PubMed — бесплатная поисковая система по биомедицинским исследованиям, созданная Национальным центром биотехнологической информации США (, NCBI) в 1997 году. Ежедневно портал посещают около 2,5 млн пользователей.
PubMed предоставляет доступ сразу к нескольким базам данных, однако ключевой считается коллекция MEDLINE, содержащая более 30 млн цитирований по естественным, химическим, поведенческим наукам, в том числе по биоинженерии и биофизике. Со временем в PubMed были интегрированы базы данных PreMEDLINE, OLDMEDLINE и книжная коллекция NCBI. PubMed также предоставляет доступ к онлайн-репозиторию PubMed Central.
Портал оказал фундаментальное влияние на развитие естественных наук за счёт предоставления исследователям возможности свободно искать нужную им информацию и распространения принципов доказательной медицины и открытой науки. История создания
История PubMed восходит к концу XIX века, когда полевой хирург вместе с коллегой Робертом Флетчером проиндексировали коллекцию Военной медицинской библиотеки. На тот момент она состояла из более чем книг, журналов и брошюр по медицине и естественным наукам. Первый из 15 томов каталога был опубликован в 1880 году, последний — в 1895-м. Всего с 1880 по 1961-й было выпущено пять серий каталога-указателя.
Чтобы клиницистам и исследователям было проще искать информацию, с 1879 года при библиотеке начали издавать — ежемесячный библиографический указатель, в котором содержалась информация о последних выпусках журналов по мере их поступления в библиотеку. В 1927 году Index Medicus объединили с аналогичным ежеквартальным изданием Американской медицинской ассоциации Quarterly Cumulative Index Medicus. Также в конце каждого года выходил сборный указатель всех ежемесячных выпусков Index Medicus под названием The Cumulated Index Medicus. Так, чтобы в июне 1930 года исследователь мог найти нужную литературу, он должен был сначала просмотреть шесть томов Index Medicus за последние месяцы, а затем тома Cumulated Index Medicus, вышедшие в предыдущие годы.
В 1956 году постановлением Конгресса была основана Национальная библиотека медицины США (, NLM). Под её началом в 1964 году внедрили механизированные методы индексации библиотечных каталогов. Вскоре была создана библиографическая база данных MEDLARS, заменившая Index Medicus. Однако поиск по MEDLARS по-прежнему представлял собой непростую задачу: специально обученные специалисты должны были переводить каждый поисковой запрос в машинный код, перфорировать необходимые карточки, составлять пакеты результатов поиска и вводить их в систему. Затем компьютер проводил автоматический поиск по хранившейся на магнитных лентах базе данных и извлекал соответствующие записи. Впоследствии их можно было распечатать и отправить по почте бандеролью. Среднее время обработки между отправкой запроса и получением результатов составляло 4-6 недель, поэтому любое уточнение поиска требовало дополнительного времени. Несмотря на недостатки, процесс был менее трудоёмким, чем ручной поиск по томам Index Medicus.
В 1971 году Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) при Национальной библиотеке медицины США (NLM) инициировал создание MEDLINE — онлайн-версии поисковой системы по биомедицинской литературе. MEDLINE предоставила возможность библиотекам выполнять библиографический поиск в режиме реального времени по проиндексированным в каталогах цитированиям. MEDLINE работала на основе поискового программного обеспечения ELHILL, которое позволяло совершать поиск по названию, автору, заголовкам, датам публикации. Магистральную связь с городами США и Европы обеспечивала коммерческая сеть . На момент создания MEDLINE являлась одной из крупнейших машиночитаемых баз данных в мире с более чем 1,5 млн цитирований медицинской литературы.
