Vojnové zločiny na území Slovenska počas druhej svetovej vojny boli previnenia proti vojnovému právu postihnuteľné podľa medzinárodného (trestného) práva ako je zaobchádzania so zajatcami a podrobenými civilistami (mučenie, vraždenie), ktoré boli spáchané v rokoch 19391945 na území dnešného Slovenska.
V týchto rokoch patrilo územie dnešného Slovenska v prevažnej miere trom štátnym útvarom – Slovenskému štátu a južná a východná časť krajiny bola obsadená Horthyovským Maďarskom. Menšie regióny ako Petržalka a Devín pripadli Nacistickému Nemecku. Územie na pravom brehu Váhu – tzv. Nemecká ochranná zóna alebo tiež Schutzzone boli pod čiastočnou nemeckou kontrolou. Až do aktivizácie partizánskeho hnutia v roku 1944 zostávalo územie Slovenska mimo hlavného vojnového diania druhej svetovej vojny.
K početným obetiam na životoch došlo už v tomto období v dôsledku štátom legalizovaného vysídlenia a následnej likvidácie židovského obyvateľstva (zločiny proti ľudskosti) ako na území vojnovej Slovenskej republiky, tak na južných a východných územiach Slovenska obsadených v dôsledku Viedenskej arbitráže Horthyovským Maďarskom. Medzi 25. marcom a 20. októbrom 1942 bolo zo Slovenska deportovaných 57 628 židovských osôb do nemeckých koncentračných táborv, počet preživších sa udáva medzi 280800 osobami. Presný počet židovských obetí z južného Slovenska obsadeného Horthyovským Maďarskom nie je doteraz zmapovaný. Tieto zločiny proti zločiny proti ľudskosti ale nespadajú do kategórie vojnových zločinov.
Od leta 1944 počas partizánskych akcií, pri následnom vpáde nacistických jednotiek na územie vojnovej Slovenskej republiky a po vypuknutí Slovenského národného povstania došlo na tomto území k radu vojnových zločinov spáchaných partizánmi, povstalcami.
Následne sa nemecké velenie na potlačenie partizánskej vojny rozhodlo použiť všetky dostupné, aj tie najbrutálnejšie opatrenia. Už elaborát o zločinoch proti ľudskosti vypracovaný v rokoch 19461947 pri príležitosti procesu s Jozefom Tisom konštatuje na základe správ exhumačných komisií a veliteľstiev Národnej Bezpečnosti 176 hromadných hrobov s 3 723 obeťami na území vojnovej Slovenskej republiky, čo nezahŕňa obete odvlečené a zavraždené v táboroch mimo územia Slovenska. V súčasnosti je známych 211 hromadných hrobov s 5 305 obeťami, Po vypuknutí SNP sa obnovili aj deportácie židovského obyvateľstva, tentoraz plne v nemeckej réžii, kde počet deportovaných sa odhaduje na 13 500 a počet obetí na 10 000.
Viaceré ďalšie vojnové zločiny sa udiali pri prechode sovietskej Červenej armády Slovenskom, prípadne krátko po skončení vojny. Špecifickým sovietskym vojnovvým zločinom bolo odvliekanie civilistov z obsadených území na nútené práce do gulagov. Deportácie boli schválené najvyššími sovietskymi miestami v septembri 1944 a slúžili na nahrádzanie pracovných síl stratených v Sovietskom zväze vo vojne. Väčšina deportovaných československých občanov bola poslaná do táborov nútených prác na Donbase a Kaukaze, kde väzni pracovali na stavbách, v priemysle, v baniach a v lesoch. Červená armáda resp. NKVD vykonávali jednak hromadné internácie, pri ktorých slúžil ako zámienka krátkodobý výkon prác (napr. stavebných), pri individuálnej internácii bola obeť zvyčajne predvolaná na krátky výsluch. Múzeum obetí komunizmu vypracovalo menný zoznam 12 870 zavlečených,, z toho minimálne 2 359 žien, publikácia „Zločiny komunizmu“ uvádza okrem iného mená 528 občanov, ktorí v Sovietskom zväze umreli.
Pri leteckých náletoch prišlo podľa hrubých odhadov na území dnešnej Slovenskej republiky o život 7- až 8-tisíc civilistov. Spomedzi náletov (Spišská Nová Ves, Košice, Bratislava, Dubnica nad Váhom, Dubová, Vrútky, Malacky-Nový Dvor, Komárno, Nové Zámky, Ružomberok, Medveďov, Devínska Nová Ves, Prešov, Sládkovičovo, Nitra, Rača) len prvé dva (maďarský na Spišskú Novú Ves 24. marca 1939 a údajne sovietsky na Košice 26. júna 1941) prebehli bez formálneho vyhlásenia vojny, ostatné nálety vykonali americké a sovietske vzdušné sily proti primárne vojenským cieľom potom, ako Spojeným štátom americkým a Sovietskemu zväzu vyhlásili Slovenská republika a Maďarské kráľovstvo vojnu ako prvé.
