Томск основан в 1604 году.
Другие названия Томска в древности: Томской, Томской город, ТомьИз истории освоения юга Западной Сибири русским населением в XVII — начале XX вв. Кузбассвузиздать, 1997. C. 19..
До основания города Территория, где ныне расположен Томск, была заселена задолго до основания города, что подтверждается большим количеством археологических находок, к числу которых, в частности, относятся:
Томская стоянка эпохи палеолита (возраст 18300±1000 лет) на территории Лагерного сада, открытая в 1896 году Н. Ф. Кащенко. Также на территории Лагерного сада в 1889 году А. В. Адриановым и С. К. Кузнецовым были обнаружены городище I века до н. э. и курганные могильники средневековья (~XV—XVI века) и воинов-скотоводов VII—V веков до н. э. (См.: Лагерный сад#История); Басандайский археологический комплекс, в районе устья Басандайки, состоящий из нескольких находок, обнаруженных в ходе раскопок, проводимых С. К. Кузнецовым в 1889 году, М. П. Грязновым 1924 году и А. П. Дульзоном в 1945 году, и включающий: стоянку эпохи неолита, три городища, два неукреплённых древних селения (середина I тысячелетия до н. э.) и курганный могильник XIII—XVII веков н. э.Басандайка. Труды Томского государственного университета и Томского педагогического института. Том. 98. — Томск, 1947.Матющенко В. И. Начало складывания хозяйственно-культурных типов (мезолит) // «Древняя история Сибири»;
Каменные орудия эпохи раннего неолита (V—III тысячелетие до н. э.), обнаруженные на территории Богородице-Алексеевского монастыря; Поселение позднего бронзового века (XVI века до н. э.) на Воскресенской горе. Черемошинское поселение позднего бронзового века в местности Черемошники на берегу Томи, в районе старого устья Малой Киргизки; Группа из семи археологических памятников раннего железного века (I тысячелетие до н. э.) и средневековья, на левом берегу Томи, в районе Тимирязевского, Нижнего Склада и Эушты, найденных в конце XIX века членами Общества естествоиспытателей и врачей: В. М. Флоринским, А. В. Адриановым, С. К. Кузнецовым, С. М. Чугуновым и шведским учёным Ф. Мартином; Городище, открытое С. К. Кузнецовым в 1890 году, и поселение древних людей, обнаруженное Д. П. Славниным в 1924 году, на мысах Каштачной горы; Поселение железного века (вторая половина I тысячелетия до н. э.) на Голом мысе (правый берег Малой Киргизки в районе Свечного), обследованное в 1951 году без проведения раскопокНаш город родной. Исторические и памятные места Томска. (Сост. М. И. Чугунов, В. А. Соловьёва). Новосибирск: Западно-Сибирское книжное издательство, 1982. — 208 с., 24 л. ил./ С. 209—211: Матющенко. В. И. Археологические памятники.; Стоянка, два древних кургана, обнаруженные С. К. Кузнецовым в конце XIX века, и шаманское культовое место, найденное томскими школьниками в 1959 году, и в том же году обследованное сотрудниками областного краеведческого музея, на берегу Ушайки в районе Толстого Мыса на Степановке;
Ко времени прихода русских в конце XVI века на землях нынешнего Томска жили сибирские татары и враждующие с ними кочевые народы. Районом устья Ушайки (административный центр нынешнего города) и противоположенной ему территорией на левом берегу Томи владело татарское племя эушта, а южной частью нынешнего города — другое сибирскотарское племя, возглавляемое князем Басандаем, в северной части сегодняшнего Томска обитали телеуты и енисейские кыргызы, а в южную часть томского левобережья, в район Сенной Курьи и Калмацкого озера, на лето пригоняли свои табуны лошадей кочевники из Джунгарского ханства.
