náhľad|Pražský železničný uzol s priľahlými stanicami, stav 2010 (slabo zakreslené sú zrušené trate) Praha je aj najvýznamnejší železničný uzol osobnej železničnej dopravy v Česku. Je prirodzeným centrom nielen diaľkovej dopravy, ale aj prímestskej, na hlavných tratiach intervalovej. Do budúcnosti sa pripravuje významné zvýšenie úlohy železnice v mestskej a prímestskej osobnej doprave. Nákladná železničná doprava bola z Prahy od prvej polovice dvadsiateho storočia postupne vytláčaná na okraj mesta a v dôsledku útlmu nákladnej železničnej dopravy sú prevádzka a rozsah nákladových staníc obmedzované. Pražský železničný uzol prechádza prestavbou, ktorá má umožniť prepojenie najvýznamnejších pražských staníc a zvýšenie dopravnej kapacity tratí v centre Prahy.
Srdce železničného uzla v súčasnosti 500px|Pohľad z vrchu Vítkov Hlavná stanica (od 1871) Bývalá Vítkovská trať (1872-2008), dnes cyklotrasa (od 2010) Zrušená Hrabovská spojka (1872-2005) Estakáda Nového spojenia (od 2008) Trať 011 (od 1845), úsek Praha Masarykovo nádraží - Praha-Libeň Masarykovo nádraží (od 1845) Negrelliho viadukt (od 1850) Autobusová stanica Florenc Karlínsky spojovací viadukt (od 1871) Premostenie Masarykova nádraží (od 1978), súčasť Severojužnej magistrály Miesto, kde stálo Nádraží Praha-Těšnov (v prevádzke 1875-1972, zastrelené 1985)
Ukončenie prvých, samostatných dráh náhľad|Stanica Praha-Dejvice. V týchto miestach bola od roku 1830 prvá Železničná stanica na území dnešnej Prahy: stanica Bruska Lanské koněspřežky. Prvou železnicou na dnešnom území Prahy bola Lánská koněspřežka, ktorú od roku 1830 prevádzkovala Pražská železničná spoločnosť z Brusky (blízko dnešnej stanice Praha-Dejvice). Pôvodne mala pokračovať z Kladna cez krivoklátske lesy do Plzne, z čoho zišlo. V rokoch 1863-1868 ju Buštěhradská dráha prestavala na normálny rozchod a parnú prevádzku a predĺžila do Bubnov, kde bola napojená na štátnu dráhu. K Prahe boli Holešovice-Bubny pripojené roku 1884. Zoštátnená bola Buštěhradská dráha roku 1923.
Roku 1845 c. k. Severná štátna dráha priviedla do Prahy na dnešné Masarykovo nádraží trať z Olomouca (nadväzujúcu tu na Severnú dráhu cisára Ferdinanda z Viedne). Štátna dráha bola od 1. júna 1850 predĺžená z tej istej pražskej stanice (úvraťou) cez Negrelliho viadukt do Podmokiel (dnešný Děčín) a Drážďan. Pražskou štátnou stanicou prechádzali približne v miestach dnešného premostenia mestské hradby s uzamykateľnými bránami. Dnešné Masarykovo nádraží bolo prvou železničnou stanicou v Prahe. Roku 1871 Karlínsky spojovací viadukt umožnil priamy tranzit Prahou bez úvraťového vjazdu na stanicu.
Roku 1862 uviedla do prevádzky rovnomenná spoločnosť Česká západní dráha z bavorského Brodu nad Lesy (Furth im Wald) cez Plzeň na tzv. Nádraží Praha (dnešné nádražie Praha-Smíchov). V čase prepojenia pražských nádraží roku 1872 tu tá istá spoločnosť vybudovala aj nákladné nádražie, nazývané Společné. Hoci tomu pôvodný názov stanice nenasvedčuje, Smíchov bol pripojený k Prahe až v roku 1922.
14. decembra 1871 započali prevádzku Dráhy cisára Františka Jozefa z Prahy (nádražie Františka Jozefa, dnešná Hlavná stanica) do Benešova, Tábora a Viedne.
Roku 1872 v blízkosti stanice Dráhy cisára Františka Jozefa bola na samostatnej stanici ukončená Turnovsko-kralupsko-pražská dráha. Obe stanice postupne splynuli, roku 1909 prešlo nádražie Františka Jozefa prestavbou.
Pražský železničný uzol náhľad|Vyšehradský železničný most, ktorý bol postavený ako súčasť Pražskej spojovacej dráhy sprevádzkovanej v roku 1872, by mohol byť symbolom vzniku pražského železničného uzla, prepojenie pražských nádraží. Terajší most pochádza však z roku 1901. Roku 1872 bola uvedená do prevádzky Pražská spojovací dráha v trase Smíchov - Praha (dnešná hlavná stanica). Toho istého roku bola vybudovaná hrabovská spojka, predĺženie Budějovickej dráhy na Hrabovku, kde sa v zhlaví dnešného Masarykovho nádraží napájal na štátnu dráhu. Tým bolo prepojené nádražie štyroch rôznych železničných spoločností. Roku 1882 bol otvorený aj spojovací oblúk od Smíchova (Vyšehradu) smerom k Benešovu. V priebehu druhej svetovej vojny bola trať z hlavnej stanice na Smíchov zdvojkoľajnená a bol vybudovaný druhý Vinohradský tunel a prestavané smíchovske nádražie.
