Bacteroidetes — отдел грамотрицательных неспорообразующих анаэробных палочковидных бактерий, широко распространённых в окружающей среде, включая почву, ил, морскую воду, а также желудочно-кишечный тракт и кожу животных.
На настоящий момент наиболее изучены бактерии, принадлежащие к классу Bacteroidia, включающему род Bacteroides (организмы, многочисленные в экскрементах теплокровных животных, включая человека) и Porphyromonas (организмы, обитающие в ротовой полости человека).
Бактерии, входящие в род Bacteroides, являются оппортунистическими патогенами. Члены двух других классов редко являются причиной заболевания у человека.
Биологическое влияние По данным систематического обзора доклинических исследований на грызунах, тип Bacteroidetes показал отрицательную связь с уровнем BDNF в гиппокампе, при этом изменения его численности нередко происходили в направлении, противоположном изменениям типа Firmicutes. Bacteroidetes наиболее многочисленны после рождения и снижаются в подростковом возрасте.
Систематика Отдел Bacteroidetes иногда группируют вместе с Chlorobi, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, Caldithrix и Морской группой A в группу FCB или надотделGupta R. S. and Lorenzini E. (2007). Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the Bacteroidetes and Chlorobi species" BMC Evolutionary Biology 7:71. . По альтернативной системе классификации, предложенной Кавалир-Смитом, этот таксон помещается в класс отдела Sphingobacteria.
Родство отделов Bacteroidetes, Chlorobi и Fibrobacteres Виды отделов Bacteroidetes и Chlorobi располагаются очень близко на филогенетических деревьях, указывая на близкое родство. Используя сравнительный генетический анализ, были определены три белка, которые имеются только у отделов Bacteroidetes и Chlorobi. Также были обнаружены консервативные таксонспецифичные инделы, подтверждающие общее происхождение этих двух отделовGupta, R. S. (2004). The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes. Critical Reviews in Microbiology. 30: 123-140. .. В дополнение к этому, было показано, что отдел Fibrobacteres является родственным данным двум отделам. Существование клады, состоящей из этих трёх отделов хорошо подтверждается филогенетическим анализом, основанном на последовательности нескольких различных белков. Эти отделы ответвляются от филогенетического дерева примерно в одной и той же позицииGriffiths E, Gupta RS. (2001) The use of signature sequences in different proteins to determine the relative branching order of bacterial divisions: evidence that Fibrobacter diverged at a similar time to Chlamydia and the Cytophaga- Flavobacterium-Bacteroides division" Microbiology147:2611-22.. И, наконец, наиболее весомыми доводами в пользу родственных связей являются два консервативных таксонспецифичных индела: в RpoC (бета-субъединице РНК-полимеразы) и серин гидроксиметилтрансферазе, а также один специфичный белок PG00081, которые разделяют все бактерии из этих трёх отделов.
Семейства На май 2015 года в отдел Bacteroidetes включают следующие таксоны до семейства включительно: Класс Порядок Семейство Семейство Семейство Семейство Семейство Класс Порядок Семейство Семейство Семейство Семейство Семейство Семейство Класс Порядок Семейство Семейство Семейство Семейство Класс Порядок Семейство Семейство Семейство
Геномика Сравнительный генетический анализ привёл к идентификации 27 белков, присутствующих у большинства организмов отдела Bacteroidetes. Из них один белок был найден во всех секвестрированных геномах, в то время как ещё два — во всех, кроме бактерий рода Bacteroides. Отсутствие этих двух белков в данном роде скорее всего является результатом селективной потери. Кроме того, были найдены ещё четыре белка, присутствующие во всех видах Bacteroidetes кроме Cytophaga hutchinsonii (опять-таки благодаря выборочной потере генов). Ещё восемь белков присутствуют во всех секвестрированных геномах sequenced Bacteroidetes кроме Salinibacter ruber. Отсутствие этих белков может быть связано либо, опять-таки, с выборочной потерей, либо, поскольку S. ruber ответвляется от остального родословного дерева группы очень рано, эти белки могли появиться уже после отделения S. ruber. Был также найден консервативный таксонспецифичный индел (вставка или делеция) («сonserved signature indel», CSIs) для этой группы бактерий: делеция трёх аминокислот в шапероне ClpB присутствует во всех видах отдела Bacteroidetes, кроме S. ruber. Эта делеция также найдена в одном из видов Chlorobi и одном виде архей, по всей видимости попав туда в результате горизонтального переноса генов. Эти 27 белков и делеция трёх аминокислот служат молекулярными маркерами для Bacteroidetes.
Филогения Принятая на сегодняшний день таксономия основана на List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature и данным Национального центра биотехнологической информации (NCBI). Филогения основана на анализе последовательностей 16S рРНК в 'The All-Species Living Tree' Project'The All-Species Living Tree' Project..
Примечания к кладограмме: ♠ Штаммы найдены в Национальном центре биотехнологической информации, но не указаны в List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature ♪ Прокариоты, у которых не выделены чистые культуры, т. e. не культивированы или не могут быть поддержаны в культуре более чем несколько пересевов
См. также Систематика эубактерий Chryseobacterium nematophagum
Примечания
Ссылки Phylogenomics and Evolutionary Studies on Bacteriodetes, Chlorobi and Fibrobacteres Species Bacterial (Prokaryotic) Phylogeny Webpage.
Категория:Типы бактерий