Гони́дии (от — рождение, потомство и — уменьшительный суффикс): Гонидии лишайников — зелёные или синезелёные одноклеточные водоросли, входящие в состав тела лишайников. Гонидии бактерий — клетки, отделяющиеся от нитчатых бактерий для их размножения; бывают подвижными и неподвижными. Гонидии водорослей — мелкие шарообразные клетки, отделяющиеся от синезелёных водорослей () для их размножения, а также клетки распавшегося тела водоросли во время размножения; неподвижны.
Наименование «гонидия» применялось в прошлом и в других случаях: для тетраспор красных водорослей (флоридеевые водоросли), иногда для зооспор водорослей и особенно часто в смысле, равнозначащем конидии. Подобное употребление термина теперь устарело.