В период понтификата (1978—2005) папы римского Иоанна Павла II, Католическая церковь продолжила участвовать в экуменическом движении в соответствии с решениями Второго Ватиканского собора. Иоанн Павел II продолжил линию своих предшественников Иоанна XXIII и Павла VI по развитию взаимоотношений с христианскими церквями и общинами. В 1995 году впервые в истории папства Иоанн Павел II выпустил энциклику «Ut Unum Sint», посвящённую экуменическому диалогу. Во многом благодаря Иоанну Павлу II были созданы особые комиссии по экуменическому диалогу при епископских конференциях и отдельных католических диоцезах.
Иоанн Павел II на протяжении своего понтификата особое внимание уделял отношениям с поместными православными церквями. В 1979 году папа совместно с константинопольским патриархом Димитрием договорился о начале официального православно-католического богословского диалога, который стал первой попыткой со времён Ферраро-Флорентийского собора преодоления раскола между Западом и Востоком (касавшейся не только отдельных поместных восточных церквей, но всех церквей византийский традиции в совокупности). 31 мая 1980 года в Париже, во время выступления перед представителями различных христианских конфессий Иоанн Павел II сравнил восточное и западное христианство с лёгкими: «Как христианам, скажу даже, как католикам, нам невозможно дышать одним лёгким; надо иметь два лёгких — восточное и западное». Иоанн Павел II является автором посланий о святых Кирилле и Мефодии «Egregiae virtutis» (1980), «Slavorum Apostoli» (1985) и в ознаменование 1000-летия Крещения Руси — «Euntes in mundum» (1988). В послании «Orientale lumen» (1995) особое место уделяется изучению восточного духовного наследия как православных, так и восточно-католических церквей. Во время визита в Грецию (2001) папа Иоанн Павел II попросил прощения за действия крестоносцев в 1204 году.
Иоанн Павел II большое внимание уделял протестантским деноминациям, которые, по мнению понтифика, вместе с Католической церковью должны стремиться к преодолению раскола западного христианства. Одним из наиболее важных направлений католического экуменизма при Иоанне Павле II был богословский диалог с Англиканской церковью. В период понтификата Иоанна Павла международные католическо-англиканские богословские комиссии , приняли девять согласованных заявлений. Несмотря на успех и продвижение богословского диалога, в 2004 году Иоанн Павел II принял решение о приостановке диалога с Англиканским сообществом из-за практики женских рукоположений и отношения к гомосексуальности в некоторых англиканских церквях.
Значительным успехом в диалоге со Всемирной лютеранской федерацией стало подписание Смешанной Евангелическо-лютеранской и католической комиссией (с 1995 года — Лютерано-католическая комиссия по единству) ряда совместных согласованных заявлений о сближении догматических позиций по вопросам евхаристии («Вечеря Господня», 1978), ряда положений Аугсбургского исповедания («Все мы подчинены Христу», 1980), о формулировке общих целей диалога («Пути к единению», 1980), о священстве («Служение в Церкви», 1981), об оценке деятельности Мартина Лютера («Мартин Лютер — Свидетель Иисуса Христа», 1983), о путях достижения единства и совместной пастырской деятельности («Перед лицом единства: модели, формы и фазы братства Католической и Лютеранской церквей», 1984), о совмещении лютеранской сотериологии и католического учения о Церкви как об «орудии спасения» («Церковь и оправдание: понимание Церкви в свете доктрины оправдания», 1993). С 1994 года комиссия работала над совместным документом по наиболее важному для лютерано-католического диалога, вопросу — доктрине оправдания. Эта работа была завершена в 1999 году подписанием Совместной декларации о доктрине оправдания. Иоанн Павел II неоднократно публично выражал своё одобрение подписанного документа.
Экуменический диалог в Католической церкви активно развивавшийся при понтификате Иоанна Павла II вызвал подозрительность и противодействие консервативной части верующих. Критика экуменизма (наряду с непринятием литургической реформы и других новшеств, введённых Вторым Ватиканским собором) в конечном итоге вылилось в раскол Католической церкви и последователей епископа-традиционалиста Марселя Лефевра.
Вклад Иоанна Павла II в богословие экуменизма До Второго Ватиканского собора (1962—1965) в границы Церкви Христовой полностью совпадали с юрисдикционными границами Римской церкви. В ходе проведения Второго Ватиканского собора Католической церкви был принят декрет «Unitatis Redintegratio», посвящённый экуменической деятельности. Иоанн Павел II, как и его предшественник Павел VI отмечал, что самым проблемным вопросом в богословском диалоге Католической церкви с некатолическими деноминациями является вопрос о первенстве Рима. В своей энциклике «Ut Unum Sint», посвящённой экуменизму Иоанн Павел II призвал христианские конфессии к богословскому обсуждению темы первенства Римского понтифика. В частности, понтифик признал, что «форма, которую ныне принимает первенство в Католической церкви, неприемлема для всех других церквей». Эта инициатива папы была воспринята положительно, особенно среди протестантов, поскольку свидетельствовала о том что Святой Престол был готов к гибкости в данном вопросе.
Иоанн Павел II активно использовал концепцию «церквей-сестёр» в своих энцикликах «Slavorum Apostoli» (1985) и «Ut Unum Sint» (1995). В этих документах церквями-сёстрами названы не только отдельные поместные церкви или церковные общины, но и Церковь Запада, с одной стороны, и Церковь Востока, с другой. Данный термин также упоминается в совместных заявлениях Иоанна Павла II с константинопольскими патриархами Димитрием (1987) и Варфоломеем (1995).