Roku 1872 vyústila do Smíchovského nákladového nádražia trať z Hostivic, ktorá bola odbočkou Buštěhradskej dráhy.
Roku 1873 vyústila do Smíchovského nákladového nádražia trať zo Slaného, ktorú vybudovala Pražsko-duchcovská dráha.
Roku 1873 Rakúska severozápadná dráha zaviedla na provizórne nádražie na Rohanskom ostrove trať z Lysej nad Labem, tá bola roku 1875 predĺžená až na Severozápadne nádražie s veľkolepou odbavovacou budovou. Pôvodne súkromná Rakúska severozápadná dráha bola zoštátnená roku 1908. Prevádzka na trati z Vysočan cez libeňskú dolnú stanicu na Těšnov bola ukončená roku 1972, nákladná trať z Vysočan na Rohanský ostrov bola zrušená roku 1984.
Roku 1882 České obchodní dráhy uviedli do prevádzky miestnu dráhu Nusle-Modřany prevažne pre potreby modřanského cukrovaru. Trať bola roku 1897 predĺžená do Dobříša, roku 1905 bola dostavaná odbočka do Jílového u Prahy, ktorá sa tu napojila na už existujúcu trať z Čerčan. Táto trať sa ľudovo nazývala Posázavský Pacifik. Roku 1926 bola trať v Modřanech preložená a roku 1930 bol v rámci preložky zrušený tunel pod Bohdalcem, v roku 1960 bola preložená časť trate v úseku Vršovice - Krč, 15. augusta 1960 bola zrušená zastávka Praha-Spořilov, ktorá bola zriadená 19. mája 1934. V roku 1991 bol preložený úsek v Modřanech v súvislosti s výstavbou električkovej trate a pre osobnú dopravu bola namiesto doterajšej stanice Praha-Modřany zriadená zastávka Praha-Modřany zastávka.
Roku 1898 bola uvedená do prevádzky vlečka podolskej cementárne a niekoľko rokov slúžila aj pre potreby osobnej dopravy. Zrušená bola roku 1945.
Prestavba železničného uzla náhľad|Viadukt v Malešiciach pozdĺž ulice Pod Táborem. Táto trať, spájajúca stanice Malešice s nákladovým nádražím Žižkov, bola sprevádzkovaná v roku 1936. Po Prvej svetovej vojne sa začala obchvatom koncepčne oddeľovať nákladná doprava od osobnej dopravy, ako navrhovala Pražská staničná komisia už roku 1910. Roku 1910 z Buben bola zavedená nákladná trať do nákladiska Holešovice-Vltava (dnešný holešovický prístav). V rokoch 1917-1919 bola zriadená prvá časť zoraďovacieho nádražia Vršovice. Roku 1919 bola dokončená nákladná trať Vršovice - Malešice - Libeň štátnej stanice (pôvodne Libeň, dnes Praha-Libeň) s tunelom pod vrchom Tábor (do roku 1939 v časti zdvojkoľajnená), roku 1936 nákladná trať Malešice - Žižkov nákladné nádražie a roku 1941 trať Malešice - Běchovice. V rokoch 1949-1957 boli po trati Hostivař - Praha-Libeň hornej stanice (dnes Praha-Libeň) vedené aj osobné robotnícke vlaky. Roku 1964 bola dokončená tangenciálna trať (železničná južná spojka) Radotín - Krč - Vršovice vrátane chuchelského tzv. Mostu inteligencie. Juhozápadná časť obchvatu, ktorá mala spájať Jinonice tunelom cez Hlubočepy so železničnou južnou spojkou, ani trať Dejvice-Holešovice v severnej časti mesta neboli nikdy realizované.
Roku 1926 bola vybudovaná spojka medzi pražsko-turnovskou dráhou a štátnou dráhou, Vítkov - Libeň horná stanica (dnes Praha-Libeň).
Niektoré spojovacie trate boli elektrizované v roku 1928. V roku 1962 bolo zmenené trakčné napätie pražských železníc z 1,5 kV na 3 kV.
