Попытки ликвидации церкви в 1939—1941 годах Российская империя систематически осуществляла попытки ликвидации Брестской унии ещё во времена раздела Речи Посполитой в XIX веке. Советская власть, не скрывая своих намерений, возобновила эти попытки после присоединения Западной Украины и Западной Белоруссии (территорий, ранее входивших в состав Польши) к СССР в сентябре 1939 года.

Пропагандистское наступление против грекокатолической церкви начал журнал «Коммунист», который 9 октября 1939 года обвинил её структуры в сотрудничестве с «польской буржуазией» и в антисоветской агитации. В то же время было закрыто 20 грекокатолических изданий и начато изъятие религиозной литературы из библиотек и книжных магазинов. Были закрыты семинария и монастырский новициат. 22 октября 1939 избранное на псевдодемократических выборах Народное собрание Украины проголосовало за декрет о национализации всех грекокатолических строений, включая церкви и монастыри. Функционирование грекокатолических организаций было запрещено, а священники провозглашены «общественно непригодными» и обложены высокими налогами, до 15 тысяч рублей ежегодно. Митрополит лично вел переговоры с Н. С. Хрущёвым по поводу тех обременений, достигнув небольшого ослабления.

9 октября 1939 года митрополит Андрей Шептицкий издал пастырское письмо, в котором подчеркнул трудность новой ситуации для церкви и отметил необходимость воспитания детей и молодежи в духе грекокатолической веры. Несколькими месяцами позже он обратился к священникам с просьбой не выступать открыто на стороне какой-либо из политических сил, чтобы избежать дальнейших репрессий. Шептицкий позволил также отправлять служение в частных домах и смягчил принципы отпущения для монахов на пребывание вне монастыря. Однако в действительности темп атеизации общества не отвечал ожиданиям сталинской власти и склонил власти к повышению расходов на антирелигиозную кампанию, которая проводилась средствами связи, комсомолом и Союзом воинствующих безбожников. Увеличено было и давление на школы с требованием введения в программы атеистических предметов, а традиционные религиозные праздники были объявлены рабочими днями.

Параллельно с атеистической кампанией также начались попытки внедрения влияния на галицких территориях Русской православной церкви. 17 октября 1939 Пантелеймон Рожновский был назначен епископом Гродненским по поручению проводить миссионерскую деятельность в западных областях Беларуси и Украины. В середине следующего года Николай Ярушевич стал экзархом волынским. 28 октября 1940, несмотря на оппозицию даже православных иерархов, которые предостерегали от трудностей при возможной попытке религиозного поворота, Московский Патриархат отчётливо изъявлял желание ликвидировать грекокатолицизм.

Экспансия Русской православной церкви и атеизации края была прервана началом немецко-советской войны 22 июня 1941 года.

Возобновление наступления на УГКЦ в 1944—1945 годах

Летом и осенью 1944 года советская армия заняла Восточную Галицию, а также Закарпатье с грекокатолической епархией в Мукачево-Ужгороде, а вскоре расширила гегемонию и на все прилегающие территории, где жили украинцы-униаты — Ряшивщину, Лемковщину и Пряшевщину. В письме кардинала Тисеранта (март 1944) Шептицкий выражал большие опасения в связи с возвращением СССР. Сначала советская власть не уделяла внимания вопросам атеизации. В частности, было разрешено торжественно похоронить Шептицкого, который умер 1 ноября того же года, и в похоронах приняли участие представители новой власти. Однако уже в апреле 1945 Сталин утвердил план из 10 пунктов, разработанный представителями украинской компартии, который предусматривал ликвидацию Грекокатолической церкви и усиление православных структур на Украине. Возобновились атаки на священников в прессе. Советская пресса критиковала историю и традиции Грекокатолической церкви, а также возобновила обвинения в национализме и организации антисоветского сопротивления. Особенно отличился своими статьями Ярослав Галан, сотрудник журнала «Вільна Україна».

11 апреля 1945 НКВД арестовал митрополита Иосифа Слипого, преемника Шептицкого, а также 4 галицких епископов: Григория Хомишина, Ивана Лятишевского, Никиту Будку и Григория Лакоту. В то время, когда епископы и другие духовные лица, отказавшиеся от перехода в православие, были обвинены в воображаемых политических преступлениях и сосланы в концлагеря (где ни один, кроме митрополита, не выжил), НКВД создал «добровольческое» движение «воссоединения» с Русской православной церковью. Это движение, кроме притворной опоры на священников, добровольно поддержавших объединение, опиралось также на официальную поддержку священников, которых вынуждали к этому, в том числе и пытками. Почти сразу после завершения арестов иерархов Русская православная церковь назначила Михаила Оксюка епископом Львовским и Тернопольским, отчётливо рекомендовав ему скоординировать свои действия с «движением народных масс за объединение Церкви».

Инициативная группа

28 мая была создана так называемая «Инициативная группа по воссоединению Грекокатолической церкви с Православной», во главе которой стал священник Гавриил Костельник. В этот день было написано два письма. Первое было обращено к правительству советской Украины с просьбой одобрить и признать право группы для проведения «объединительной» кампании. Второе письмо информировал грекокатолическое духовенство о том, что группа была создана «по желанию народных масс» и «не признаёт никакого административного руководства Грекокатолической церкви». 18 июня 1945 Павел Ходченко, республиканский уполномоченный Совета Русской православной церкви, ответил от имени правительства УССР, признавая «Инициативную группу» как единственный временный церковный орган администрации, уполномоченный управлять всеми делами грекокатолических приходов, существующих на территории Западной Украины, и осуществлением воссоединения с Русской православной церковью.

