Гаплогруппа L3 (мтДНК)

Гаплогруппа L3 — в популяционной генетике — гаплогруппа митохондриальной ДНК человека.

Происхождение Предполагается, что гаплогруппа возникла около 105—85 тыс. лет тому назад. Гаплогруппы M и N произошли от митохондриальной группы L3 примерно 65 тыс. лет назад (Macaulay et al., 2005)Деренко М. В. Молекулярная филогеография коренного населения Северной Азии по данным об изменчивости митохондриальной ДНК . Возраст коалесценции всех евразийских (M, N) и африканских линий L3 около 71 тыс. л. н. Макрогаплогруппа L3 появилась в Евразии и вернулась в Африку около 70 тыс. лет назадVicente M Cabrera, Julia Patricia Marrero Rodriguez, Khaled K Abu-Amero, Jose M Larruga. Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basal lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago , 2018 Jun 19Vicente M Cabrera, Julia Patricia Marrero Rodriguez, Khaled K Abu-Amero, Jose M Larruga. Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basic lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago , December 13, 2017. Субклады L3h и L3i датируются ~ 55,1 тыс. л. н., субклады L3h1 и L3h2 датируются ~ 47 тыс. л. н., L3h2 — ~ 31 тыс. лет назадVerónica Gomes et al. Mosaic maternal ancestry in the Great Lakes region of East Africa , Human Genetics, September 2015, Volume 134, Issue 9, pp 1013–1027. Носители митохондриальной гаплогруппы L3 мигрировали из Восточной Африки в Центральную Африку от ~ 60 до 35 тыс. лет назад. Увеличение численности носителей L3 в Центральной Африке ок. 4—3 тыс. л. н. соответствует расширению банту. Около 3—2 тыс. л. н. носители разных линий L3 распространяются в Восточную и Южную АфрикуSoares P., Alshamali F., Pereira J. B., Fernandes V., Silva N. M., Afonso C., Costa M. D., Musilová E., Macaulay V., Richards M. B., Cerny V., Pereira L. The Expansion of mtDNA Haplogroup L3 within and out of Africa // Mol Biol Evol. 2012 Mar;29(3):915-27. doi: 10.1093/molbev/msr245. Epub 2011 Nov 16..

Палеогенетика L3 определили у образца H8 (, Докерамический неолит B, Халеб (мухафаза), Сирия, 7500—7300 до н. э.) L3f1b определили у неолитического образца I12534 (4060—3860 лет до настоящего времени) из местонахождения Prettejohn’s Gully (GsJi11) в Кении, L3i2 определили у неолитического образца I8874 (3350—3180 л. н.) из местонахождения Cole’s Burial (GrJj5a) в Кении, L3f определили у неолитического образца I12398/9 (2710—2380 л. н.) из местонахождения Rigo Cave (GrJh3) в Кении, L3x1 определили у неолитического образца I13979 (2490—2350 лет до настоящего времени) из пещеры Gishimangeda Cave в Танзании, L3d1d определили у неолитического образца I12384 (1810—1620 л. н.) из местонахождения Ol Kalou в Кении, L3a2a определили у образца I8904 из местонахождения Kokurmatakore 1 (железный век Кении)Table 1. Ancient individuals reported in this study, ordered by start of calibrated radiocarbon date range // Mary E. Prendergast et al. Ancient DNA reveals a multistep spread of the first herders into sub-Saharan Africa. Science. 2019 Jul 5 L3c’d определили у представителя культуры шнуровой керамики pcw420 из Proszowice 1/2 на юго-востоке ПольшиAnna Linderholm et al. Corded Ware cultural complexity uncovered using genomic and isotopic analysis from south-eastern Poland , 2020 Apr 14 L3 определили у мумии из АбусираVerena J. Schuenemann et al. Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods , 30 May 2017 L3x2a была обнаружена у обитателя эфиопской пещеры Мота, жившего 4500 лет назад L3 определили в ДНК египетских кукурузных мумий, датированных второй половиной III века до н. э.Metagenomic peek into a corn mummy | bioRxiv L3h определили у мумии 1-го тыс. до н. э. — начала н. э. из коллекции Государственного музея изобразительных искусств имени А. С. Пушкина № 3 (1,1а 1290 ГМИИ)Е. Б. Яцишина, Е. С. Булыгина, С. В. Васильев, Р. М. Галеев, Н. В. Слободова, С. В. Цыганкова, Ф. С. Шарко. Палеогенетическое изучение древних мумий в Курчатовском институте, 2020E. B. Yatsishina, E. S. Bulygina, S. V. Vasilyev, R. M. Galeev, N. V. Slobodova, S. V. Tsygankova, F. S. Sharko. Paleogenetic Study of Ancient Mummies at the Kurchatov Institute , 22 March 2021 L3e5a определили у двух образцов (около 2030 л. н.) из некрополя Контрада Диана на острове ЛипариGiulio Catalanoet al. Paleogenetic analysis and radiocarbon dating on skeletal remains from the Roman necropolis of Contrada Diana (Lipari Island, Sicily) , 2023 L3d1a1a и L3e1a1a определены у двух рабов (SJN002 и SJN003) из Мехико, живших в XVI векеRodrigo Barquera et al. Origin and Health Status of First-Generation Africans from Early Colonial Mexico , April 30, 2020 L3b1a определили у человека западноафриканского происхождения (вероятно раб из Сенегамбии), похороненного около 400 л. н. в мезолитической раковинной куче в Кабесу-да-Аморейра (Португалия) Peyroteo Stjerna et al. Multidisciplinary Investigation Reveals an Individual of West African Origin Buried Four Centuries Ago in a Portuguese Mesolithic Shell Midden , 13 Dec 2021.

