Această listă de software-uri de analiză filogenetică este o compilație de software-uri de filogenetică computațională utilizată pentru a produce arbori filogenetici . Astfel de instrumente sunt utilizate în mod obișnuit în genomica comparativă, cladistică și bioinformatică . Metodele de estimare a filogeniilor includ metode de îmbinare a vecinilor, parcimonie maximă (denumită și simplu parcimonie), UPGMA, inferență filogenetică bayesiană, probabilitate maximă și metode matrice de distanță.

Listă NameDescriptionMethodsAuthorADMIXTOOLSPachet din R care conține programele qpGraph, qpAdm, qpWave și qpDstatNick Patterson and David ReichAncesTreeUn algoritm pentru reconstrucția arborelui clonal din date de secvențiere a cancerului cu mai multe eșantioane.Maximum Likelihood, Integer Linear Programming (ILP)M. El-Kebir, L. Oesper, H. Acheson-Field, and B. J. RaphaelAliGROOVEVizualizarea divergenței secvențelor eterogene în cadrul aliniilor de secvențe multiple și detectarea suportului ramificat umflatIdentificarea taxonilor unici care prezintă asemănare de secvență predominant randomizată în comparație cu alți taxoni într-o aliniere a secvenței multiple și evaluarea fiabilității suportului nodului într-o topologie datăPatrick Kück, Sandra A Meid, Christian Groß, Bernhard Misof, Johann Wolfgang Wägele.apePachet din R-Project pentru analiza filogeneticii și evoluțieiOferă o mare varietate de funcții filogeneticeMaintainer: Emmanuel ParadisBayesPhylogeniesInferența bayesiană a copacilor folosind metodele Monte Carlo ale lanțului MarkovInferență bayesiană, modele multiple, model mixt (auto-partiționare)M. Pagel, A. MeadeBayesTraitsAnalizează evoluția trăsăturilor între grupurile de specii pentru care este disponibilă o filogenie sau o probă de filogenieAnaliza trăsăturilorM. Pagel, A. MeadeBEASTArbori de eșantionare de analiză evolutivă bayesianăInferență bayesiană, ceas molecular relaxat, istorie demograficăA. J. Drummond, M. A. Suchard, D Xie & A. RambautGeneiousGeneious oferă instrumente de cercetare a genomului și proteomuluiNeighbor-joining, UPGMA, MrBayes plugin, PHYML plugin, RAxML plugin, FastTree plugin, GARLi plugin, PAUP* PluginA. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al.MEGAAnaliza genetică evolutivă molecularăDistanță, parcimonie și metode de probabilitate maximă compusăTamura K, Dudley J, Nei M & Kumar SMrBayesEstimarea probabilității posterioarăInferență bayesianăJ. Huelsenbeck, et al.phangornUn pachet din R; Analiză filogeneticăML, MP, matrice de distanțe, bootstrap, rețele filogenetice, bootstrap, selecție model, SH-test, SHOW-testMaintainer: K. SchliepPhybaseun pachet R pentru analiza arborilor filogeneticifuncții filogenetice, STAR, NJst, STEAC, maxtree etcL. Liu & L. Yu

Note

Vezi și Lista de software de vizualizare a arborilor filogenetici

Categorie:Filogenie Categorie:Software științific Categorie:Liste despre biologie Categorie:Liste informatică