Изначально доступ к MEDLINE можно было получить только в медицинских библиотеках, работники которых обрабатывали заявки исследователей и преобразовывали запросы, используя предметные заголовки. Затем они выполняли поиск с помощью терминалов, подключённых к компьютеру NLM. Время подключения было слишком дорогим, чтобы тратить его впустую, поэтому пользователи перед отправкой запроса сверялись с печатными томами каталогов, чтобы подготовить наиболее эффективную стратегию поиска. Для улучшения доступности NLM запустила — текстовую поисковую систему, основанную на собственном программном обеспечении. Для быстрого поиска информации Entrez использовал систему индексации, позволившую получать доступ к базе данных напрямую. Пользователи могли уточнять условия поиска и распечатывать не более 25 результатов с полными библиографическими данными. Дополнительные цитирования можно было получить по запросу через службу печати, которая впоследствии отправляла их по почте. После двух лет бесплатного предоставления услуг NLM ввела плату за использование MEDLINE. Первоначальная стоимость составляла $6 за час подключения к терминалу и ¢10 за страницу для отдельной печати. В 1976 году ставка была увеличена до $12 за час.
26 июня 1997 года вице-президент США Альберт Гор на церемонии в Капитолии объявил о создании PubMed — веб-системы поиска по базе данных естественных наук MEDLINE. Главной целью проекта стало обеспечение открытого доступа к информации в сфере биомедицины. PubMed расширил Entrez, связав статьи MEDLINE с полнотекстовыми веб-сайтами, поддерживаемыми издателями. На момент открытия PubMed содержала цитирования из более чем 4000 журналов, издаваемых с 1965 года, включая Cell, Journal of Biological Chemistry, , The New England Journal of Medicine и Science.
Со временем PubMed претерпел многочисленные преобразования и стал представлять собой больше, чем интерфейс для поиска по цитированиям MEDLINE. В PubMed были интегрированы базы данных PreMEDLINE, OLDMEDLINE, а также книги из коллекции Национального центра биотехнологической информации. PubMed предоставляет доступ и к базе данных полнотекстовых работ по биомедицине PubMed Central.
Поисковая система PubMed даёт доступ к крупнейшей базе данных цитирований по биомедицине и является важнейшим инструментом для работы специалистов в сфере естественных наук.
Описание PubMed документирует медицинские и биологические статьи из специальной литературы, а также даёт ссылки на полнотекстовые статьи. PubMed включает в себя данные из следующих областей: медицина, стоматология, ветеринария, общее здравоохранение, психология, биология, генетика, биохимия, цитология, биотехнология, биомедицина и т. д. Документировано около 3800 биомедицинских изданий. Ежегодно база данных PubMed увеличивается на 500 000 документов. Поиск происходит по принципу Medical Subject Headings (MeSH).
Каждой статье присваивается уникальный идентификационный номер PMID ( — идентификатор PubMed).
Коллекция
MEDLINE MEDLINE является ключевой базой данных PubMed. Она содержит актуальную информацию для специалистов в сфере фундаментальных исследований, медицинской помощи, социальной гигиены и организации здравоохранения. В MEDLINE включены данные о работах по естественным, химическим, поведенческим наукам, а также по биоинженерии и биофизике. Все включённые в MEDLINE журналы и статьи проходят тщательную проверку на предмет качества используемой литературы, содержания, объёма, доступности статей на иностранных языках, рецензирования. Издатели отправляют электронные метаданные напрямую в NLM, после чего сотрудники библиотеки вручную индексируют поступающие элементы — проверяют ошибки и присваивают Medical Subject Headings (MeSH).
MEDLINE содержит информацию только о метаданных, однако в процессе индексации к работам в открытом доступе добавляют ссылки на полную версию. Большинство материалов поступает из англоязычных источников или имеет абстракты на английском языке. На июнь 2022 года портал MEDLINE содержала более 30 млн цитирований биомедицинской литературы.
PreMEDLINE В PubMed интегрирована PreMEDLINE — база данных цитирований научных работ, которые уже были отправлены в MEDLINE, но ещё не были индексированы. После обработки они автоматически загружаются в MEDLINE и удаляются из PreMEDLINE. База данных чаще всего используется для поиска справочных материалов по «актуальным темам». Библиографические описания из базы данных PreMEDLINE имеют специальную пометку [PubMed — in process].
