Gemini 9A (oficiálne Gemini IX-A) bol siedmy americký pilotovaný kozmický let v rámci programu Gemini. Pôvodná posádka Gemini 9, veliaci pilot Elliot See a pilot Charles Bassett, zahynula pri havárii 28. februára 1966, kedy astronauti leteli na nadzvukovom cvičnom prúdovom lietadle T-38 do St. Louis v štáte Missouri, kde mali v továrni McDonnell Aircraft trénovať na simulátore. Ich smrť povýšila záložnú posádku, Thomasa Stafforda a Eugena Cernana, na hlavnú posádku. Misia bola premenovaná na Gemini 9A potom, ako bol pôvodný štart 17. mája zrušený, keď bolo cieľové teleso misie Agena zničené pri zlyhaní štartu. Misia sa uskutočnila 3. až 6. júna 1966 po vypustení záložného adaptéra Augmented Target Docking Adapter (ATDA). Stafford a Cernan sa na obežnej dráhe síce stretli s ATDA, ale nemohli sa s ním spojiť, pretože sa kvôli chybe pri príprave štartu neoddelil aerodynamický kryt. Cernan počas misie vykonal dvojhodinový výstup do otvoreného vesmíru, počas ktorého mal podľa plánu predviesť voľný let v autonómnom raketovom kresle Vojenského letectva USA (Astronaut Maneuvering Unit). Nepodarilo sa mu to však uskutočniť v dôsledku stresu, únavy a prehriatia.
Posádka Thomas P. Stafford (2), veliaci pilot Eugene A. Cernan (1), pilot
Záložná posádka James A. Lovell, Jr., veliaci pilot Edwin E. Aldrin, Jr., pilot
Povýšenie Stafforda a Cernana zo záložnej posádky na hlavnú znamenalo, že bola potrebná nová záložná posádka. Jim Lovell a Edwin „Buzz“ Aldrin boli pôvodne záložnou posádkou pre Gemini 10. To je dôležité, pretože štandardná rotácia posádok znamenala, že miesto v záložnej posádke Gemini 10 by Aldrina zaradilo do hlavnej posádky neexistujúcej misie po Gemini 12 (rotácia posádok zvyčajne znamenala, že po službe v záložnej posádke mohol astronaut očakávať, že vynechá dve misie a potom bude v hlavnej posádke). Presun do záložnej posádky Gemini 9 znamenal, že Aldrin letel ako člen hlavnej posádky Gemini 12, čo zohralo významnú úlohu pri jeho výbere do záložnej posádky Apolla 8 a hlavnej posádky Apolla 11, vďaka čomu sa nakoniec stal druhým človekom na Mesiaci.
Pôvodná posádka Elliot M. See, Jr., veliaci pilot † Charles A. Bassett II, pilot †
Dňa 28. februára 1966 leteli See a Bassett z Houstonu v Texase do St. Louis v štáte Missouri, kde mali v továrni McDonnell Aircraft trénovať na simulátore. Podmienky na letisku Lambert Field boli zlé a v dôsledku toho See pri pokuse o vizuálne priblíženie a pristátie narazil do jednej z montážnych budov továrne a spôsobil haváriu lietadla, pričom on aj Bassett na mieste zahynuli. V dôsledku toho bola záložná posádka povýšená na hlavnú posádku, čo sa stalo prvýkrát od letu Mercury-Atlas 7 v roku 1962.
