Bioconductor — масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.
Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаются в виде ежегодного отчёта.
На данный момент содержит более 2000 пакетов.
__TOC__
Цели проекта Основными целями Bioconductor’а являются: Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных. Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez. Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы. Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований. Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.
История проекта Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.
Значение проекта
Пакеты Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты (Software), аннотационные пакеты (AnnotationData) и экспериментальные данные (ExperimentData).
В скобках указано количество пакетов в группе.
aCGH (12) CellBasedAssays (38) ChIPchip (7) CopyNumberVariation (43) CpGIsland (6) DNAMethylation (38) ExonArray (6) GeneExpression (131) GeneticVariability (23) SNP (40) Transcription (47)
AlternativeSplicing (7) Coverage (13) DifferentialExpression (164) DifferentialMethylation (8) DifferentialPeakCalling (1) DifferentialSplicing (6) FunctionalPrediction (1) GeneRegulation (21) GeneSetEnrichment (41) GeneTarget (1) GenomeAnnotation (10) GenomicVariation (6) LinkageDisequilibrium (1) MotifAnnotation (3) MotifDiscovery (4) NetworkEnrichment (13) NetworkInference (17) SequenceMatching (17) SomaticMutation (4) VariantDetection (1)
DataImport (82) DataRepresentation (34) GUI (19) ThirdPartyClient (9)
BiomedicalInformatics (2) CellBiology (20) Cheminformatics (3) FunctionalGenomics (1) Genetics (96) Metabolomics (12) Metagenomics (5) Proteomics (65) SystemsBiology (10)
Bayesian (15) Classification (65) Clustering (89) DecisionTree (7) DimensionReduction (2) FeatureExtraction (2) GraphAndNetwork (69) HiddenMarkovModel (4) NeuralNetwork (1) PrincipalComponent (2) Regression (7) StructuralEquationModels (1) SupportVectorMachine (1) Survival (4) TimeCourse (29)
FlowCytometry (36)
ChipOnChip (1) MethylationArray (7) mRNAMicroarray (3) MultiChannel (3) OneChannel (68) ProprietaryPlatforms (2) TwoChannel (53)
MicrotitrePlateAssay (13) qPCR (9) SAGE (9)
ChIPSeq (40) DNASeq (6) ExomeSeq (3) MethylSeq (10) Microbiome (3) miRNA (4) RIPSeq (1) RNASeq (76) TargetedResequencing (2) WholeGenome (3)
Alignment (8) Annotation (67) BatchEffect (5) ExperimentalDesign (2) MultipleComparison (76) Normalization (15)
GO (33)
Preprocessing (128) QualityControl (95) ReportWriting (25)
Network (44)
AffymetrixChip (336) AgilentChip (15) IlluminaChip (19) INDACChip (1) QiagenChip (1) RNG_MRCChip (2)