XVII век
20 января 1604 года в Москву ко двору Бориса Годунова приехало посольство во главе с князем эуштинских татар Тояном с просьбой о принятии их в русское подданство и защиты их от нападений воинственных соседей — енисейских кыргызов и калмыков. В ответ Борисом Годуновым подписана грамота о строительстве города на землях эуштинцев:. <center> «…Бил нам челом Томские земли князек Тоян, что б нашему царьскому величеству его Тояна пожаловати, велети ему быти под нашею высокою рукою и велели бы в вотчине его в Томи поставити город… И мы… челобитие его милостливо выслушали и, пожаловав его высоким царским жалованием, велели отпустить в Сургут, а из Сургута в Томскую волость… а с ним послати наших служилых людей, сколько будет человек пригож, смотря по тамошнему делу… что б им тех мест и всяких угодий разсмотрети, и где на то городское дело имати лес, и сколь далеко, и на которой реке, и сколь велика река… и вперед тут городу стоять мочно ль…»
25 марта 1604 года Борис Годунов послал казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с заданием основать город на берегу реки Томи, в татарской земле, завести вокруг него государеву пашню и привести в подданство российскому царю окрестные народы.
Если не брать во внимание мало кем признаваемые гипотезы о том, что в момент основания Томска Ушайкой называлась река Басандайка или Большая Киргизка, то можно утверждать общепризнанным мнение о том, что «знатной вышины пригорок», недалеко от устья Ушайки, который «высмотрели» по наказу Бориса Годунова прибывшие на земли эуштинцев казаки, для «становления города» — это Воскресенская гора. Более точное местоположение первого Томского кремля вызывает споры, хотя ещё в 1966 году городской архитектор Л. Окулов указал этим местом южный мыс Воскресенской горы, где в том же году был установлен памятный каменьСлавнин В. Д. Томск сокровенный. — Томское книжное издательство, 1991. 328 с. + 32 с. вкл., ил. ISBN 5-7515-0177-2История названий томских улиц. Издание третье, дополненное. Отв ред. Г. Н. Старикова. — Томск, Издательство Д-Принт. 2012—368 с. ISBN 978-5-902514-51-0Калёнова Т., Заплавный С. Крылатый конь. — Томск. ОАО "Издательство «Красное знамя», 2005. — 325 с. ISBN 5-9528-0040-8Адрианов. А. В. Томская старина . Томск, 1912.Заплавный С. А. Рассказы о Томске. — Новосибирск: Западно-Сибирское книжное издательство, 1984. — 416 с., ил.. Однако, со мнением Окулова не согласна историк-археолог Мария Чёрная, под чьим руководством проводились раскопки на южном мысе, в результате которых на этом месте остатков первой томской крепости не обнаружено, впрочем, в документе по материалам раскопок, несмотря на его преамбулу, чётких доказательств невозможности основания Томска на этом месте нет.
К 27 сентября (7 октября) 1604 года все строительные работы были завершены. Однако, к 1648 году первый острог пришёл в негодность, и на южном мысе Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 километрах от её впадения в Обь и недалеко от устья таёжной речки Ушайки, был выстроен новый острог. Томск стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения — в 1614, 1617, 1657, 1698 годах отражал набеги кочевников.
XVIII век
В XVIII веке границы российского государства отодвинулись далеко на юг и восток, набеги прекратились, и Томск потерял своё оборонительное значение. Начиная с середины XVIII века и вплоть до советских времён Томск становится местом ссылки. Так, здесь были в ссылке Ибрагим Ганнибал, Гавриил Батеньков, Михаил Бакунин, Николай Эрдман, Густав Шпет, Николай Клюев.
В 1719 году Томск был причислен к Енисейской провинции, в 1726 году — к Тобольской, а в 1782 году получил статус областного города Тобольского наместничества.
После создания Сибирского тракта, шедшего из Москвы через Томск в Кяхту (Забайкалье), Томск стал важным центром транзитной торговли, в 1738 году в Томске возникает ямская служба.
