Predmestské osídlenie náhľad|Konštancia Uhorská dostala okolie Trnavy ako veno v roku 1199. náhľad|Trnava na trase Českej cesty
Úrodná nížina na brehoch potoka Trnávka bola obývaná už v mladšej kamennej dobe. Kontinuita osídlenia nebola na dlhšie obdobia prerušovaná, čo dokazujú nálezy z bronzovej a železnej doby, napríklad poklad keltských mincí s nápismi BIATEC, NONNOS, COISA. Na prítomnosť rímskej kultúry poukazujú mince i keramika. Nálezy z 1. a 2. storočia sa zistili aj v polohe dnes už nejestvujúceho kostola sv. Michala. Stopy slovanských a veľkomoravských sídlisk a hrobov sa našli v mestskej časti Kopánka a na Sereďskej ceste.
Predstavy o predmestskom osídlení sú zatiaľ iba hmlisté, no intenzívnejšie archeologické výskumy im začínajú dávať presnejšie kontúry. K dôležitému postaveniu Trnavy na prelome 12. a 13. storočia prispela dcéra uhorského kráľa Bela III., Konštancia. V roku 1199 dostala územie medzi Trnavou a Malými Karpatmi ako veno pri sobáši s českým kráľom Přemyslom Otakarom I. Konštancia sa snažila zlepšiť obchodné spojenie Uhorska a Čiech. Jej zásluhou bola upravená trasa Českej cesty a dávnou obchodnou tradíciou, ktorá viedla z Prahy cez Brno a Hodonín do Trnavy a odtiaľ do Ostrihomu a Budína.
Listina ostrihomského arcibiskupa Jána z roku 1211 o darovaní časti príjmov z kostola osade Sobota ostrihomskej kapitule je prvou hodnovernou zmienkou o Trnave. V tom období už musela byť dôležitým a rozvinutým miestom v regióne. Názov osady Sumbot, Zumbothel, Szombat atď., čiže Sobota bol odvodený odo dňa konania trhu, názov Tyrna, Dyrna atď., čiže Trnava pochádza zo staršieho – slovanského prostredia ("Tŕň-ava" – ava je slovanská koncovka znamená okolo, teda voľným prekladom miesto s tŕňmi, miesto obohnané tŕňmi, čo možno označovalo nejakú formu fortifikácie).
Vzhľad pôvodnej trhovej osady na východnom okraji mesta pripomína dodnes lievikový tvar Jeruzalemskej a Kapitulskej ulice. V jej centre stál kostol zasvätený sv. Mikulášovi – patrónovi obchodníkov. Na miernom kopci pravého brehu potoka, v okolí neskoršieho Františkánskeho Kostola svätého Jakuba, bolo situované bližšie neurčené osídlenie. Tradícia tu spomína prítomnosť benediktínskeho opátsva, no z nálezov ho nemožno potvrdiť. Najnovšie nálezy objektov kolových stavieb z 12. storočia dokazujú, že zástavba mala v tej dobe väčší rozptyl a presahovala i plochu neskoršieho opevneného mesta.
Trnava mestom – 13. storočie náhľad|Belo IV. udelil Trnave mestské práva v roku 1238 V roku 1238
udelil panovník Belo IV. Trnave ako prvému mestu na území dnešného Slovenska privilégiá slobodného kráľovského mesta. Privilegiálna listina priznáva výsady miestnemu obyvateľstvu aj hosťom prichádzajúcim zvonka. Mesto plnilo funkciu pevnosti. Chránilo dôležité cesty a zároveň malo významnú úlohu v medzinárodnom obchode. Do jeho pokladnice plynuli príjmy z cla, mýta, daní a trhových poplatkov.
Najdôležitejším privilégiom bolo vyňatie spod právomoci akéhokoľvek zemepána, to znamená, že obyvatelia mesta patrili jedine pod kráľovskú korunu. Mimoriadny význam spomedzi udelených výsad malo oslobodenie Trnavčanov od platenia mýta v celej krajine.
Na čele mesta stála dvanásťčlenná mestská rada s richtárom voleným mešťanmi na rok. Jeho funkciu schvaľoval panovník. Rada riešila všetky všetky civilné spory mešťanov a okrem iného rozhodovala aj o výmene mestského farára, ktorého ale schvaľoval ostrihomský arcibiskup.
