Историография Крестьянской войны под предводительством Емельяна Пугачёва включает в себя совокупность мемуарных сочинений, исторических и источниковедческих работ, посвящённых причинам восстания, ходу его событий и его значению в истории Российской империи.
Историография на русском языке может быть разделена на три периода: издания дореволюционного периода, характеризуемые некоторыми цензурными ограничениями и умолчаниями, касавшимися действий мятежной стороны; историографию советского периода, со вводом в научный оборот множества документов из лагеря пугачёвцев, наличием марксистских идеологем и идеализации восставшего лагеря; издания новейшего времени, при заметном снижении интереса историков к событиям восстания. Зарубежная историография, опираясь в большинстве своём на русскоязычные работы и публикации, ценна объективным подходом, свободным от государственных или идеологических ограничений, а также современными методами с опорой на достижения смежных гуманитарных наук.
Дореволюционная историография Пугачёвского бунта Согласно первым указам Екатерины II, последовавшим после подавления восстания, события «народного замешательства», выставлявшие Россию в столь невыгодном свете перед «просвещённой Европой», должны были быть преданы забвению. Большинство документов, включая следственные и судебные дела с подробным описанием хода восстания, были скрыты в секретных архивах. Заказа от правительства на написание подробной истории бунта по его горячим следам не поступило. Тем ценнее были фрагментарные дневниковые записи, оставленные очевидцами событий. Одним из самых первых исторических повествований о событиях восстания стала хроника «Осада Оренбурга» оренбургского учёного, непосредственного участника обороны города от Пугачёва Петра Ивановича Рычкова. Воспоминания Рычкова были высоко оценены Пушкиным: «Трудолюбивый Рычков, автор „Оренбургской Топографии“ и многих других умных и полезных книг, оставил любопытную рукопись о сем времени. Я имел случай ею пользоваться. Она отличается смиренной добросовестностью в развитии истины, добродушным и дельным изложением происшествия, которые ныне так редки между русскими писателями, занимающимися историей». «Осада Оренбурга» Рычкова легла в основу будущей «Истории Пугачёва», Пушкин включил её полный текст во второй том «Истории Пугачёва» вместе с рядом других исторических документов.
Ценным историческим источником стали воспоминания сенатора П. С. Рунича. На заключительной стадии восстания Рунич в 1774 году был сначала включён в свиту нового командующего П. И. Панина, а затем назначен одним из следователей в Секретную следственную комиссию в Москве. Имея возможность общаться с широким кругом участников восстания с обеих сторон, в своих воспоминаниях Рунич привел рассказы свидетелей об осаде Оренбурга, битве за Татищевскую крепость, о событиях крестьянской «жакерии» на Правобережье Волги, об обстоятельствах заговора казацких полковников и пленении ими Пугачёва, а также личные свидетельства о встречах арестованного предводителя восстания с Суворовым, Голицыным, Михельсоном.
Первым историком, представившим комплексное исследование событий восстания, стал А. С. Пушкин. Будучи сотрудником Министерства иностранных дел, он опирался на большой массив архивных документовОвчинников Р. В. Пушкин в работе над архивными документами («История Пугачёва»). — Л., 1969. — С. 53—54.Абрамович С. Пушкин в 1833 году. — М.: «Слово», 1994. — С. 159., но не ограничился лишь ими, а отправился в поездку по местам восстания и встретился со многими ещё живыми непосредственными свидетелями восстания и их потомками в Казани, Оренбурге и Уральске. Более того, в своей «Истории Пугачёва» (1834) Пушкин попытался изучить и представить глубинные причины произошедшего, а также опубликовал в приложениях к своей книге большое количество документов и воспоминаний, до сих пор являющихся уникальным источником информации для исследователей. Многие современники и более поздние критики упрекали поэта за излишнее увлечение показаниями участников событий и за то, что «История Пугачёва» «имеет гораздо больше достоинства литературного, чем исторического…»Петрунина Н. Н. Вокруг «Истории Пугачёва» // Пушкин: Исследования и материалы. — Л.: Наука. Ленингр. отд-ние, 1969. — Т. 6. — С. 250. Но отмечая ценность воспоминаний свидетелей восстания, Пушкин тщательно и критически сверял их достоверность с доступными архивными документами — метод, получивший название внутренней критики исторических источников и ставший стандартным для современных исследований. Несмотря на то, что поэт не получил доступа к секретным архивам следствия над Пугачёвым и его соратниками, протоколам их допросов, подавляющее большинство приведённых им «чересчур поэтических» событий были подтверждены более поздними историческими исследованиями.
Одновременно с Пушкиным в XI главе «Истории Донского войска» (1834) военный писатель В. Б. Броневский представил свою трактовку биографии Е. Пугачёва и описание основных событий восстания. Он же стал и одним из первых критиков пушкинской «Истории Пугачёва» в своей статье в «Сыне Отечества» в январе 1835 года. Пушкин подробно ответил Броневскому статьёй «Об истории Пугачёвского бунта».
Во второй половине XIX века, в период подготовки и проведения реформ Александра II, общественный интерес к событиям восстания Пугачёва значительно вырос, этому способствовали ослабление цензурных ограничений, публикация многочисленных мемуаров, воспоминаний, архивных документов. В 1856 году В. И. Даль опубликовал запись воспоминаний Дементия Верхоланцева, горного писчика Билимбаевского завода, сотника в отряде пугачёвского полковника Белобородова, проделавшего путь с армией Пугачёва от Урала до нижней Волги. Это был первый опубликованный рассказ активного участника событий из пугачёвского лагеря. Запись воспоминаний Верхоланцева, в ту пору 85-летнего старика, была сделана П. И. Мельниковым в 1830-х годах, но её публикация в «Отечественных записках» в 1840 году была запрещена цензурой.
