Alternatívne teórie o polohe Veľkej Moravy predpokladajú, že jadro Veľkej Moravy sa nenachádzalo na území súčasnej Moravy a západného Slovenska. Prvý známy pokus o prehodnotenie polohy Veľkej Moravy vykonal ešte 18. storočí slovenský historik, stúpenec slovenského národného hnutia Juraj Sklenár. V 70. rokoch 20. storočia túto tému opäť otvoril americký historik maďarsko-poľského pôvodu Imre Boba, nasledovaný maďarským historikom a politickým aktivistom Pétrom Püspöky-Nagyom a v Maďarsku žijúcim japonským historikom Toru Sengom. V 90. rokoch téma ožila aj mimo maďarského prostredia v dielach amerického historika Charlesa Bowlusa a nemeckého historika Martina Eggersa, vďaka ktorým sa tieto pôvodne okrajové teórie dostali aj do renomovaných edičných rád a stali sa predmetom diskusie v odborných časopisoch. Tieto teórie väčšina stredoeurópskych historikov odmietla.
Veľká Morava v Sirmiu (Juraj Sklenár) náhľad|Titulná strana práce Juraja Sklenára Vetustissumus magnae Moravie situs et primus in eam Hungarorum ingressus et incursus (1784) V roku 1784 Juraj Sklenár publikoval svoje najvýznamnejšie dielo Vetustissumus magnae Moravie situs et primus in eam Hungarorum ingressus et incursus [Najstaršia poloha Veľkej Moravy a prvý vpád a vstup Maďarov do nej]. Svoju prácu napísal v období začínajúceho sa formovania moderného slovenského národa (17801848), keď vznikali prvé práce o dejinách Slovákov, ale ich vzťah k veľkomoravskej histórii nebol celkom jednoznačný. Okrem hľadania počiatkov vlastných národných dejín nieslo veľkomoravské dedičstvo aj pejoratívny podtón, keď boli Slováci v rámci maďarských legiend vykresľovaní ako potomkovia ľudu Svätopluka, ktorý podľa povesti nerozumne vymenil svoju krajinu za bieleho koňa a tá tak prešla do vlastníctva Maďarov. Zároveň už prebehli prvé pokusy spochybniť politickú rovnoprávnosť Slovákov, ktorí mali byť údajne podriadení víťazným Maďarom. V týchto podmienkach sa Sklenár pokúsil prehodnotiť tradičný pohľad na polohu Veľkej Moravy, pričom jeho práca mala výrazný národno-obranný charakter, čo ovplyvnilo aj jeho vedeckú objektivitu. V práci sa vyskytujú mnohé prvky a argumenty, aké použili autori podobných teórií o 200 rokov neskôr. Sklenár stotožňuje (Veľko) Moravanov so Slovanmi, ktorí sa pôvodne usadili pri rieke Morava v Mézii, dnešnom Bulharsku. Argumentuje pritom dielom Konštantína Porfyrogeneta De Administrando Imperio [O spravovaní ríše] (945959), ktorý Veľkú Moravu umiestnil medzi Trajánov most, Sirmium (dnešná Sremska Mitrovica v Srbsku) a Belehrad.
Ďalej sa odvoláva na ruského kronikára Nestora, ako aj franské zdroje (napr. posolstvo cisára Arnulfa aby Bulhari Moravanom nepredávali soľ) a zvyklosťami pasovských biskupov. Pôvodné Mojmírove panstvo sa podľa neho rozprestieralo na juhu v Mézii a Panónii. Niekde na hranici Mézie a Panónie sa nachádzala aj Pribinova Nitra (Nitrava), ktorá nebola totožná s uhorskou Nitrou. Z tejto južnej Nitravy vyhnal Mojmír Pribinu, ktorý následne prekročil Sávu a usadil sa v dolnej Panónii. Ťažko popierateľnú príslušnosť územia (českej) Moravy a dnešného Slovenska k Veľkej Morave vysvetľuje Sklenár neskoršími územnými expanziami. Veľká Morava sa najprv rozšírila do celej Panónie a Dácie (dnešného Sedmohradska). Potom Svätopluk pripojil územie medzi Tisou a Hronom obývané v danom čase údajne Jazygmi v ktorých slovanskú etnicitu Sklenár veril. Od Čechov následne dobyl aj Ponitre a Považie. Uhorská Nitra prijala kresťanstvo až za Svätopluka a podľa neho teda nemá nič spoločné s južnou Pribinovou Nitrou, v ktorej bolo v čase Veľkej Moravy zriadené biskupstvo (Sklenár argumentuje listom bavorských biskupov, v ktorých sa spomínajú pohanské kmene, ktoré si Svätopluk podrobil). V roku 890 boli k Veľkej Moravy pripojené aj Čechy. Až po týchto územných výbojoch sa prenáša názov Veľká Morava aj severne od Dunaja a podrobené obyvateľstvo prijíma meno Moravania. Vďaka tejto interpretácii mohol Sklenár umiestniť boje medzi Moravanmi a Maďarmi na juh a územie severne od Dunaja nebolo Maďarmi podmanené. Slováci tak zostali Maďarmi nepodrobení, čo zapadalo do jeho národno-obrannej koncepcie. Naopak, na bezpečné územie dnešného Slovenska ušli zvyšky Moravanov z juhu, ale to, že by Slováci boli pozostatkami Moravanov rázne poprel.