Инициативная группа была уполномочена «согласовывать с правительством все правовые вопросы, связанные с управлением грекокатолическими приходами». Письмо также инструктировало «Инициативную группу» отправлять Ходченко «списки деканов, ректоров и настоятелей, которые отказались признать юрисдикцию Инициативной группы». Письмо Ходченко является единственным официально опубликованным документом, подтверждающим непосредственное участие правительства в процессе уничтожения униатской церкви. Формально, однако, эта акция не согласовывалась даже с положениями советской конституции и существующим законодательством о религии.

Против распоряжения Ходченко запротестовала группа грекокатолических иерархов, которые оставались ещё на свободе, во главе с архимандритом Климентом Шептицким. В письме Вячеславу Молотову они ссылались на существующее в советском праве положения о свободе вероисповедания, указывали на манипулирование фактами из истории Грекокатолической церкви, на которые ссылалась «Инициативная группа», добивались освобождения митрополита Слипого и других заключённых духовных лиц. Одновременно они уверяли, что грекокатолики не намерены проводить антиправительственную деятельность. Однако эти действия не принесли никаких результатов. НКВД и в дальнейшем проводил аресты священников, особенно обращая своё внимание на василиан. К концу июня количество заключённых превысило 200 человек.

«Инициативная группа» продолжала также так называемое «политическое перевоспитание» грекокатоликов. В августе 1945 было распространено 5 тысяч экземпляров брошюры Костельника антипапского характера, которая осуждала Брестскую унию и призывала к переходу в православие. При многих частных встречах со священниками Костельник утверждал, что дело ограничится лишь формальным переходом в Русскую православную церковь, но будет сохранена возможность отправлять обряды без изменений, и только такой выход является лучшим для верующих. Одновременно представители «Инициативной группы» систематически информировали власти о священниках, которые сопротивлялись переходу. Священники, отказавшиеся подписать документ, свидетельствующий об их переходе в православие, были автоматически лишены своих приходов, а некоторые также арестованы. Такое сочетание разных форм давления «Инициативная группа» считала эффективным — в октябре 1945 Костельник оценивал, что к концу года максимум лишь сотня священников будет негативно относиться к «реунификации». Но он признавал, что среди лиц, которые согласились на переход, есть много таких, кто совершил это из страха или старался продлить свою пастырскую деятельность под предлогом подчинения власти.

Работу инициативной группы лично контролировал тогдашний глава КПУ Никита Хрущёв. Об этом свидетельствует, в частности, письмо от 17 декабря 1945 Сталину, в котором писалось:

Львовский собор 1946 года

Кульминация «объединительной» кампании наступила на так называемом Львовском соборе в марте 1946, когда собрание избранных иерархов «аннулировало» Брестскую унию (этот собор не был согласован с каноническим правом). При этом формально сталинская власть не ликвидировала Грекокатолическую церковь. До 1949 г. в Русскую православную церковь была насильно влита Грекокатолическая церковь на Закарпатье, и аналогично осуществлено «объединение» в грекокатолической епархии Пряшева в восточной Словакии. В 1948 была ликвидирована уния в Румынии и введено православие в 10 украинских грекокатолических приходах в районах, граничащих с Закарпатьем. Грекокатолическая церковь была де-факто также отменена в Польше в 1947—1949 годах.

Грекокатолическая церковь в СССР после Второй мировой войны была представлена 4 епархиями с 2326 приходами, более 4000 храмов и около 3,5—4 млн верующих. Пастырское служение осуществляли 8 епископов и около 2400 священников. 4 епархии удерживали богословские академии, 4 духовные семинарии из 565 слушателями, а также 35 мужских монастырей с 155 монахами и 347 братьями и 123 женских монастыря с 979 монахинями.

Насильственное «объединение» не закончило существование Грекокатолической церкви. Выжила она в формально православных структурах как «подпольная» Униатская церковь, в ГУЛаге, в изгнании и в подполье на территории Западной Украины. Однако право на легальное функционирование она получила лишь на рубеже 1989—1990 годов.

УГКЦ после смерти Сталина

Смерть Сталина в марте 1953, борьба за власть после него и кампания десталинизации, начатая Никитой Хрущёвым, оказали значительное влияние на Украинскую грекокатолическую церковь. Через несколько месяцев после смерти генерального секретаря, митрополит Иосиф Слипый, для которого 8-летний приговор закончился в апреле 1953, по приказу Берии был переведён из лагеря в Мордовии в Москву. В поисках союзников в борьбе за власть на Украине и в других нерусских республиках, Берия выступил против русификации Западной Украины. Его посланцы начали тайные переговоры с И. Слипым по нормализации отношений с Ватиканом и легализации грекокатолической церкви на Западной Украине. Переговоры с митрополитом были внезапно прерваны после ареста Берии. И. Слипый не принял предложения КГБ об отречении от верности Папе Римскому взамен на свободу и высокое положение в Русской православной церкви, был вновь приговорён к ссылке в Красноярский край, где находился в непонятном статусе полузаключённого до следующего ареста в 1958. В 1955—1956 годах, в связи с ликвидацией Хрущёвым системы лагерей ГУЛАГ, несколько грекокатолических священников и монахов были освобождены из лагерей, и им было разрешено вернуться в Западную Украину.