Бакте́рии (эубактерии, , от — палочка) — домен (надцарство) прокариотных (безъядерных) микроорганизмов, чаще всего одноклеточных. К настоящему времени описано около десяти тысяч видов бактерий и предполагается, что их существует свыше миллиона.
Первая классификация бактерий была предложена Фердинандом Коном в 1872 году. Он разделил все известные виды на шесть родов на основе морфологических признаков. Позднее до конца XIX века систематики использовали кроме того характер роста колоний и патогенный потенциал. В период с 1900 по 1960 годы помимо морфологических признаков стали учитывать физиолого-биохимические особенности. В этот период в 1923 году появилось первое издание Руководства по систематике бактерий Берджи. В этом справочнике вплоть до 1974 года (восьмое издание) бактерии ещё классифицировались как группа растений. С 1960 по 1980 годы большое значение при классификации бактерий стали придавать хемотаксономии, методам ДНК-гибридизации и . С появлением геномики в в 1980-х годах набор методов стал ещё более расширяться. Стали использоваться генотипический, мультилокусный, полногеномный анализ и другие методы.
Домен Вacteria
Отдел B1 Aquificae Класс Aquificae Порядок Aquificales Семейство Aquificaceae Роды Aquifex, Calderobacterium, Hydrogenobaculum, Hydrogenobacter, Hydrogenothermus, Persephonella, Sulfurihydrogenibium, Thermocrinis Роды incertae sedis Desulfurobacterium, Thermovibrio
Отдел B2 Thermotogae Класс Thermotogae Порядок Thermotogales Семейство Thermotogaceae Роды Thermotoga, Fervidobacterium, Geotoga, Marinitoga, Petrotoga, Thermosipho
Отдел B3 Thermodesulfobacteria Класс Thermodesulfobacteria Порядок Thermodesulfobacteriales Семейство Thermodesulfobacteriaceae Род Thermodesulfobacterium
Отдел B4 Deinococcus-Thermus Класс Deinococci Порядок Deinococcales Семейство Deinococcaceae Род Deinococcus Порядок Thermales Семейство Thermaceae Роды Thermus, Marinithermus, Meiothermus, Oceaniothermus, Vulcanithermus
Отдел B5 Chrysiogenetes Класс Chrysiogenetes Порядок Chrysiogenales Семейство Chrysiogenaceae Род Chrysiogenes
Отдел B6 «Chloroflexi» Класс «Chloroflexi» Порядок «Chloroflexales» Семейство «Chloroflexaceae» Роды Chloroflexus, Chloronema, Heliothrix, Roseiflexus Семейство Oscillochloriaceae Род Oscillochloris Порядок Herpetosiphonales Семейство Herpetosiphonaceae Род Herpetosiphon Класс Anaerolinae Порядок Anaerolinales Семейство Anaerolinaceae
Отдел B7 Thermomicrobia Класс Thermomicrobia Порядок Thermomicrobiales Семейство Thermomicrobiaceae Род Thermomicrobium
Отдел B8 Nitrospira Класс Nitrospira Порядок Nitrospirales Семейство Nitrospiraceae Роды Nitrospira, Leptospirillum, Magnetobacterium, Thermodesulfovibrio
Отдел B9 Deferribacteres Класс Deferribacteres Порядок Deferribacterales Семейство Deferribacteraceae Роды Deferribacteres, Denitrovibrio, Flexistipes, Geovibrio
Отдел B10 Cyanobacteria Класс Cyanobacteria
Отдел B11 Chlorobi Класс Chlorobia Порядок Chlorobiales Семейство Chlorobiaceae Роды Chlorobium, Ancalochloris, Chlorobalum, Chloroherpeton, Pelodictyon, Prosthecochloris
Отдел B12 Proteobacteria Класс Alphaproteobacteria Порядок Rhodospirillales Семейство Rhodospirillaceae Роды Rhodospirillum, Azospirillum, Levispirillum, Magnetospirillum, Phaeospirillum, Rhodocista, Rhodospira, Rhodovibrio, Roseospira, Roseospirillum, Skermanella Род incertae sedis «Sporospirillum» Семейство Acetobacteraceae Роды Acetobacter, Acidiphilium, Acidisphaera, Acidocella, Acidomonas, Asaia, Craurococcus, Gluconacetobacter, Gluconobacter, Paracraurococcus, Rhodopila, Roseococcus, Roseomonas, Stella, Zavarzinia Порядок Rickettsiales Семейство Rickettsiaceae Роды Rickettsia, Orientia Семейство Anaplasmataceae Роды Anaplasma, Ehrlichia, Neorickettsia, Wolbachia Род incertae sedis Aegyptianella Семейство Holosporaceae Род Holospora Роды incertae sedis Caedibacter, Lyticum, Odyssella, Pseudocaedibacter, Pseudolyticum, Tectibacter Порядок