Veľká koncentrácia obyvateľstva v stredovekých mestách vytvorila priaznivé podmienky pre príchod žobravých rádov. Zvykli sa usadiť v okrajových štvrtiach – pri hradbách. V juhovýchodnom kúte opevnenia Trnavy sa usadil rád sv. Kláry (pôvodne Damiánky). Ktorý je písomne doložený v roku 1239. Zároveň s ním prišli aj Františkáni, ktorí sa usadili pri západnom úseku hradieb. O niečo neskôr si na severovýchode vybudovali svoj kláštor Dominikáni. Pravdepodobne na mieste pôvodného johanitského konventu. Významná sakrálna stavba – kostol sv. Mikuláša pretrval ešte v románskej podobe z predmestského osídlenia. K verejným stredovekým stavbám mesta patril aj areál Špitálika s kostolom sv. Heleny s pôvodným patrocíniom sv. Kríža. Pre najchudobnejších obyvateľov ho vybudovali pri južnom úseku hradieb a z vonkajšej strany opevnenia umiestnili cintorín.
Po smrti Bela IV. sa obnovilo napätie medzi Uhorskom a Čechami, podporené viacerými vojnovými konfliktami. Koncom 13. storočia sa Trnava dostala do rúk mocného uhorského feudála Matúša Čáka Trenčianskeho, ktorý ju vydrancoval.
Trnava vyspelým gotickým mestom – 14. storočie náhľad|Kráľovi Ľudovítovi z Anjou sa stala Trnava osudná, keď tu náhle skonal v roku 1382 V roku 1327 rokoval v Trnave uhorský kráľ Karol Róbert s českým kráľom Jánom Luxemburským o zlatých florénoch a českých grošoch. Dohodli sa tu aj na zasnúbení svojich detí. Význam Českej cesty vzrástol ešte viac uzavretím priateľskej dohody medzi českým kráľom Karolom IV. a uhorským kráľom Ľudovítom z Anjou ktorí sa v Trnave stretli v roku 1350. Pri návrate z Poľska v roku 1382 Ľudovíta I. zastihla náhle v Trnave smrť.
V roku 1325 vypukol požiar ktorý sa sústredil najmä na východnú časť mesta s kláštorom klarisiek a poškodil aj farský Kostol svätého Mikuláša. V 60. rokoch 14. storočia sa začala jeho rozsiahla prestavba do podoby honosného gotického chrámu. Urbanistická podoba mesta bola už okolo polovice 14. storočia ustálená. Staré valy opevnenia nahradili murované steny s baštami. Obranné cesty pozdĺž hradieb boli spojené s centrálnymi komunikáciami úzkymi uličkami. V okolí potoka neboli vytvorené ešte ulice, ale lemovali ho iba zadné časti parciel domov. Výnimkou bola dnešná Dolnopotočná ulica, kde sa už v tomto čase predpokladá jestvovanie židovského geta.
Obytný dom z počiatkov mesta sa rozširoval prístavbami, až vznikol tzv. prejazdový dom s prekrytým vstupom pre vozy z ulice. V meste sa však stavali aj nové gotické domy hneď ako vyspelé prejazdové objekty. Na stredoveký pôvod domov dnes upozorňuje niekoľko odkrytých detailov. Sú to najmä gotické okná na priečeliach, sedílie v prejazdoch, väčšie množstvo polkruhových a lomených kamenných portálov, gotické rebrové klenby a výklenky na svietidlá zachované v pivniciach.
Trnava od začiatku 15. storočia po bitku pri Moháči náhľad|Za vlády Mateja Korvína mesto znovu prekvitá. Husiti na čele s Blažkom z Borotína v roku 1432 mesto lesťou obsadili a vydrancovali. Podnikali z neho vojenské útoky do okolia. Ich posádka tu zakotvila až do roku 1435. Pri odchode pobrali husiti z kostolov a kláštorov cennosti. Z mestského archívu zobrali medzi inými aj privilegiálnu listinu Bela IV. Trnavčania museli neskôr tieto predmety a listiny draho vykúpiť. Za vlády Mateja I. Korvína sa Trnava stala opäť významným stredobodom obchodu so zahraničím. Okrem nemeckého a maďarského obyvateľstva mali už významné postavenie Slováci a Židia. Slováci získali aj zastúpenie v mestskej správe. Židovské geto v dnešnej Dolnopotočnej ulici pri Trnávke je písomne doložené koncom 15. storočia. Židia sa vyčleňovali z mestskej spoločnosti samostatným právnym systémom a vlastným richtárom. Nezhody medzi mešťanmi a Židmi vyústili do náslilných konfliktov, ktoré musel riešiť panovník.
V meste pribudla jedna cirkevná novostavba: kaplnka sv. Michala. Pôvodne krypta rodiny kapitána Pavla Holého, ktorý stál v národnostných sporoch na strane Slovákov. Od počiatkov bola svätostánkom Slovákov a bohoslužby v nej slúžili slovenskí kazatelia.
