As controvérsias envolvendo a JBS S.A. abrangem uma série de temas, que vão desde processos trabalhistas até acusações de crimes ambientais, mas foram as delações da JBS na Operação Lava Jato que criaram a maior crise da história da empresa.

Processos trabalhistas Em junho de 2014, a JBS foi condenada em segunda instância pelo Tribunal Regional do Trabalho da 23.ª Região, no Mato Grosso, em dois processos diferentes abertos pelo Ministério Público do Trabalho (MPT) com base em infrações sistemáticas de leis trabalhistas. Uma das sentenças é referente a contaminação da carne servida aos empregados, com larvas. O outro, pelo descuido com a saúde de seus trabalhadores, por não tomar medidas básicas de monitoramento e segurança em relação ao reservatório para refrigeração por gás amônia, neste caso, o juiz Juliano Girardello destaca que “fiscais detectaram forte cheiro deste produto químico na sala de máquinas”.

Em novembro de 2014, o cantor Roberto Carlos que era garoto propaganda de um das marcas do grupo, a Friboi, processou a empresa devido a um rompimento de contrato,http://www.regiaonoroeste.com/portal/materias.php?id=105601 a JBS rescindiu o contrato com o cantor devido ao baixo rendimento comercial, já que a companhia esperava um retorno comercial bem maior devido a imagem de Carlos, porém a estratégia não deu certo. O cantor pede na Justiça uma indenização de 7,2 milhões de reais, porém a JBS alega que só é obrigada a pagar 3,2 milhões de reais, o contrato de publicidade firmado entre a JBS com Carlos foi iniciado em fevereiro de 2014 e tem um valor total de cerca de 45 milhões de reais, o caso ainda precisa ser julgado na 38.ª Vara Cível de São Paulo.

Denúncias de corrupção Auxílio financeiro dos Estados Unidos Em 2019, o jornal The New York Daily News revelou que o governo Donald Trump destinou US$ 62,4 milhões para a subsidiária JBS USA, dinheiro que veio de um fundo para ajudar agricultores americanos afetados pela guerra comercial com a China. O Departamento de Agricultura anunciou um contrato no mesmo ano onde compraria US$ 22,3 milhões em carne de porco da empresa. O governo havia sido avisado de possíveis problemas com a empresa com um ano de antecedência. O Secretário de Agricultura Sonny Perdue e o então Procurador-Geral Jeff Sessions pediram para o Departamento de Justiça investigar um possível caso de corrupção em solo americano. Também há indícios que a JBS se beneficiou das tensões comerciais pelo aumento de vendas na China. A JBS se manifestou dizendo que apesar de ser uma empresa estrangeira, apoia os agricultores americanos ao criar oportunidades de trabalho. A Representante de Connecticut Rosa DeLauro afirma que o presidente Donald Trump desconhece da situação.

Operação Carne Fraca Em 17 de março de 2017, alguns frigoríficos da empresa JBS foram alvos de investigação durante a Operação Carne Fraca, realizadas pela Polícia Federal (PF). Na ocasião a PF prendeu 36 pessoas suspeitas de envolvimento em um esquema de fraude na produção e comercialização de carne e que envolveram a corrupção de fiscais do Ministério da Agricultura e produtores, a investigação encontrou indícios de adulteração de produtos e venda de carne vencida e estragada. Ao todo foram 21 fábricas investigadas. Por conta da operação, a JBS chegou a perder 15,35% do seu valor de mercado, que na época do ocorrido, era de R$ 32,6 bilhões e encerrou valendo R$ 27,6 bilhões, segundo a empresa de informações financeiras Economatica. Apesar disso, o mercado de carnes brasileiro continuou em alta.

