Фауна Шотландии в целом типична для северо-западной части Палеарктической экозоны. Исключение составляют некоторые виды крупных млекопитающих, которые в обозримый исторический период вследствие охоты были поставлены на грань уничтожения, а также разнообразные интродуцированные человеком виды. В Шотландии с её умеренным климатом в настоящее время встречаются 62 вида диких млекопитающих, в том числе: дикие лесные кошки, значительное количество длинномордых тюленей и тюленей обыкновенных, а также самая северная колония дельфинов-афалинMatthews (1968) p. 254..
Популяции многих видов птиц вересковых пустошей (такие, как тетерев-косач и белая (шотландская) куропатка) постоянно живут на территории страны. Шотландия также является местом гнездования для морских птиц, например, северной олушиFraser Darling and Boyd (1969) pp. 7, 98—102.. Беркут стал национальным символомBenvie (1994) p. 12., орланы и скопы недавно снова населили земли Шотландии. Шотландский клёст () является единственным эндемиком среди позвоночных животных ВеликобританииВ прошлом эндемиками объявлялись шотландские белые куропатки (в настоящее время считается подвидом белой куропатки), и ирландский горностай , также ныне считающийся подвидом горностая. Выделение шотландского клеста в самостоятельный вид являетсядо сих пор предметом дискуссий, но пока у него имеется этот статус (см. Miles and Jackman (1991) pp. 21—30 and Benvie (2004) p. 55.). Положение в систематике пресноводных рыб вида Coregonus vandesius (сиг) остается неопределённым, но большинство исследователей склоняются к тому, чтобы признать его подвидом европейской ряпушки .Adams, William Mark (2003) Future Nature . British Association of Nature Conservationists p. 30. Retrieved 14 July 2009. Этот источник содержит список эндемиков Великобритании, состоящий из «14 лишайников, 14 мхов, 1 папоротник, 21 высшее растение, 16 беспозвоночных, и 1 позвоночное животное (шотландский клёст).»Возможно, все упомянутые виды все являются эндемичными, но пока ни , ни (JNCC) не вынесли окончательно решения по данному вопросу. Однако ясно, что шотландский клёст является единственным эндемиком среди птиц Великобритании (Gooders (1994) p. 273. and "Scottish Crossbill: Loxia Scotica (pdf) JNCC. Retrieved 7 July 2009.), и среди пресноводных рыб (Maitland, P. and Lyle A.A. (1996) «Threatened freshwater fishes of Great Britain» in Kirchofer, A. and Hefti, D. (1996) Conservation of Endangered Freshwater Fish in Europe. Basel. Birkhauser.) и млекопитающих («The British Mammals list» ) эндемиков нет. Видов земноводных и рептилий, характерных для Великобритании, слишком мало, чтобы выработать какое-то определённое мнение об их эндемичности, что подразумевается, хотя и не высказано открыто, в информационно-консультативных письмах SNH «Priority species in Scotland: animals» . См. также Myers, Norman (2003) «Conservation of Biodiversity: How are We Doing?» (pdf) The Environmentalist 23 pp. 9—15. Retrieved 7 July 2009. Эта публикация подтверждает, есть только один вид «эндемичных не-рыбных позвоночных» на Британских островах, хотя она не может определить видов..
Моря Шотландии являются наиболее биологически продуктивными в мире, общее число видов в них оценивают в 40000. Холмы Дарвина — одна из важных зон глубоководных холодноводных коралловых рифов — была открыта в 1998 году.
В водах шотландских рек насчитывается около 400 генетически отличных популяций атлантического лосося. В пресных водах отмечается 42 вида рыб, половина из которых появилась в результате естественной колонизации, и половина — в результате интродуцирования человеком.