Sklenárovu teóriu napadol popredný maďarský historik István Katona, čím sa začala jedna z najrozsiahlejších vedeckých polemík 18. storočia v Uhorsku. Spor so záujmom sledovali aj v Čechách a na Morave. Podstata sporu bola dobre známa významným slavistom ako bol Josef Dobrovský alebo Pavol Jozef Šafárik, ale Sklenárove tézy nenašli medzi slovenskými, českými ani maďarskými historikmi dostatočnú oporu. Ešte v roku 1820 publikoval podobnú teóriu ako Sklenár Friedrich Blumenerger. Veľkú Moravu umiestnil do Panónie na hranice s Méziou do bulharskej sféry záujmov. Tieto názory zostali izolované, pretože staršia histografia umiestňovala Veľkú Moravu jednoznačne severne od Dunaja.
Oživenie teórie o južnej Morave (Imre Boba) V roku 1971 vyšlo dielo Imreho Bobu Moravia's History Reconsidered : A reinterpretation of Medieval Sources, v ktorom sa autor pokúsil spochybniť polohu Veľkej Moravy bez akéhokoľvek odkazu na predošlé Sklenárovo dielo. Ako Boba upozornil, jeho práca bola založená najmä na intepretácii písomných prameňov s minimom odkazov na moderné diela iných autorov. Tieto údajne použil najmä v prípade archeológie a filológie. Boba nepoužil žiadne nové písomné pramene, ale pokúsil sa dať nový význam už známym dokumentom.
Podľa Bobu nie je možné vzťahovať rôzne tvary slov Morava a Moravan na širšie územie, ríšu alebo etnikum, ale iba na užšiu lokalitu – konkrétne mesto alebo hrad, priľahlé územia a ich obyvateľov. Týmto miestom, historickou Moravou (Maravou) bolo kniežatstvo okolo Sirmia (Sriemskej Mitrovice). Toto kniežatsvo bolo podľa neho súčasť väčšej ríše Slavóncov (terra Sclavorum, Sclavinia), ktorá siahala od dalmátskeho pobrežia k Dunaju a Dráve na severe a k Belehradu a Nišu na východe. Pribinovu Nitru umiestnil na „zatiaľ neidentifikované miesto“ v Húnii-Avárii. Podobne ako Sklenár argumentoval zmienkou o polohe Veľkej Moravy od Konštantína Porfyrogeneta, pokúšal sa reinterpretovať aj franské zdroje. Za hlavný dôkaz existencie mesta Morava na juhu však považoval nasledovnú informáciu zo Života Metodovho:
Túto interpretoval doslovne a keďže stredoveká tradícia pripisuje sv. Andronikovi biskupstvo v Sirmiu, považoval ho aj za Metodovo sídlo, totožné s mestom Morava. Svoju hypotézu o umiestnení Metodovho sídla v oblasti Sirmia pôvodne podporil aj interpretáciou nálezu ranostredovekého kostola v Mačvanskej Mitrovici z roku 1966. Jeho tvrdenie však okamžite odmietol juhoslovanský archeológ V. Popović, ktorý na mieste vykonával výskum a kostol datoval až do 11. storočia. Ako upozornili viacerí historici, ani predpoklad, že Metodova titulárna hodnosť musí odrážať miesto jeho kostola alebo rezidencie nebol celkom správny. Aj v súčasnosti je zvykom udeliť biskupovi alebo arcibiskupovi, ktorý nie je menovaný ku konkrétnemu kostolu, titul zaniknutého biskupstva alebo arcibiskupstva.
Archeologický komplex v údolí Moravy bol podľa Bobu iba rozšírením civilizácie panónskych Avarov z deviateho storočia.V čase publikovania Bobovej práce už boli známe viaceré významné archeologické nálezy z Česko-Slovenska. Systematický výskum Mikulčíc začal ešte v 50. rokoch. Nálezy v Pohansku a Mikulčiciach interpretoval ako vojensko-kniežacie sídla utečeneckého typu, bez nadväznosti na korešpondujúce vidiecke osídlenie. Materiálna kultúra tejto civilizácie nemohla byť podľa neho dávaná do súvislosti s okolitým slovanským osídlením a existovala iba ako krátkodobý a izolovaný prejav. To, že by nositelia tejto kultúry mohli hovoriť slovanským jazykom nevylúčil, ale pripustil to ako pokročilý stupeň avarsko-slovanskej symbiózy, pričom ich kultúra údajne odrážala kočovnícky spôsob života. Jediné jasné väzby tejto kultúry existovali na avarsko-byzantínsku kultúru Panónie a kočovnícke civilizácie východnej Európy.