Историк Я. К. Грот в опубликованных им «Материалах для истории Пугачевского бунта» — «Бумаги Кара и Бибикова» (1862), «Бумаги, относящиеся к последнему периоду мятежа и к поимке Пугачёва» (1863), «Переписка императрицы Екатерины II с графом П. И. Паниным» (1875) — ввёл в научный оборот ценные документы Государственного и Военно-топографического архива Российской империи, а также переписку военных руководителей правительственных войск и руководителей следственных комиссий: Кара, Бибикова, Панина, Щербатова, Голицына, П. Потёмкина, а также губернаторов губерний, в которых разворачивались боевые действия, включая их рапорты и переписку с Екатериной II.
К 100-летию восстания генерал Д. Анучин подробно представил деятельность правительственных органов и военного руководства в ходе подавления восстания в работах «Участие Суворова в усмирении Пугачёвщины и поимка Пугачёва» (1868), «Первые успехи Пугачёва и экспедиция Кара» (1869), «Действия Бибикова в Пугачёвщину» (1872).
Другой военный историк, Н. Ф. Дубровин, в 1884 году представил фундаментальный трёхтомный труд «Пугачёв и его сообщники». В 1-м томе был дан анализ российского общества и причины, вызвавшие всеобщее возмущение участников восстания, обстановка на Яике и в Башкирии накануне событий, во 2-м томе был подробно освещён ход восстания в период от сентября 1773 года до апреля 1774 года и в 3-м — с апреля 1774 года до подавления восстания. Дубровин одним из первых получил доступ и ввел в научный оборот следственные документы Пугачёва и его сообщников, ранее недоступные исследователям, а также многие другие документы делопроизводства правительства Екатерины II, Государственного архива, архивов Главного штаба, Сената, Синода, Секретной комиссии Тайной экспедиции. Кроме того, в 3-м томе Дубровин привел обширный историографический обзор имевшихся на тот момент исследований и публикаций — «Библиографический указатель статей и книг, относящихся до Пугачёвского бунта».
Ряд работ писателя и историка Д. Л. Мордовцева, посвящённых Пугачёвскому восстанию, подвергся критике за скудость привлечённых материалов и некритическое и небрежное отношение к использованию «более чем сомнительных источников», как со стороны современников, в частности, Анучина и Дубровина, так и со стороны более поздних исследователей.
Известный историк, специалист по истории крестьянства и социальной истории России, В. И. Семевский не занимался непосредственно ходом событий Пугачёвщины, но в своих работах «Крестьяне в царствование императрицы Екатерины II» и «Крестьянский вопрос в России в XVIII и первой половины XIX веков» подробно разобрал причины восстания. Особо Семевский выделял значение пугачёвского манифеста от 31 июля 1774 года, как отразившего социальные чаяния и стремления крестьянства и вызвавшего «общее сочувствие народа», благодаря чему «все Заволжье вспыхивает, как бочка смолы».
Работа А. И. Дмитриева-Мамонова «Пугачёвский бунт в Зауралье и Сибири» включала подробное описание действий правительственных сил в регионе под руководством губернатора Д. И. Чичерина, командующего Сибирской военной линии генерала И. А. Деколонга, комендантов крепостей и командиров отдельных правительственных отрядов. В качестве источников послужили в том числе ранее не публиковавшиеся документы из архива Акмолинского областного правления. Были разобраны причины неудачи их первоначальных планов по противодействию отрядам Пугачёва под Оренбургом и недопущению распространения восстания на Иссетскую провинцию и Зауралье, описаны военные действия башкирских отрядов, набеги казахов вдоль пограничных линий.
Работы дореволюционных историков в большей степени акцентировались на действиях правительственной стороны. Описание действий восставших, как правило, подавалось исключительно в негативном ключе. Документы восставшей стороны долгое время не публиковались по цензурным соображениям, была опубликована лишь небольшая их часть и, как правило, без анализа. Среди части историков сохранялась политика намеренного умолчания о событиях крестьянских и казачьих восстаний — так, в «Курсе русской истории» В. О. Ключевского, изданном в начале XX века, имя Емельяна Пугачёва упомянуто лишь однажды: «В 1775 году Екатерина покончила три тяжёлые войны: с Польшей, Турцией и со своим воскресшим супругом, маркизом Пугачёвым, как она его называла». Умолчал Ключевский и о соратниках Пугачёва.
Советская историография Крестьянской войны 1773—1775 годов В первые годы советского периода историки воспользовались снятием цензурных ограничений на публикацию документов из лагеря восставших. По инициативе М. Н. Покровского начался сбор материалов, хранившихся в провинциальных архивах Казани, Нижнего Новгорода, Тобольске и многих других, в журнале «Красный архив» началась регулярная публикация указов и манифестов Пугачёва, протоколов допросов предводителя восстания и его главных сподвижников. Центроархив подготовил трёхтомное издание документов «Пугачёвщина»: I том (1926) с манифестами и указами Пугачёва и Военной коллегии восставших; II том (1929) — материалы о предпоссылках восстания и об участии в восстании казачества, заводских крестьян и нерусских народов; III том — с документами об участии крепостных крестьян и дворян. Историки в квалификации событий отказываются от термина «бунт», заменяя его термином «восстание».