Только 4 вида рептилий и 6 видов амфибий являются коренными для Шотландии. Насчитывается 14000 видов беспозвоночных (в том числе редких видов пчёл и бабочек), так или иначе подпадающих под действие актов по защите окружающей среды. обеспокоены существующей угрозой для большей части фауны Шотландии, возникшей из-за изменений климатаСм. Johnston, I. (29.11.2006) «Sea change as plankton head north'». Edinburgh. The Scotsman. Отчёт Джеймса Лавлока выражает его обеспокоенность тем, что глобальное потепление в будущем столетии «убьёт миллиарды».
Среда обитания
Шотландия имеет широкое разнообразие экосистем умеренного климата, включающих лиственные и хвойные леса, вересковые пустоши, нагорья, эстуарии, пресноводные, океанические и тундровые ландшафты.
Около 14 % территории Шотландии покрыто лесами, большая часть которых является лесонасаждениями. Однако до появления человека здесь было очень много каледонских и широколиственных лесовНекоторые авторы расходятся в оценке причин и сроков сокращения площади шотландских лесов. Многие писатели, начиная с XVI века (), и заканчивая XX веком (натуралист ), считали, что леса во времена Римской Империи были значительно больше, чем сегодня. Однако в настоящее время бытует точка зрения, что выведение лесов Южных высокогорий (по климатическим или антропогенным причинам) к моменту прибытия римских легионов уже происходило достаточно давно. См. Smout (2007) pp. 20—32.. И всё же, несмотря ни на что, до сих пор можно найти значительные площади аборигенных для Шотландии сосновых лесов.
Примерно 17 % Шотландии покрыто вересковыми пустошами и торфяными болотами. В Кейтнессе и Сатерленде имеется один из крупнейших и наиболее неповреждённых участков верховых болот, поддерживающих характерный видовой состав животных. Около 75 % территории Шотландии относятся к землям сельскохозяйственного назначения. Города и городские территории занимают около 3 % площади. Длина береговой линии составляет 11803 км. Число островов с наземной растительностью — около 800, из которых 600 расположено у западного побережья. Шотландия имеет более 90 % (по объёму) и 70 % (по площади поверхности) запасов пресной воды Великобритании, в более чем 30000 озёрах и 6000 речных систем.
Под защитой Директивы Евросоюза по окружающей среде, по состоянию на декабрь 2007 года имеется 239 мест в Шотландии, общей площадью более 8750 км², которым присвоен статус (SAC))«SACs in Scotland» Joint Nature Conservation Committee. Retrieved on 23 August 2008. Quoting the Scottish Office. (1998). People and nature. A new approach to SSSI designations in Scotland. The Scottish Office, Edinburgh. Retrieved on 2 January 2007. Как уже упоминалось, моря Шотландии представляют собой немалую ценность с точки зрения биологической продуктивности, и потому 24 района особого сохранения относятся непосредственно к участкам моря, ещё 9 — к прибрежным зонам с морскими и наземными элементами. Данные морские элементы занимают площадь около 350 км2. Холмы Дарвина, площадью около 100 км², в настоящее время рассматриваются как первый по значимости морской район особого сохранения.
Млекопитающие Во времена плейстоценовых оледенений Шотландия была полностью покрыта льдамиSave for the Atlantic outlier of St Kilda. Maclean (1972) p. 20.. Когда наступило потепление, льды отступили, и млекопитающие мигрировали на освободившиеся территории. Однако появление пролива Ла-Манш вследствие подъёма уровня моря остановило дальнейшие миграции. Потому на материковой Британии насчитывается только ⅔ от числа видов, достигших Скандинавии. Количество видов млекопитающих на Гебридских островах у западного побережья Шотландии составляет, в свою очередь, только половину от такового в ВеликобританииMurray (1973) p. 72.. Всего насчитывается 62 вида млекопитающих, живущих в Шотландии, в том числе 13 видов, обитающих в прибрежных водах. Популяция ⅓ видов млекопитающих, по предварительным оценкам, пребывает в состоянии упадка — вследствие действия многих факторов, таких как загрязнение окружающей среды, разрушение сред обитания, изменения методов ведения сельского хозяйства (в частности — чрезмерный выпас скота), и конкуренция со стороны интродуцированных видов. Видов млекопитающих, уникальных только для Шотландии, не существует, хотя и имеется (), эндемичный подвид мыши европейской, размерами тела превосходящий своих континентальных сородичей вдвоеBenvie (2004) p. 645.. Также можно отметить (), найденную только на Оркнейских островах, и являющуюся подвидом полёвки обыкновенной. Возможно, этот вид был интродуцирован более 4000 лет назад, будучи завезён первыми людьми, поселившимися на Оркнеях.