OLDMEDLINE В 2003 году в PubMed была интегрирована база данных OLDMEDLINE. Она содержит цитирования статей, опубликованных в международных биомедицинских журналах в сфере медицины, доклинических исследований и смежных наук о здоровье, которые были опубликованы в печатных указателях 1953—1965 годов. (DMDI) совместно с Международным центром MEDLARS в Германии и Национальной библиотекой медицины США составили OLDMEDLINE в середине 1990-х. DMDI владела магнитными лентами с исходными данными Cumulated Index Medicus (CIM) за 1953—1965 годы, которые впоследствии были преобразованы и переданы в NLM. Цитирования OLDMEDLINE были созданы с использованием стандартов, отличных от MEDLINE. Также в цитированиях OLDMEDLINE отсутствуют накопленные изменения и улучшения, которые были внесены в другие файлы NLM во время ежегодного обслуживания. Некоторые разделы могут содержать устаревшие или ошибочные данные. База данных в основном отражает содержание оригинальных печатных указателей, которые были созданы в соответствии с политикой и процедурами того времени.
Книжная полка NCBI Книжная полка Национального центра биотехнологической информации (NCBI) — это бесплатный онлайн-архив, содержащий более 6000 книг и документов по естественным наукам и здравоохранению. Он берёт начало в 1999 году с коллекции дисциплинарных учебников и ключевых текстов по этим отраслям. Впоследствии она была дополнена собранием тематических монографий в открытом доступе. Авторы, редакторы, спонсоры и издатели самостоятельно предоставляют полнотекстовое содержание работ в формате XML. Это даёт им ряд преимуществ, главным из которых является расширение круга потенциальных читателей.
PubMed Central
PubMed не предоставляет доступ к полнотекстовым версиям работ, однако содержит ссылки на PubMed Central (PMC) — бесплатный онлайн-репозиторий научных исследований. PMC был основан в 1999 году по инициативе директора Национальных институтов здравоохранения (NIH) Гарольда Вармуса и запущен в 2000-м. До создания PubMed Central исследователи были вынуждены самостоятельно искать полные версии работ на сайтах издательств. При этом большинство из таких публикаций были скрыты за пейволлом. C появлением онлайн-репозитория пользователи могут напрямую получить полнотекстовые версии работ (если они выложены в открытом доступе), перейдя по ссылке из PubMed.
В 2008 году Национальные институты здравоохранения объявили о внедрении политики открытого доступа. Одним из её положений стало обязательное размещение в PubMed Central копий работ, опубликованных на гранты NIH. На 2019-й год, коллекция PMC примерно на 88 % состояла из статей журналов, входящих в базы данных PubMed, и на 12 % из отдельных статей, попавших под мандат NIH. На июнь 2022 года в PMC было архивировано более 8 млн работ.
Отдельные исследователи критикуют интеграцию PubMed и PubMed Central за наличие в последнем публикаций из хищнических журналов. Так, исследование 2017 года показало, что более 10 % хищнических журналов по некоторым смежным дисциплинам проиндексированы в PubMed. К апрелю 2017 года эти показатели увеличились до 23,7 % для работ в сфере реабилитации, 16 % для нейронаук и 24,7 % для неврологии.
Другие Также в PubMed интегрированы цитирования из таких уникальных баз данных, как HealthSTAR, AIDSLINE, HISTLINE, SPACELINE, BIOETHICSLINE. Поиск
Принцип работы Домашняя страница PubMed содержит простое окно поиска и гиперссылки на руководства, инструменты и другие ресурсы. После того как пользователь вводит вопрос, PubMed автоматически уточняет его через систему идентификации MeSH (Medical Subject Headings). Это позволяет проводить наиболее тщательный поиск по всем материалам в связанных базах данных.