Альтернативная (по мнению ряда историков, а также правозащитников и журналистов, конспирологическаяЯблоков И. А. Русская культура заговора: Конспирологические теории на постсоветском пространстве. — М.: Альпина Паблишер, 2020. — 430 с.Зыгарь М. В. Вся кремлёвская рать: Краткая история современной России. — М.: Альпина Паблишер, 2015. — 349 с.«В книге Фельштинского и Литвиненко, посвященной серии террористических актов в России осенью 1999 г., обосновывается конспирологическая версия о причинах и организаторах взрывов» — Признана экстремистской книга «ФСБ взрывает Россию» // Информационно-аналитический центр «Сова», 13.05.2015«наплодило множество конспирологических документов вроде книги „ФСБ взрывает Россию“» — Дзись-Войнаровский Н. Чертова дюжина терактов // Lenta.ru, 06.02.2004«С одной стороны — „ФСБ взрывает Россию“. <…> Всякий раз в такой конспирологии оказывается зашита персонифицированная верхняя власть» — Колесников А. И. Терроризм-анонимка // Газета.Ru, 04.04.2017«что по этому поводу говорит теория заговора? Это к вопросу о том, кто взрывал дома. В России шла война. А ничего не говорил теория заговора. В книге Литвиненко „ФСБ взрывает Россию“ слово джихад, ваххабит, салафит не упоминается ни разу.» — Латынина Ю. Л. Код Доступа // Эхо Москвы, 13.09.2014) версия о взрывах жилых домов в России 4—16 сентября 1999 года — теория, согласно которой взрывы жилых домов чеченскими террористами в сентябре 1999 года на самом деле были организованы российскими властями, в том числе лично тогда действующим премьер-министром и бывшим директором ФСБ Владимиром Путиным, а также Федеральной службой безопасности Российской Федерации. Сторонники этой версии считают, что взрывы были выгодны действующим властям и, наоборот, не выгодны чеченским боевикам, и что именно после взрывов Владимир Путин смог обеспечить себе повышение рейтинга и, как следствие, победу на президентских выборах 2000 годаВзрывы домов в 99-м: кому выгодно? , Владимир Кара-Мурза // Радио «Свобода», 08.09.2015. Среди причин, по которым власти могли пойти на такой шаг, сторонниками теории также назывались желание усилить роль ФСБ в политической жизни России, а также необходимость оправдать Вторую чеченскую войну.

Предыстория Накануне начала Первой чеченской войны в ноябре 1994 года в Москве сработали два мощных тротиловых заряда на железнодорожном мосту через Яузу. Также в декабре в Москве взрывное устройство сработало на Московской окружной железной дороге и 27 декабря взорвался пассажирский автобус. Оперативники Московского уголовного розыска выяснили, что за преступлениями стоят члены банды Максима Лазовского, в которую ранее были внедрены сотрудники ФСБ. Во время судебных заседаний осужденный за взрыв автобуса Владимир Воробьев назвал себя агентом спецслужб, а адвокат утверждал, что найденные у Лазовского документы прикрытия были выданы в ФСБ.

Согласно свидетельству Сергея Степашина, план новых активных военных действий против Чеченской республики разрабатывался с марта 1999 года.

10 июля 1999 года журналист Ян Бломгрен написал, что Администрация президента прорабатывает план поиска и поддержки лояльного кандидата на пост президента на предстоящих выборах в 2000 году. Журналист предупредил о возможных терактах, в которых обвинят чеченцев, с целью объявления чрезвычайного положения и переноса выборов. Позднее Бломгрен пояснил, что его источники были знакомы с дискуссиями внутри политической элиты.

22 июля 1999 года журналист Александp Жилин заявил, что Администрацией президента разработан и утверждён план дискредитации Лужкова с помощью провокационных мероприятий, призванных дестабилизировать ситуацию в Москве. По данным Жилина, планировалось проведение террористических актов (или попыток теpактов) в отношении ряда государственных учреждений и редакций «антилужковских» изданий, предусматривалось похищение людей «чеченскими боевиками».

Возникновение версии В газете «Московский комсомолец» от 13 сентября 1999 года сообщается о подготовке спецслужбами аналитической записки по теракту в Москве на улице Гурьянова: Согласно основной версии, непосредственно в подготовке теракта чеченские боевики не принимали участия. Судя по картине взрыва, бомбу закладывали специалисты, прошедшие подготовку в российских секретных ведомствах.

14 сентября 1999 года депутат Госдумы Константин Боровой на пресс-конференции заявил о причастности российских спецслужб ко взрывам жилых домов в Москве. Позднее Боровой утверждал, что обвинение было основано на данных, которые передали ему сотрудники ГРУ.

Развитие версии По версии публициста Бориса Кагарлицкого, опубликованной 24 января 2000 года, сотрудники ГРУ осуществляли прикрытие операции по взрыву домов в Москве, а для её исполнения были привлечены люди из структур Ширвани Басаева.

Роль Юрия Фельштинского и Александра Литвиненко Версия о причастности властей России и спецслужб к терактам была впервые подробно изложена в книге «ФСБ взрывает Россию». Книга написана историком Рутгеровского университета Юрием Фельштинским и бывшим сотрудником ФСБ Александром Литвиненко, который был уволен из ФСБ в декабре 1998 годаЛитвиненко. Расследование — Доклад по делу о смерти Александра Литвиненко // Сэр Роберт Оуэн, 21.01.2016, а в 2000 году получил политическое убежище в Великобритании. Впервые отрывки этой книги были опубликованы в спецвыпуске «Новой газеты» 27 августа 2001 годаКуда едет «крыша» России под названием ФСБ? // «Новая газета», 27 августа 2001 года. Полное издание вышло в 2002 году.

Также в 2002 году по книге Литвиненко и Фельштинского французскими режиссёрами Жаном-Шарлем Деньо (Jean-Charles Deniau) и Шарлем Газелем (Charles Gazelle) был снят документальный фильм «Покушение на Россию». Аналогичные идеи были высказаны в книге Александра Литвиненко «ЛПГ (Лубянская преступная группировка)», также изданной в 2002 году.

Утверждение о невиновности Батчаева и Крымшамхалова В 2002 году Литвиненко и Фельштинский заявили, что получили письмо от имени Тимура Батчаева и Юсуфа Крымшамхалова, террористов, прямо причастных к взрывам жилых домов в Москве и Волгодонске. В письме Батчаев и Крымшамхалов не отрицали свою вину полностью, но утверждали, что участвовали только в транспортировке взрывчатки и при этом думали, что она будет использована для подрыва административных зданий и военных объектов«Гексогеновый след» // «Новая газета», 9 декабря 2002. Также Батчаев и Крымшамхалов заявили, что они не имели с Басаевым и Хаттабом никаких связей и что операция по осуществлению взрывов домов была организована лично директором ФСБ Николаем Патрушевым, а её куратором был вице-адмирал Герман Угрюмов. Согласно утверждению террористов, также содержащемуся в их письме, Угрюмов впоследствии скончался не от сердечного приступа, а был ликвидирован ФСБ. По словам Батчаева и Крымшамхалова, общее число членов их группы составляло более тридцати человек. При этом как руководителей среднего звена они, по их словам, знали некоего подполковника, татарина по национальности, пользовавшегося псевдонимом «Абубакар», а также некоего полковника, русского по национальности, с псевдонимом «Абдулгафур». Последнего Батчаев и Крымшамхалов предположительно отождествляли с криминальным авторитетом Максимом ЛазовскимТЕРРОРИСТЫ ТРЕБОВАЛИ ЗА СВОИ ПОКАЗАНИЯ $3.000.000 , интервью с Юрием Фельштинским, Новая газета, 2002-12-09, № 91.

Вина Батчаева и Крымшамхалова (а также их сообщника Адама Деккушева) в умышленном подрыве жилых домов была установлена судом на основании вещественных улик, свидетельских показаний и данных экспертиз. Литвиненко и Фельштинский не смогли предоставить фактических доказательств тому, что официальное обвинение в адрес террористов было сфабриковано. Также они не смогли предоставить фактических доказательств содержащейся в письме Батчаева и Крымшамхалова информации.