Významný prínos pre mestskú samosprávu znamenala výstavba objektu so sálami pre rokovania mestskej rady a širšej mestskej obce DOMUS CONSILI. V objekte bol umiestnený aj mestský archív a väzenie a neskôr k nemu pristavali aj malý dom pre kata, ktorého na požiadanie požičiavali okolitým mestám.
Po smrti kráľa Mateja v roku 1490 sa v Trnave uskutočnili rozhovory Vladislava II. Jagelovského s predstaviteľmi uhorskej šľachty o nástupníctve na uhorský trón. Sľubný rozvoj mesta zastavil v prvých rokoch 16. storočia vojenský konflikt s Maximilánom Habsburským. Ničenie v meste ešte dovŕšil požiar a mor. Mesto sa spamätalo z pohromy najmä zásluhou medzinárodného obchodu s dobytkom ktorý viedol so západnou Európou práve cez Trnavu. Prichádzalo sem množstvo obchodníkov, remeselníkov a pocestných. Obchod a oživenie trhov podnietili fungovanie trnavských cechov.
Na juhu Európy už začalo nebezpečenstvo tureckej agresie a krajina sa pripravovala na vojnu. Pokojné obchodovanie skončilo v roku 1526, keď vojsko sultána Süleymana I. porazilo pri Moháči vojská uhorského kráľa Ľudovíta a odobralo južné územie krajiny.
Po bitke pri Moháči, 16. a 17. storočie náhľad|V roku 1574 sa začala stavba novej dominanty mesta, mestskej veže. Priamym dôsledkom moháčkej porážky bolo zabratie južných oblastí Uhorska Turkami, čo vyvolalo potrebu presťahovať štátne a cirkevné ustanovizne do bezpečia severne položeného Slovenska. Kým hlavným a korunovačným mestom sa stal Prešporok, najvyšší cirkevný predstaviteľ, ostrihomský arcibiskup, si za svoje sídelné mesto zvolil Trnavu.
Zlúčenie mestskej a kapitulskej školy v roku 1553 bolo prvým pokusom arcibiskupa Mikuláša Oláha o založenie školy vyššieho typu. Jezuistké kolégium pôsobilo v Trnave v rokoch 15611567 a svoju činnosť obnovilo neskôr – v roku 1616. Arcibiskup Mikuláš Oláh otvoril v roku 1567 seminár. K šíreniu vzdelania prispela od roku 1578 aj produkcia kníhtlačiarne Mikuláša Telegdiho. Na jej činnosť nadviazala tlačiareň Trnavskej jezuitskej univerzity, ktorej vznik v roku 1647 inicioval ostrihomský arcibiskup Peter Pázmaň
Od polovice 16. do konca 17. storočia Trnava zažila mnoho pohrôm. Obyvateľov niekoľkokrát zasiahla morová epidémia, v roku 1566 vypukol požiar a o niekoľko rokov neskôr postihli mesto dve zemetrasenia. Pri povodni v roku 1618 zaliala Trnavu voda údajne do výšky takmer dvoch metrov. Mesto trpelo počas protihabsburských povstaní Štefana Bočkaja, Gabriela Betlena, Juraja Rákociho a po povstaní Imricha Tököliho doslova ľahlo popolom, pričom zahynulo takmer 4 000 ľudí. Napriek nepriaznivým udalostiam zostala Trnava jedným z najdôležitejších stredísk remeselnej výroby na Slovensku. Daňové registre evidujú okolo 40 cechov. Cechové artikuly niektorých remesiel v Trnave prevzali v iných mestách.
Príchodom ostrihomského arcibiskupa a kapituly sa zveľadila zástavba dovtedy stagnujúcich priestorov Kapitulskej ulice a Námestia svätého Mikuláša. Z najvýznamnejších stavieb je potrebné spomenúť arcibiskupský palác, ktorý dal vybudovať arcibiskup Mikuláš Oláh a kanonické domy na námestí. Dôkazom ich vysokej umeleckej úrovne sú odkryté figurálne maľby na priečelí domu na rohu námestia. Od renesancie bol v Trnave obľúbený dom s arkádovým nádvorím. Často s kamennými toskánskymi stĺpmi. Zaujímavým je aj typ domu so vstupnou sieňou tzv. mázhausom, dodnes zachovaný len ojedinele. Arkiere, polkruhové kamenné portály, nástenné maľby, geometrické a figurálne motívy na fasádach vytvárajú obraz o vysokej stavebnej a umeleckej úrovni renesančnej architektúry Trnavy. Renesancia obohatila siluetu Trnavy o novú dominantu – mestskú vežu, pozorovateľňu na námestí.
Trnava od 2. štvrtiny 17. storočia – Trnavská univerzita náhľad|Katedrála sv. Jána Krstiteľa z rokov 16291637.