Gemini 9 Dňa 9. novembra 1965 NASA zverejnila zloženie posádky misie Gemini 9. Hlavnou posádkou sa stali Elliot See z druhého náboru astronautov (The New Nine) a Charles Bassett z tretieho náboru (The Fourteen). Po Neilovi Armstrongovi sa mal Elliot See stať iba druhým civilistom veliacim kozmickej lodi. Za záložnú posádku boli menovaní Thomas Stafford a Eugene Cernan. Zvláštnosťou bolo, že v tom čase sa Stafford ešte len pripravoval na svoj let s Wallym Schirrom na misiu Gemini 6A. Preto spočiatku najviac práce vykonal Cernan, nováčik z tretieho náboru. Až potom, ako sa Stafford vrátil z úspešnej misie a prešiel tradičnými spoločenskými oslavami, mohol sa naplno zapojiť do výcviku pre svoju prvú misiu v úlohe veliteľa. Zatiaľ čo výber Stafforda, Bassetta a Cernana do oddielu astronautov bol ostatnými uznávaný ako opodstatnený, u Elliota Seeho to tak úplne nebolo. Podľa spomienok Deka Slaytona, ktorý mal na starosti okrem iného výber letových posádok, bolo zaradenie Seeho do oddielu jedinou personálnou chybou, ktorej sa počas svojej kariéry dopustil. See, hoci veľmi priateľský, milý a skúsený, nebol na rovnakej úrovni s ostatnými ani ohľadom fyzickej kondície, ani ohľadom pilotných schopností, ani ohľadom schopnosti správneho rozhodovania pod tlakom. Slayton priznal, že mu velenie Gemini 9 venoval viac-menej ako „cenu útechy“, načo mal byť menovaný spolu so Cernanom do záložnej posádky Gemini 12, po ktorej by angažmán Seeho v oddiele v tichosti skončil. Elliot See bol pred vstupom do oddielu astronautov skúšobným pilotom u General Electric. Za svoju kariéru nalietal viac ako 3 700 hodín, z toho 3 200 hodín na prúdových lietadlách. Jeho povesť skúšobného pilota bola formálne úplne v poriadku. Avšak jeho kolegovia astronauti mali iný názor. Podľa Slaytona chýbal Elliotovi „killer instinct“ (inštinkt zabijaka), ktorý je typický pre všetkých stíhacích a skúšobných pilotov, a ktorý im dovoľuje vykonávať správne komplikované rozhodnutia v zlomkoch sekundy. Podľa Stafforda bol See trocha neistý pri lietaní podľa prístrojov a napríklad podľa Walta Cunninghama, ktorý mal možnosť raz letieť s Elliotom, lietal celkom nebezpečne – opatrne a pomaly. Vzhľadom na to, že astronauti mali ako svoj dopravný prostriedok nadzvukové cvičné prúdové lietadlo T-38, ktoré bolo známe svojím vysokým plošným zaťažením krídla a tým pádom neobľubovalo nižšie rýchlosti, si pilotné návyky Elliota Seeho koledovali o katastrofu.
thumb|left|Pôvodná hlavná a záložná posádka misie Gemini 9, 5. január 1966. Hlavná posádka: Elliot See (sediaci vľavo) a Charles Bassett (sediaci vpravo). Záložná posádka: Thomas Stafford (stojaci vľavo) a Eugene Cernan (stojaci vpravo)
Dňa 28. februára 1966 vzlietli z Ellingtonovej základne v Houstone dve lietadlá T-38. V jednom sedeli See a Bassett, v druhom Stafford a Cernan. Formáciu viedol See, Stafford bol jeho „číslom“. Astronauti leteli do St. Louis, kde mali v továrni McDonnell Aircraft trénovať na simulátore rendezvous, stretnutie kozmických lodí na obežnej dráhe. Na cieľovom letisku Lambert Field bola hmla, padal dážď so snehom a 200 metrov nad zemou viseli mraky. Prvý pokus o priblíženie nedopadol dobre – lietadlá boli „dlhé“, čiže preleteli prah pristávacej dráhy v príliš veľkej výške, navyše príliš veľkou rýchlosťou. Zatiaľ čo Stafford sa rozhodol pre opakované priblíženie podľa prístrojov a zdvihol lietadlo opäť do mrakov, See sa rozhodol pre vizuálne priblíženie. Stále s vysunutými plnými klapkami a podvozkom robil ľavú zákrutu tak, aby mal letisko stále v dohľade. Bohužiaľ, počas sledovania letiska si See neuvedomil, že rýchlosť jeho klesania je príliš veľká. Náhle sa pred ním objavila budova McDonnell č. 101. See zapol forsáž a T-38 sa pri pokuse o ostrý pravý náklon začal otáčať okolo pozdĺžnej osi. Bolo však už neskoro. Lietadlo narazilo pravým krídlom do strechy budovy 101 a vzápätí v kotrmelcoch dopadlo na parkovisko pred budovou. Bolo 08:58 miestneho času a misia Gemini 9 práve prišla o svoju hlavnú posádku – See a Bassett boli na mieste mŕtvi. Stafford a Cernan vo svojom lietadle pristáli vďaka procesu opakovaného priblíženia podľa prístrojov úplne bezpečne, hoci na chvíľu vládol v éteri zmätok ohľadom toho, kto sedel v havarovanom lietadle. Staffordovi so Cernanom nechceli pochopiteľne riadiaci na veži povedať, čo sa stalo. Astronauti sa to dozvedeli až na stojánke letiska, keď im prišiel tragickú správu oznámiť James McDonnell, zakladateľ McDonnell Aircraft.
