GROMACS (, гронингенская машина для химического моделирования) пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике. Разработан командой Германа Берендсена, работающей в отделении биофизической химии университета Гронингена. В настоящее время развивается и поддерживается усилиями энтузиастов, в число которых входят представители университета Уппсалы и королевского технологического института. Пакет предназначен для моделирования биомолекул (например, молекул белков и липидов), имеющих много связанных взаимодействий между атомами. Обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается одним из самых быстрых инструментов. Является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом. Исходный код доступен под лицензией GPL.
См. также CHARMM NAMD VMD Charm++ LAMMPS
Программы, используемые при моделировании из «первых принципов» Gaussian CPMD CRYSTAL ABINIT — свободная программа GAMESS (US) PC GAMESS
Примечания
Ссылки Официальный сайт Моделирование в GROMACS (практическое руководство) Gromacs — установка и конфигурирование под PVM & Linux Gromacs — установка и конфигурирование под OpenMPI & Linux Gromacs — установка и конфигурирование для nVidia GPU & Linux GROMACS on GPUs Бинарники версии 4.6.5 для Windows / Cygwin
Категория:Программное обеспечение для молекулярной динамики