Наиболее значимыми видами являются: , шетландский пони, и скотч-терьер.
Хищники
В целом, семейство куньих в Шотландии представлено теми же видами, что и в Британии, за исключением отсутствия на территории Шотландии лесных хорьков, и преобладания лесных куницCorbet and Ovenden (1984) pp. 180—86., хотя чистота популяции последних и находится под угрозой из-за появления в Северной Англии куницы американскойBenvie (2004) p. 48.. В Шотландии имеется единственные на Британских островах популяции европейской лесной кошки, насчитывающая, по разным оценкам, от 400 до 2000 особей, и подвида лисицы обыкновенной, , по размерам тела превосходящий более распространённый подвид , и имеющий две различные формыMatthews (1968) pp. 231—32.. Лесные кошки в настоящее время находятся под угрозой исчезновения, вследствие недоработанности законодательства в области защиты исчезающих видов животныхBenvie (2004) p. 18.Hull (2007) pp. 184—89.. В рамках проектов «Гебридская норка» и «Шотландская норка», нацеленных на создание свободных для заселения аборигенными видами норок зон, от Уэстер-Росса до , было предпринято уничтожение популяции одичавших американских норок (которые были завезены в Британию в 1950-х годах для выращивания на зверофермах, с целью получения мехов)Haworth, Jenny (3 February 2009) «National cull may exterminate UK mink». Edinburgh. The Scotsman.Ross, John (12 May 2011) «Wildlife Groups agree £1m plan to wipe out American mink nuisance». Edinburgh. The Scotsman..
Тюлени, в основном, принадлежат к представителям семейства Настоящие тюлени. Из всего семейства на побережье Шотландии наиболее распространены два вида: серый тюлень (популяция на 2002 год — 120600 особей, что составляет 36 % от общемировой численности и 90 % — от численности этого вида в пределах Великобритании) и тюлень обыкновенный (29700 особей, 90 % от численности вида в Великобритании и около 35 % — от общемировой).
Грызуны, насекомоядные и зайцеобразные
На территории Шотландии проживает до 75 % популяции белки обыкновенной Великобритании. Данному виду угрожает вытеснение со стороны интродуцированной каролинской белки. Для сохранения аборигенного вида предпринимается ряд программШотландский фонд дикой природы весной 2009 года анонсировал четырёхлетний проект «Спасение шотландских белок». См."A new era for Scotland’s red squirrels?" in Scottish Wildlife (November 2008) No. 66. Edinburgh.. В рамках этих проектов сделан упор на увеличение численности лесной куницы, которая питается, в основном, белкой каролинскойWatson, Jeremy (30 December 2007) «Tufty’s saviour to the rescue». Scotland on Sunday. Edinburgh. Уотсон в своей работе высказал предположение, что каролинские белки больше времени, нежели белки обыкновенные, проводят на поверхности земли, что увеличивает их шансы на контакт с этим хищником..
В Шотландии не встречаются виды сонь-полчков, орешниковых сонь, или желтогорлой мыши. Ареал мыши-малютки ограничен южной частью страны. и , как упоминалось выше, являются эндемиками. В остальном распределение видов грызунов соответствует таковому для материковой БританииCorbet and Ovenden (1984) pp. 152, 167—68.. Необходимо отметить, что колонии чёрных крыс отмечены только на в заливе Ферт-оф-Форт и .