thumb|Cernan (vľavo) a Stafford v kabíne kozmickej lode Gemini 9 počas výcviku, 10. máj 1966
Vyšetrovanie nehody, ktoré viedol šéfastronaut Alan Shepard, bolo veľmi dôkladné a boli počas neho vykonané aj rekonštrukcie profilu letu pomocou vrtuľníkov a lietadiel. Podľa záveru vyšetrovania bolo lietadlo T-38 s trupovým číslom 901 bez technických porúch a úplne letuschopné. Zrážka s vtákom bola vylúčená a najpravdepodobnejšou príčinou bola chyba pilota, ktorej sa dopustil Elliot See. Pád lietadla poškodil budovu 101, v ktorej prebiehala montáž kozmických lodí Gemini. See a Bassett zahynuli len pár metrov od miesta, kde sa dokončovala ich loď Gemini 9, ktorá našťastie nebola vôbec poškodená. Menšiu ujmu od padajúcich trosiek krídla T-38 utrpela rozpracovaná loď Gemini 10. Thomas Stafford neskôr napísal, že bolo šťastím v nešťastí, že lietadlo narazilo do strechy až takmer na konci budovy. Keby k pádu došlo o pár desiatok metrov skôr, T-38 by narazil do steny budovy a pravdepodobne by tak vymazal celý zvyšok programu Gemini. Nehoda tiež spôsobila veľké personálne zmeny ohľadom ďalších misií. Prvým logickým krokom bolo preradenie Stafforda a Cernana do hlavnej posádky Gemini 9, ktoré astronautom oficiálne oznámil Deke Slayton tesne po pohrebe Seeho a Bassetta 3. marca. Ďalším Slaytonovým ťahom bolo prevedenie Jima Lovella a Edwina „Buzza“ Aldrina, doterajšej záložnej posádky Gemini 10, na zálohu Gemini 9. Takto sa Lovell s Aldrinom ocitli na pozícii, z ktorej mohli očakávať nomináciu na let Gemini 12. Avšak tragickou smrťou Seeho a Bassetta boli ovplyvnené aj ďalšie záložné posádky. Na uvoľnené miesto zálohy „desiatky“ Slayton dosadil Alana Beana a doplnil ho Cliftonom Williamsom. Wiliams mal predtým predbežne figurovať na mieste záložného pilota misií jedenástky a dvanástky. Teraz pre zálohu jedenástky Slayton recykloval Armstronga a spároval ho s Williamom Andersom. Zálohu dvanástky, čo mala byť pôvodne posledná nominácia Elliota Seeho, teraz dostal Gordon Cooper a po ukončení svojej misie sa k nemu pridal Gene Cernan. Stafford so Cernanom sa teda na začiatku marca 1966 ocitli na mieste hlavnej posádky misie, ktorá mala štartovať iba za desať týždňov. Navyše, hoci obaja boli pochopiteľne cvičení práve pre túto misiu, prednostné právo na simulátoroch mali doteraz See a Bassett. Stafford so Cernanom preto ešte znásobili svoje tempo výcviku.
Tom Stafford bol ohľadom vyčerpávajúceho programu rendezvous pomerne nesvoj, najmä preto, že Gemini 9 bola posledným kusom, ktorý mal nádrže pohonných látok s menšou kapacitou. Experti ho však presvedčili o tom, že equi-period orbit rendezvous, pokiaľ je vykonané správne, je pomerne nenáročné na spotrebu paliva. Pôvodne bolo v pláne ešte jedno rendezvous. Malo ísť o stretnutie s teoretickým cieľom na eliptickej orbite vo veľkej výške. Tu mal pomôcť raketový stupeň Agena svojím motorom, avšak plánovači ešte stále neboli po predchádzajúcom zlyhaní presvedčení o tom, či je motor Ageny spoľahlivý. Ku Staffordovej veľkej úľave bol preto tento manéver z letového plánu vyškrtnutý. Stafford mal výhodu predošlého letu na Gemini 6A, a tak prikázal Cernanovi, aby sa zaoberal hlavne nácvikom na výstup do otvoreného vesmíru a ovládaním palubného počítača. Gemini 9 mala byť druhým strojom, kde bol počítač upgradovaný a dostal možnosť nahrávať programy z magnetických pásikov. Cernan už predtým s Charliem Bassettom veľmi starostlivo vyspovedal Eda Whitea a po jeho uistení, že kľúčovým faktorom počas výstupu do vesmíru je sila v rukách a najmä v predlaktiach, začali s Charliem usilovne cvičiť. Stafford taktiež udržoval frenetické tempo príprav a v priebehu jari nemohlo byť pochýb o tom, že pôvodne záložná posádka sa zhostí svojej úlohy úplne perfektne.
Problémy so štartom thumb|upright|left|Štart raketového stupňa Agena pomocou nosnej rakety Atlas, 17. máj 1966