Operação Bullish Em 12 de maio de 2017, a Polícia Federal (PF) deflagrou a Operação Bullish, que investigou fraudes em aportes concedidos pelo Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES), por meio da subsidiária BNESPar, à JBS. Os aportes teriam sido realizados após a contratação de empresa de consultoria ligada ao ex-parlamentar Antonio Palocci. Entre os alvos dos mandados estavam Luciano Coutinho, que presidiu o banco de fomento entre 2007 e 2016, e os irmãos Joesley e Wesley Batista, que ficam à frente das empresas do grupo. Os aportes teriam sido feitos a partir de junho de 2007 e utilizados para aquisição de outras empresas no ramo de frigoríficos, no valor de R$ 8,1 bilhões. A PF encontrou indícios que tais operações foram executadas sem exigência de garantias e com a dispensa indevida de prêmio contratualmente previsto, o que teria gerado um prejuízo de aproximadamente R$ 1,2 bilhão aos cofres públicos.

Em 17 de maio de 2017, a área técnica do Tribunal de Contas da União (TCU) calculou em 711,3 milhões de reais o prejuízo que o BNDES teve com operações de compra de ações e debêntures (títulos de dívida) do grupo JBS. Os auditores chegaram a afirmar que houve "cessão graciosa de dinheiro público" para a empresa. O material foi um dos elementos que levaram à Operação Bullish. Os técnicos do TCU avaliam que o BNDES deixou de cobrar recursos a que tinha direito, não fiscalizou a aplicação do dinheiro aportado e nem levou em conta o alcance social do resultado das operações realizadas com o grupo.

Compra de dólares No dia 17 de maio de 2017, a JBS comprou grande quantidade de dólares no mercado, poucas horas antes da divulgação do escândalo que fez a moeda disparar e levou a B3 a encerrar na manhã de quinta feira as atividades, após queda de 10 por cento. A informação sobre a operação da empresa repercutiu de forma negativa no mercado financeiro, e na sociedade civil. Na operação, a JBS lucrou 170 milhões de dólares. A Comissão de Valores Mobiliários (CVM) investigará o caso. O lucro na operação foi mais que o suficiente para a JBS pagar a multa milionária para escapar das Operações Greenfield e Lava Jato, nas quais é investigada.

Operação Tendão de Aquiles Em 9 de junho de 2017, a Polícia Federal realizou uma operação em São Paulo na sede da empresa JBS de busca e apreensão de material. A nova operação, em conjunto com a Comissão de Valores Mobiliários (CVM), apurou se houve uso indevido de informações privilegiadas por parte da JBS e de sua controladora na compra e venda de dólares nos dias anteriores à delação premiada de Joesley e Wesley Batista. A operação também investigou a atuação da companhia no mercado de dólar futuro e negociações do acionista controlador FB Participações SA com ações da empresa. Foram cumpridos três mandados de busca e quatro mandados de condução coercitiva.

Operação Lava Jato

A JBS e seus proprietários estão envolvidos no maior escândalo político do Brasil, envolvendo um Presidente da República em exercício, assim como um Senador da República. Apesar de não envolver valores tão vultosos quanto o maior escândalo de corrupção da história recente do país no Petrolão, os desvios realizados pelo Partido dos Trabalhadores e seus aliados na Petrobras e o escândalo da JBS são fatos comparáveis, uma vez que a delação premiada de Joesley Batista atingiu diretamente o Presidente Michel Temer, incluindo gravações de áudio e vídeo extremamente comprometedoras. Além do Presidente Temer, o Senador Aécio Neves, alvo da Operação Patmos, também foi citado e gravado pelo delator.

Devido à delação premiada, o Banco Central da Noruega retirou a JBS dos investimentos do fundo de pensão do país. O banco possuía US$ 143,4 milhões de dólares em ações. Em 2019, Edson Fachin pediu a quebra de imunidade criminal dos irmãos Batista, levando a uma queda de 7% no valor das ações da JBS. A perda foi de R$ 3 bilhões. O pedido foi feito por crimes cometidos após a delação premiada. Os irmãos deixaram de informar o Ministério Público Federal da conduta ilícita do ex-procurador Marcelo Miller, que foi acusado pela Polícia Federal de ter recebido R$ 1,8 milhão da J&F investimentos para fazer jogo duplo durante a negociação da delação. Joesley e Ricardo Saud demoraram quatro meses para indicar ao MPF o pagamento de R$ 500 mil para Ciro Nogueira em ocasião do impeachment de Dilma Roussef. Os irmãos também ganharam com a venda de ações da JBS em contrato com dólar com informação privilegiada. Outro fator para a queda da bolsa foi a intimação da PF contra Dilma Roussef, Renan Calheiros, Eduardo Braga e Vital do Rêgo sobre doações ilícitas da JBS de valor de R$ 40 milhões a políticos nas eleições presidenciais de 2014.

