Начиная с XII века Талмуд использовался различными группами и авторами, пытавшимися демонизировать или высмеять евреев и иудаизм. В Средние века эта полемика была в основном христианской. Сведения из Талмуда в искажённом виде использовались как средства религиозно-идеологической борьбы христианства против иудаизма. Между 1240 годом и концом XVI века католические власти участвовали в серии диспутов между иудеями и христианами, судебных процессов, приговоров, актов цензуры и сожжений Талмуда. Борьба против Талмуда имеет распространение в различных формах антисемитизма. Обвинения против Талмуда восходят в основном к работам авторов XIII века Раймунда Мартина и Николя Донина. Большинство обвинений основаны на цитатах, вырванных из контекста, а некоторые являются полностью сфальсифицированными.
История До XIII века Талмуд оставался в основном достоянием изучающих его евреев и был почти не известен за пределами еврейской среды. Ни Вавилонский, ни Иерусалимский Талмуд не были широко известны западноевропейским христианам до конца XII и начала XIII веков. Значимое христианское законодательство в отношении евреев, отражённое в письмах папы Иннокентия III, канонах Четвёртого Латеранского собора 1215 года и сборнике канонического права 1324 года папы Григория IX (правил в 1227—1241 годах), не упоминало о Талмуде.
Единичные упоминания о Талмуде имеются в трудах отцов церкви, однако по этим упоминаниям заметно отсутствие непосредственного знакомства с данным источником. Заметными исключениями была резкая критика этих текстов в работах двух христианских полемистов начала XII века — Педро Альфонсо, обращённого из иудаизма, и Петра Достопочтенного, аббата Клюни.
Введение талмудического материала в христианский дискурс об иудаизме происходит в Dialogus contra Iudaeos крещённого еврея Педро Альфонсо, написанном в 1109/1110 годах. Вымышленный диалог происходит между двумя «я» одного и того же человека, новообращённого Петруса Альфонса, бывшего Моисея Иудейского. Диалог знаменует новый и важный этап в истории еврейско-христианских интеллектуальных отношений. Отмечается акцент на доказательстве своих положений посредством рациональной аргументации (sola ratione). Если ранее христиане утверждали, что евреи слепо следуют старому Закону, то Петрус выдвинул другую идею, что евреи заменили его на новый и еретический закон — закон Талмуда. По его мнению, лидеры иудеев сознательно и преднамеренно сбивают свою паству с пути истинного, намеренно лгут, чтобы скрыть свой грех убийства Христа, несмотря на то, что, согласно Петрусу, они знают, что он был Сыном Божьим. Петрус утверждал, что Талмуд был написан, чтобы не дать еврейскому народу увидеть, что Иисус был Сыном Божьим.
С XIII века Талмуд оказался в центре внимания христианских богословов, что произошло через евреев, принявших христианство, но ранее получивших традиционное иудейское образование.
В Средние века христианские авторы привлекали внимание к еврейским легендам, записанным в Талмуде, некоторые из которых содержат антропоморфные элементы, утверждая, что эти легенды демонстрируют иррациональность и ограниченность иудаизма. Также их оскорбляло настойчивое требование Талмуда, что центральную роль в толковании религии играют раввины. Более поздние поколения христианских полемистов рассматривали талмудический материал как дискриминационный, кощунственный или неуважительный по отношению к христианству или — подобно тому, как христиане переосмыслили библейские тексты — утверждали, что фактически Талмуд доказывает истинность христианства.
По мнению христианских идеологов, Талмуд создал собственную теологию, которая подменила истинную теологию пророков; является антихристианским сочинением, включающим «богохульные» отрывки, направленные против Бога и Иисуса; Талмуд алогичен, аморален, не гуманен. В качестве доказательство были использованы выдержки, в которых слова «гой» или «идолопоклонник» переводились как «христианин»; немногочисленные и часто туманные отрывки об Иисусе и о его последователях преувеличивались и тенденциозно толковались. В 1239 году папа римский Григорий IX в ряде булл определил Талмуд как антихристианскую и чрезвычайно вредную книгу, в которой заключена причина болезненного упрямства евреев в их приверженности вере своих предков.