Rhodobacterales Семейство Rhodobacteraceae Роды Rhodobacter, Ahrensia, Amaricoccus, Antarctobacter, Gemmobacter, Hirschia, Hyphomonas, Ketogulonicigenium, Maricaulis, Methylarcula, Octadecabacter, Paracoccus, Rhodobaca, Rhodovulum, Roseibium, Roseinatronobacter, Roseivivax, Roseobacter, Roseovarius, Rubrimonas, Ruegeria, Sagittula, Staleya, Stappia, Sulfitobacter Род incertae sedis Rhodothalassium Порядок Sphingomonadales Семейство Sphingomonadaceae Роды Sphingomonas, Blastomonas, Citromicrobium, Erythrobacter, Erythromicrobium, Erythromonas, Porphyrobacter, Sandaracinobacter, Zymomonas Порядок Caulobacterales Семейство Caulobacteraceae Роды Caulobacter, Asticcacaulis, Brevundimonas, Phenylobacterium Порядок Rhizobiales Семейство Rhizobiaceae Роды Rhizobium, Agrobacterium, Allorhizobium, Carbophilus, Chelatobacter, Ensifer, Sinorhizobium Семейство Bartonellaceae Род Bartonella Семейство Brucellaceae Роды Brucella, Mycoplana, Ochrobactrum Семейство Phyllobacteriaceae Роды Phyllobacterium, Aminobacter, Aquamicrobium, Defluvibacter, Liberibacter, Mesorhizobiumm, Pseudominobacter Семейство Methylocystaceae Роды Methylocystis, Albibacter, Methylosinus Род incertae sedis Methylopila Семейство Beijerinckiaceae Роды Beijerinckia, Chelatococcus, Methylocella Семейство Bradyrhizobiaceae Роды Bradyrhizobium, Afipia, Agromonas, Blastobacter, Bosea, Nitrobacter, Oligotropha, Rhodoblastus, Rhodopseudomonas Семейство Hyphomicrobiaceae Роды Hyphomicrobium, Ancalomicrobium, Ancylobacter, Angulomicrobium, Aquabacter, Azorhizobium, Blastochloris, Devosia, Dichotomicrobium, Filomicrobium, Gemmiger, Labrys, Methylorhabdus, Pedomicrobium, Prosthecomicrobium, Rhodomicrobium, Rhodoplanes, Seliberia, Starkeya, Xanthobacter Семейство Methylobacteriaceae Род Methylobacterium Семейство Rhodobiaceae Род Rhodobium
Класс Betaproteobacteria Порядок Burkholderiales Семейство Burkholderiaceae Роды Burkholderia, Cupriavidus, Lautropia, Pandoraea, Paucimonas, Polynucleobacter, Ralstonia, Thermothrix Семейство Oxalobacteraceae Роды Oxalobacter, Duganella, Herbaspirillum, Janthinobacterium, Massilia, Telluria Семейство Alcaligenaceae Роды Alcaligenes, Achromobacter, Bordetella, Derxia, Oligella, Pelistega, Pigmentiphaga, Sutterella, Taylorella Семейство Comamonadaceae Роды Comamonas, Acidovorax, Brachymonas, Delftia, Hydrogenophaga, Lampropedia, Macromonas, Polaromonas, Rhodoferax, Variovorax Роды incertae sedis Aquabacterium, Ideonella, Leptothrix, Roseateles, Rubrivivax, Sphaerotilus, Tepidimonas, Thiomonas, Xylophilus Порядок Hydrogenophilales Семейство Hydrogenophilaceae Роды Hydrogenophilus, Thiobacillus Порядок Methylophilales Семейство Methylophilaceae Роды Methylophilus, Methylobacillus, Methylovorus Порядок Neisseriales Семейство Neisseriaceae Роды Neisseria, Alysiella, Aquaspirillum, Chromobacterium, Eikenella, Formivibrio, Iodobacter, Kingella, Microvirgula, Prolinoborus, Simonsiella, Vitreoscilla, Vogesella Роды incertae sedis Catenococcus, Morococcus Порядок Nitrosomonadales Семейство Nitrosomonadaceae Роды Nitrosomonas, Nitrosolobus, Nitrosospira, Nitrosovibrio Семейство Spirillaceae Род Spirillum Семейство Gallionellaceae Род Gallionella Порядок Rhodocyclales Семейство Rhodocyclaceae Роды Rhodocyclus, Azoarcus, Azonexus, Azospira, Azovibrio, Dechloromonas, Dechlorosoma, Ferribacterium, Propionibacter, Propionivibrio, Thauera, Zoogloea
