistosos entre 1924 e 1927, a Federação Peruana de Futebol convidou a Federação Universitária para participar do Campeonato de Seleção e Competição (Torneio da Primeira Divisão) de 1928, estreando oficialmente em 27 de maio contra o Clube José Olaya de Chorrillos, que eles venceram por 7:1. Ao final do campeonato, ficou em segundo lugar atrás do Alianza Lima, com quem disputou o título em três jogos: (vitória por 1 a 0, empate por 1 a 1 e derrota por 2 a 0). Em 1929, o campeonato só contou com a participação de doze equipas devido à suspensão do Alianza Lima por se recusarem a ceder os seus futebolistas à seleção nacional.
miniaturadaimagem|Equipe campeã do torneio peruano de 1929. O primeiro título do clube|esquerda
Neste torneio, o Universitario conquistou seu primeiro título nacional, terminando o campeonato com sete vitórias, três empates e uma derrota, completando dezessete pontos, um a mais que o Circolo Sportivo Italiano, que derrotou por 7:0. Em 1930, a primeira Copa do Mundo de Futebol foi realizada no Uruguai, a seleção peruana compareceu ao evento com um elenco que contou com a presença de oito jogadores do clube (Eduardo Astengo, Carlos Cillóniz, Luis de Souza Ferreira, Alberto Denegri, Arturo Fernández, Plácido Galindo, Jorge Góngora e Pablo Pacheco). miniaturadaimagem|Teodoro Fernández, ídolo da equipe que conquistou seis títulos com o clube e foi o artilheiro do torneio peruano sete vezes Após a Copa do Mundo, aconteceu a primeira turnê oficial do clube. A equipe viajou para Arequipa de barco a vapor para enfrentar a Associação Estrela Branca, que derrotou por 1:0; e depois percorreu Huacho participando da Copa Gubbins. No ano seguinte, surgiram divergências com as autoridades da Universidad Nacional Mayor de San Marcos, pois o reitor José Antonio Encinas proibiu o uso do nome —Federação Universitária de Futebol— e isso deu origem a mudança, pelo "Club Universitario de Deportes", tornando-se totalmente independente da universidaded. Em 29 de novembro de 1931, Teodoro Fernández Meyzán, mais conhecido como "Lolo" Fernández (que se tornou o maior ídolo do clube), estreou no clube aos 18 anos, em uma partida internacional contra o Deportes Magallanes.
O torneio de 1934 gerou polêmica porque, de acordo com as regras do campeonato, os pontos obtidos pelas primeiras equipes e uma fração do que suas reservas obtiveram deveriam ser somados em uma única tabela, pela qual o título supostamente deveria ter sido concedido à Alianza Lima; no entanto, os dirigentes do clube reclamaram com a Federação Peruana de Futebol argumentando que o placar reserva teria que ser adicionado depois de decidir quem ganhou o título da Primeira Divisão. Uma partida extra foi disputada entre as duas equipes com vitória para os universitários por 2 a 1, obtendo assim seu segundo título nacional, reconhecido oficialmente pela Federação Peruana de Futebol e pela Associação Esportiva de Futebol Profissional. miniaturadaimagem|Jack Greenwell, treinador campeão em 1939 En 1937, disputó un amistoso de pretemporada ante el São Cristóvão de Brasil, (primer equipo brasileño que jugó en Lima), al que los cremas vencieron 2:0 con goles de Víctor Bielich y Teodoro Fernández. Em 1939, o "U" conquistou o terceiro título de sua história esportiva ao somar nove vitórias, três empates e apenas duas derrotas, marcando trinta e dois gols, enquanto os rivais só conseguiram vencer seu goleiro quatorze vezes. miniaturadaimagem|Alberto Terry, integrante do elenco que conquistou o campeonato peruano de 1949 O campeonato de 1941 contou com a participação de oito clubes e foi disputado em duas rodadas com jogos em casa e fora. No entanto, na décima segunda data o torneio foi suspenso devido à participação da seleção no Campeonato Sul-Americano daquele ano. Uma vez retomado, o Universitario de Deportes conquistou o título depois de vencer o Club Atlético Chalaco e o Alianza Lima por 1:0 e 3:1, respectivamente, nas duas últimas partidas. A partida contra o Alianza Lima foi disputada em 12 de abril de 1942. Arturo Fernández Meyzán, técnico do Universitario, enviou ao campo do antigo Estádio Nacional o seguinte elenco: Carlos Ganoza; Tomás Obando e Olmedo Quiñónez; Orestes Jordan, Alfredo Biffi e Felix Sayers; Mario Pacheco, Juan Martínez, Teodoro Fernández, Edgar Mabama e Luis Vallejos. O jogo começou com o rival dominando o jogo, o que lhe permitiu assumir a liderança no placar aos 27 minutos de jogo. No entanto, o Universitario soube ultrapassar as adversidades, na segunda parte, a equipa soube dar a volta ao resultado nos últimos minutos do jogo, com golos de Juan Martínez (73’) e Mario Pacheco (77’ e 85’). Foi assim que o clube sagrou-se campeão nacional.
Em 1946, pela primeira vez o campeonato foi disputado em três rodadas, alcançando seu primeiro bicampeonato graças ao trio ofensivo formado por Víctor Espinoza, Lolo e Eduardo Fernández.