Христианство не составляло проблемы для амораев Вавилонии, поскольку они проживали далеко от стран, в которых эта религия имела распространение. Амораями Земли Израиля велась полемика с христианами-евреями и византийцами, но её документальных свидетельств в Талмуде немного, и эти отрывки сильно уступают по резкости полемике против римлян и идолопоклонников. Об Иисусе и христианах Талмуд сообщает хроникальные сведения, приведенные среди прочего. Современники создания Талмуда, как предполагается, не считали христианство серьезной идеологической угрозой. Хотя Талмуд содержит критику верований идолопоклонников, но в нём нет выраженного отношения к христианским догмам, исключая упоминания Евангелий среди книг отступников.
Нападая на Талмуд, некоторые христиане в Средние века пытались показать, что евреи создали религию, сильно отличающуюся от древнего библейского иудаизма, и что тем самым лишились терпимости, предоставленной им доктриной блаженного Августина, согласно которой евреи служат свидетелями превзойденной истины Ветхого Завета.
Дебаты по талмудическим отрывкам стали неотъемлемой частью диспутов между евреями и христианами в Высоком Средневековье. В течение позднего Средневековья и раннего Нового времени Талмуд и другие еврейские книги часто конфисковывались, уничтожались, запрещались и подвергались цензуре церковными властями. Прошедший в 1240 году Парижский диспут фактически представлял собой судебный процесс над Талмудом, где Николас Донин, еврей, принявший христианство, выступал в качестве обвинителя, а раввин Иехиэль бен Йосеф из Парижа выступал в роли защитника.
Около 1225 года Николас Донин из Ла-Рошели, еврей, отвергший Талмуд, был отлучён еврейской общиной. Около 1235 года он обратился в христианство и около 1236 года отправился в Рим, где представил список обвинений против Талмуда папе Григорию IX, о «злодейских измышлениях» Талмуда. Этот текст состоял 35 параграфов, включавших цитаты из Вавилонского и Иерусалимского Талмудов, переведённые на латинский язык. В большинстве случаев отрывки были переведены точно, но их интерпретация обнаруживала тенденцию представить Талмуд в качестве антихристианского сочинения. 9 июня 1239 года Григорий IX повелел духовенству Англии, Арагона, Наварры, Кастилии, Леона, Португалии произвести расследование о том, содержит ли этот донос верные сведения. Папа написал прелатам и правителям Европы, осуждая Талмуд и прилагая 35 статей, подготовленных Донином и, вероятно, другими отступниками от иудаизма, призывая их конфисковать книги евреев, сжечь те, которые содержали ошибки, и передать остальные соответствующим духовным властям для изучения. Донин отвез письмо в Париж. 3 марта 1240 года в час субботней молитвы в нескольких городах Европы указом Григория IX конфисковывались иудейские книги.
В мае и июне 1240 года Талмуд стал предметом судебного разбирательства в Венсене под председательством королевы-матери Бланки Кастильской, с участием нескольких епископов в качестве судей и Донином, по-видимому, в качестве обвинителя. 28 июня 1240 года в Париже в присутствии короля прошёл диспут с заранее определённым исходом. Защитниками Талмуда стали четыре раввина во главе с крупнейшим знатоком Талмуда в этот период рабби Иехиэлем бен Иосефом из Парижа, которым, однако, не удалось повлиять на исход процесса. Этот процесс стал первым судебным разбирательством по Талмуду.
