Dejiny Peru je možné rozdeliť na viacero častí. Prvá je predkolumbovská éra, ktorá je v prípade Peru oveľa významnejšia, než pri iných juhoamerických štátoch. Už zhruba 1000 rokov pred Kr. vznikla na území Peru prvá významná indiánska civilizácia, konkrétne kultúra Chavín. Nasledovali ďalšie významné civilizácie ako Moče a Nazca, ktorá je aj v súčasnosti známa pre obrazce na rovnomennej planine, ktoré sú viditeľné iba z veľkej výšky. Aj tieto civilizácie boli vystriedané ďalšími, ktoré indiánsku kultúru ďalej rozvíjali. Po roku 1000 sa v Peru začala vyvíjať najslávnejšia a najsilnejšia indiánska civilizácia v histórii Južnej Ameriky, Ríša Inkov. Táto nemala v oblasti žiadnu konkurenciu a postupne ovládla veľké územie. Jej zánik spôsobil až príchod Španielov, čo znamenalo začiatok druhej éry dejín Peru, španielskeho koloniálneho obdobia, ktorého najvýznamnejším predstaviteľom bol jeden z najznámejších španielskych dobyvateľov Francisco Pizarro. Príchod Európanov spôsobil úplný rozvrat a vydrancovanie indiánskej civilizácie a súčasne úpadok krajiny. V ďalších storočiach Európania indiánov vraždili, zneužívali a potláčali ich kultúru, čím spôsobili smrť miliónov pôvodných obyvateľov Peru. Po stabilizácii nastal rozmach kolónie, ktorý vyvrcholil bojom za nezávislosť Peru na Španielsku. Tento však neviedli ani tak samotní obyvatelia Peru, ale bojovníci za slobodu z Argentíny, Čile, Kolumbie a Venezuely, ktorí nakoniec Španielov porazili, vďaka čomu získalo Peru nezávislosť. Nová republika bola ekonomicky aj spoločensky vyčerpaná, za prezidentov sa presadzovali generáli z vojny za nezávislosť, ktorých hlavným záujmom bolo odolať pokusom o prevrat zo strany konkurenčných generálov. K čiastočnej konsolidácii Peru došlo až po niekoľkých desaťročiach, keď sa ekonomicky vzmohol vďaka vývozu surovín, ktoré umožnili modernizáciu. Prvé obdobie republiky bolo poznačené tiež niekoľkými vojnami, v ktorých sa zväčša Peruáncom veľmi nedarilo. Po druhej vojne s Čile dokonca prišlo Peru o pomerne veľké územie na juhu krajiny bohaté na nerastné suroviny. Na prelome 19. a 20. storočia sa reálne moci ujali bohaté elity tvorené finančníkmi z miest a veľkostatkármi, ktoré rozhodovali o tom, kto bude prezidentom. Ich hegemóniu ukončili v 20. rokoch 20. storočia vlády civilných a vojenských diktátorov, no mnohí z nich boli aj tak pod vplyvom oligarchie. V druhej polovici 20. storočia sa pravidelne striedali demokraticky zvolení prezidenti s vojenskými chuntami a situácia v krajine bola negatívne poznačená činnosťou ľavicových teroristov. Stabilizáciu, ekonomický rast Peru a porážku teroristov priniesla až autoritárska vláda Alberta Fujimoriho v 90. rokoch 20. storočia, ktorá skončila jeho odchodom do exilu po obvineniach z korupcie a porušovania ľudských práv. Po rezignácii Fujimoriho sa vystriedalo viacero prezidentov, vlády všetkých boli poznačené korupčnými škandálmi.