Zločiny spáchané partizánmi a povstaleckou armádou K zločinom začalo dochádzať v lete 1944 pri aktivizácii partizánskeho hnutia a následne pokračovali po vypuknutí Slovenského národného povstania. Išlo najmä o vraždy a útoky na nemecké obyvateľstvo, katolíckych kňazov a predstaviteľov vojnovej Slovenskej republiky. Celkovo si vyžiadali asi 1 500 ľudských životov, pričom seriózny historický výskum tejto problematiky bol dlho tabuizovaný a vykonáva sa len v posledných rokoch. Tieto nevyprovokované akcie sa odohrávali v prevažnej miere iba vo vnútri povstaleckého územia a na rozdiel od neskorších akcií nacistov nemali systematický charakter ani podporu povstaleckého velenia, naopak niektorí povstaleckí či partizánski páchatelia boli za zločiny stíhaní ešte počas povstania povstaleckou justíciou (viď napr. Masaker v Hájnikoch), prípadne samotnými partizánmi (zadržanie a smrť Karla Glýra, člena bandy Petra Myjavského, partizánmi oddielu Hurban). Po potlačení povstania a okupácii Slovenska nemecké okupačné a spravodajské jednotky a slovenské vládne orgány odkrývali a medializovali povstalecké zločiny. Zločiny povstalcov boli propagandisticky využívané a zveličované nielen na Slovensku ale aj v nemeckej a protektorátnej tlači, a to až v takej miere, že napríklad protektorátny štátny minister K. H. Frank protestoval proti uverejňovaniu „nevhodných správ zo Slovenska“ v pražských novinách Der Neue Tag o „20 000 obetiach teroru“, pretože „každý Čech sa tomu patrične poteší“. Dochádzalo k potrestaniu skutočných, alebo údajných páchateľov, čo viedlo aj k propagandistickým akciám, akou bola napríklad verejná poprava Antona Sedláčka v Žiline, a k perzekúcii údajných napomáhačov, ale aj k odplate na úplne nevinnom obyvateľstve. Toto trestanie povstaleckých vojnových zločinov viedlo k novým vojnovým zločinom. Po vojne však už žiadne väčšie vyšetrovanie partizánskych zločinov neprebehlo aj preto, že takéto konanie bolo amnestované československým povojnovým tzv. amnestičným Zákonom č. 115/1946 Zb. z. a n. „O právnosti jednání souvisejících s bojem o znovunabytí svobody Čechú a Slovákú“.
21. augusta až 12. septembra 1944 v katastri obce Sklabiňa v lokalite Dolinka partizáni 1. čs. partizánskej brigády gen. M. R. Štefánika pod velením sovietskeho veliteľa P. A. Velička popravovali civilné osoby, najmä príslušníkov nemeckej menšiny a členov Deutsche Partei, predstaviteľov štátnych inštitúcií, funkcionárov HSĽS, HG, Matice slovenskej, notárov, atď. Celkový počet obetí bol až 149.
27. augusta 1944 partizáni a vojaci po obsadení Ružomberku zastrelili asi sto nemeckých vojakov a zajali 67 príslušníkov Deutsche Partei, ktorých na noc uväznili a na druhý deň ráno spolu s ďalšími asi 20 uväznenými ružomberskými civilmi, ktorých obvinili s kolaborácie s nacistami, odvliekli do priestoru Podsuchá – Biely Potok, kde ich zastrelili. Išlo o prvú masovú vraždu na území Slovenskej republiky. Podľa iných prameňov bolo povraždených 146 osôb. Byty povraždených občanov Ružomberka následne vyrabovaliĎurica M.S.: Dejiny Slovenska a Slovákov. Bratislava: Lúč, 2003. s. 485.
27. a 28. augusta 1944 improvizovaná povstalecká jednotka pod velením Daniela Gondu bojovala v Ľubochni o vilu Andrej obsadenú nemeckými vojakmiostrahou tábora nemeckých detí KLV. Potom, ako sa Nemci vzdali, boli povstalcami zastrelení. Povstalci po boji vyrabovali kúpeľné hotely a vily. Udalosti boli majorom Milošom Veselom a komunistickou historiografiou interpretované ako boj s príslušníkmi SS vo vile Rosa.
28. augusta vojaci martinskej posádky pod velením Cyrila Kuchtu na popud partizánskeho veliteľa Piotra Alexejeviča Veličku pri pokuse o odzbrojenie postrieľali v Martine členov skupiny podplukovníka Otta, ktorých deň predtým zadržali v medzinárodnom rýchliku BukurešťBerlín.