Несмотря на усилия Иехиэля, Талмуд был осуждён папскими властями и сожжён. Хотя формального осуждения не зафиксировано, около двадцати телег с книгами на иврите, в общей сложности около 10 тысяч томов, были публично сожжены в Париже в 1242 году. Позже Донин составил трактат из отрывков из Талмуда, по его мнению выражавших враждебность по отношению к христианству. По результатам диспута 17 октября 1244 года было публично сожжено большое число иудейских книг. Позднее в иудейской традиции этот день стал днём поста. Меир бен Барух из Ротенбурга посвятил событиям траурную элегию «Шаали сруфа ба-эш…» 1242 года («Спроси, сожженная огнем…»). Еврейские власти во Франции обратились к папе Иннокентию IV, который в 1247 году поручил Эду де Шатору сформировать комиссию по расследованию, состоящую из 41 парижского теолога, включая Альберта Великого, а также Донина. Доклад комитета Шатору осуждал Талмуд за ошибки, злоупотребления и богохульства, а Иннокентий IV, кроме того, пришёл к выводу, что Талмуд является еретическим с точки зрения библейского иудаизма.
Члены ордена доминиканцев играли ведущую роль в гонениях на Талмуд и актах его сожжения, как и в цензуре других иудейских книг. Согласно христианскому богословию, еврейская Библия содержит в себе доказательства христианского учения. Монахи также пришли к убеждению, что некоторые места Талмуда, если их «правильно» прочесть, также подтверждают эту «истину», а остальная часть раввинской традиции представляет собой преднамеренное затемнение этой «истины». В своём массивном труде «Кинжалы веры против евреев и мавров» Раймунд Мартин, известный доминиканский теолог, стремился отделить «доказательства» христианства от еврейских «нелепостей». В частности, Мартин подделывал цитаты из Талмуда. В Средние века циркулировало большое число трактатов против евреев, написанных доминиканцами, таких как «Еврейская морда», «Колчан стрел против евреев» и «Ошибки Талмуда». Эти тексты были предназначены в качестве справочников для проповедников, ориентированных на проповедь среди евреев.
Публичные сожжения Талмуда проводились в 1230, 1235, 1240, 1242 и 1248 годах. Папой римским издавались буллы, которые требовали прекратить распространение Талмуда. Волна гонений получила распространение также в Испании. 20 июля 1263 года в королевском дворце был организован диспут, на котором «еврейское учение» защищал Нахманид, а обвинителем выступил перешедший в христианство еврей . Массовые конфискации иудейских книг с последующим публичным сожжением, устраивались во Франции в 1319—1320 годах и в Риме в 1322 году. Нападки на Талмуд продолжались до 1320-х годов, когда они, по-видимому, временно прекратились, прежде чем возобновиться в середине XVI века на короткое время, но с большой интенсивностью.
С начала XVI века Доминиканский орден начал активную деятельность против Талмуда, наделив крещёного еврея Иоганна Пфефферкорна полномочиями проверять и приговаривать к уничтожению иудейские книги. Пфефферкорном было подготовлено сожжение Талмуда во Франкфурте-на-Майне, однако германские евреи смогли успешно опротестовать это решение. По постановлению властей, тяжбу о Талмуде следовало передать третейскому судье, в роли которых выступили беспристрастные христианские интеллектуалы. Этим занялся известный христианский учёный-гуманист Иоганн Рейхлин. Благодаря своим полемическим сочинениям и публичным выступлениям ему удалось склонить общественное мнение к положению, что при свободе вероисповедания не обойтись без свободного пользования еврейской литературой. В итоге конфискации и сожжения Талмуда заменила жёсткая внешняя цензура, в сочетании с такой же жёсткой внутренней цензурой, которую проводили сами еврейские издатели, опасавшиеся гнева христиан. Начиная с 1520 года, по разрешению папы римского, в Венеции издателями-христианами были изданы полные Иерусалимский и Вавилонский Талмуды для потребностей еврейского населения. Однако в середине XVI века гонения на Талмуд продолжились. В 1553 году в Риме публично сожгли большое количество печатных изданий и рукописных экземпляров Талмуда. Публичные сожжения Талмуда и других иудейских книг были проведены с 1553 по 1559 год в разных итальянских городах. Инквизиция свидетельствовала, что в одной Кремоне сожгли 12 тысяч экземпляров.