As críticas à Guerra ao Terror abordam aspectos morais, éticos, de eficiência, econômicos, além de outras questões relacionadas à Guerra ao Terror. Também discute críticas à própria expressão, que foi considerada um termo impreciso. A noção de "guerra" contra o "terrorismo" tem se revelado altamente controversa, com críticos acusando os governos participantes de usá-la para avançar objetivos políticos e militares de longo prazo, reduzir liberdades civis e infringir direitos humanos. Os opositores argumentam que o termo "guerra" não é adequado neste contexto (assim como na guerra contra as drogas), pois não há um inimigo claramente identificável, e é improvável que o terrorismo internacional seja erradicado por meios militares.

Outros críticos, como Francis Fukuyama, afirmam que o "terrorismo" não é um inimigo, mas uma tática, e que denominar a situação de "guerra ao terror" obscurece as diferenças entre conflitos, como os de insurgentes anti-ocupação e os mujahideen internacionais. Com a presença militar no Iraque e no Afeganistão, e os danos colaterais associados a essa presença, afirma que tal fato intensifica o ressentimento e as ameaças terroristas contra o Ocidente. Outras críticas incluem a hipocrisia dos Estados Unidos, a histeria induzida pela mídia e o fato de que as mudanças na política externa e de segurança americana alteraram a opinião mundial em relação aos Estados Unidos.

Terminologia Vários críticos consideram o termo “guerra ao terror” absurdo. O investidor ativista bilionário George Soros criticou a expressão, chamando-a de uma “falsa metáfora”. O linguista George Lakoff, do Rockridge Institute, argumentou que não pode haver literalmente uma guerra contra o terror, uma vez que o terror é um substantivo abstrato. “O terror não pode ser destruído por armas ou pela assinatura de um tratado de paz. Uma guerra contra o terror não tem fim.”

Jason Burke, jornalista especializado na cobertura de atividades islâmicas radicais, descreve os termos “terrorismo” e “guerra contra o terrorismo” da seguinte maneira:Existem várias formas de definir o terrorismo e todas são subjectivas. A maioria define o terrorismo como “o uso ou ameaça de violência grave” para promover algum tipo de “causa”. Algumas indicam claramente o tipo de grupo (“subnacional”, “não-estatal”) ou causa (política, ideológica, religiosa) a que se referem. Outros limitam-se a confiar no instinto da maioria das pessoas quando confrontadas com um ato que envolve civis inocentes mortos ou mutilados por homens armados com explosivos, armas de fogo ou outras armas. Nenhuma delas é satisfatória e persistem graves problemas com a utilização do termo. O terrorismo é, afinal, uma tática. A expressão “guerra ao terrorismo” é, portanto, efetivamente absurda. Como não há espaço aqui para explorar este debate complexo e difícil, a minha preferência vai, em geral, para o termo menos carregado “militância”. Não se trata de uma tentativa de desculpar tais acções, mas apenas de as analisar de uma forma mais clara.

Guerra perpétua O ex-presidente dos Estados Unidos, George W. Bush, articulou os objetivos da guerra contra o terrorismo em um discurso de 20 de setembro de 2001, no qual afirmou que essa guerra “não terminará até que todos os grupos terroristas de alcance global tenham sido encontrados, combatidos e derrotados”. Nesse mesmo discurso, chamou a guerra de “uma tarefa que não termina”, argumento que reiterou no discurso do Estado da União de 2006. No entanto, trechos de um relatório de abril de 2006, compilado a partir de dezesseis agências de inteligência do governo dos EUA, reforçaram a afirmação de que o envolvimento no Iraque aumentou o terrorismo na região.

Guerra preventiva Uma das justificativas apresentadas para a invasão do Iraque foi a prevenção de ataques terroristas ou outros ataques provenientes do Iraque contra os Estados Unidos ou outras nações. Essa justificativa pode ser vista como uma forma de concretizar a guerra convencional dentro da guerra contra o terrorismo.

Uma das principais críticas a essa justificativa é o fato de não atender a um dos requisitos de uma guerra justa e de, ao realizar uma guerra preventiva, os Estados Unidos terem enfraquecido o direito internacional e a autoridade das Nações Unidas, especialmente do Conselho de Segurança da ONU. Nesse contexto, ao invadir um país que não representava uma ameaça iminente e sem o apoio da ONU, os EUA violaram o direito internacional, incluindo a Carta das Nações Unidas e os princípios de Nuremberg, cometendo, portanto, um ato de agressão, o que é considerado um crime de guerra. Outras críticas apontaram que os Estados Unidos poderiam ter criado um precedente, no qual qualquer nação poderia justificar a invasão de outros Estados.

, presidente do Council on Foreign Relations, argumenta que, na véspera da intervenção dos EUA em 2003, o Iraque representava, na melhor das hipóteses, uma ameaça crescente e não uma ameaça iminente. “A decisão de atacar o Iraque em março de 2003 foi discricionária: foi uma guerra de escolha. Não havia interesses vitais americanos em perigo iminente e havia alternativas ao uso da força militar, como o reforço das sanções existentes.” No entanto, Haass argumenta que a intervenção dos EUA no Afeganistão em 2001 começou como uma guerra de necessidade — estavam em jogo interesses vitais —, mas transformou-se em "outra coisa" e ultrapassou os limites em março de 2009, quando o presidente Barack Obama decidiu aumentar drasticamente o número de tropas americanas e declarou que a política dos EUA era "levar a luta aos Talibãs no sul e no leste" do país. O Afeganistão, segundo Haass, acabou se tornando uma guerra de escolha.