Roku 1959 uzavrelo hlavné mesto Praha dohodu s ministerstvom dopravy o prestavbe železničného uzla, v rámci ktorej mali byť uvolnené plochy v obvode staníc Masarykovo nádraží, Bubny a Tešnov, ktoré bránili rozvoju mesta. Uznesenie vlády č. 928/1960 z 12. októbra 1960 túto koncepciu potvrdilo. Osobná doprava sa mala sústrediť na hlavnej stanici, kde mala byť maximálne urýchlená prevádzka. Odstavovanie a servisné činnosti mali byť sústredené do odstavných nádraží Sever a Juh. Pokračovalo sa tiež v budovaní obchvatu pre nákladnú dopravu, tá mala byť zvedená do jednej hlavnej zoraďovacej stanici vo Vršoviciach.
náhľad|Prestavba hlavnej železničnej trati, vedúcej z Prahy na východ Česka, neďaleko Žižkova.
V rokoch 1961-1999 bola vybudovaná odstavná stanica Praha-juh. Je komplexom zariadenia pre zabezpečenie prevádzkového servisu, čistenia, údržby a vystrojenie vlakových súprav osobnej železničnej dopravy. Hlavná časť bola dokončená v decembri 1971, v rokoch 1978-1982 bolo vybudované 150 m široké premostenie Botiča. Roku 1971 bolo odstavné nádražie juh prepojené s vršovickou stanicou, roku 1998 bolo dokončené obojstranné napojenie spojky do Vršovickej trate. Hoci sa v pôvodných plánoch počítalo so zvedením všetkej nákladnej dopravy na vršovické zoraďovacie nádražie, v roku 2000 sa z dôvodu útlmu nákladnej železničnej dopravy naopak rozhodlo o jeho zrušení. Odstavná stanica Praha-sever, ktorej výstavba bola plánovaná najskôr do Libně, neskôr do Běchovice, nebola nikdy zriadená. Vo Vysočanoch však bolo vybudované v roku 1965 odovzdávacia stanica Praha-východ v centre novej sústavy vlečiek ČKD a ďalších podnikov.
Roku 1972 bola ukončená prevádzka na trati Praha-Vysočany - Praha-Libeň dolná stanica - Praha-Tešnov, roku 1984 i na nákladnej trati z Vysočan na Rohanský ostrov. Roku 1978 bola dokončená prestavba Libeňskej hornej stanice (dnes Praha-Libeň). Roku 1979 bola do Libeňskej stanice zaústená jednokoľajová spojka zo stanice Praha-Vysočany a roku 1980 Holešovická preložka z odbočky Stromovka na trati Praha - Děčín cez nové nádražie Praha-Holešovice, na ktorú boli napojené aj koľajiska holešovického prístavu (pôvodne napojené z nádražia Bubny).
V roku 1994 boli na hlavnej stanici uvedené do prevádzky ďalšie tri nástupišťa. Prestavba severného (východného) zhlavia hlavnej stanice bola dokončená v roku 2005.
Nové spojenie náhľad|Masarykovo nádraží a stavba mosta Nového spojenia v pohľade z úbočia Vítkova Takzvané Nové spojenie, budované v rokoch 2004-2010, má na hlavnú a Masarykovo nádraží napojiť všetky trate od severu a severovýchodu. Jeho súčasťou sú dvojkoľajná trať medzi Balabenkou (smermi od Vysočian a Holešovíc) a Libne, dve nové dvojkoľajné trate medzi Balabenkou a hlavnou stanicou, zachovanie dvojkoľajnej trate medzi Libňou a Masarykovou stanicou na severnom úpätí Vítkova a spojky medzi dvoma traťami na hlavnú stanicu a pôvodnej trate na Masarykovu stanicu.
V decembri 2005 bola zrušená jednokoľajová hrabovská spojka na severozápadnej strane kopca, ktorá neumožňovala prejazd niektorých súprav z dôvodu sklonových pomerov, a v septembri 2008 bola zrušená jednokoľajová vítkovská trať (na južnej strane Vítkova, s krátkym tunelom), ktorá nevyhovovala zo smerových dôvodov, bola k rovnakému dátumu Vítkovská trať zrušená. Na jej mieste bola vybudovaná cyklotrasa "Staré spojenie".
Európske železničné koridory a nové zámery Prahou prechádzajú budované európske železničné koridory. I. koridor prechádza od Děčína k Břeclavi, III. koridor prichádza k Prahe od Plzne, IV. koridor od Českých Budějovíc, uvažuje sa aj oV. koridore z Prahy do Liberca.
Do roku 2015 sa počíta s napojením ruzyňského letiska modernizáciou Buštěhradskej dráhy a vybudovaním odbočky cez Dlouhou míli. Tento zámer sa oneskoril kvôli odporu Prahy 6 proti modernizácii železnice a tiež diskusii, či dopravu k letisku namiesto tejto rýchlodráhy nezaistí predĺžená trasa metra A alebo B, prípadne či budú vykonávať obe stavby súbežne.
V rámci modernizácie III. koridoru má byť vybudovaný tunel z Prahy do Berouna (ako 1. etapa vysokorýchlostnej trate Praha-Plzeň), s realizáciou sa ráta do roku 2016.