Predkolumbovská éra Počiatky osídlenia thumb|Kultúra Moče vytvorila na území Peru prvý centralizovaný štát. Na obrázku je nádoba v tvare hlavy z tohto obdobia. Prví ľudia osídlili súčasné územie Peru okolo roku 9000 pred Kr. Išlo o lovcov, ktorí postupovali smerom na juh v snahe nájsť nové loviská. Archeologické nálezy dokladajú ľudské pozostatky až z obdobia 7500 rokov pred Kr. Pri ľudských pozostatkoch bolo nájdených aj množstvo nástrojov, ale aj rôzne jaskynné maľby. Postupne sa lovci pretransformovali na lovcov a zberačov, čo bol počiatok snáh o primitívnu formu poľnohospodárstva. Rôznorodosť územia Peru však spôsobovala aj rozličnosť prvých ľudských kultúr, ktoré tu žili.ROEDL, B., 2017, Dějiny Peru a Bilívie. Nakladatelství Lidové noviny, Praha, s. 7 Trvalo zhruba 6 000 rokov, kým sa prvé primitívne kultúry zmenili na pomerne vyspelé. Okolo roku 3500 pred Kr. začali vznikať prvé organizované spoločenstvá, ktoré žili v trvalých osadách a venovali sa poľnohospodárstvu. Už v tejto dobe dokázali miestni obyvatelia využívať umelé zavlažovanie a pestovali rôzne plodiny, napríklad kukuricu, či zemiaky, no súčasne sa snažili o prvú domestikáciu zvierat.ROEDL, B., 2017, Dějiny Peru a Bilívie. Nakladatelství Lidové noviny, Praha, s. 8
Už o tisíc rokov neskôr miestne rybárske komunity dokázali vyrábať vlastné siete na lov rýb. Veľkú úlohu tu malo využívanie a spracovanie bavlny, ktorá sa stala veľmi dôležitým produktom. Už v tejto dobe dokázali komunity stavať kamenné stavby a objavila sa aj hierarchia rozdelenia spoločnosti. K oveľa väčšiemu rozvoju došlo okolo roku 1200 pred Kr. O niekoľko storočí neskôr vznikla kultúra Chavín, ktorá sa stala symbolom tohto rozvoja. Spracovanie keramiky, textílií boli na vysokej úrovni. Centrom tejto kultúry bolo pravdepodobne mesto Chavín de Huántar, ktoré je v súčasnosti významným archeologickým náleziskom. Už v tej dobe sa v tomto meste nachádzali veľké pyramídy a obývalo ho približne 3 000 ľudí. Príčina zániku tejto kultúry je do súčasnosti nejasná. Zaniknutú kultúru Chavín nahradili v období po roku 200 pred Kr. viaceré na sebe nezávislé spoločenstvá, ktoré sa postupne vytvorili po celom území súčasného Peru. Tieto spoločenstvá medzi sebou pravidelne bojovali. Vďaka stovky kilometrov dlhých zavlažovacích kanáloch zaznamenalo veľký rozvoj poľnohospodárstvo. Spoločenstvá, ktoré obývali horské oblasti začali zas budovať veľké terasy. Hlavným spoločenstvom v severnom Peru sa stalo v tomto období Moče, ktoré dostalo pomenovanie podľa rieky a údolia, kde ležalo. Išlo o prvý skutočne hierarchický a centralizovaný štát na území Peru. Tento štát postupne ovládol veľké oblasti v severnom Peru. Už v tomto období začala výstavba cestnej siete, vyspelého zavlažovania a prívodu vody do miest. Stavebná činnosť bola taktiež významná, niektoré pyramídy boli vysoké až 40 metrov a boli bohato zdobené. Aj táto kultúra zanikla z nám neznámych dôvodov a to pravdepodobne v 7. storočí. Vtedajšie hlavné mesto Pampa Grande však nesie stopy násilného zničenia. thumb|left|Jeden z obrazcov na planine Nazca. O niečo mladšou kultúrou bola Nazca. Táto existovala v rovnakom období ako Moče, ale na juhu dnešného Peru. Bola podobne vyspelá ako Moče, no nešlo zrejme o centralizovaný štát, akým Moče bolo. V hlavnom meste Cahuachi bolo až šesť stupňovitých pyramíd, pričom niektoré stoja čiastočne aj v súčasnosti. Nazca mala veľmi vyspelé poľnohospodárstvo a dokázala aj púštne oblasti zmeniť na úrodné polia. Nazca zanikla v 6. storočí pod tlakom vojenskej expanzie iných kultúr. Kultúra Nazca sa najviac preslávila obrazcami na planine Nazca. Ide o viac ako 300 obrazcov, ktoré sú viditeľné až z veľkej výšky, pričom v súčasnosti nie je známy ich presný účel, no predpokladá sa, že slúžili k astronomickým účelom. Boli vytvorené odstránením tmavej pôdy až do hĺbky a vyobrazujú ľudské postavy, zvieratá a rastliny. Časť z týchto obrazcov sa však už pripisuje neskoršej kultúre Huari (zvaná tiež Wari).