Несмотря на приверженность Иоанна Павла II принципам католического экуменизма в период его понтификата неоднократно возникали кризисы и осложнения в диалогу с иными христианскими деноминациями. К примеру, в 2000 году Конгрегация доктрины веры издала декларацию «Dominus Iesus», в которой говорилось, что «Христос — единственный Спаситель и полнотой средств Спасения обладает только Католическая церковь». Хотя восточные церкви признаются истинными церквами, церковные сообщества, появившиеся в ходе или в результате Реформации, церквами в собственном смысле, не являются. Это утверждение стало предметом дебатов в экуменическом движении. Данная декларация вызвала критику со стороны председателей Папского совета по содействию христианскому единству кардиналов Вальтера Каспера и Эдварда Кассиди, а также со стороны представителей многих протестантских деноминаций.
Отношения с древневосточными церквями Диалоги с дохалкидонскими церквями
23 июня 1984 года Иоанн Павел II и патриарх Сирийской яковитской церкви Мар Игнатий Закка I Ивас подписали совместную христологическую декларацию из десяти пунктов. В данной декларации иерархи заявили об «общей вере в Иисуса Христа, истинного Бога и истинного Человека». Декларация заявляла о торжественном обязательстве стремления к полному единству между Сирийской церковью и Римско-католической церковью.
В 1996 году католикос всех армян Гарегин I посетил Рим и подписал совместную декларацию с папой Иоанном Павлом II, что положило начало богословскому диалогу между Католической и Армянской апостольской церквями. В 2000 году во время визита католикоса Гарегина II в Рим, Католическая церковь передала Армянской церкви мощи Григория Просветителя — основателя Армянской церкви. В 2001 году папа Иоанн Павел II по приглашению предстоятеля Армянской церкви, посетил Армению и принял участие в торжествах, приуроченных к празднованию 1700-летия принятия христианства. В ходе данного визита Гарегин II и Иоанн Павел II подписали совместную декларацию.
По итогам работы Смешанной международной комиссии по диалогу Католической и Коптской церквей 12 февраля 1988 года был подписан «Отчёт» между католическими членами комиссии и предстоятелем Коптской церкви Шенудой III. Данный документ говорил: «Веруем, что Господь, Бог и Спаситель Иисус Христос, Воплощённый Логос, совершенен в Своём божестве и совершенен в Своём человечестве. Он сделал Своё человечество единым со Своим божеством без , без и без . Его божество не отделялось от Его человечества ни на миг или на мгновение ока. В то же время мы анафематствуем учения и Нестория и Евтихия».
В 1989 году была создана Совместная комиссия по диалогу между Маланкарской дохалкидонской церковью и Римско-католической церковью. 3 июня 1990 года в индийском Коттаяме было обнародовано христологическое соглашение в котором говорилось «об общей вере, которая заставляет нас молиться о том, чтобы Святой Дух мог устранить все оставшиеся препятствия и привести нас к этой общей цели — восстановлению полного общения между нашими церквями».
В 2003 году было принято решение о создании . В состав комиссии вошли католические богословы и представители сообщества нехалкидонских церквей: Коптской, Сиро-яковитской, Армянской апостольской, Маланкарской, Эритрейской и Эфиопской (с 2005 года) церквей.
Диалог с Ассирийской церковью Востока В 1984 году папа римский Иоанн Павел II и католикос-патриарх Ассирийской церкви Востока Мар Дынха IV встретились впервые. Неофициальные богословские католическо-ассирийские контакты с 1984 по 1994 годы в рамках работы экуменической организации «» привели к сближению Ассирийской церкви в целом с католиками и в частности с Халдейской церковью — одной из Восточнокатолических церквей, использующей восточно-сирийский обряд, также как и Ассирийская церковь Востока. 11 ноября 1994 года в Риме Иоанн Павел II и патриарх Мар Дынха IV подписали совместную христологическую декларацию. В данном документе утверждалось «единое исповедание веры во Христа, в Котором «Божество и Человечество соединены в одном Лице», и в Деву Марию, «Мать Христа Бога нашего и Спасителя». Для дальнейшего движения к полному общению главы двух церквей приняли решение о создании Смешанной международной комиссии по богословскому диалогу.
Отношения с православными церквями Второй Ватиканский собор признал богатые традиции и наследие церквей Востока, отверг политику латинизации. Иоанн Павел II на протяжении своего понтификата особое внимание уделял отношениям с поместными православными церквями. В 1979 году патриархом Константинопольским Димитрием и Иоанном Павлом II во время визита папы в Турцию было объявлено о решении создать Смешанную международную богословскую комиссию по православно-католическому диалогу с согласия всех поместных Православных церквей. Комиссия провела заседания в 1980, 1982, 1984, 1987, 1988 годах, подписав ряд совместных заявлений, в которых признавалось общее понимание природы таинств Евхаристии и Священства и взаимосвязи веры и таинств. В 1983 году в Ватикане папа встречался с предстоятелем Антиохийской православной церкви Игнатием IV. В 1987 году на очередной встрече в Риме в знак единства в основах веры папа и константинопольский патриарх Димитрий I прочли Символ веры на греческом языке без Филиокве. С этого времени Константинопольский патриархат и Католическая церковь установили традицию посещения Рима и Стамбула делегациями обеих церквей в дни памяти апостолов Петра и Павла (29 июня и 30 ноября).