Kriticky sa postavil aj k filologickým dôkazom umiestnenia jadra Veľkej Moravy severne od Dunaja. Prítomnosť západoslovanských prvkov (tzv. veľkomoravizmov niekedy označovaných ako moravizmy alebo dokonca bohemizmy) v písomných pamiatkach spochybnil a považoval ju za nedostatočne preukázanú. Podľa Bobu nie sú žiadne dôkazy o existencii fonetických, gramatických alebo lexikálnych „moravizmov“ v hlaholských textoch. Naopak, všetky v nich prítomné zvláštnosti majú paralely v macedónskych, srbských, chorvátskych alebo slovinských dialektoch.
Dve Moravy (Péter Püspöky-Nagy, Toru Senga) Teóriu o južnom umiestnení Veľkej Moravy koncom 70. rokov rozvinul Péter Püspöky-Nagy, podľa ktorého existovali dve Moravy. Centrum „Veľkej“ Moravy hľadal podobne ako Sklenár a Boba v Sirmiu. Na juhu údajne siahala k srbskej rieke Morave a na severe zaberala južnú časť priestoru medzi Dunajom a Tisou. „Malá“ Morava bola totožná s Moravou v dnešnom Česku a neskôr bola Svätoplukom pripojená k „Veľkej Morave“. Podobné názory prezentoval aj významný maďarský historik Gyula Kristó, ktorý rozlišoval medzi severnou (nepokrstenou) a južnou (pokrstnenou) Moravou.
Toru Senga v roku 1983 navrhol rozlišovať medzi Moravou (Morabia) a Veľkou Moravou (Megalé Morabia). Jadro Megalé Morabie umiestnil priamo do maďarskej pusty medzi Dunaj a Tisu, Morabiu stotožňoval s českou Moravou (prípadne aj s Ponitrím). Ich spojenie opäť súviselo so Svätoplukovými výbojmi. Jedným zo slabých miest teórie je veľmi riedke osídlenie tohoto územia v danom čase, ktoré tak mohlo iba ťažko poskytnúť dostatočný hospodársky potenciál na následnú rozsiahlu expanziu.
Morava v Bosne a uhorskej puste (Martin Eggers) V roku 1995 publikoval nemecký historik Martin Eggers svoju pôvodne dizertačnú prácu Das „Großmährische Reich“ Realität oder Fiktion? [„Veľkomoravská ríša“ – skutočnosť alebo fikcia?]. Podľa Eggersa Avari aj po rozpade kaganátu zohrávali dôležitú úlohu na územiach severne od Dunaja, ale pod inými menami. Nálezy na Morave prisudzuje podobne ako Boba etnickej skupine s avarskou tradíciou. Dnešné Slovensko malo byť v 9. storočí obývané „zvyškovými skupinami Avarov“ (Vulgarii – Bulhari),Toto územie Avarov/Bulharov na Slovensku údajne siahalo na západe od Malých Karpát až do oblasti východného Slovenska a od Dunaja až po územia Visľanov v Poľsku. S Eggersovou Moravou zdieľalo hranicu prechádzajúcu dnešným severným Maďarskom blízko slovenských hraníc, od ohybu Dunaja na juh v oblasti Kismaros smerom na východ. Pozri Karte 18: Die Großreichsbildung unter Sventopulk und seine Entwicklung 870 – 894. pričom Pribinova Nitra nemusela byť totožná so slovenskou.
Po páde Avarského kaganátu sa na východe Karpatskej kotliny usídlil kmeň Moravanov (Moravljanov) a usadil sa okolo centra nazvaného Morava (Marosvár, dnešný Čanád). Títo Moravania chránili Franskú ríšu pred útokmi z východu a pod jej ochranu vybudovali vlastné panstvo. Ich vládcovia, Mojmír a Rastislav, pochádzali z rovnakého bosniansko-slavónskeho rodu ako Svätopluk a s ďalšími južnými Slovanmi zdieľali aj materiálnu kultúru doloženú náleziskami belobrdského typu. V roku 871 sa k moci v Čanáde dostal Svätopluk, čím sa spojilo bosniansko-slavónske kniežatsvo s moravským. Týmto spôsobom vznikla „Veľkomoravská“ ríša, ktorá však pretrvala iba jednu generáciu. Svätoplukov vplyv sa potom rozšíril do Chorvátska (879), ovládol Nitriansko obývané pohanskými Avarmi/Bulharmi (874880), pripojil Panóniu (884) a bol korunovaný za kráľa (885). Od Arnulfa získal darom Čechy (890), ktoré už predtým boli v úzkom zväzku s (českou) Moravou. Až po páde Veľkej Moravy sa prenáša názov Morava na územie v dnešného Česka a šíri sa nesprávne povedomie o jej histórii.