Paraísos fiscais O número preciso de subsidiárias estrangeiras da JBS é desconhecido. A empresa declarou ter 32 subsidiárias para a Comissão de Valores Imobiliários, mas declarou para o veículo ((o))eco que o número é maior que 100. Em documento para a Securities and Exchange Commission, a empresa declarou ter 253 subsidiárias controladas em 30 países. Das subsidiárias declaradas oficialmente, muitas possuem dados conflitantes ou ausentes.

Em 2016, a JBS tentou mudar sua sede para a Irlanda, com ações na Bolsa de Nova Iorque. A decisão baseada em um estudo da PwC. A mudança foi vetada pelo BNDES, que foi visto negativamente pelos acionistas estrangeiros. Wesley Batista acatou a decisão e prometeu buscar uma alternativa.

Em 2019, a JBS estudou transferir sua sede para Luxemburgo ou Holanda como parte de seu processo de abertura de capital. O plano se chamava Projeto Hidra e relocaria a JBS S/A, JBS Global e a Seara. Em 2020, documentos preparados pela Deloitte revelam um plano de mudança para os dois países chamado Crystal, e tinha como objetivo mitigar riscos fiscais e exposição. A JBS se manifestou dizendo que é uma multinacional e a abertura e fechamento de escritórios é rotineiro.

Em 2021, um levantamento feito pelo ((o))eco mostrou que a JBS, Marfrig e Minerva controlam pelo menos 14 empresas em paraísos fiscais, além de outras empresas que estão em países que não são paraísos fiscais mas oferecem facilidades, como a Áustria.

CPI da JBS Em 5 de setembro de 2017, o Congresso Nacional criou a CPI da JBS, uma Comissão Parlamentar de Inquérito Mista, que visa apurar as supostas irregularidades praticadas pelo grupo J&F, que controla a JBS, junto a empréstimos do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES), ocorridos entre os anos de 2007 a 2016, e o termo de colaboração do grupo com o Ministério Público Federal. A CPI foi alvo de críticas de parlamentares e da imprensa por ter sido usada nas palavras de João Gualberto e Otto Alencar para constranger o Ministério Público Federal, e alterar regras da delação premiada. O Senador Randolfe Rodrigues, crítico da CPI, entrou com mandado de segurança no Supremo Tribunal Federal pedindo a suspensão dos trabalhos. Segundo Randolfe, a CPI tem como objetivo o "emparedar" a independência do Poder Judiciário e do Ministério Público.

Consultoria envolvendo Banco Master

JBS financiou consultoria, conjuntamente ao Banco Master, para Kevin de Carvalho Marques, filho do Nunes Marques, ministro do STF, em valores de 18 bilhões de reais.

Meio ambiente Apesar de receber prêmios de sustentabilidade e ter anunciado que cortaria suas emissões de carbono até 2040, a JBS vem aumentando suas emissões e em 2022 sua pegada de carbono era maior que a da Itália. Muitas de suas políticas ambientais são consideradas uma forma de greenwashing.

Uma pesquisa realizada em 2021 pelo Institute of Agriculture and Trade Policy (IATP) e pela GRAIN constatou que a JBS é a maior emissora de gases de efeito estufa entre as empresas de carne e laticínio por uma quantia significativa, que está ligada ao crescimento econômico da empresa, que aumenta as emissões ligadas à produção da carne e causa desmatamento e a destruição de bacias hidrográficas, principalmente no Brasil. O Monitor de Responsabilidade Climática Corporativa feita pelo New Climate Institute e Carbon Market Watch em 2022 classifica os programas da JBS com transparência e integridade muito baixas.

Bem-estar animal Em 17 de julho de 2018, a ONG Mercy For Animals divulgou uma investigação na granja Tosh Farms, uma fornecedora da JBS dos EUA. As imagens mostraram terrível sofrimento animal, incluindo: