Сезон 2005/06 стал для Баварии 41-м в Чемпионате Германии и 106-м подряд со дня основания клуба. Во второй сезон под руководством Феликса Магата клуб снова выиграл чемпионат и Кубок Германии. В Лиге чемпионов команду снова постигла неудача, клуб вылетел на стадии 1/8 финала от Милана.
Состав команды
! colspan="9" bgcolor="#B22222" align="left" | |----- bgcolor="#DFEDFD"
! colspan="9" bgcolor="#B22222" align="left" | |----- bgcolor="#DFEDFD"
! colspan="9" bgcolor="#B22222" align="left" | |----- bgcolor="#DFEDFD"
Трансферы
Пришли в клуб
Лето #№Поз.ИгрокОткудаСуммаДата129Вр Бернд Дреер -Возобновил карьеру1 июля 2005225Защ Валерьен Исмаэль Вердер8.500.0001 июля 200538ПЗ Али Карими Аль-АхлиСвободный агент1 июля 2005 Убытки:8.500.000
Зима #№Поз.ИгрокОткудаСуммаДата119ПЗ Хулио Дос Сантос Серро Портеньо2.700.0001 января 2006
Убытки:2.700.000
Ушли из клуба
Лето #№Поз.ИгрокКудаСуммаДата14Защ Самуэль Куффур РомаСвободный агент1 июля 200525Защ Роберт Ковач ЮвентусСвободный агент1 июля 2005315Защ Тобиас Рау Арминия750.0001 июля 2005425Защ Томас Линке Ред Булл ЗальцбургСвободный агент1 июля 200558ПЗ Торстен Фрингс Вердер5.000.0001 июля 2005630ПЗ Кристиан Лелль КёльнАренда1 июля 200579Нап Вахид Хашемян Ганновер 961.300.0001 июля 2005821Нап Александр Циклер Ред Булл ЗальцбургСвободный агент1 июля 2005 Прибыль:7.050.000
Зима Трансферные сделки не совершались
Прибыль:0
Общие убытки:11.200.000
Общая прибыль:7.050.000
Разница: 4.150.000
Соревнования
Бундеслига
Результаты турнира
Турнирная таблица
1 «Бавария» стала обладателем кубка Германии, в кубок УЕФА квалифицировался финалист кубка — «Айнтрахт».
Кубок Германии
1-й раунд
2-й раунд
1/8 финала
1/4 финала
1/2 финала
финал
Кубок лиги
1/2 финала
Лига чемпионов
Групповой этап
Плей-офф
1/8 финала
Статистика
Игры и голы
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Вратари
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Защитники
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Полузащитники
! colspan="16" style="background:#dcdcdc; text-align:center;"| Нападающие
Бомбардиры +МестоПозицияСтранаИгрокБундеслигаКубок ГерманииКубок лигиЛига чемпионовИтого1НапРой Макай17012202НапКлаудио Писарро11501173ПЗМихаэль Баллак14101164НапПаоло Герреро410165ПЗМехмет Шолль320056НапРоке Санта Крус400047ПЗБастиан Швайнштайгер300038ПЗАли Карими200139ПЗОуэн Харгривз1200310ЗащМартин Демичелис10023