Распространение Чаще всего данная гаплогруппа встречается в Восточной Африке, в отличие от других территорий Африки, где 2/3 всех митохондриальных ДНК представляют гаплогруппы и Wallace D. C. et al. (2000), Origin of haplogroup M in Ethiopia, Am J Hum Genet 67(Suppl):217.

L3 подразделяется на несколько подгрупп, одна из которых, как предполагается, является предком макрогаплогрупп M и N, от которых произошло большинство неафриканских народов. Одна из этих линий, которая определяется потерей участка DdeI на np 10394, представляет лишь небольшой процент африканских мтДНК, однако является, по-видимому, предком почти половины всех европейских, азиатских и индейских мтДНК."Wallace et al., Mitochondrial DNA variation in human evolution and disease, Gene, 1999 Sep 30;238(1):211-30

По мнению Мака-Майер и др., «L3 больше связана с евразийскими гаплогруппами, чем с наиболее разнообразными африканскими кластерами L1 и L2»Maca-Meyer et al. (2001), Major genomic mitochondrial lineages delineate early human expansions , BMC Genetics 2001, 2:13 L3 — это гаплогруппа, от которой происходят все современные люди за пределами АфрикиCambridge DNA Services .

В Европе на мтДНК макрогаплогруппы L приходится <1 %, при этом ~ 65 % европейских L линий прибыли в историческое время (в том числе L3d1b1a), а оставшиеся 35 % L мтДНК образуют европейские субклады, прибывшие в Европу из Африки к югу от Сахары 11 000 лет назад (L1b1, L2a1k)María Cerezo et al. «Reconstructing ancient mitochondrial DNA links between Africa and Europe», 2012.

Подклассы (потомки) гаплогруппы L3

Филогенетическое дерево Приведённое ниже филогенетическое дерево основано на публикации Ван Овена (Van Oven 2008) и последующих опубликованных исследованиях.

