MSE — многозначная аббревиатура:
Microsoft Security Essentials — бесплатный пакет антивирусных приложений от компании Microsoft. MSE — среда визуального программирования на FreePascal. Mean Square Error — средний квадрат ошибки определения какой-либо величины, квадратный корень из MSE есть среднеквадратическое отклонение определяемой величины от её математического ожидания. Midcourse Space Experiment — космический аппарат двойного назначения, инфракрасный космический телескоп, работавший в 1996—97 годах.