Крымшамхалов и Деккушев были захвачены на территории Грузии во время совместной операции грузинского спецназа и ФСБ (Батчаев во время захвата оказал вооружённое сопротивление и был убит), а затем выданы грузинской стороной России. По мнению оппозиционной журналистки Юлии Латыниной, если бы существовала хотя бы малейшая возможность того, что эти террористы могут иметь отношение к некоему заговору российских спецслужб, Грузия, на тот момент являвшаяся союзником США и геополитическим противником России, не стала бы производить их выдачу. Также Латынина высказала мнение, согласно которому Батчаев и Крымшамхалов намеренно солгали о своей невиновности и о возможной причастности ФСБ ко взрывам, так как считали, что это поможет им остаться в Грузии и тем самым избежать российского правосудия. В 2007 году бывший близкий друг Березовского предприниматель Никита Чекулин заявил, что письмо от имени Батчаева и Крымшахалова никогда не существовало в действительности и было сфальсифицировано Юрием ФельштинскимСпецоперации Бориса Березовского Часть 1.

Утверждение о том, что террористы не взяли на себя ответственность за взрывы Литвиненко и Фельштинский, а также некоторые другие сторонники теории утверждали, что лидеры террористов не взяли ответственность за взрывы домов, и, следовательно, по этой причине не могли быть причастны к взрывам«Terror99»  — сайт, посвящённый теории заговора. Тем не менее, по мнению журналистки Юлии Латыниной, данное утверждение не соответствует действительности.

В частности, Шамиль Басаев в интервью чешской журналистке Петре Прохазковой, комментируя взрывы, заявил, что это «дагестанские бомбы», которые взорвались «в ответ на то, что Россия терроризирует Дагестан»«Код доступа» на «Эхе Москвы», эфир от 26 июля 2014 года.|https://echo.msk.ru/programs/code/1366982-echo/ .

Хаттаб в интервью Ассошиэйтед Пресс, взятом между 9 и 13 сентября, и опубликованном 14 сентября 1999 года, заявил: «Мы будем, короче, конкретно бомбить, только не самолёт, короче, а другое. Они будет видеть наши взрывы. Пусть Россия ждет наши взрывы. Пусть они ждут [в] ихних городах. Везде — ждут наши взрывы. Мы конкретно будем работать.» 14 сентября 1999 года Хаттаб заявил агентству Интерфакс в Грозном, что не имеет отношения к взрыву в Москве, и что «мы не будем уподобляться тем, кто убивает спящих гражданских бомбами и снарядами»Al-Khattab: From Afghanistan to Dagestan // Reuven Paz, Институт международной политики по борьбе с терроризмом, 20 сентября 1999«Chechnya: Campaign of terror against Russia threat», 1:29, архив Ассошиэйтед Пресс«Obsession: Radical Islam’s War Against the West», 4:48, Clarion Project, 2005.

14 сентября 1999 года лидер радикальной исламистской организации «Ансар аш-Шариа» («Приверженцы шариата») Абу Хамза аль-Масри направил в редакцию газеты «Аль-Хаят» заявление, в котором выступил в поддержку взрывов жилых домов в Буйнакске и Москве. Он заявил, что эти взрывы являются «исламской местью русским за обстрелы и изнасилования гражданского населения в Чечне и Дагестане». По словам аль-Масри, «женщин и детей специально никто не убивает на войне», однако операции в России, в которых погибли женщины и дети, «являются единственной возможностью заставить неверных отказаться от их политики»Радикальные исламисты поддержали теракты в Москве // Lenta.Ru, 14 сентября 1999.

27 сентября 1999 года «Новая Газета — Понедельник» опубликовала интервью с директором рабочей группы Конгресса США по противодействию терроризму Джозефом Бодански. По мнению Бодански, расчёт террористов был на то, чтобы сделать войну в Дагестане и на Северном Кавказе неприемлемой для россиян, и заставить их потребовать от властей прекратить войну за КавказПоследствия. Война будет жестокой. // Джозеф Бодански, Новая Газета — Понедельник, 27 сентября 1999.

Утверждение о подменённом фотороботе Гочияева