После подписания франко-китайского Договора Хуанпу в 1844 году, миссия иезуитов вернулась к деятельности в Китае, которая продолжалась до создания Китайской народной республики. Главная резиденция Второй миссии с 1847 года располагалась в Сюйцзяхуэе, где имелось несколько монастырей, приют, типография, метеорологическая обсерватория, школы, и прочее. С 1856 году Цзяннаньская епархия была переподчинена парижскому провинциалу ордена; главными областями для проповеди были Цзянсу и Аньхой. Провинциал Шампани с того же года окормлял апостольский викариат в Сяньсяне, где также имелся образовательный и научный центр. В этом центре работали переводчики Серафин Куврёр и . Сянсяньский викариат сильно пострадал во время Боксёрского восстания. Орден иезуитов основал два университета — шанхайский и тяньцзиньский . Кроме того, в 1928 году Калифорнийская провинция ордена иезуитов основала свою миссию в Китае, которая располагала учебными заведениями в Шанхае, Нанкине и Янчжоу. В общей сложности, число миссий достигло девяти. В 1844—1950 годах в Китае действовали 1121 монах-иезуит европейского происхождения и ещё 286 — китайского, окормляя 10 епархий и 500 церковных приходов в Хэбэе, Цзянсу и Аньхое. В 1954 году все миссионеры-иностранцы были изгнаны из материкового Китая, оставшиеся подвергались репрессиям.
Французские миссии в Сюйцзяхуэе и Сяньсяне
Возвращение иезуитов в Китай Идея возрождения китайской миссии иезуитов во Франции возникла сразу после воссоздания ордена. Сохранившаяся в Пекине католическая община в 1834 году даже направила в Рим официальное обращение, написанное на китайском языке. Аналогичную просьбу высказали католики Нанкина, приславшие в 1838 году обращение за подписями 96 членов христианской общины. Это соответствовало намерениям римской Курии, настроенной крайне консервативно. В том же 1838 году в Пекине скончался последний участник Первой миссии — астроном отец Пире. В целом, стратегия работы иезуитов сильно изменилась: после запрета на адаптацию китайской культуры и гонений светской власти иезуиты не стремились к интеллектуализации своей деятельности. Католики Китая превратились в отдельное полумаргинальное сообщество, отделённое от своих соотечественников, например, запретом на культ предков, театральные представления или работу по воскресеньям. Основной социальной базой китайских католиков были бедные крестьяне, лавочники и мелочные торговцы, и прочие. На первое место была поставлена понятность проповеди и поддержание искренней веры в среде обездоленных людей. Это приводило к угрозе превращения китайской миссии в структуру, постоянно нуждающуюся в наставлениях иностранных священников.
После июльской революции 1830 года антиклерикальная светская власть вновь изгнала иезуитов из Франции, но в 1836 года с молчаливого согласия короля Луи-Филиппа орден вновь возродился. В эти же годы удалось воссоздать миссию в Сирии. Тем не менее, даже в 1840-е годы положение ордена было неустойчивым, и в 1845 году Тьер вновь закрыл орденские монастыри в Париже, Лионе и Авиньоне. Революция 1848 года несколько укрепила позиции иезуитов. Осуществлением новой миссии в Китае с конца 1830-х годов руководили отцы , Франсуа Эстев и , при поддержке Ксавье де Равиньяна и епископа Дюпанлу. В то время Французская провинция ордена иезуитов насчитывала 278 монахов и 40 новициев. Перед отправлением участники миссии Готлана должны были осудить китайские обряды по булле Бенедикта XIV 1742 года. В апреле 1841 года королева Мария Амалия распорядилась доставить миссионеров на военном судне до Манилы, откуда они 21 октября 1841 года прибыли в Макао. Иезуиты не получили из Лиссабона разрешение действовать в Макао, а также столкнулись с противодействием лазаристов, которые также стремились обосноваться в Китае. Далее миссия переместилась в Динхай на о. Чжоушань, причём вместе с иезуитами ехали француз-лазарист и двое итальянских францисканцев. Только в июле 1842 года Готлан и Эстев на английском транспорте перебрались в Усун и, наконец, обосновались на миссионерской станции в Пудуне. Первостепенной задачей было изучение нормативного китайского языка и шанхайского разговорного диалекта, и выработка стратегии работы, поскольку на весь викариат Цзяннань насчитывалось всего 10 католических священников, но они не пришли на «пустое место». К тому времени китайская католическая община насчитывала около 50 000 человек и являлась «потаённой» церковью, которая базировалась на деятельности женщин-мирянок из разнообразных духовных сестринств. Община пополнялась за счёт крещения сирот, которое проводили миряне или бродячие катехизаторы. Женщины-катехизаторы вели монашеский образ жизни в миру, к служению их допускали после достижения 36-летия. В Чжилийском викариате в конце XIX века насчитывалось 408 таких женщин, из которых 283 служили учительницами. С 1855 году мирянок-катехизаторов стали обучать специально в Шанхае, в Сяньсяне такая школа открылась с 1876 года. В 1892 года подготовка катехизаторов стала занимать пять лет и требовала выпускных испытаний на знание Священного писания.