A guerra contra o terrorismo como pretexto miniaturadaimagem|Foto de Satar Jabar, um dos prisioneiros submetidos à tortura em Abu Ghraib. Jabar estava em Abu Ghraib por roubo de carro.

Liberdades civis internas

No Reino Unido, críticos afirmaram que o governo de Tony Blair usou a guerra contra o terrorismo como pretexto para reduzir drasticamente as liberdades civis. Exemplos incluem a detenção sem julgamento na prisão de , o controle da liberdade de expressão por meio de leis contra protestos em frente ao Parlamento, leis que proíbem a “glorificação” do terrorismo, e a diminuição dos controles sobre o poder policial, como nos casos de Jean Charles de Menezes e Mohammed Abdul Kahar.

O ex-líder dos Liberais Democratas, Sir Menzies Campbell, também criticou a inação de Blair em relação à prática controversa americana de rendição extraordinária, argumentando que as convenções de direitos humanos das quais o Reino Unido é signatário (por exemplo, a Convenção Europeia dos Direitos do Homem) impõem ao governo a "obrigação legal" de investigar e prevenir possíveis torturas e violações dos direitos humanos.

Richard Jackson observa que países como a Rússia, a Índia, Israel e a China também adotaram a linguagem da guerra contra o terrorismo para descrever sua própria luta contra insurgentes e dissidentes nacionais. Segundo ele, “associar os rebeldes e dissidentes internos à ‘guerra ao terrorismo’ global dá a esses governos a liberdade de reprimi-los sem receio de condenação internacional e, em alguns casos, de assistência militar direta dos EUA.”

Unilateralismo O comentário do presidente dos EUA, George W. Bush, em novembro de 2001, afirmando que “ou estão conosco ou estão com os terroristas”, tem sido alvo de críticas. Thomas A. Keaney, do Instituto de Política Externa da Universidade Johns Hopkins, afirmou que “isso tornou a diplomacia com vários países muito mais difícil, porque, obviamente, existem problemas diferentes em todo o mundo.”

Richard Jackson observa que: “A construção gramatical dessa escolha é extremamente poderosa. Por um lado, ela apaga qualquer terreno neutro e nega qualquer possibilidade de reter o julgamento ou pesar as provas [...] Por outro lado, está tão carregada que qualquer escolha que não seja apoiar totalmente os Estados Unidos resulta em condenação.”

Como uma guerra contra o Islã e os muçulmanos Uma vez que a guerra contra o terrorismo girava essencialmente em torno da intervenção dos Estados Unidos e de outros países da OTAN nos assuntos internos de países e (como no Iraque, no Afeganistão, etc.), foi classificada como uma guerra contra o Islã por figuras como o antigo procurador-geral dos Estados Unidos, Ramsey Clark, entre outros. Após sua libertação de Guantánamo, em 2005, o ex-detido apareceu em um vídeo de propaganda islamista intitulado 21st Century CrUSAders, no qual afirmou que os EUA estavam empreendendo uma nova cruzada.Penso que a história está definitivamente a repetir-se e que o mundo muçulmano, e penso que mesmo uma grande parte do mundo não muçulmano, começa agora a reconhecer que os Estados Unidos têm ambições sobre as terras e a riqueza das nações do Islão.O professor , da Faculdade de Direito da Universidade do Arkansas-Fayetteville, afirma que a Guerra contra o Terror exporta a islamofobia para outros países, que a utilizam para perseguir e punir suas próprias populações muçulmanas. Dois dos países que ele menciona como facilitadores da islamofobia estrutural em resultado da Guerra ao Terror são a Índia e a China.

Métodos miniaturadaimagem|Manifestantes vestidos como detentos encapuzados e segurando cartazes da WCW (World Can't Wait) em Washington, DC, em 4 de janeiro de 2007.

Imperialismo O professor de Direito criticou a "Guerra ao Terror" por ser uma violação do direito internacional e da Carta das Nações Unidas, condenando-a por reavivar antigas noções imperialistas. Ele comparou a guerra à campanha da Espanha contra os índios americanos:A guerra contra o terrorismo, inaugurada pela administração Bush, pôs profundamente em causa o sistema de direito e de relações internacionais criado pela Organização das Nações Unidas (ONU)... Situações novas exigem soluções novas. O meu argumento básico aqui é que a doutrina Bush - que consiste basicamente na prevenção, na identificação e depois na transformação de Estados párias - tem um carácter essencialmente imperial. É mais uma versão da missão civilizadora que, como tenho defendido, tem animado o sistema internacional desde o seu início.

Patrocínio ao terrorismo

, professor da Universidade de Chicago e cientista político, escreveu um extenso estudo sobre o terrorismo suicida e afirma que este é desencadeado por ocupações militares, e não por ideologias extremistas. Em obras como , Pape utiliza dados de uma extensa base de informações sobre terrorismo e argumenta que, ao intensificar as ocupações militares, o governo dos EUA está aumentando o terrorismo. Pape é também o diretor e fundador do Chicago Project on Security and Terrorism (CPOST), uma base de dados que reúne informações sobre todos os ataques terroristas suicidas conhecidos de 1980 a 2008.

Em 2006, uma afirmou que a guerra no Iraque aumentou a ameaça do terrorismo. A estimativa foi compilada por 16 agências de inteligência e foi a primeira avaliação do terrorismo global desde o início da guerra no Iraque.

Cornelia Beyer explica como o terrorismo aumentou como resposta a intervenções e ocupações militares passadas e presentes, bem como à “violência estrutural”. A violência estrutural, neste caso, refere-se às condições econômicas de subdesenvolvimento atribuídas às políticas econômicas das nações ocidentais, em particular dos Estados Unidos.