L3 L3a 152, 523-524d, 12816 16316 L3b 3450, 5773, 6221, 9449, 10086, 13914A, 15311, 15824, 15944d, 16124, 16278, 16362 (западная Африка) L3b1 10373, 16519 L3b1a 11002 L3b1b 152, 9079, 15664 L3b2 3420, 16183C, 16189 L3c 195, 498.1C, 678, 3582, 4491, 5393, 7394, 9337, 9682, 12373, 14221, 14371, 14560, 14587, 16311, 16362 L3d 5147, 7424, 8618, 13886, 14284, 16124 (западная Африка) L3d1 6680 L3d1a 4048, 7648, 11887 L3d1a 4048, 7648, 11887 L3d1a1 1503, 16319 L3d1b 5046 L3d1c 3203, 9111, 11239, 12870, 13542, 16166 L3d1d 7765, 9151, 16086, 16256, 16368, 16519 L3d2 3394, 11518, 12873, 14272, 14584, 15115 L3d3 4688 L3d3a 2416, 15208 L3j 5821, 6182, 6722, 8676, 9365, 9731A, 12280, 12534, 14260, 15314, 15479, 15514 L3e 2352, 14212 (центральная Африка/Судан) L3e1 189, 200, 6221, 6587, 14152, 15670, 15942, 16327 L3e1a 16185 L3e1a1 185, 8650, 16311 L3e1a2 195, 207, 5774A, 9254, 11024, 14569, 16209 L3e1a3 10398 L3e1b 14926, 16325d L3e1c 3675, 5460, 8289.1CCCCCTCTA, 8701, 14323 L3e1d 152, 8703, 9300, 12738, 16176 L3e1e 10370, 14571A L3e2 195, 14905, 16320, 16519 L3e2a 4823, 13105, 14869 L3e2b 16172, 16183C, 16189 L3e2b1 408A, 2483, 9377, 16188.1C L3e2b2 11377, 16182C L3e3 195, 2000, 6524, 9554, 10667, 10816, 13101C, 16265T L3e3a 10286, 12397 L3e3b 4655, 12248, 13197, 13651, 15812 L3e4 3915, 5584, 11257, 13749, 16051 L3e5 398, 8392, 16041 L3i 7645 L3i1 10679, 11260, 13800A L3i1a 13967, 14060, 15758 L3i1b 2158, 13687, 16153 L3i2 152, 189, 504, 523-524d, 5441, 8222, 12630, 14818, 15388, 15944d, 16260, 16311 (Эфиопия — ранее называлась L3w) L3k 235, 494, 3918, 6620G, 9467, 13135, 13992, 15314 L3x 3483, 5899.1C, 6401, 8311, 8817, 13708, 16169 (Эфиопия, оромо)Kivisild et al. 2004 November. «Ethiopian Mitochondrial DNA Heritage: Tracking Gene Flow Across and Around the Gate of Tears» American Journal of Human Genetics 75(5): 759 L3x1 204, 15172, 16278 L3x2 249d, 494, 9941, 16195 L3x2a 3435, 16193, 16223 L3f 3396, 4218, 15514, 15944d, 16209, 16519 (восточная Африка) L3f1 5601, 9950 L3f1a 3693, 4350, 5194, 14148, 15106 L3f1b 189, 200, 1822, 7819A, 8527, 8932, 11440, 14769, 16292, 16311 L3f1b1 8410, 10070, 16129, 16295 L3f1b2 7235A L3f1b3 711, 6806, 7158 L3f2 745.1T, 16311 L3f2b 374.1A, 2442, 5342, 11016, 12338, 15466, 15658 L3f3 189, 318, 959, 4643, 5181, 6602, 8158, 8251, 9932, 10604, 11770, 15940, 16176, 16234 (Чадский бассейн, центральная Африка)Černý et al., (2009). Migration of Chadic speaking pastoralists within Africa based on population structure of Chad Basin and phylogeography of mitochondrial L3f haplogroup . BMC Evolutionary Biology, 9:63, 2. L3h- 7861, 9575 L3h1 1719, 4388, 5300, 9509, 11590, 16311 L3h1a 5492 L3h1a1 516, 709, 4117, 5316, 8047, 8485, 9080, 12432, 13708, 13926, 14110 L3h1a2 8781A L3h1a2a 146, 4688, 4742, 8943, 12175, 12236, 12519, 14587, 14862, 15646, 16399 'L3h1b 189C, 195, 523-524d, 10044, 14410, 16284, 16256A L3h1b1 3777

Примечания

Публикации 2014

См. также

Ссылки

Общие сведения

Ian Logan’s Mitochondrial DNA Site PhyloTree.org - mtDNA tree Build 17 (18 Feb 2016): subtree L3

Гаплогруппа L3 Spread of Haplogroup L3, from National Geographic

Категория:Гаплогруппа L (мтДНК)