Em 1947, o "U", no seu desempenho mais baixo na era amadora, empatou o último lugar da classificação com o Sporting Tabaco (hoje Sporting Cristal) pelo que teve de disputar um jogo de desempate para definir quem era rebaixado para a segunda divisão. No entanto, esta partida nunca foi disputada porque a Associação Não Amadora, antes do início do torneio, havia apresentado um projeto que contemplava o não rebaixamento daquela temporada, que foi aprovado pela Federação Peruana de Futebol em dois votos. Finalmente, em dezembro do mesmo ano, o Comitê Nacional de Esportes também aprovou o projeto e decidiu anular a descida. O clube comemorou seu jubileu de prata e conquistou o campeonato de 1949, depois de vencer o Atlético Chalaco na última partida por 4:3. Em 1950, foi realizado o último campeonato da era amadora, onde o Universitario de Deportes terminou em quinto lugar com nove vitórias, dois empates e sete derrotas.
Era profissional (1951) O profissionalismo do futebol chegou ao Peru em 1951, quando a Federação Peruana de Futebol adaptou o campeonato de acordo com as diretrizes mundiais, mas apenas com a participação de clubes da cidade de Lima e da província de Callao. O clube estreou na era profissional com uma vitória por 4 a 1 sobre o Mariscal Sucre. Em 20 de julho de 1952, foi inaugurado o Estádio Lolo Fernández, com as instalações esportivas e a primeira arquibancada do estádio (oeste: 4.000 lugares) que anteriormente pertencia ao Antigo Estádio Nacional do Peru.
Na inauguração, o "U" derrotou a Universidad de Chile por 4 a 2, com três gols de Teodoro Fernández. Em 1954, Plácido Galindo assumiu a presidência do clube, naquele que foi o primeiro de seus três períodos à frente da instituição. Até o final da década, ele só fazia campanhas irregulares nos torneios nacionais, que eram dominados pela Alianza Lima e Sport Boys. Essa seca de títulos terminou com a conquista do campeonato de 1959.
Na década de 1960, o clube conquistou mais cinco campeonatos. O primeiro deles em 1960, após um empate sem gols com o Sport Boys del Callao, conquistou o campeonato após onze vitórias, três empates e quatro derrotas em dezoito jogos, conquistando assim seu segundo bi-campeonato. Em 19 de abril de 1961, estreou na Copa Libertadores da América em uma partida disputada na cidade de Montevidéu contra o Club Atlético Peñarol, que terminou com um placar de 5 a 0 a favor dos locais.
miniaturadaimagem|Marcos Calderón, treinador que venceu o campeonato peruano 4 vezes com o clube|esquerda
Apesar do resultado, os cremes se tornaram o primeiro clube peruano a participar do referido torneio. Depois de ficar em terceiro lugar nos campeonatos de 1962 e 1963, ele ganhou o título novamente em 1964, nove pontos à frente do segundo lugar. Em 1965, a F. P. F. permitiu a participação de equipes de todo o país no campeonato e no ano seguinte nasceu o chamado "Torneio de Futebol Descentralizado". Um ano depois, sob a liderança de Marcos Calderón, o clube conquistou seu décimo primeiro campeonato após dezenove vitórias, três empates e quatro derrotas, adquirindo assim o direito de ser chamado de "Primeiro Campeão do Futebol Peruano", (porque anteriormente apenas torneios eram disputados em nível provincial ou departamental).
Em 1967, conquistou seu terceiro bicampeonato com três datas de antecedência, obtendo vinte vitórias, um empate e cinco derrotas; a última partida foi disputada contra o Sport Boys e terminou com um placar de 2:1 a favor dos cremas. Nesse mesmo ano, chegaram às semifinais da Copa Libertadores.
Em 27 de fevereiro de 1968, venceu o Always Ready da Bolívia na Copa Libertadores por 6 a 0, sendo a maior vitória conquistada pelo clube em uma competição internacional. No torneio nacional de 1969, o time merengue venceu o campeonato depois de empatar 1 a 1 com o Atlético Grau de Piura na liguilla final do campeonato.
Finalista da Copa Libertadores (1972) Na Copa Libertadores de 1972, o clube conseguiu avançar para a final do torneio com uma equipe substituta, já que seus principais jogadores estavam com a seleção peruana de futebol no chamado "Tour dos Três Continentes". Universitario fez parte do grupo 4 junto com Alianza Lima, Universidad de Chile e Unión San Felipe. O primeiro encontro foi o clássico do futebol peruano, conseguindo uma vitória por 2 a 1. Os próximos dois jogos foram disputados em Santiago contra a Universidad de Chile, sendo derrotado por 1:0 e contra o Unión San Felipe, com quem empatou 0:0. A equipe estudantil retornou ao Peru para enfrentar o Alianza Lima, obtendo um empate de 2 a 2. Nas duas últimas partidas, recebeu o Union San Felipe e o Universidad de Chile em Lima, onde conquistou duas vitórias por 3:1 e 2:1 respectivamente, obtendo oito pontos, o que lhes permitiu avançar para a próxima rodada como primeiro na grupo. miniaturadaimagem|Roberto Scarone, treinador do clube entre 1969 e 1973.|esquerda Nas semifinais, foi agrupado com Peñarol e Nacional do Uruguai. Na primeira partida, perdeu para o Peñarol por 3 a 2 em Lima, mas depois se recuperou ao vencer o Nacional por 3 a 0. O Universitario viajou para o Uruguai, onde obteve dois empates: 3:3 contra o Nacional e 1:1 contra o Peñarol. O "U" acumulava quatro pontos e faltava apenas um jogo para disputar entre Peñarol e Nacional, que somavam quatro e dois pontos, respectivamente. Todas as três equipes tiveram a chance de avançar para a final. O Peñarol precisava apenas de um empate, enquanto o Nacional precisava de uma vitória por cinco gols de diferença.