В русле политики «воинствующего безбожия» в 1929 году усилились давление и пропаганда, направленные против всех религиозных учреждений, в том числе и исламских. К тому времени уже было в основном разгромлено басмаческое движение. Это следует из резолюции о награждении 48-го Сарай-Камарского (позднее Таджикского, а затем Пянджского) пограничного отряда орденом Ленина, которую 29 января 1936 года Иосифу Сталину и Генриху Ягоде передал первый секретарь ЦК Компартии Таджикской ССР Сурен Шадунц. В резолюции приводились данные о борьбе этого отряда по охране границы Таджикистана с Афганистаном с 1928 годаДюллен С. Уплотнение границ. К истории советской политики. 1920—1940-е. — М.: Новое литературное обозрение, 2019. — С. 67.: 255 вооружённых столкновений; 1207 убитых и раненых басмачей; 274 задержанных и завербованных басмача; 54 ликвидированных банды; 13541 задержанных при переходе границы Советского Таджикистана и Афганистана; Конфискация контрабанды на 953014 рублей.

При этом собственные потери всего пограничного отряда за эти несколько лет были незначительными — 13 убитых и 13 раненых. Это указывало, что в первой половине 1930-х годов активного басмачества на таджикско-афганской границе, для борьбы с которым требовались значительные военные силы, уже не существовало.

К концу 1930-х годов внешнеполитическая необходимость в уступках мусульманскому духовенству отпала, так как СССР фактически прекратил отношения с Саудовской Аравией в 1938 году, закрыв своё консульство в Джидде. Был принят ряд мер по сокращению контактов между мусульманами СССР и соседних стран, а также по ограничению притока в СССР мусульман-иностранцев.

Общению советских мусульман с единоверцами в 1920-х — 1930-х годах способствовала распространенная практика найма из соседних с СССР мусульманских стран сезонных рабочих. Эти сезонные рабочие трудились в приграничных мусульманских местностях СССР. В 1930 году в СССР работали от 10 тысяч до 20 тысяч афганцев, персов, представителей среднеазиатских народов (иностранцев)Сорокин А. Пролетарская вербовка // Родина. — 2020. — № 9. — С. 121.. Эти сезонные рабочие трудились на нефтепромыслах в Азербайджане (в том числе в Баку), а также на сборе хлопка в Средней Азии.

В начале 1938 года были закрыты в СССР консульства Ирана, Афганистана и ТурцииДюллен С. Уплотнение границ. К истории советской политики. 1920—1940-е. — М.: Новое литературное обозрение, 2019. — С. 300..

Зарубежные мусульмане стали восприниматься в конце 1930-х годов как угроза советской власти. Уже в начале 1930-х годов в приграничных с СССР мусульманских местностях существовали территории компактного проживания советской мусульманской эмиграции, которых сотрудники советских спецслужб в 1930-х годов обвиняли в антисоветской работе и даже в подготовке панисламистских восстаний на территории СССР. В информационно-аналитическом обзоре 1944 года подчёркивалось, что в начале 1930-х годов только в северных районах Афганистана проживали не менее 4 млн мусульманских эмигрантов из СССРГусева Ю. Н., Бегасилова Ж. А. Дело о «панисламистской повстанческой организации» в Средней Азии 1940 г. // Российская история. — 2018. — № 2. — С. 108.. Современные исследователи приводят более скромные цифры — от полумиллиона до миллиона бывших советских мусульман, бежавших в начале 1930-х годов в Синьцзян и Афганистан. Значительная часть этой эмиграции сформировалась в результате коллективизации начала 1930-х годов. У эмигрантов были свои общественные организации.

1929—1941 годы стали временем, когда в СССР преследование мусульманского духовенства и верующих приняло массовый характер. Насилие (расстрелы духовенства по сфабрикованным уголовным делам, раскулачивание) сопровождались экономическим давлением (непомерные налоги и неисполнимые поставки государству определённых видов сельскохозяйственной продукции), а также культурными преобразованиями, направленными на уничтожение религиозной литературы и духовного образования.

В 1929—1941 годах в СССР были закрыты практически все мечети. Так, на территории Башкирской АССР количество мусульманских приходов по годам было следующимЮнусова А. Б. Ислам в Башкортостане. — Уфа: Уфимский полиграфкомбинат, 1999. — С. 196.: 1927 год — 2414; 1934 год — 924; 1941 год — 12.

Легально эмигрировать за границу советские мусульмане фактически не могли. Власти СССР уже в начале 1930-х годов почти полностью закрыли выезд за рубеж для всех своих граждан. В 1932 году по СССР было подано 478 заявлений на эмиграцию (из них удовлетворено 259 заявлений)Осокина Е. А. Алхимия советской индустриализации: время Торгсина. — М.: Новое литературное обозрение, 2019. — С. 319—320.. В октябре 1932 года советские власти установили, что советский гражданин (если являлся «трудовым элементом») мог выехать за границу, если его родственники за рубежом делали в Торгсин валютный перевод — 500 золотых рублей. Для выезда «нетрудового элемента» требовалось внести 1000 золотых рублей. К 1933 году ставки были повышены — 550 золотых рублей за выезд «трудового элемента» и 1100 золотых рублей за право на выезд «нетрудового элемента» (по официальному курсу это было более 280 долларов США и около 570 долларов США соответственно).