XIX — начало XX века
К началу XIX века город вырос до статуса регионального административного центра и в 1804 году стал центром огромной Томской губернии, которая включала в себя территории нынешних Республики Алтай, Алтайского края, Кемеровской, Новосибирской и Томской областей, Восточно-Казахстанской области (Казахстан), западные части Хакасии и Красноярского края.
В 1819 году в Томск с ревизией прибыл М. М. Сперанский. Про Томскую губернию он отметил, что «худое управление сделало из неё сущий вертеп разбойников.
Если бы в Тобольске я отдал бы всех под суд… то здесь оставалось бы уже всех повесить».
В начале XIX века для обеспечения больших перспектив развития города был создан генеральный план развития: первоначальный проект перепланировки и планировочного развития города, составленный томским землемером С. Зверевым в 1820—1824 годах, был предоставлен для экспертизы в бюро В. Гесте в 1824 году. Гесте внёс правки в проект и вернул его «для проверки с местным положением» в Томск. Вариант, предложенный петербургским градостроителем, был рассмотрен в Томске и были высказаны замечания по вопросу учёта в нём особенностей рельефа и других местных природных условий. Проект вновь был препровождён в Санкт-Петербург, где уточнялся в бюро «по замечаниям из Томска» до 1830 года.
Проект предполагал существенное увеличение площади городской территории, «в основу планировки была положена… веерная схема, отвечавшая сложным условиям рельефа местности». В южной части города, на Юрточной горе, был запроектирован новый общегородской центр, в ансамбле которого комплекс крупномасштабных административных зданий должен был сформировать примыкающую к Почтамтской улице главную городскую площадь, и центром её композиции должен был стать православный собор. После окончательного согласования на месте генеральный план города 8 августа 1830 года был утверждён императором Николаем I.
В начале XIX века город превратился не только в административный, но и культурный и экономический центр юга Западной Сибири.
Начиная с конца 1830-х годов население Томска быстро росло благодаря увеличивающейся золотодобыче в Сибири. Она продолжалась до середины XIX века.
При прокладке линии Транссибирской железнодорожной магистрали в конце XIX века инженером-путейцем Н. П. Межениновым, руководившим строительством Среднесибирского участка магистрали, было принято решение о том, что основная железнодорожная линия должна пройти значительно южнее Томска, а Томск следует соединить с ней отдельной ветвью, которая и была проложена в 1896 году, но она являлась тупиковой, и город потерял значение транспортного узла (см.: Строительство Транссибирской магистрали в обход Томска).
Во второй половине XIX — начале XX века Томск являлся одним из центров идеологии сибирского областничества, одним из лидеров являлся видный русский учёный Григорий Потанин.
20 октября (2 ноября) 1905 года в городе произошли массовые уличные беспорядки: промонархически настроенные манифестанты нападали на студентов и работников управления Сибирской железной дороги, в результате чего были сожжены здания Королёвского театра и железнодорожного управления и погибло несколько десятков человекЛюди хотели свободы и перемен в России. Сто лет назад за это били палками и сжигали заживо. [Интервью с историком Михаилом Шиловским] // Интернет-СМИ «Лента.ру». — М., 2019. — 3 сентября. URL: lenta.ru .. Советская историография относила эти события к черносотенным погромамНаш город родной : Исторические и памятные места Томска / Сост. М. И. Чугунов, В. А. Соловьёва. — Новосибирск : Западно-Сибирское книжное издательство, 1982. — С. 60—61. — 208 с.; некоторые современные исследователи предпочитают интерпретировать их как "реакцию традиционалистских слоёв городского социума на попытки либерально-радикальных элементов ограничить или вообще свергнуть самодержавиеШиловский М. В. Томский погром 20—22 октября 1905 г.: хроника, комментарий, интерпретация [монография] / М. Шиловский. / Научный редактор: д-р ист. наук В. П. Зиновьев. Рецензент: д-р ист. наук Э. И. Черняк. — Томск: Изд-во Томского университета, 2010. — 150 с., ил., С. 148. — ISBN 978-5-7511-1939-3..