5. septembra partizáni brigády Za slobodu Slovanov popravili v Nemeckej Ľupči 32 príslušníkov nemeckej menšiny.
Od 1. septembra do októbra 1944 v katastri obce Kováčová partizáni partizánskej brigády kpt. Jána Nálepku pod velením komisára Antona Šagáta popravovali civilné osoby, najmä príslušníkov nemeckej menšiny, ukrajinských utečencov a obete udaní. V 4 hroboch sa našlo 20 tiel, z toho 5 žien.
10. septembra 1944 medzi Hornou Mičinou a Banskou Bystricou pri vojenskej strelnici partizáni partizánskej brigády kpt. Jána Nálepku olúpili a zavraždili niekoľko desiatok osôb, údajných nemeckých špiónov. Medzi obeťami bolo 30 príslušníkov nemeckej menšiny z Nitrianskeho Pravna, vrátane riaditeľa tamojšej meštianskej školy Richard Zeisela.
15.19. septembra 1944 sa v Kunerade partizáni 2. slovenskej partizánskej brigády M. R. Štefánika okolo K. K. Popova a politického komisára komunistu Antona Sedláčka dopustili zločinov a vrážd. Tzv. partizánsky „tribunál“ je zodpovedný za smrť 15 až 30 civilistov.
17. septembra medzi osadami Hájniky a Rybáre (súčasť mesta Sliač) partizáni 1. čs. brigády M.R. Štefánika zavraždili 11 ľudí. Bol medzi nimi aj kňaz J. Šalát. Povstalecké orgány prípad, ešte pred potlačením povstania prešetrili, dvaja partizáni a jeden člen miestnej milície boli usvedčení zo zodpovednosti za incident a pre výstrahu popravení. náhľad|vpravo|Pamätník na mieste masového hrobu pri Sklenom.
21. septembra 1944 po obsadení etnicky prevažne nemeckej obce Sklené v oblasti v Hauerland partizánmi počas Slovenského národného povstania bolo zastrelených 187 nemecky hovoriacich mužov. Partizáni patrili k 3. rote, 8. (Leninskému) oddielu 1. československej brigády J. V. Stalina, ktorí konali na základe ústneho rozkazu veliteľa sovietskeho výcvikového dôstojníka, vtedy 27-ročného, Leonida Nikolajeviča Slavkina. Masaker v Sklenom je najväčší z viacerých podobných zločinov proti Karpatským Nemcom v období od konca augusta do konca septembra 1944.
25. - 26. septembra 1944. Podobný masaker sa odohral aj vo Veľkom Poli (spolu 85 mŕtvych) a v Banskej Štiavnici. V polovici septembra 1944 zhromaždili 80 karpatských Nemcov z obcí Veľké Pole a Píla a Janova Lehota do dobytčích vagónov v Hronskej Breznici. Tam ich nechali niekoľko dní zavretých a potom ich dehydratovaných preložili do úzkokoľajných vagónov a zaslali po úzkokoľajnej trati do Banskej Štiavnice. Na starej stanici ich potom v noci z 25. na 26. septembra 1944 strieľali pri vychádzaní z dobytčákov.
12. alebo 13. októbra 1944 bol zavraždených v Ľubietovej šesť dôstojníkov slovenskej armády, ktorí sa v Banskej Bystrici nepridali k SNP.
27. októbra 1944 partizáni oddielu Pobeda brigády Za slobodu Slovanov v osade Magurka nad Nemeckou Ľupčou zastrelili 69 príslušníkov nemeckej menšiny najmä z Kunešova, ktorí sa vracali z nútených prác na stavbe povstaleckého letiska Rohozná domov cez hrebeň Nízkych Tatier.
V okolí Krajného pôsobila v októbri a novembri pseudopartizánska skupina založená Petrom Myjavským, ktorá sa venovala lúpeniu a terorizovaniu obyvateľstva, najmä skrývajúcich sa piešťanských Židov, pričom sa dopustila aj vraždy.
Hroby príslušníkov nemeckej menšiny boli objavené aj v Handlovej (viac ako 80 mŕtvych), v Nitrianskom Pravne (vtedy Nemecké Pravno, nemecky Deutsch-Proben, 30 mŕtvych) a na iných miestach. Celkovo malo byť na území Slovenska viac ako 600 mŕtvych Nemcov, čo bolo predohrou k úteku karpatských Nemcov zo Slovenska.Bundesministerium für Vertriebene, Flüchtlinge und Kriegsgeschädigte, Hg.: Die Vertreibung der deutschen Bevölkerung aus der Tschechoslowakei.
1. januára 1945 nad Pribylinou v Račkovej doline nechal veliteľ 1. čs. partizánskej brigády M. R. Štefánika Piotr Alexejevič Veličko postrieľať 28 maďarských vojakov, ktorí sa prišli pridať k partizánom.