Духовенство относилось к «нетрудовому элементу». За выезд старика или ребёнка следовало перевести в Торгсин 275 золотых рублей. Помимо этой суммы желающий эмигрировать из СССР должен был оплатить услуги «Интуриста» по «организации выезда» и услуги Народного комиссариата путей сообщения и Советского торгового флота за доставку «до портов посадки». Заплатить за выезд мало кто мог из советских граждан. Поэтому за 1933 год на выезд в эмиграцию из СССР было подано 1249 заявлений, из которых удовлетворили 804 заявления. Таким образом легальной возможности выехать на постоянное место жительства в мусульманские страны у советских мусульман не было.

Коллективизация, индустриализация и принудительные переселения конца 1920-х — 1930-х годов привели к изменению конфессионального состава ряда мусульманских местностей. Особенно сильно изменился состав населения Казахской ССР. Голод 1932—1933 годов привёл к тому, что многие казахи-мусульмане погибли или откочевали в Китай. С другой стороны в Казахстан хлынул поток переселенцев-немусульман. Многие прибывали на стройки, например, на Турксиб. Наконец, Казахстан стал одним из главных центров ссылки в СССР. По состоянию на 1 июля 1938 года из 997329 трудпоселенцев СССР 134655 человек проживали в КазахстанеБердинских В. А., Бердинских И. В., Веремьев В. И. Система спецпоселений в Советском Союза 1930—1950-х годов. — М.: Политическая энциклопедия, 2017. — С. 82 — 83.. В результате к концу 1930-х годов казахи стали меньшинством в Казахской ССР.

Мусульманские республики Средней Азии и Азербайджанская ССР до Второй мировой войны сохранили преимущественно мусульманское население. Они были практически не затронуты притоком трудпоселенцев. Во всех союзных республиках СССР (кроме РСФСР и Казахской ССР) по состоянию на 1 июля 1938 года было только 42674 трудпоселенцев (из них в Узбекской ССР 14307 трудпоселенцев, в Киргизской ССР 11845 трудпоселенцев, в Таджикской ССР 9052 трудпоселенца).

Одновременно в СССР сформировался слой относительно грамотных кадров из мусульманских народов, которые прошли атеизацию и получили подготовку в рядах Красной Армии. Эти люди владели языками своих народов, знали их культуру и ислам, а также владели русским языком и обладали минимальными профессиональными знаниями. Советское командование поощряло их возвращение после демобилизации в родные поселения, где эти люди либо занимали руководящие должности, либо становились специалистами (политпросветработниками, рабселькорами, антирелигиозниками, киномеханиками, радистами, специалистами в области сельского хозяйства, животноводами и т. д.)Безугольный А. Ю. Опыт строительства Вооружённых сил СССР: Национальный аспект (1922—1945 гг.) . — Дисс… докт. ист. наук. — М.: Б.и., 2019. — С. 432—433.. Эта подготовка кадров для деревни была целенаправленнойБезугольный А. Ю. Опыт строительства Вооружённых сил СССР: Национальный аспект (1922—1945 гг.) . — Дисс… докт. ист. наук. — М.: Б.и., 2019. — С. 432.. Особенно активно такая подготовка велась в национальных частях. Так, 61 % демобилизованных (429 человек) в 1936 году из 18-й Туркменской горно-кавалерийской дивизии получили специальности или завербовались на стройки индустриализации. Причём из этих 429 человек 119 стали массовиками, а 67 — советскими и комсомольскими работниками.

Несмотря на политику атеизации, закрытие мечетей и репрессии в отношении духовенства, в СССР в конце 1930-х годов значительная часть населения идентифицировала себя как верующих. Перепись 1937 года показала, что ислам оставался второй по численности верующих конфессией Советского Союза. Согласно записке начальника Центрального статистического управления СССР Владимира Старовского от 20 декабря 1955 года перепись 1937 года выявила 8,3 млн лиц в возрасте 16 лет и старше, указавших себя в качестве «магометан» (8,4 % населения СССР старше 16 лет)Старовский В. Н. О численности верующих в СССР и их распределении по религиям по переписи 1937 года . Документ хранится в РГАЭ. Ф. 1562. Оп. 33. Д. 2990. Л.71-74..

Присоединение к СССР значительных территорий в 1939—1940 годах, населённых преимущественно верующими людьми, практически не повлияло на советский ислам. Это было связано с тем, что на этих землях практически не было мусульман. Так, на территории Восточных воеводств Польши, в основном присоединённых к СССР в 1939 году (кроме Виленского края), по данным польского статистического ежегодника 1939 года проживали только 17,9 тыс. человек неиудейского и нехристианского вероисповедания (в это число включались также атеисты)Цымбал А. Г. Положение православной церкви в Западной Белоруссии в 1939—1941 годах // Западная Белоруссия и Западная Украина в 1939—1941 гг.: люди, события, документы. — СПб.: Алетейя, 2011. — C. 338—339..

Массовая коллективизация и связанные с ней преследования мусульманского духовенства (1929—1930 годы) В 1929—1930 годах в СССР прошла массовая кампания по закрытию мечетей. Она проводилась в рамках коллективизации. Местные активисты порой подделывали подписи верующих и иным образом грубо нарушали законодательство в сфере закрытия культовых зданий. В 1929—1930 годах были приняты несколько нормативных документов, которые существенно упростили возможности местных властей по закрытию культовых зданий. В ходе кампании 1929—1930 годов многие представители мусульманского духовенства (как и служителей культа других конфессий) были раскулачены. При этом для раскулачивания часто было достаточно самого факта принадлежности человека к духовенству. Формально центральные власти запрещали раскулачивание на этом основании, но на практике местные государственные органы часто игнорировали этот запрет.