adme16cod (1) ag (3) ath1121501 (3) celegans (3) drosgenome1 (3) drosophila2 (3) h10kcod (1) h20kcod (1) hcg110 (3) hgfocus (3) hgu133a (4) hgu133a2 (4) hgu133b (3) hgu133plus2 (4) hgu95a (3) hgu95av2 (4) hgu95b (3) hgu95c (3) hgu95d (3) hgu95e (3) hguatlas13k (1) hgug4100a (1) hgug4101a (1) hgug4110b (1) hgug4111a (1) hgug4112a (1) hguqiagenv3 (1) hi16cod (1) hs25kresogen (1) hu35ksuba (3) hu35ksubb (3) hu35ksubc (3) hu35ksubd (3) hu6800 (3) HuO22 (1) hwgcod (1) illuminaHumanv1 (1) illuminaHumanv2 (1) illuminaMousev1 (1) illuminaMousev1p1 (1) illuminaRatv1 (1) indac (1) m10kcod (1) m20kcod (1) mgu74a (3) mgu74av2 (3) mgu74b (3) mgu74bv2 (3) mgu74c (3) mgu74cv2 (3) mguatlas5k (1) mgug4121a (1) mgug4122a (1) mi16cod (1) mm24kresogen (1) moe430a (3) moe430b (3) mouse4302 (4) mouse430a2 (4) mpedbarray (1) mu11ksuba (3) mu11ksubb (3) Mu15v1 (1) mu19ksuba (2) mu19ksubb (2) mu19ksubc (2) Mu22v3 (1) mwgcod (1) Norway981 (1) OperonHumanV3 (1) PartheenMetaData (1) pedbarrayv10 (1) pedbarrayv9 (1) r10kcod (1) rae230a (3) rae230b (3) rat2302 (3) rgu34a (3) rgu34b (3) rgu34c (3) rgug4130a (1) ri16cod (1) rnu34 (3) Roberts2005Annotation (1) rtu34 (3) rwgcod (1) SHDZ (1) u133x3p (3) xenopuslaevis (2) yeast2 (3) ygs98 (4) zebrafish (3)
CustomArray (2)
GACustomCDF (16)
GeneCardsCustomSchema (8)
FunctionalAnnotation (13)
Anopheles_gambiae (4) Apis_mellifera (3) Arabidopsis_thaliana (12) Bacillus_subtilis (2) Bos_taurus (11) Caenorhabditis_elegans (10) Canis_familiaris (12) Danio_rerio (12) Drosophila_melanogaster (15) Escherichia_coli (12) Gallus_gallus (9) Gasterosteus_aculeatus (2) Homo_sapiens (201) Hordeum_vulgare (2) Macaca_mulatta (7) Mus_musculus (103) Oryza_sativa (1) Pan_troglodytes (6) Plasmodium_falciparum (4) Pseudomonas_aeruginosa (2) Rattus_norvegicus (65) Saccharomyces_cerevisiae (18) Saccharum_officinarum (2) Staphylococcus_aureus (2) Sus_scrofa (7) Taeniopygia_guttata (2) Vitis_vinifera (2) Xenopus_laevis (3) Xenopus_tropicalis (1) Zea_mays (2)
BSgenome (69) cdf (126) ChipDb (155) db0 (19) InparanoidDb (8) MeSHDb (3) OrganismDb (3) OrgDb (19) probe (104) SNPlocs (1) TxDb (17)
miRNA (3)
Breast (2) Colon (2) Kidney (1) Leukemia (6) Lung (1) Ovarian (1)
ChIPchipData (1) ChIPseqData (4) EColiData (1) ExpressionData (4) HapMap (7) HighThroughputSequencingData (9) HIV (1) MassSpectrometryData (7) NormalTissue (3) RNAExpressionData (16) RNAseqData (19) StemCells (1) Yeast (10)
Релизы Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R. ВерсияДата релизаКоличество пакетов(в разделе «Software»)Зависимость1.01 мая 200115R 1.51.119 ноя 200220R 1.61.229 мая 200330R 1.71.330 окт 200349R 1.81.417 мая 200481R 1.91.525 окт 2004100R 2.01.618 мая 2005123R 2.11.714 окт 2005141R 2.21.827 апр 2006172R 2.31.94 окт 2006188R 2.42.026 апр 2007214R 2.52.18 окт 2007233R 2.62.21 мая 2008260R 2.72.322 окт 2008294R 2.82.421 апр 2009320R 2.92.528 окт 2009352R 2.102.623 апр 2010389R 2.112.718 окт 2010418R 2.122.814 апр 2011466R 2.132.91 ноя 2011517R 2.142.102 ноя 2012554R 2.152.113 окт 2012610R 2.152.124 апр 2013671R 3.02.1315 окт 2013749R 3.02.1414 апр 2014824R 3.13.014 окт 2014934R 3.1
Примеры использования
См. также R Биоинформатика Вычислительная биология Вычислительные методы Свободное и открытое программное обеспечение ДНК-микрочип Список открытого ПО по биоинформатике Список ПО для выравнивания последовательностей Affymetrix — американская компания, производящая ДНК-микрочипы
Примечания
Ссылки Официальный сайт — http://www.bioconductor.org/
Категория:Биоинформатика