V 7. storočí začali zanikať menšie štátne útvary a začali sa tvoriť veľké štáty, ktoré vznikali spojením menších. Hlavnými štátnymi útvarmi tohto obdobia boli Huari a Tiahuanaco. Kultúra Tiahuanaco zasahovala až na územie súčasnej Bolívie, kde sa v súčasnosti nachádza množstvo archeologických nálezísk spojených s touto kultúrou. V hlavnom meste Tiahuanaco žilo okolo roku 500 asi 25 000 až 50 000 obyvateľov. Aj tu sa nachádzali pyramídy, ktoré slúžili na náboženské účely. Častým javom bolo stínanie hláv pri obetovaní, ktoré je typické pre väčšinu indiánskych kultúr v tejto oblasti. Kamenné bloky, ktoré ľudia z kultúry Tiahuanaco využívali pri stavbách chrámov a pomníkov vážili aj 130 ton a museli byť dopravované až zo vzdialenosti . Najväčší rozmach dosiahla táto kultúra okolo roku 500. Podobne, ako iné indiánske civilizácie, aj táto zanikla náhle, približne okolo roku 1000, pravdepodobne z klimatických dôvodov. Druhou významnou kultúrou tohto obdobia bola Huari, tiež nazývaná Wari. Huari susedila s územím kultúry Tiahuanaco. Huari využila zlé klimatické obdobie v 6. storočí a pohltila menšie štáty. Hlavným mestom bolo Huari, ktoré existuje aj v súčasnosti. Už v čase existencie tejto kultúry žilo v tomto meste približne 50 000 ľudí. Hlavné mesto bolo chránené vysokými kamennými hradbami, ktoré od seba dokonca oddeľovali aj jeho jednotlivé štvrte. Nachádzali sa tu dokonca až trojposchodové budovy a vodu sem privádzal akvadukt dlhý až . Huari však bola silno ovplyvňovaná susednou kultúrou Tiahuanaco, od ktorej prevzala množstvo čŕt. Obe krajiny uznávali svoje sféry vplyvu, do ktorých si nezasahovali. Aj kultúra Huari zanikla okolo roku 1000, pravdepodobne z klimatických dôvodov.
Obdobie vojen, rozkvet kultúry indiánov a počiatky Ríše Inkov
thumb|Manco Cápac je považovaný za zakladateľa Inkov. Po roku 1000, kedy došlo k zániku hlavných kultúr daného obdobia, Huari a Tiahuanaco, nastalo obdobie veľkej nestability. Vznikli desiatky malých štátnych útvarov, ktoré medzi sebou bojovali, ale i uzatvárali spojenectvá. Hlavným cieľom častých vojen boli zdroje vody a pôda. Napriek zložitej situácii sa však indiánska kultúra naďalej rozvíjala a dá sa povedať, že v niektorých oblastiach dosiahla svoj vrchol. Významnou kultúrou tohto obdobia bola Sicán. V jej hlavnom meste Batán Grande sa nachádzalo až 12 pyramíd. Táto kultúra skoro zanikla okolo roku 1100 z dôvodu pôsobenia prúdu El Niño, následne sa obyvatelia presunuli, no v roku 1375 boli ovládnutí kultúrou Chimú. Práve kultúra Chimú sa stala dominantnou kultúrou ďalšieho obdobia. Jej územie bolo dlhé približne . Hranicu tejto ríše tvorila hradba vysoká 3 metre, ktorá dosahovala dĺžku od pobrežia Tichého oceánu až k pohoriu Andy. Neskôr však ríša expandovala i za túto hradbu. Hlavným mestom tejto ríše bolo Chan Chan, ktoré bolo chránené až 9 metrov vysokými hradbami. Vodu do tohto mesta privádzal avkadukt dlhý . Kultúra Chimú zanikla až po nápore Ríše Inkov v roku 1472, kedy Inkovia až 10 rokov obliehali hlavné mesto Chan Chan.
Pôvodne boli Inkovia iba jedným z mnohých malých indiánskych spoločenstiev. Obývali oblasť okolo mesta Cusco. Ich počiatky sa datujú do približne 13. storočia. Do oblasti Cusca prišli konkrétne okolo roku 1250. Názov, ktorý toto spoločenstvo v skutočnosti nieslo nie je v súčasnosti známy. Slovo Inka označovalo titul, ktorý patril ich vládcom. Za zakladateľa Inkov a mesta Cusco je považovaný Manco Cápac (známy aj ako Ayar Manco). Prvým panovníkom, ktorý dokázateľne nosil v mene titul Inka bol Inca Roca, ktorý vládol v polovici 14. storočia. Za vlády Pachacúteca (polovica 15. storočia) sa tzv. Kráľovstvo Cusco zmenilo na Ríšu Inkov. V súčasnosti nie je celkom jasné, či na počiatku vládli krajine až dvaja panovníci, alebo iba jeden. Uvažuje sa, že jeden panovník mal vojenskú a hospodársku moc a druhý náboženskú. Vládu nezískaval automaticky najstarší syn panovníka, tento si naopak svojho nástupcu vyberal zo svojho klanu. To vyvolávalo často veľké spory, raz dokonca aj občiansku vojnu.ROEDL, B., 2017, Dějiny Peru a Bilívie. Nakladatelství Lidové noviny, Praha, s. 25