Класс Gammaproteobacteria Порядок Chromatiales Семейство Chromatiaceae Роды Chromatium, Allochromatium, Halochromatium, Isochromatium, Lamprobacter, Lamprocystis, Marichromatium, Nitrosococcus, Pfennigia, Rhabdochromatium, Thermochromatium, Thioalkalicoccus, Thiocapsa, Thiococcus, Thiocystis, Thiodictyon, Thiohalocapsa, Thiolamprovum, Thiopedia, Thiorhodococcus, Thiorhodovibrio, Thiospirillum Семейство Ectothiorhodospiraceae Роды Ectothiorhodospira, Arhodomonas, Halorhodospira, Nitrococcus, Thioalkalivibrio, Thiorhodospira Семейство Halothiobacillaceae Род Halothiobacillus Порядок Acidithiobacillales Семейство Acidithiobacillaceae Род Acidithiobacillus Семейство Thermithiobacillaceae Род Thermithiobacillus Порядок Xanthomonadales Семейство Xanthomonadaceae Роды Xanthomonas, Frateuria, Luteimonas, Lysobacter, Nevskia, Pseudoxanthomonas, Rhodanobacter, Schineria, Stenotrophomonas, Thermomonas, Xylella Порядок Cardiobacteriales Семейство Cardiobacteriaceae Роды Cardiobacterium, Dichelobacter, Suttonella Порядок Thiotrichales Семейство Thiotrichaceae Роды Thiothrix, Achromatium, Beggiatoa, Leucothrix, Thiobacterium, Thiomargarita, Thioploca, Thiospira Семейство Piscirickettsiaceae Роды Piscirickettsia, Cycloclasticus, Hydrogenovibrio, Methylophaga, Thioalkalimicrobium, Thiomicrospira Семейство Francisellaceae Род Francisella Порядок Legionellales Семейство Legionellaceae Род Legionella Семейство Coxiellaceae Роды Coxiella, Rickettsiella Порядок Methylococcales Семейство Methylococcaceae Роды Methylococcus, Methylobacter, Methylocaldum, Methylomicrobium, Methylomonas, Methylosarcina, Methylosphaera Порядок Oceanospirillales Семейство Oceanospirillaceae Роды Oceanospirillum, Balneatrix, Marinomonas, Marinospirillum, Neptunomonas Семейство Alcanivoraceae Род Alcanivorax Семейство Hahellaceae Роды Hahella Семейство Halomonadaceae Роды Halomonas, Caminomonas, Chromohalobacter, Zymobacter Порядок Pseudomonadales Семейство Pseudomonadaceae Роды Pseudomonas, Azomonas, Azotobacter, Cellvibrio, Mesopllilobacter, Rhizobacter, Rugamonas, Serpens Семейство Moraxellaceae Роды Moraxella, Acinetobacter, Psychrobacter Род incertae sedis Enhydrobacter Порядок Alteromonadales Семейство Alteromonadaceae Роды Alteromonas, Alishewanella, Colwellia, Ferrimonas, Glaciecola, Idiomarina, Marinobacter, Marinobacterium, Microbulbifer, Moritella, Pseudoalteromonas, Psychromonas, Shewanella Порядок Vibrionales Семейство Vibrionaceae Роды Vibrio, Photobacterium, Salinivibrio Порядок Aeromonadales Семейство Aeromonadaceae Роды Aeromonas, Oceanimonas Род incertae sedis Tolumonas Семейство Succinivibrionaceae Роды Succinivibrio, Anaerobiospirillum, Ruminobacter, Succinimonas Порядок Enterobacteriales Семейство Enterobacteriaceae Роды Escherichia, Alterococcus, Arsenophonus, Brenneria, Buchnera, Budvicia, Buttiauxella, Calymmatobacterium, Cedecea, Citrobacter, Edwardsiella, Enterobacter, Erwinia, Ewingella, Hafnia, Klebsiella, Kluyvera, Leclercia, Leminorella, Moellerella, Morganella, Obesumbacterium, Pantoea, Pectobacterium, Candidatus Phlomobacter, Photorhabdus, Plesiomonas, Pragia, Proteus, Providencia, Ralmella, Saccharobacter, Salmonella, Serratia, Shigella, Sodalis, Tatumella, Trabulsiella, Wigglesworthia, Xenorhabdus, Yersinia, Yokenella Порядок Pasteurellales Семейство Pasteurellaceae Роды Pasteurella, Actinobacillus, Haemophilus, Lonepinella, Mannheimia, Phocoenobacter
Класс Deltaproteobacteria Порядок Desulfurellales Семейство Desulfurellaceae Роды Desulfurella, Hippea Порядок Desulfovibrionales Семейство Desulfovibrionaceae Роды Desulfovibrio, Bilophila, Lawsonia Семейство Desulfomicrobiaceae Род Desulfomicrobium Семейство Desulfohalobiaceae Роды Desulfohalobium, Desulfonatronovibrio, Desulfothermus Семейство Desulfonatronumaceae Род Desulfonatronum Порядок Desulfobacterales Семейство Desulfobacteraceae Роды Desulfobacter, Desulfobacterium, Desulfobacula, Desulfobotulus, Desulfocella, Desulfococcus, Desulfofaba, Desulfofrigus, Desulfonema, Desulfosarcina, Desulfospira, Desulfotignum Семейство Desulfobulbaceae Роды Desulfobulbus, Desulfocapsa, Desulfofustis, Desulforhopalus, Desulfotalea Семейство Nitrospinaceae Род Nitrospina Порядок Desulfarcales Семейство Desulfarculaceae Род Desulfarculus Порядок Desulfuromonales Семейство Desulfuromonaceae Роды Desulfuromonas, Desulfuromusa, Malonomonas, Pelobacter Семейство Geobacteraceae Роды Geobacter, Trichlorobacter Порядок Syntrophobacterales