После первой опиумной войны Франция начала активное внешнеполитическое проникновение в Китай, оформленное в 1844 году Договором Хуанпу. В 1845 году открылось первое французское консульство в Гуанчжоу, затем последовало открытие консульств в Сямэне (1846) и Шанхае (1848 год). По договору на Францию распространялись те же привилегии, что и на подданных Великобритании и граждан США, в том числе право экстерриториальности, приобретения недвижимости и основания предприятий в открытых портах, а также открытое исповедание католицизма и миссионерская деятельность. Ранее, в 1843 году генерал ордена Ротан создал Цзяннаньский апостольский викариат, подчинённый Французской орденской провинции. Одной из первых задач было основание семинарии, которая открылась 3 февраля 1843 года, и в которой было 43 китайских студента, которые изучали французский и латинский языки. Отец Брюйр — третий из иезуитских проповедников — активно взялся за китайский язык, и рассчитывал, что сможет учить студентов катехизису уже к концу года. Из Рима эта инициатива была одобрена в 1845 году, в распоряжении курии особое внимание уделялось важности подготовки местного духовенства и содействие образованию поместной церкви. За основу курса обучения взяли одобренные курией программы 1626 года для Японии и 1659 года для Кохинхины. Обучение должно было вестись не только на китайском языке, но и на латыни, поскольку будущие священники должны были понимать смысл литургических текстов. Занятия латинским языком должны были проводиться не меньше 1 часа в день, кроме праздников и воскресений; латинская грамматика должна была изучаться два года, в течение которых также изучались логика и метафизика. Рукоположение китайцев моложе 25 лет воспрещалось.
В первые два года своей работы иезуиты отчитались о крещении 203 детей и 68 взрослых, а также проведении 4326 исповедей, исходя из того, что рядовой китаец-католик из сельской местности имеет возможность подойти к причастию не ранее одно раза в два или три года. В 1844 году миссия пополнилась шестью новыми отцами-иезуитами, в результате было крещено ещё 280 взрослых и 703 ребёнка, а также исповедано и причащено ещё 6021 человек.
Развитие миссии в 1850—1898 годах
По состоянию на 1849 года иезуитская миссия включала 38 участников: 28 монахов, пятерых схоластов и пятерых новициев, включая двух китайских. Они окормляли 356 общин верующих, в которых имелось 195 молельных домов и 101 часовня. В 1849 году было крещено 308 взрослых, 331 ребёнок и венчано 485 пар. В Риме было принято решение провести зимой этого года общий синод всех дальневосточных апостольских викариатов в Гонконге. Предполагалось установить точные границы церковных территорий и хиротонисать викариев в епископы. В силу ряда сложностей (французское правительство возражало против работы духовенства на британской территории), синод открылся 7 ноября 1851 года. На нём присутствовали епископы Пекина, Хэнани и Японии, и иезуитские викарии Цзяннани. В Риме предложили создать в Китае ещё шесть архиепархий в крупнейших провинциальных центрах. Синод категорически отверг сокращение учебных программ для китайцев, одновременно было решено, что основным языком преподавания в семинариях должен быть китайский, точнее пекинский диалект, что было важной инновацией во всех христианских миссиях. Также было решено, что китайских семинаристов нецелесообразно отправлять в Европу, за исключением китайской коллегии в Неаполе. Особенно сложным был вопрос о церковной собственности, было решено, что епископ не в состоянии централизованно управлять епархиальными финансами и было решено сохранить статус-кво: конкретные вопросы решаются в конкретной миссии. Было решено сохранить прежний катехизис, но новые переводы литургических текстов должны выполняться в поэтическом стиле на пекинском и местном диалектах. В Сюйцзяхуэе была открыта подготовительная школа Св. Игнатия для одарённых мальчиков 10—12 лет. Тенденции к высоким темпам обращения наблюдались и в дальнейшем. Начальник миссии Никола Брюйон (1816—1855) доносил генералу ордена, что священникам-китайцам легче «победить идолопоклонство», нежели европейцам. В 1851 году было крещено 448 взрослых и насчитывалось 388 оглашенных, а в 1853 году в миссии было учтено 609 крещений взрослых и 530 оглашенных. В Нанкинской епархии в 1853 году насчитывалось 1450 сестёр-мирянок; в церковных приютах содержалось 197 сирот, и ещё 681 были распределены по христианским семьям. По состоянию на тот же 1853 год в епархии было 74 школы из которых 30 — для девочек.
После 1853 года серьёзной угрозой для миссии стало Тайпинское восстание, о котором Готлан доносил парижскому провинциалу в августе. Миссионеры-иезуиты считали, что тайпины мало чем отличались от членов триад. Станцию в Сюйцзяхуэе стали охранять французские военные, в общей сложности военное положение продлилось 17 месяцев. С другой стороны, благодаря работе в среде беженцев, в 1854 году отцы-иезуиты крестили 870 взрослых, включая мандаринов и предводителей бандитских шаек. В 1858 году были рукоположёны три священника из первого выпуска семинарии в Сюйцзяхуэе. В 1862 году все законодательные ограничения на деятельность миссионеров и исповедание христианства для китайского населения были отменены, о чём французскому послу сообщил лично князь Гун. С декабря 1865 по май 1866 года продолжалась инспекция римского генералитета в Шанхае. Результаты первых двадцати лет деятельности миссии были таковы: к 1864 году в иезуитской коллегии в Шанхае было 110 студентов, из которых 18 изучали теологию и философию, и 38 — латинскую филологию. За двадцать лет было крещено 32 723 взрослых и 44 844 детей. Их окормлением занимались 88 священников-иезуитов, из которых умерли 30. Общее число христианских приходов достигло 414, зарегистрированных прихожан — 73 684 человека.